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健康咖啡树所产的种子被取出后，经水洗、日晒、发酵、干燥和去壳，整个后制过程无缺陷，豆色应为蓝绿、浅绿或黄绿色，这都是健康的色泽。
水洗与半水洗的豆色偏蓝绿或淡绿，日晒豆偏黄绿，如果出现其他碍眼的色泽或斑点，即为瑕疵豆警讯。因为咖啡豆的前驱芳香成分——蛋白质、脂肪、蔗糖、葫芦巴碱与有机酸……氧化了或遭霉菌、真菌侵蚀，豆色才会怪异，既然化学组成变质了，咖啡的色香味也不会好，喝下去可能有损健康。
在显微镜下，健康咖啡生豆的各细胞内几乎满载脂肪、蛋白质等前驱芳香成分，但未熟豆或遭细菌入侵的瑕疵豆的细胞壁已呈空洞状或残缺不全，也就是前驱芳香物消失殆尽，不可能泡出千香万味的好咖啡。
在出口前，咖啡生产国会按照品管流程，筛除严重瑕疵豆，先以昂贵光学仪器剔除异色豆，接着以人工挑除瑕疵豆，以免烂豆太多，影响咖啡的味道。最新研究亦指出，瑕疵豆一旦氧化，前驱芳香物的含量就会明显低于正常咖啡豆，但是咖啡豆天然的苦涩物——绿原酸与咖啡因并不会因瑕疵豆的氧化而减少。也就是说，瑕疵豆的前驱芳香物减少了，而苦涩物不减反增，就会有浓烈的苦味。
咖啡玩家都知道，瑕疵豆无所不在，即使精品级生豆，也可轻易挑出漏网的瑕疵品。无所不在的瑕疵豆，是精品咖啡最大的梦魇。印度每年被淘汰而无法出口的烂豆，占年产量的15%～20%，巴西更达20%以上，近年各生产国的瑕疵豆问题，有愈演愈烈之势。
为何瑕疵豆越来越多？这与全球变暖、天灾虫祸加剧有直接关系。加上咖啡生产链远比其他作物复杂，瑕疵豆比率有逐年升高之势。咖啡从栽培、施肥、灌溉、采摘、去皮、发酵、干燥、去壳、运送等到储存的过程，都充满变量，稍有不慎就会变质，沦为烂豆。
生产链有多复杂？同一枝干的咖啡果子不会同时成熟，有些熟透的果子已掉落地面，有些则青涩未熟，徒增采摘困难。摘下的熟果子要立即运往处理厂，稍有拖延就会因发酵过度而酸败。即使在最短时间内送抵处理厂，去果皮后导入水洗槽进行发酵，脱去豆壳上黏黏的果胶层，若发酵时间太长，也会酸臭。接下来从发酵池取出带壳豆，冲洗干净，拿到户外曝晒干燥，也是一大变量，需采取渐进式脱干，干燥太快则豆壳迸裂，干燥太慢则豆子受潮，会遭霉菌入侵。
咖啡农必须忍痛挑除受潮、染菌或发霉的带壳豆，接着把无瑕疵的带壳豆入库熟成，最后再以去壳机磨去种壳，但若机器没校准好，亦会刮伤咖啡豆，进而感染霉菌。就连出口运送过程也危机四伏，咖啡豆的蛋白质与脂肪，常因仓库或船舱的湿度与温度太高，或周遭有污染物而变质腐败……足见咖啡豆的生产链，从上游到下游，必须过五关斩六将，经天助、自助，加上好运气，才能产出蓝绿色的零瑕疵豆。
根据国际咖啡组织（ICO）统计，2009年全球生产119,894,000袋生豆，按每袋60千克计，共生产了7,193,640吨生豆，如以公认的20%的瑕疵率来算（有偏低之嫌），2009年全球的瑕疵咖啡豆至少有1,438,728吨。
