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义和团运动从燎原烈火般地兴起到悲壮地失败，以及在列强刺刀威逼下签订的屈辱和约，像千斤重锤，震碎了人心。痛定思痛的国人在深刻的反思中，很自然地会把国耻与变法维新的兴衰成败联系起来，从而强化他们对扼杀民族生机的清政府的不满与愤怒。然而，农民群众刚刚经历了惨痛的失败，新的救亡革新浪潮能否很快涌现，靠什么力量来实现？在“扶清灭洋”和“勤王拥帝”的悲剧之后，斗争将沿着什么轨道前进？这些必须立即做出明确回答的问题，直接摆到了青年学生面前。
当列强还在为争夺侵略权益大声吵嚷，而疲惫的东方巨人含愤沉默之时，迸突的地火已经开始在学界孕育发生。1900年，杭州求是书院外院第一班、第二班学生组织了励志社。自立军起义的消息传到这里，学生蒋方震作诗悼念汉口死难志士，几乎酿成大狱。次年夏，教员孙翼中以“罪辫文”命题，学生们借机发挥，被人告密，激成轰动一时的“罪辫文案”。与此同时，南洋公学学生在教习吴稚晖等人的影响下，“思想日以浚，意气日以壮”，认为“学生社会一日不立，则新党一日不能结，中国一日无望”，于1901年4月发起成立公会。总理张元济闻知，开除首事诸生。“学中有志之士，因是去者十七八人。”
同年12月，因反对校方无理开除学生，该校二班又有6人退学，东渡日本。湖北自强学堂学生也“叠次滋事”。1901年8月，又因不满督抚派来的教习，学生将牌示毁弃，以示抗议。
第一次全体学生退学风潮于1902年春发生在浙江吴兴南浔镇的浔溪公学。该校学生在民主思想的影响下，组织自治团体，设置议长，“凡总理或教习有何命令，彼等皆得集众公议服从或反对之”
。他们因经常集会演说，遭到总理庞清臣的干涉，十分愤慨，“以致相约解散”。学生们“事前则以火以剑”
，表现出反对专制压迫的强烈情绪。此后，杭州、苏州、广州、安庆、梧州、南昌、开封等地，都相继发生了零星的学生退学或轰动事件。广东大学堂学生因总办禁阅《新民丛报》、处分阅报学生并焚毁报纸，纷纷退学，转赴日本、欧美或香港。
河南高等学堂和杭州武备学堂学生反对阅读《小学》《孝经》或他们认为是“不急之务”的性理书，哄堂罢课。
杭州中学堂风潮声势较大。1902年5月3日，该堂全体学生80余人，在汤槱等人的带领下，群起反对校方无理斥退学生，并联名控革监督。浙江巡抚任道榕反诬学生“挟嫌诬捏，结群成党”
。在高压之下，多数学生被迫回堂复学，只有汤槱等6人退学到上海，创办《新世界学报》，鼓吹学潮和民主思想。
浙江嘉兴秀水学堂风潮，除了反对专制、追求民主外，还带有反帝爱国的性质。该堂学生在进步教习宣传自由平等、国民独立的启发下，民主意识与日俱增，曾因同学黄大镃被学校以“昌言”罪名斥退一事酝酿过退学。“卒以一二性质未化之人，暗中掣肘，好事遂虚。”1902年9月22日，终因外国传教士裴来仪来堂参观时戏击号钟，激起风潮。学生们郑重声明：“号钟是全学堂的主权，以主权把外人做玩弄，就是以学生把外人玩弄。”
“非特坏学堂体统，实坏全国体统也。”
因总理煽诱家长来堂胁迫学生，退学行动又遭破坏。但在复课之后，仍有人挺身而出，与总理辩论，其中“最持公理”的龚宝铨等8人，因此以“聚众魁首”之名被开除或自行告退。这次斗争成为学潮反对帝国主义文化侵略的先声。
这些事件规模较小，孤立分散，基本是自发斗争，往往直接起因于非政治性事件，且随起随散，因此社会舆论反响并不强烈。不过，它们已经表现出了后来学潮的一些重要特征。从规模和形式上看，这些事件虽然只是点点火星，但从一开始就散布于7个省区。学生们以哄堂、罢课和退学作为主要斗争手段。从内容上看，学生的直接目标是反对校方压迫，同时受民主思想的影响，把自己与国家民族相联系，以主人翁的姿态站出来维护国家尊严。他们反抗专制压迫的行动和自治要求，反映出对于民主政治的向往。这些事件交织成学界风潮的序曲。南洋公学退学生曾明确把浔溪公学和杭州中学堂退学风潮称为“我国学生革命之举”
