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太平军水营的建立有一个逐步演化过程。它与太平天国前期战略方针的确立、战争环境的变化有直接关系。
自金田揭竿而起到1852年6月攻克道州，太平军的战略目标尚未确定，战斗意图主要表现为摆脱敌之围剿堵截。军锋闪烁，迂回曲折。虽自永安突围后，全军有北进湘省的计划，但仍游移于桂、湘交界地区，迟滞不决。部分人甚至有“怀土重迁，欲由灌阳而归”
，返回广西的意念。而且，这一阶段中，太平军主要转战于山岭原野，与敌在陆地对仗，很少利用水道作战，领导集团没有考虑过建立水陆军种协同作战的体制，无所谓水营之设。
经道州整顿，洪秀全采纳杨秀清进军江南的建议。全军基本确立“舍粤不顾，直前冲击，循江而东，略城堡，舍要害，专意金陵”
的战略方针。长沙之战后，由洞庭湖经长江水道、直指南京的进军路线底定，把单纯陆战转换为水陆协同作战的实际需要提到议事日程。洪秀全、杨秀清等人在攻占洞庭湖要隘益阳、临资口后已注意捜集船只，以应付新的战争环境之需。至1852年12月初占领岳州时，所得船只累计已达8000余艘
，大量船户、水手均征集待命，进军南京的运载工具基本解决。杨秀清将民船船户加以编组，任命唐正财为典水匠、职同将军，统辖船队。
这是太平军水营组建的准备阶段。
1852年12月中旬，太平军自岳州分水陆两路沿长江东下。“黄旗大小列艨艟，顺水扬帆意态雄”
。强大船队顺流挺进湖北，23日占领汉阳并立即进攻武昌。典水匠唐正财发挥独特才能，在宽阔的汉水江面搭造浮桥以渡大军。1853年1月12日太平军攻克武昌。武汉战役开创了太平军攻城战速战速胜的先例，关键即在太平军利用庞大船队顺流而下，抢在清军向荣部之前
，隔断其与湖北巡抚常大淳、提督双福的联系，迫使三镇孤城困守，掌握了战略主动权。兵贵乎神速。太平军数千艘船只在武汉战役中充分显示出重要作用。对此，敌人已流露出严重不安。常大淳奏：“寇水陆攻武昌，船炮充斥。”
向荣奏称：“该匪船只极多，往来自如。大营兵勇既有长江重湖之阻，又无船只可渡……此刻剿除之法，必得先将贼船、贼桥焚毁，断其往来之路。”
实践证明，太平军要实现“专意金陵”的战略目标，控制长江水道，建立水军是必要保证。武汉占领后，杨秀清决定将编组的船队升格为水军，宣布建立水营，升唐正财为指挥。
水营的建立，使太平军改变了单一军种体制，实现了多军种建制，这在太平天国革命战争史上是有意义的。杨秀清在新的军事形势下，把单纯的运输船队转变为专业军种，既符合实践出真知的认识规律，又反映了他善于把握时机、因势利导的组织才能。
太平军虽在武汉宣布成立水营，但从资料记载看，当时并未按太平军军制加以改编。其原因可能是为了尽速向南京挺进，没有空余时间进行这项工作。迨至定都南京后，水营船只已多至万艘，局面也相对安定，遂正式对水营进行编组。其情况，张德坚《贼情汇纂》有明确记载：
逮至江南，掳船愈多，几于浮江万艘，乃升唐正财为殿前丞相，即以被掳船户水手为水兵，分为前、后、左、右、中五军，旋增至九军，每军以军帅领之。其下所属师帅至两司马，亦如旱营之制。惟师帅多至六百人，虚标分数，其实仅得十之三四。……别立水营总制将军监军统之，此九军均归唐正财调遣。
可知水营编制与陆营基本相同，以军为作战单位，下设师、旅、卒、两、伍，各以师帅、旅帅、卒长、两司马、伍长统之。所不同者，师帅多于陆营，故自将军以下各级军官、属官、典官每军为1715人，九军共15435人；作战人员，九军共有伍卒112500人
；官兵合计，九军总数为127935人。军帅以上亦如陆营，设有总制、监军、将军，惟加水营二字以示区别。
按编制，太平军水营无所谓中央、地方的区别，“九军均归唐正财调遣”。实际上，因天京是太平天国中枢所在，一切船只结集于此，遇有情况，由东王杨秀清直接下令调派各地；而地方除接受中央水营船只外，主将有权征用当地民船，编队凑用
，不必与正规建制统一。所以，客观上仍有天京水营与地方水营的区别。尤其到太平天国后期，总理朝政的洪仁玕大权旁落，不少制度逐渐改易，水营建制渐趋混乱。如官制方面，出现了“浙江省水师主将”“江南省水师主将”“京都江面水师大佐将”等称号
；军制方面，李秀成在江浙地区收编“枪船”，未按军、师、旅帅至两司马的建制改组，一仍“枪船”原有组织之旧。
水营的最高首长是湖南人唐正财。唐正财素往来湘鄂间水道，贩运木材兼贩米粮，熟悉水情，阅历丰富。他对水营建设有特殊贡献，是一个很懂船务的行家。敌人称太平军初得船只，“不知顾惜，不事修艌计，不久皆为朽板；自得正财后，搜括钉、铁、油、麻、竹、木、锚、缆，督工修补，焕然一新”
。在进攻武汉时，由他设计搭造了两座不同型式的桥，一座“用艨艟大舰排齐江心”，上覆木条片板
，属船桥型；另一座“以巨缆横缚大木，上复板障”
，属索桥型，说明他是一个懂得造桥技术的人才。他与水兵关系较好，很为属下拥护，战士也“乐就水营”。1854年张子朋激变水营，水营几乎瓦解，经杨秀清力挽危局，“唐正财调停群下，始无叛心”
，说明他是一个能和揖将士的统帅。可惜他对作战知识所知甚少，不能亲统水军进行水面战斗，所以实际上仅是个挂名的水军头领。天京水营的船只调遣分拨，由东王杨秀清直接掌管，唐正财无法参与决策；地方水营由驻地守将指挥作战，唐正财无权过问。他在定都天京后的主要任务，是在安徽芜湖常川居住，办理运粮和筹划兴修天京诸王府所需的建筑材料。由于忠心勤勉，被封为“航王”。1863年他在无锡与李鸿章部战斗中牺牲。
水营总部设在下关大王庙查盐卡内。大王庙位于下关江口，口门内即水府祠，为水营船只湾泊及出入口总汇。总部设防严密，沿下关江口筑有土城，城墙开有枪眼；城内扎有望楼，紧对口门设大炮十余尊，以保卫口门内湾泊的船只。
从水营的编制中看出：太平军领导集团的意图是将水营、陆营统一体制，以利协同作战，这符合水军配合陆军，陆军将领集中指挥的需要，原则上是正确的。缺点是没有注意水军的专业编队，没有炮船、战船、辎重船等专业分工。“凡有船皆战船，凡接仗皆出队”
，建制很不健全。加以水营首长不熟悉军事，领导集团又很少注意培养水军将领，结果使水营相对独立的作战能力受到影响，无法发挥其应有的作战潜力。这反映了太平天国领导集团对水上作战部队重要性的认识，还处在必然王国的阶段。