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1903年年底，拒俄运动高潮结束后，学潮并未戛然而止。正如当时人所说：“现今学界之风潮，既由浮动而趋静穆，学界之事业，复由言论而进实行。”
其表面缓退、实际深入表现在四个方面：第一，各地退学风潮余波未尽，此起彼伏，有些地方声势更盛，频率更快，但就全国而言，声势已不及前一阶段；第二，学生运动开始与收回利权运动相结合；第三，学生团体增多，并出现一批跨学堂组织；第四，“排满”革命思想在学界蔓延传播，在一些地方已发展为具体行动。
这一阶段在苏、浙、皖、赣、鄂、湘、粤、闽、豫等省和北京，因反对学校专制腐败或压抑学生民主倾向而起的学潮仍有数十次之多。在广东水师、鱼雷学堂，浙江大学堂和江西大学堂，由于学生们齐心协力的斗争，与之为敌的总办、总教、监督等或辞职，或革退，或遁逃。常熟官立学堂因风潮屡兴，无力管束，只得让学生立会自治。湖南临湘小学堂学生退学后，地方官为了卸责，诡称学堂停办。
广东武备学堂总办也不敢奉行上司严办学生的旨意，让学生自请留学了事。
福建大学堂的退学风潮声势较盛。该堂向称“福建学界之最黑暗者”，其“教育之方针，在使学生无粘合之性，而益以摧折其志气，使之英锐潜消，易服从于其肘腋之下”。头班监督黄运昭对学生“临之以狱吏之尊，畜之以奴隶之礼，恫喝凌侮之状，无所不至”，甚至污蔑学生团体为“扁体”。学生们对此十分愤慨，遂因黄无理斥逐学生而全班退学。二班、三班同学闻讯响应，表示：“吾辈所贵，能养成坚健不屈之血气，将来为国民出力耳。公等受辱，吾宁独荣，公等皆去，吾宁独留！”一致决定退学，并提出改良教则，实行自治，撤换监督，学生可以随时演说，不得以退学故刁难学生等7项复学条件，总办被迫全部接受。消息传开，福州各学堂学生“多有跃然兴起者”
，有力地促进了福建学界的民主自治运动。
学潮趋于区域性联合，是这个时期出现的重要现象。1904年，福州各校学生因武备学堂招考作弊，录取大批程度甚低的官场子弟，“有聚议散学之说”
。同年春，广东潮汕因同文学堂事爆发了全潮学生联合罢学事件，广东官府大为震惊，委派专人进行查办。
这反映出学界力量正在进一步凝聚，孕育着更大规模的风潮。
反对教会和洋教习、洋奴的斗争显著增多，是这一阶段学潮的重要特征。清政府在办学过程中大量聘用外国人，到1904年6月，仅在中国省立各学堂任教的日本教习就有159人。
其中一些人不仅政治上为帝国主义侵略服务，而且凭借列强的势力，在学堂中兜揽大权，庇护洋奴，压迫学生。受到军国民主义熏陶，经历过拒俄运动洗礼的学生对此进行了坚决斗争。保定大学堂洋教习丁家立“视学生如奴隶牛马，唾骂凌辱，无所不至”
，学生与之大起争执。教会主办的湖北文华书院和苏州东吴学堂学生因反抗体罚及饮食恶劣而退学。上海震旦学院学生反对法国教会干预校务，全体退学。该院学生“大半都是通人志士”，1904年后，“东京的留学生，多有跑回上海，进入震旦学院”。
1905年3月，因法国耶稣会调教士南从周任教务长，“尽变以前定章，学生大喧，相率离校”，另组复旦学校，“表示脱离震旦的独立精神”，“以谋脱离教会束缚”。
福州师范学堂的日本教习用日本语课本授课，讲到中日甲午战争时，“语意骤侮，学生愤激，立将课本扯坏”。该教习大为恐惧，赶紧辩解道：“此书系日本学校原本，曾经陈总理认可应用，并非有意敢伤诸君之感情也。”