如何解读此数目？2009年世界第二大咖啡生产国越南，也不过生产1,080,000吨生豆。换言之，全球的瑕疵豆年产量，已超出越南咖啡豆年产量。即使是顶级蓝山或柯娜，也常见虫蛀豆或异色豆。由于咖啡制程变量充斥，出现大量瑕疵豆在所难免，精品业者只有面对它、挑除它、丢掉它，除此之外，别无他途。
全球最大咖啡生产国兼第二大咖啡消费国巴西，近年开始重视瑕疵豆的危害与耗损问题。据巴西公布的资料，每年被淘汰而无法出口的瑕疵豆，约占总产量的20%，大约800万袋，共48万吨。有趣的是，这批无法出口的烂豆，如果全是好豆，以中国台湾地区每年消费2.5万吨咖啡计算，至少可喝上19年。
资料显示，2010年，中国台湾地区进口的生豆、熟豆及咖啡萃取物总量达25,084,740千克（不含咖啡替代物与乳化剂）。也就是说，巴西瑕疵豆年产量是中国台湾地区每年咖啡消费量的19倍，令人咋舌。
悲哀的是，巴西无法出口的烂豆却转内销，悉数供应巴西国内市场，也就是巴西惯称的“PVA豆”；葡萄牙文“pretos”是指腐败的黑色豆，“verdes”指未熟豆，“ardidos”指发酵过度的酸臭豆。因此，巴西对瑕疵豆的定义是：发霉的黑色豆、发育不良的未熟豆，以及发酵过度的酸臭豆。
过去，巴西业者的廉价综合配方豆里，好豆不到50%，另外50%则以PVA豆充数，消费者稀里糊涂喝下肚。虽然至今仍无法证明PVA豆确实有害健康，但严重影响咖啡风味，难怪巴西街头贩售的“小咖啡”（cafezinho）一定要加很多糖才能入口，喝咖啡不加糖，在巴西被视为野蛮人！
2004年，巴西咖啡协会（Brazilian Association of Coffee Industries，简称ABIC）推动“好咖啡计划”（Program of Quality Coffee，简称PQC），大力倡导民众多喝好咖啡，并要求业者自律，尽量少用瑕疵豆，还规范综合咖啡添加的PVA豆，最多不得超过20%，以免民众喝太多而危及健康。这不禁让人担心，中国台湾地区卖的廉价的三合一或综合咖啡豆，里头到底添加了多少瑕疵豆，巴西当局已正视此问题，我们呢？
近年来，巴西科学家不遗余力研究PVA豆，并以“电子鼻”，也就是气相色谱质谱仪（Gas Chromatography-Mass Spectrometry，简称GC-MS）检测瑕疵豆的气味，终于归纳出PVA豆可供辨识的挥发性成分，让精品业者对瑕疵豆有了进一步认识。
坎皮纳斯州立大学（Universidade Estadual de Campinas）的科学家指出，颜色正常的零瑕疵生豆，散发着青草、水果及甘蔗的清甜香气。生豆悦人的香酯与香醛（floral aldehyde）成分，一旦变质或氧化，就成了瑕疵豆，其“体味”既杂且呛。
根据“电子鼻”归纳结果，未烘焙的瑕疵豆，明显比正常豆多了十几种“呛鼻”挥发气味，包括2,3,5,6四甲基吡嗪（2,3,5,6-tetramethylpyrazine）、羊油酸（hexanoic acid，亦称己酸）、丁内酯（butyrolactone）、2-甲基吡嗪（2-methylpyrazine）、2-甲基丙醛（2-metilpropanal）、3-羟基-2-丁酮（3-hydroxy-2-butanone）、3-甲基丁醛（3-methylbutanal）、2-甲基丁醛（2-methylbutanal）、己醛（hexanal）、癸酸乙酯（ethyl decanoate）、异丁醇（ethyl-isobutanol）、丁醇（1-butanol）、乙酸异戊酯（isoamyl-acetate）、乙酸异丁酯（isobutyl-acetate）、1-羟基-2-丁酮（1-hydroxy-2-butanone）、乙酸己酯（n-hexyl-acetate）等。