，将其看成自己行动的前驱。《新民丛报》评论道：“两年以来，若杭州，若广州，若其他诸省，此等小小骚动，既已屡见不一见，虽其间团体不坚，辄被挫折失败，而其机固已大动矣。”
这些斗争表明，国内学生正“骎骎乎挟文明之气而渐种而渐动之”
，预示着更大规模的学界风潮即将来临。
1902年11月16日，南洋公学8个班200余名学生一齐退学，标志着学界风潮的正式爆发。
这次风潮是该校学生民主思想不断膨胀和学校当局专制压迫日益加重的必然结果。早在1901年年初，民主空气就开始在该校滋长起来，学生们竞相传阅《国民报》《译书汇编》和《新民丛报》，并在蔡元培的引导支持下，于1902年8月成立了演说会。该会以爱国为宗旨，同时宣称，“惟现在之国不必爱，而未来之国良可爱也；老大帝国奚足爱，新中国则必爱”，明显表现出否定清朝统治的意向。会员很快由10人发展到35人，成为学生的组织核心，被同学视为“向导”和“前旌”，“举一切事物之关于革命者，皆于此会发其端焉”。不久，学生们又组织了书会，以研讨如何“担此代表新中国人物新社会事业之大责任”，并有13位具有革命思想的同学暗中联络，建立秘密团体“任会”，作为演说会的中坚，准备应付各种突然事变。在演说会上，同学们张贴“爱国”和“少年中国之革命军”的标语口号，“慷慨指陈当世事”，“倡自由革命英风”。在高涨的政治热情的驱使下，他们益发不满于公学的专制束缚。校方禁阅新书新报，诬诋“《国民报》等目无王法，肆口作犬吠”，规定阅者记大过；又严禁结会，声称：“会者，天下之大患也。”
学生不止一次因结会或阅读散发进步书报而被开除。管理人视学生如奴仆，动辄记过斥退，学生们为此曾与校方多次发生冲突。
风潮的大爆发起源于一次小小的墨水瓶事件。该校第五班教习郭镇瀛一贯顽固守旧，欺压学生。11月5日，郭上课时发现师座上放有一个墨水瓶，借机施威，要求校方开除学生伍正钧。11月14日，该班学生因反对校方开革令无效，决定全班退学，得到其他各班的响应。次日，全校学生集体抗争不成，决定一齐退学。在冲突过程中，学生两度举行演说会，争相登台，指陈时弊，鼓吹民主自由，相互激励，鼓舞斗志。由于校方态度强硬，而学生立场坚定，双方矛盾越来越尖锐，经蔡元培等教习调解无效，全校学生于11月16日三呼“祖国万岁”，整队离校。
这次风潮立即引起进步舆论的强烈反响和社会人士的普遍关注，《选报》《苏报》《政艺通报》《新民丛报》《文言报》等纷纷刊登报道评论，欢呼“今日之事，为我学生脱离专制学校之新纪元”
，“举数十年陋儒浅士厄言曲说，一举而廓清之，以伸独立之权”
，强调此“实中国国民前途关系第一重要事件也”
。广东教育会公开致书，赞扬这些青年“为学生辄能抵抗腐败之总办”，“为国民必能抵抗顽固之政府”，“办外交必能抵抗彼强大之列国”，希望他们“亟图所以自立自强之道”，“速创学堂”。
以蔡元培为代表的中国教育会中的激进派，早就有召集宜于作为“爆裂之材料”的激进学生结为学社的主张，计划“延其所心服若吉田松荫、西乡南洲之流而师之，不拘拘于学科之常例，而要以淬厉其志气，增长其识见为主义，则他日必当为我国革新之先导者”。1902年7月，留日学生因成城学校入学事件与清驻日公使蔡钧大起冲突，“中国教育会拟函劝留学者归国，而于上海设一学校以待之”
，未能实现，这时便积极支持南洋公学退学生。在该会赞助下，除少数人在各种压力下散归故里或返校外，145名退学生很快组成了爱国学社，“师日本吉田氏松下讲社、西乡氏鹿儿私学之意，重精神教育”