说罢他匆匆下堂，狼狈溜走。日俄战争中，日军在辽阳大败俄军，任教于贵阳师范的日籍教习闻讯，强迫学生与之宴饮同庆。学生们认为，“此正我等学生饮泣之时，非饮酒之时也”
，表示拒绝，不料竟遭到日籍教习的殴打侮辱，大家义愤填膺，于是一齐退学，以示抗议。这些斗争有力地显示了中国人民不甘屈辱的决心和意志，维护了民族的尊严。
《辛丑条约》以后，清王朝媚外日峻，学生们特别憎恶那些卖国求荣、为虎作伥的洋奴，多次发动反洋奴斗争。保定大学堂学生谴责洋教习在堂中揽权太重，反对甘愿为洋人充当走狗的教习蓝道生，总办被迫“假学生以改良堂章之权利，风潮始息”
。天津北洋大学堂体育教习王文楷和南京格致学堂教习冯阅模曾分别为英、日侵略者效力，参与镇压中国人民的反帝斗争，学生们斥之“为汉奸之尤，深痛恶之，而以受其号令为耻”。北洋大学堂学生要求撤换未准，“相率点名不到”
，并自行设立体操会，推举学生任教习。后王文楷被新学堂书院（教会学校）聘为教习，也遭到学生反对而被辞退。南京格致学堂学生逐冯不成，毅然全体退学。北京实业学堂学生在讲堂上公开质问谬论迭出的人伦教习道：“吾见中国官怕外国人如严父，此人伦学上有乎不有？教习之父可是外国人乎？”
该教习瞠目结舌，无言以对。学生反对教会、洋教习和洋奴的斗争，坚持了拒俄运动反帝爱国的方向。
湖南的学潮在一定程度上起到了反抗清政府绞杀革命力量的作用。华兴会起义失败后，湘抚陆元鼎以血腥手段进行镇压，妄图根除革命火种。因为华兴会以学界为机关和依托，所以他首先从学堂下手。1904年12月12日，陆向清廷提出全省学堂整肃方案，特别注意受华兴会影响很深、以长沙为中心的中路，说这里的学生“以激烈为宗旨”，“空谈盛而实学衰”，下令学务处严加稽查，“改良办法，树立风声”，以求“补偏救蔽”“杜渐防微”。
在他的亲自主持下，湖南的顽固势力杀气腾腾地向学界大举进攻，遣散师范学生，压制明德、修业等民办学堂，并削夺周震鳞教育长的职权，企图把他挤出高等学堂。革命党因新败受挫，元气大伤，不得不退避锋芒。高等学堂学生闻知此事，“乃群商议保全之法，一律签名停课”
。经过反复较量，学生将王先谦的心腹、高等学堂监督彭绍宗赶走，使一部分革命火种得以保存，为革命力量的恢复和发展创造了条件。
这一阶段的学潮共有85堂次，显示出学生与专制制度的矛盾仍处于持续不断的激化过程中。不过，除少数地区外，学潮缺少高峰期那种一呼百应的声势，影响也大为减弱。虽然1904年学潮在总量上仍有增长，但增幅较上年度减小，而且到1905年更出现下降趋势（参见表2-3）：
表2-3 1902—1905年学潮发生次数
然而，风潮的平缓并不等于学生运动停滞不前，相反，它正在向纵深发展。其表现之一，是各地出现了一批跨学堂的学生团体，加强和扩大了学界的团结与联系。1904年6月，保定大学堂学生因堂内新旧两班素不融洽，筹建演说会，以联络感情。校方暗中阻挠，事遂中辍。但到是年底，保定城内就出现了由师范、高等、将弁、武备等学堂学生共同组织的茶话所。在杭州，学生们“以工商社会皆有会馆公所，以为集合团体之地，惟士社会散漫无纪，故创议欲于省城建立全浙学生会馆”
，作为联络机关，并负责招待外省外府来杭学生。南京的育志、溪山等学堂学生组建了群学会。广东学生成立了岭南学会，“以统一全省学人，结成一秩序巩固之大团体，以洗从前涣散凌乱之习为宗旨”，“目的专在联合大群”。
