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在20世纪四五十年代，关于自闭症的一些早期理论认为，儿童的问题可以追溯到父母与孩子早期关系的质量上。我们今天知道，家庭环境中的亲子关系非常重要，也是自闭症干预的重要力量，但它并不是自闭症的成因。比如，一个早期观点认为，自闭症儿童之所以性格内向，是因为他们没有从父母（尤其是母亲）那里得到足够的爱与关注。你可以想象，这种判定对已经吓坏了的父母来说，无异于在伤口上撒盐。这是一个典型的用相关代表因果的错误。虽然在个别的案例中，父母有时候会因为心理压力过大而不管孩子，但他们这样做是因为无法从孩子身上得到回应和理解。换言之，父母的逃避是果，不是因，这与早期临床医生关于“冰箱母亲”
的推测，正好相反。
从20世纪60年代起，关于自闭症的生物学和遗传学病因理论开始流行。一个重要的转折点是1977年发表的双生子实验研究成果。在那项具有里程碑意义的研究中，科学家们走遍英国，找出了21对同胎中至少有一子患有自闭症的双生子。研究比较了拥有几乎100%相似遗传基因的同卵双胞胎和拥有约50%相似基因的异卵双胞胎患自闭症的概率，发现同卵双胞胎比异卵双胞胎更容易罹患自闭症。事实上，接受研究的异卵双胞胎中没有一对双生子同时罹患自闭症，但同卵双胞胎同时罹患自闭症的风险概率为36%。与今天的研究相比，该研究的样本量很小，但其结论却成功地推翻了“冰箱母亲”假设，并突出了遗传学在自闭症病因研究中的作用。
随后的一项双生子实验研究采用了新版的自闭症诊断定义，在方法上也克服了第一项研究的局限。这项研究证实了几乎所有同卵双胞胎中的两子都会同时罹患自闭症，从而进一步强调了基因对自闭症的重大影响。自这项开创性的研究以来，基因致病的相关研究层出不穷，有时甚至被过分强调了。实际上，现在我们知道，很多环境因素也会导致自闭症的产生。我们稍后会详细讨论这个问题。这里首先需要明确：亲子关系不会导致自闭症；基因起着很大的作用，当然，早期环境风险因素也起到了一定的作用。为方便起见，我们把基因和环境因素分开来讲，最后再合在一起讨论。