然而，这些气体多半未达人类嗅觉能辨识的最低浓度门槛，因此人鼻未必能闻出端倪，但对灵敏的“电子鼻”而言，却是百味杂陈，臭味熏天。
至于烘焙好的瑕疵豆，也有特殊“体味”，在“电子鼻”前露了馅，瑕疵熟豆比正常熟豆至少多了几种辛呛气味，包括中深焙的羊油酸、2-戊酮（2-pentanon）、芳樟醇（β-linalool）、2-甲基丙醛、2,3-丁二醇（2,3-butanediol）、1-戊醇（1-pentanol）、正戊醛（pentanal）和己醛等。其中，己醛、羊油酸和2-甲基丙醛不但出现在瑕疵生豆里，也能在瑕疵熟豆中找到。
值得留意的是，普遍存在于正常生豆并散发水果香气的香酯、香醛和乙醇，在瑕疵豆中却走味了，取而代之的是这些芳香物的氧化产物，烂豆所含的2-甲基丁醛以及3-甲基丁醛，对咖啡风味影响很大，前者有刺鼻呛味但稀释后倒可容忍，最糟的是3-甲基丁醛，有股酸臭的粪便味。而3-羟基-2-丁酮也不好惹，它是水洗发酵时受细菌感染产生的酸臭味物质。另外，黑色烂豆独有的臭谷物味成分为2-甲基丙醛，烘焙前后皆有。
咖啡生豆的颜色中，蓝绿、翠绿、浅绿或黄绿色才属正常色泽，如果出现褐黄、红褐（蜜处理豆除外）、全黑、铁锈色、暗灰、绿斑、黑斑、白斑、褐斑或虫蛀，均为瑕疵豆。这表示咖啡树染病，或在后制时发酵过度、干燥不均、湿度太高，甚至被机械力刮伤，从而造成蛋白质、糖类、脂肪、有机酸和葫芦巴碱变质腐败，进而出现斑点或变色，这都是问题豆的信号。
生豆储存久了，色泽会从蓝绿逐渐褪为浅绿或褐黄，风味也会从当令鲜豆的酸甜水果调，老化为低沉无酸的木质味。如果储存环境太潮湿，豆色会变暗，甚至出现霉臭味。商用豆的含水率最好在10%～12%，最佳储存温度维持在15℃～25℃，相对湿度维持在50%～70%，在此范围内，生豆的酶最稳定，不致分解前驱芳香物。生豆含水率若高于12%，储存温度高于25℃，且相对湿度超出70%，就易感染霉菌，生豆里的酶也会加速分解脂肪、蛋白质和有机酸，而产生碍口的杂味。因此，高档精品豆进口时以真空包装为最佳，最好放进储酒柜12℃～15℃恒温保存或放进冷藏库，可延长保鲜期。
以下是常见的异色豆，除特殊封存处理的陈年豆仍属好豆外，其余异色豆若非老化就是变质，需剔除而后快。原则上，发酵过度会有酸败味，干燥过度会有木头味，受潮豆会有霉味。
斑点豆
受潮豆
狐狸豆（褐色豆）
黑色豆
屏东咖啡园 李松源／摄影
机械力咬伤豆
虫蛀豆
陈年豆是另类异色豆，虽然呈黄褐或暗褐色，不甚雅观，却是唯一美味的异色豆。陈年豆必须带着种壳，经过3年以上熟成过程。仓库的干燥与储存均有严格标准作业流程，使得陈年豆的有机酸熟成为糖分，而蛋白质和脂肪等前驱芳香物并未腐败变质，喝来醇厚甜美无酸，略带沉木香。但失败的陈年豆亦不少，喝来腐朽如“咖啡僵尸”。较知名的陈年豆有曼特宁、爪哇和印度风渍豆。