。《苏报》对此大唱赞歌，称颂学生们“解脱羁绊，排斥专制，创立共和，五日之间，焕然成一维新学校，虽华盛顿之抗英，维廉之抗法，巴西之争自立，神效捷速，殆为过之”
。爱国学社的成立还得到海外华侨和留学生的关注，“仿佛像这个学堂可以造就出来许多拿破仑、华盛顿、加富尔、玛志尼、加里波的、西乡隆盛的一般人才出来”，“敬重得了不得，盼望得了不得”。
有人赋诗赞道，“青年爱国怀奇气，义塾巍然瞰大江”，称它为“国民表率”
，祝愿它像倡导日本维新变法的九州学塾和庆应、大江义塾那样，成为中国革新事业的摇篮。
南洋公学风潮使国内学界受到强烈震动，“随其后者不下十处，而散学之风潮且风发泉涌而未有已矣”
。最早起来响应的是浔溪公学。该校学生曾首先吹响学潮序曲的号角，重新招入者仍然感受到余波的震荡。他们闻讯后公议刊登告白，“敬贺南洋公学学生脱离专制学校”，遭到总教杜亚泉的干涉，29名学生遂一致退学，并且“相庆相贺，谓自今以后，脱离专制学校，与南洋公学退学生不妨方轨齐驱矣”。
风潮迅速波及江、浙、粤、鄂、闽、直、豫、赣等十余省和北京，出现蓬勃高涨的局面。
这一阶段的学潮有几种类型。第一种类型反对校方压制学生民主追求。北京五城学堂学生在课卷中畅言自由，“语多犯上”，校方批以“迹近叛类，倡同异说”，开除4名学生，并报官“欲将学生正法”。学生群起力争，“方有不准复入之谕”
。北京、广东、福建、江苏、湖北等地的6所大、中学堂管理人顽固守旧，“《新民丛报》等之新书不许阅，自由民权不许言，新词新理不许见于文字”
，而且课程陈腐，“言史学则御批通鉴辑览，言时务则泰西新史揽要”，教习“日以国家深仁厚泽为口头禅，以平等自由民权等字眼为眼中钉，要以闭塞学生知识，锢蔽学生聪明为唯一之目的”
。学生们往往因为阅读报章、讨论时事、切磋新学而受到处罚。他们愤而表示：“我等以阅报而获过，过如日月，何足为羞？”
“学生为中国未来之主人翁，何辜受此奇辱？”
于是毅然罢课退学。江西大学堂学生则“由压力生出种种文明思想”，在进步教习的引导下，“颇知自立”，“皆喜自由平等之说”
，集资购买新书，订阅《新民丛报》等刊物。“总办欲设法阻之，众皆不应。”他们作诗抒怀——“沉沉大陆意如何，眷我黄人感慨多，从此学生争自立，不教烟草蔓铜驼”
，决心以自立为救亡先机。
南京陆师学堂风潮在这一类型的学潮中颇具代表性。俞明震任该堂总办时，曾一度改良章程，允许阅读新书报，学生仅购阅《新民丛报》就达百余份之多。因此，“四方有志者，颇多投入陆师”
，学生“皆虎虎有生气”
。但校方不久即更订章程，将学生权利一律取消，并咒骂新书报“最易坏人心术”，严令“除武备课程不得旁阅一字”
，派人搜查学生宿舍，欲将书报统统烧毁。学生群情激愤，纷纷要求改良堂规，章士钊则以退学表示抗议。1903年4月2日，校方借故开除因要求改良堂规与监院有过冲突的学生徐大纯，并令兵丁将其立即驱赶出堂。学生们郁积心中的怒火猛地喷发出来，“阖堂鼓噪”，“有张拳声言打者”，接着又聚会演说，大呼：“吾辈服国民之义务，奔国民之首途，何等关系？而今食蛮寝野，任此辈鱼肉至此，将来恐求一完全之奴隶而不可得。既不自爱，何以爱国？”在与俞明震进行面对面斗争时，学生们“众口一声，声震屋角”。因校方拒绝接受革除监院的要求，31名学生联名告退。陆师学堂学生大都是当年3月下旬才入堂，许多人还互不相识，组织上远不如南洋公学稳固，但仍然齐心协力地挫败了校方的种种阴谋。为了破坏退学，俞明震先是宣布开除章士钊、林懿均等4人，企图迫使学生屈服。不料“学生见之，愈为不平，退志益决”。后俞明震又变换手法，指使委员、教习分别拉拢，“诳以此时无出，总办必有格外相待之恩”。而退学生“皆掩耳顿足以走，无少动者”。俞乃将其余学生“悉骗入讲堂，请两洋教习守其门，令内外不得出”。然而，这些学生也“皆有去志”，“自谓在堂一日，实惭愧一日也”。