湖南益阳学生亦设立自治会，不少学生签名加入，表示：“种种烦恼，皆为我练心之助，种种危险，皆为我练胆之助，种种艰大，皆为我练智练力之助。”
江苏青浦各学堂学生联合成立演说会，“发达民族主义，另求自治之进步”
。常熟、无锡也组建了学生自治会。
福建学界的自治团体规模较大，活动也很有声色。几年来，该省学生团体一直延续不断。早在1901年，福建就成立了开智学会，使当时处于“昏黑之域”的学界“风气为之顿开”。
1902年，林獬等人又创设女学会。次年8月，侯官学堂首创学生自治会，成效甚著。特别是1904年，福建大学堂学生以退学争得成立自治会的合法权利，给福州学界以极大鼓舞。很快，除闽县学堂等3所学校为当局所压制外，其余各校都组成自治团体。不久，又联合成立福建学生自治会，各校正式入会者达100余人，每月开常会一次，遇事则举行特别会议。该会与福州进步人士的教育会、魁辅里书报社、西城书报社，以及上海的福建学生会保持着密切联系。因此，它不但是福建学界的中心，而且成为与其他进步人士以及国内外学界联络的总机关。由于学生们的“程度思想，亦颇发达”
，以至于闽浙总督李兴锐也不得不佯为赞叹。学生自治团体出现并争得合法地位，在专制统治秩序中打开了一个缺口，导致其紊乱失序，为民主力量的发展提供了便利。由于组织比较完善，福建学生在这一阶段十分活跃。学生团体的发展扩大，增强了学界的团结，使之在此后国内的公开斗争中，成为一支相对独立的激进力量。
学生运动深入的另一表现，是它开始与国内正在兴起的收回利权运动相汇合。福建华裕公司龚铭义盗卖三府矿产给法商，事发后，他所开办的矿务学堂学生纷纷告退，以示决裂。浙绅高尔伊出卖衢州等四府煤铁矿产，该省进步人士集会反对，各学堂学生闻风响应，风潮大起。京师学生也上书声讨盛宣怀渎职卖路的罪行。福建学界成为1904年年底该省争路权斗争的先锋和中坚。当时高等学堂学生获悉魏池洋行买办翁松村出卖路权事，立即与福建学生自治会筹商，召开各校学生与进步社团代表及其他各界人士大会，推举林觉民等16人组成争路机关，有力地促进了福建的保卫与收回利权运动。学生的加入，使国内公开斗争一开始就存在一股激进力量，推动它朝着有利于共和革命的方向发展。
革命思想迅速广泛地传播，是学生运动深入的一个突出表现，促使学生由一般地反对专制定向为反清革命。1903年以后，一批宣传“排满”革命的书刊在国内流传开来，到了1904年更加风行，仅湖南一地就有数十种之多，不仅书肆大量销售，而且有人暗中输送。常德中学堂学生“皆能持民族主义”，他们集资刊刻留日学生寄来的《死里逃生》稿，“言瓜分后之惨状及劝湘人独立”，“以期造成国民资格”。
浙江严州府中学堂学生积极购阅《萃新报》，因“该报大都采取《江苏》杂志、《浙江潮》杂志及各种提倡民族主义诸日报而成，学生以为此种报章，实为吾汉族所必读”。
江西营学堂中购阅《警世钟》《种界魂》等书籍的学生络绎不绝。福建大学堂学生也公开阅读《警钟日报》等革命报刊，并认真加以圈点。赵声的《保国歌》写出后，章士钊在上海印刷数十万份，湖北学生曹亚伯“且为麻鞋负囊，走数千里散之”；南京各学堂学生则在长江航船上“向各船客一一分送”，使长江上下游一带，“人手一纸”。
革命书刊在地处偏远的云南学界也很受欢迎。1904年年底，李根源、庾恩赐等人赴日途中一到上海，就赶往《警钟日报》社，“陆续购报数十份，手携各报馆定报单百数纸”