一般来说，越新鲜的生豆越翠绿，有机酸含量也越高，但台湾地区中南部怕酸不怕苦，烘焙商故意将新豆封存一至两年，磨掉酸味，豆色由绿转成枯黄，含水率从12%降到10%以下，也比较容易烘焙。如果保存得宜，并不算瑕疵豆，但有机物尽失，活泼风味老去，喝来钝钝的，只剩苦香和木质味了，一般用作平衡酸味的配方，无法作为精品豆。
最典型的霉烂豆，原因复杂，包括咖啡树染病、咖啡果子熟烂后掉落地面遭污染、水洗日晒发酵过度、干燥过程回潮染菌、豆体刮伤染菌氧化、虫蛀豆发霉变质等。黑色豆含有土臭素（geosmin），杂苦味与尘土味很重，务必挑除，破坏风味事小，影响健康事大。半绿半黑豆亦可归为此类。
美国农业生物工程师学会（American Society of Agricultural and Biological Engineers）2005年的研究报告《瑕疵豆烘焙后的化学属性》（ Chemical Attributes of Defective Beans as Affected by Roasting ）指出，瑕疵生豆的蔗糖、蛋白质与油脂含量明显低于正常豆，其中以黑色豆的蔗糖和脂肪含量最低。黑色豆与深褐色的酸臭豆所含的酸败物却高于正常豆，此乃发酵过度所致。另外，黑色豆的含灰量也最高，这表明黑色豆是最劣质的瑕疵豆。
千疮百孔的虫蛀豆很容易辨认，豆表常有瘀青状的小黑孔。咖啡树的害虫非常多，包括蜗牛、金龟虫、东方果蝇、咖啡钻果虫（coffee berry borer，学名Hypothenemus hampei）等，不胜枚举。目前为祸台湾咖啡园最烈的应数东方果蝇。母果蝇不但啃食果子，还在果肉里产卵，造成咖啡果子腐烂脱落，损失不轻。亚洲及夏威夷的咖啡庄园均饱受果蝇摧残。
然而，咖啡钻果虫比果蝇更凶狠，被全球咖啡农视为头号害虫，钻果虫看似黑色甲虫，源自非洲，特别喜欢侵袭阿拉比卡的果子，母钻果虫会从咖啡果的顶端啃进内层的咖啡豆，并在豆子上钻出一条直径小于1.5毫米的“产道”，将虫卵下在里面，灾情惨重的豆子，“产道”甚至多达五条。
由于豆子的组织已被破坏，用受创轻的豆子做出来的咖啡喝来没有香味和酸味，严重者则有霉菌感染发黑的腐臭味。钻果虫繁殖能力强，2007年，牙买加蓝山咖啡豆有25%遭钻果虫啃噬，灾情惨重。中国台湾咖啡园过去不曾见钻果虫，但2009年传出了钻果虫肆虐的消息。咖啡农又有场硬仗要打了。
又称酸臭豆，因色泽如同狐狸的褐色毛发而得名。采摘的熟烂果子或掉落地面的破损果子，很容易变成酸败的狐狸豆。如果气候太潮湿，咖啡果子在树上已开始发酵腐败，或是发酵池遭污染，都会产出酸臭的褐色豆。狐狸豆不仅豆表是褐色的，连内部也变质为深褐色，有臭味。这与正常的蜜处理豆，豆表沾有干燥且美味的褐色果胶是不同的，蜜处理豆的内部仍为正常的淡绿色或黄绿色，大家可别将蜜处理豆误认作狐狸豆。
颇为常见，包括黑斑、褐斑、白斑、绿斑。干燥不均或带壳豆迟延干燥，过度发酵，容易出现黑斑和褐斑豆。而白斑豆又称玻璃豆，一般指生豆受潮，含水率过高，引发生豆酶的萌芽机制，豆色呈暗灰色甚至出现白斑，豆子偏软，做出的咖啡喝来有肥皂味或朽木味。