学生们退学后，“拟仿南洋公学之例，组织一学校共和办法”。因俞明震指控其主张革命排满，“欲锄其首谋而解遣之”
，学生们在南京无法立足，乃与中国教育会筹商，到上海加入爱国学社。
第二种类型是反抗体罚和学校专制制度的束缚压迫。在发生此类学潮的江苏、直隶、广东、福建、陕西、云南、江西等省的14所学堂中，官吏和顽固教习专横跋扈的嚣张气焰遭到严厉打击，使之“自后不敢再专制”
。四川算学馆委员在学生斗争声势下狼狈不堪，“托人再三说情，又遍向学生磕头，始得了事”
，往日威风扫地殆尽。河南高等学堂学生提出总办须向学生赔礼、撤换收支委员等项复学条件，浙江大学堂学生更进而要求堂中各事及用人须由学生公议施行，决心更新“此种野蛮压制之地”
，建立民主自治制度。
反对外强侵略的杭州蕙兰书院风潮，是另一类型的代表。主持该院的美国浸礼教会“反客为主，握我教育权”，不仅管理腐败专制，而且一再强迫学生入教，激起学生的强烈不满。1903年4月28日，50余人一致退学。他们呼吁社会起来“反抗异种人压制之手段，迫辱之伎俩”，愿以退学“为我浙江学生与宗教竞争、种族竞争开幕之第一日”。
进步人士对这次斗争评价很高。《浙江潮》誉之为“中国教会学堂惊天动地第一次革命”
。《苏报》则指出：“教会学堂，宗教压制之小影也。”学生们“处教会势力极炽之时而毅然为此”，不愧是“我国民之一大纪念”。
学生反帝爱国斗争的兴起，使近代以来的民众反侵略斗争步入新阶段。肩负吸收文明、抵御干涉双重重任的学生，不仅实现了这一复杂历史使命的统一，而且使之落实在了社会群体力量之上。
这几种类型不仅展现了学潮的外观，而且反映了促使学潮兴起的内在动力。追求民主，反对专制，是推动学潮不断高涨的根本动因。在26次退学和冲突事件中，因校方禁阅新书报和压制剥夺学生权利而起的14次事件，反映出民主思潮在学界发展的势头。扬州仪董学堂学生在1902年6月还相当守旧，总教习主张停拜孔子，“堂内诸生哗然不服”
。时隔不到一年，学生的精神面貌焕然一新。他们喜欢用新词、看新书，甚至公开以新型功利观反对虚伪的仁义道德。当顽固守旧的副总教训斥学生“读书不可存名利心”时，有人挺身反驳道：“生等进堂肄业，皆为名利，惟名利有公私之别。”
由于和学堂当局的矛盾日趋激化，反对专制，渴望民主自由，成为学生思想的主导。南洋公学学生就是突出代表。他们在演说中大声呼唤革命，宣称20世纪为“民族主义普行之时代”，“君主专制一物，诚二十世纪全世界所屏斥者矣”。而“专制弊不以共和继之，逆天也”。因此他们断言：“顺天者，共和也，非专制也；道者，共和也，非专制也。惟共和能久存于世界，惟共和能深得夫人心。”他们把退学看成是与专制政府决裂，实现民主自由独立的起点，认为“公学者，专制君主国之小影也，专制君主国者，公学之放大照相也”
，把自己组建的学校称为“共和”学校，并准备创办《共和报》
。南京陆师学堂、浙江大学堂、杭州蕙兰书院和扬州仪董学堂退学生都欲步南洋公学的“后尘”
，组建类似学校。有些学生还以“共和”“自由”“人权”为自己的名号。无怪乎《苏报》说：“呜呼！共和学校制度，岂惟是南洋公学二百余人之思想有之，合中国通达士类脑筋步位，无不有之也。”
显然，学生们的思想已不仅限于爱国，而是在与专制主义的激烈冲突中，朝着彻底否定专制制度的革命方向突飞猛进了。
反对专制、追求民主自由成为学生思想的主导，是由中国社会矛盾的发展演变所决定的。20世纪初，专制皇权的统治已经走到了历史的尽头。帝国主义侵略加剧，清政府软弱腐败，民主思潮广泛传播，都促使人民大众与清政府的矛盾加剧。清廷推行新政，主观上是想巩固统治，而客观效果却是打开了缺口，使反专制力量凝聚起来迸突而出，矛盾冲突被公之于世。对社会脉搏的跳动反应极为敏感的青年学生的思想，正是尖锐矛盾急剧发展的集中表现。所以，虽然学潮往往直接起因于学生与学校当局的冲突，其实质则反映了民主与专制的根本对立。