。清政府为此屡下禁令，军机处还专门驰函各地学堂，查禁革命书刊，务使“士林无购阅之人”
，并且声称：“各处学堂学生如有购阅者，除拿禁外，并该总办及教习等是问。”
湖北地方官“以书肆售革命排满之书，力不能禁”，挖空心思，也设立一座图书馆，“专办学堂应用图书，以码价八折发售，一切杂用拨公款津贴”，以为这样一来，“书贾无从获利，必尽歇闭，则排满革命之书不禁自绝矣”。
然而，政治高压固属无效，经济竞争同样枉费心机。
革命党人的口头演讲也有助于加强学界的革命倾向。有人在安庆城中阅报处演说，门上大书一联：“自由钟动，革命旗开”。大学堂学生“闻风逖听”
，备受感染。在浙江埭溪，革命党人蔡绿农演讲鼓吹反清革命的小说《玫瑰花》，“演说光复之乐及指明此书之隐情，以鼓动其光复之观念”，听者欢声震壁，“更有一班蒙学生齐声大呼：‘起！起！！起！！！’”
在江浙、湖南等地任教的志士，还利用讲堂直接向学生灌输革命思想。
有些学生则是被逼上反抗道路的。襄阳府中学堂学生陈铭彝因抗议校方无理开除申请赴日留学的同学，被当局褫夺功名，他愤然摘下顶珠扔进厕所，大呼“亡国之功名，有之何荣，无之何辱！”
，表示与清朝统治相决绝。
由于各方面的推动，国内学界革命思潮不断高涨。浙江学生“平时皆满口革命，诩诩然以国民自豪”
。湖北方言学堂学生痛斥伦理课程“颠倒错谬”，教人以“奴隶之行”，在讲堂黑板上大书：“安得千枝万枝毛瑟枪，尽杀此种无噍类。”
福建学生自治会会员“咸富有民族主义自治精神”，会场入口处高悬楹联“痛谈黄梨洲，结客顾炎武；独立华盛顿，仗义玛志尼”，以中国追求民主精神的思想先驱和欧美革命伟人为号召，时人誉之为“新党言自由者之母”。
保定学生茶话所演说万福华刺王之春案，“每讲一则，必加以极当之断语，洵为开发民智之大关键也”
。南京高等学堂学生以汇文书院为机关，演讲革命，购买军火，密谋起义。常州学生高唱“排满”革命，地方官吏大有朝不保夕之虑。
学界的革命化在湖南尤为明显。公开以胡元恢、周震鳞为首，实际上以华兴会为核心的革新党，立足学界，以明德、经正、修业、敬业、高等学堂以及一些州县的中小学堂为基地，人数达到1000以上，与王先谦的顽固党，张祖同、俞诰庆的游移党形成鼎足之势。社会上广泛流传着“欲知新旧谁称霸，胡九王三不相下”
的说法。华兴会起义失败后，学生们在清政府的残酷镇压下坚持斗争，有人筹划刺杀王先谦，以儆其余，使顽固势力胆战心惊。湖南益阳的学生自治会会员“相率思想秘密，言论秘密，举动秘密”，“思于政界上多干预”。
湖北学界同人建立了科学补习所，以胡瑛为经理，吕大森为干事，表面是为“学界同志于正课毕时，思补习未完之课”而设，以“集各省同志取长补短以期知识发达”
为宗旨，实际是一个联络学界革命分子的机关。1904年年底，黄兴等人在上海成立爱国协会，以青年学社（原丽泽书院）为机关，不少学生参与活动。此外，云南学生成立了誓死会，江西学生成立了易知社，江浙学生成立了若干小团体。统治者惊呼：“近来各省之革命党，蠢蠢遍地，而尤以学堂中为渊薮。”
国内学界革命思潮不断高涨，为同盟会成立后迅速在全国开展活动创造了有利条件。一方面，它为国内进步人士接受同盟会的政治领导提供了思想基因，另一方面，它造就了一批活动骨干，从而有力地推动了国内革命形势的发展。
1905年，抵制美货运动爆发，孙中山又组织汇聚东京的中国学生精英成立同盟会，国内学生运动走向新的高潮。