绿斑豆亦常见。新鲜豆的绿斑因与豆子色泽相近，不易被察觉，但枯黄豆则因色差而更易被挑出，一般指豆体受伤、受潮或被虫蛀，而出现氧化变质的斑点，看起来有点恐怖，杂苦味不输全黑豆。另外，生豆被去壳机刮伤处也会出现生锈的颜色。
臭豆一般指发酵过度，内部已腐烂但尚未影响外表的瑕疵豆。外观并无异状，豆色偏黄褐色，但切开豆子，里面已腐烂发出恶臭味。较先进的产区以红外线光学仪器筛豆，可辨识臭豆并予以剔除，但靠人眼挑豆，很容易有漏网之鱼，为害质量。
很好辨认，豆表有一层白色绒毛或呈白粉状，很恶心，这是储藏环境太潮湿所致。发霉豆从白到黑都有，也含有土臭素，杂苦味重。
与狐狸豆不同，咖啡豆遭真菌感染，豆表会出现粉末状的褐色小斑块，且会越来越大。更可怕的是，真菌的孢子会传染给其他咖啡豆，因此发现真菌感染的豆子务必剔除。
虽然豆色不雅是瑕疵的警讯，但仍要慎防绿色陷阱。也就是说，豆色为正常的蓝绿、淡绿或日晒豆的黄绿色，外观无异状，并不表示豆子没问题，务必用鼻子闻一闻，有没有漂白水味或碘呛味。
带有刺鼻化学味的生豆，光看外表不易发觉有异，用一根尖长的取豆勺，插入麻布袋抽取生豆，观色闻味，发觉有化学味可直接退货，不必杯测了。生豆的漂白水味道主要是水洗发酵不当，有机酸变质腐败所致，如果冲泡来喝，会有呛鼻的漂白水味和咸酸味，少喝为妙。
大宗商用豆的进口商常遇到绿色陷阱，国外不良豆商常在一货柜生豆中混入几袋外观鲜绿（据说可用化学药剂染色增艳）的豆子，浑水摸鱼，因此验货时务必抽验每袋生豆有无药水味，以免被骗。
巴西海拔较低的日晒豆，外貌与豆色看来正常，却常有股不雅的里约味（Rioy），轻则有碘呛味、酚味或药水味，重则有股受潮的霉臭味，闻来像是地下室潮湿的霉呛味。一百多年来，里约味一直困扰着全球的咖啡买家，过去以为是土质或发酵过度所致，但近年来，微生物学家用显微镜在实验室观察发现，里约味是生豆感染霉菌造成的。
1990年，美国化学学会（American Chemical Society）出版的《农业与食品化学期刊》（ Journal of Agriculture and Food Chemistry ）中一篇由雀巢研究中心科学家撰写的研究报告《咖啡生豆的里约恶味分析》（ Analytical Investigation of Rio Off-Flavor in Green Coffee ）指出，里约生豆严重感染了曲霉（Aspergilli）、镰孢菌（Fusaria）、青霉（Penicillia）与乳酸杆菌（Lactobacilli）而产生2,4,6-三氯苯甲醚（2,4,6-trichloroanisole，简称TCA），是里约恶味的主因。
其实，不只巴西劣质咖啡有里约味，中南美洲和非洲生豆感染了这些霉菌，也会产生陈腐的霉腥味，虽然生豆外观不易察觉。研究发现，只要在每升美味的咖啡液里加入1～2克的2,4,6-三氯苯甲醚，就会出现恼人的里约味。
有趣的是，葡萄酒也有里约味，但被称为软木塞味，近年葡萄牙与西班牙的许多软木塞工厂因感染霉菌，造成昂贵的葡萄酒出现腐败的软木塞味，而吃上国际官司，闹得不可开交，祸首就是霉菌。