随着风潮的发展，学生们逐渐意识到建立团体的重要性。他们说：“革命之不成，无团也”，“必特结一大团体”，以“团与团相争”，“革命始成”。
在浔溪公学、南洋公学和浙江大学堂中，出现了小型学生团体，它们在斗争中成为组织核心，在一定程度上克服了学生情绪波动起伏和思想参差不齐的局限弱点，增强了群体力量，有利于挫败校方分化瓦解的阴谋。同时还出现了一些区域性学生组织。例如，江苏武（进）（丹）阳学生会计划“设本部于武阳，设支部于海内外各地，凡武阳学生均联为一气”
。南洋公学退学生殷次伊、南菁学堂退学生蒋维乔分别在常熟、常州设立教学同盟会和修学社，“组织学界同盟，以立国民同盟之基础”
。专制制度建立在统治者掌握着组织严密的政治军事机器和被统治者的无组织状态之上，民众与专制政府对抗，并打破其政治垄断权的唯一有效手段，就是广泛动员起来，组成有机的整体。斗争的体验使学生敏锐地把握住这一关键。不过，这一阶段学生组织还比较少，许多学堂学生因此不能统一行动，导致斗争失败。
这个时期学生们大都还不能把激进民主思想立即转化为直接的反清革命行动。他们一方面认识到，“中国而二千年之专制帝国也，则血战终不可免”；另一方面又说：“使中国而立宪或共和也，则今日非血战之时代也。”
他们以共和反对专制，直接目的却只是要求在学校管理方面实行民主自治，争取平等待遇和若干自由权利。从接受革命思想到参加反清活动，他们还要经历一番刺激磨炼。学生们在斗争中特别强调“文明”“秩序”，不允许过火行为。当风潮兴起时，南洋公学、南京陆师学堂和浙江大学堂学生都“相戒无嚣张”，认为“文明人固不宜作野蛮事也”。有的还订立规则，出堂前施行谒圣礼，并向校方辞行，然后列队离校。这些言论和举动，正是进步势力的政治代表提倡“文明排外”“秩序革命”的表现，反映出新兴社会力量正力图塑造新的民族形象，与下层民众的自发斗争区别开来，向世界显示古老民族的光明未来。
学潮的兴起与扩大，引起社会舆论广泛而密切的关注。以中国教育会为代表的进步人士对学潮予以热情支持和积极赞助。1903年2月，《苏报》特辟“学界风潮”专栏，发表有关的报道评论，对学潮起了很大的推动作用。其他许多报刊也增加了对学界活动报道的比重，进一步扩大了学潮的社会影响。一些卫道士则指责学生“恃群滋事”，“真是可恨”
！《大公报》的一篇论说甚至咒骂学生为“丧失人格”的“学魔”，攻击学潮是“无裨于时艰，适以伤国脉”的“伪维新之运动”。
顽固势力想方设法企图阻止民主主义在学界传播。福州高等小学堂进步教习以“朝廷与国家之界说”命题作文，顽固教习指为“革命党语”，把题目改成“论自由之害”。
北洋大臣袁世凯1902年年初还装出一副开通的模样说：“自由民权实为世界文明之大势”，“苟中央政府能确立不拔，所谓自由民权者不特不足误国，且可利用之而得国家活泼之气象”。
到这一年年底，他却心有余悸地向清廷奏道：“大学堂聘用各教习，皆平素主张民权自由之人，若以此化导后生，则将来之祸，必更甚于戊戌！”
张之洞审查三江师范学堂师资时，也严格剔除主张民权自由的教习。有人还诅咒《苏报》学界风潮专栏“莠言乱政，在可杀之例”
。《中外日报》也一反常态，对学潮大加诋毁，引起进步人士的强烈不满。《苏报》专门撰文，针对其谬论逐条痛加驳斥，批评该报“以最顽固最无公理之积习，一括而有之”
。学界风潮像是巨石入水，激起层层波澜，表明它在当时已经对社会产生了重大影响，使民主与专制的政治较量愈演愈烈，加速了各种政治力量的分化组合。