最常见的绿色陷阱当数未熟豆“奎克”（quaker），常令烘焙师气绝，因为生豆外观并无明显异状，不易事先挑除，却常在烘焙后现出原形。豆色浅得出奇，不管怎么烘焙都无法入色进味，挑出这些碍眼的浅色豆，会发觉它们轻飘飘的，密度明显偏低。入口咬一下，会有生谷物味、土味、木屑味、纸浆味或涩感，却无丝毫甜感，这并非正常豆的味道。因此，烘焙师在冷却盘里看到未熟豆“奎克”都会挑除，以免破坏咖啡风味。
未熟豆产生的原因有二，最常见的是摘到未成熟的青果子，其次是土壤养分不足或施肥不够，造成果子营养不良，不易成熟。不论是太早摘下的未熟果子还是无法成熟的咖啡果子，均可归类为未熟豆。未熟果有时可经水槽浮力测试，剔除漂浮果，有时却如正常红果子一样沉入水槽，不易挑除，相当麻烦。
即使刨除种壳，未熟豆也不易以肉眼发觉。一般来说，未熟豆颗粒较小，豆表较粗糙，有皱纹且银皮较黏，豆体向内凹陷明显，豆的边缘较薄，豆色偏淡，但有时未熟豆看起来又与正常豆无异，必须烘焙后才现出不易着色的原形，直到包装前的最后一关才被揪出来。
为何未熟豆在烘焙过程中不易着色？这不难理解，因为未熟豆的糖类、碳水化合物、脂肪和蛋白质含量太少，烘焙时的褐变反应，也就是焦糖化与梅纳反应无法顺利进行，所以不易入色，也不易衍生饱满的香气与滋味。据笔者经验，日晒豆出现未熟豆的概率远高于水洗豆，这与日晒豆多半未经水槽剔除漂浮豆有关。在杯测实务上，如果尝出青涩感，则表示这批豆子的未熟豆比率不低。
读者不妨做个小实验，将咖啡豆分成两组，一组的“奎克”未剔除，另一组的“奎克”全数剔除，再进行杯测比较，很容易喝出含有未熟豆的一组，杂味与青涩感较为明显。未熟豆quaker是杯测术语，顾名思义，是不是因为喝了含有“奎克”的咖啡，会皱眉“颤抖”而得名？耐人寻味。
从生豆中筛除的黑豆、褐色豆、绿斑豆、白斑豆、未熟豆、酸臭豆、虫蛀豆和缺损豆，不必急着丢掉，不妨集结成瑕疵豆总汇，烘焙后杯测时，可与精品豆并列受测，一来可成为最佳教材，二来可增加学员的自信心，因为烂豆总汇的恶味很容易被学员揪出，增添杯测乐趣。
杂苦、泥巴、咸涩和酸败味的总和，就是瑕疵总汇的味道，难以下咽，因此“超凡杯”（Cup of Excellence，简称CoE）与美国精品咖啡协会杯测赛，均把“干净度”列为评分要项，一杯咖啡只要有一颗黑豆或酸臭豆，就足以毁了这杯好咖啡。咖啡豆不健康、后制处理与运送过程有瑕疵，均会造成咖啡的脂肪、蛋白质、有机酸和糖类变质，衍生不干净的杂苦味。唯有零瑕疵才能符合干净度的标准，产地咖啡的地域之味才能在没有杂苦的干扰下显现出来。不干不净的瑕疵豆是精品豆的最大杀手。
精品级与一般商业级咖啡的最大区别，在于前者已尽量剔除瑕疵豆，后者则充斥瑕疵豆，售价越低，烂豆比率越高，杂苦味也越重，不加糖难以入口。瑕疵豆在烘焙前很容易辨识，一旦进炉烘焙后，就不太容易认出，这也让投机者有了掺混的空间。
如果你买的熟豆价格很低，杂苦味特重，那么，你可能是买到用烂豆充数的黑心咖啡了。为了避免喝进过多的瑕疵豆，建议咖啡迷最好购买生豆，在家自己烘豆子，因为瑕疵生豆很容易以肉眼看出并挑除掉，但熟豆就难了。
