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中日两个战国时代虽然在很多方面高度相似，但也有很大的不同。
最大的不同，是日本战国时代出现了社会自治大潮。大多数乡村和一部分城市都实现了自治，民众学会了自我管理。这种现象，在中国中原王朝的历史上从来没有出现过。
如前所述，战国时代以前，日本的农村是由各级领主，或者说，是由武士阶层管理的，他们对农民的管理原本具体而细密。从南北朝到战国时代，天下大乱，普通武士离开农村参战，大名们也专心于战事，没心思管理地方。因此，他们对农民的唯一要求是按时把税赋交上来，别的都无所谓。
农民们没人管了，生活比以前自由多了，但是遇到事情，比如打架斗殴、财产纠纷，也没人出面处理了。有的时候，村子还会受到散兵游勇的骚扰。这就要求农民们必须自我组织起来，学会自我管理。
日本农村有一个长久的传统，就是在遇到大事的时候，大家来到村里的神社前面碰头商量（日语叫“寄合”）。在战国时代，因为自我管理的需要，这种碰头会越来越频繁，慢慢地演变成了一种叫“惣”
的组织。这个“惣”字，其实就是汉字“总”字的异体字，意思是大家会集到一起。有“惣”的村子叫“惣村”，有“惣”的乡叫“惣乡”，这就是日本战国时代的自治乡村。
用今天的说法，“惣”实际上就是农村的“自治委员会”。“惣村”的最高权力机构是村民大会，日常执行机关就是自治委员会，由村民们选出来的代表组成。在选举的时候，人们既要看他们的年龄、财富、才干，也要尽量从不同的村子或者村子的不同地点选出，以便能普遍地代表全村和各村的利益。
这个委员会的第一项职能，就是代表大家和领主协商全村一年交多少税赋。大家拟定一个方案，在神社面前集体签名，然后派人交给领主进行协商，这叫“百姓请”。
“百姓请”的内容通常包括要求“不入权”。就是以后我们会主动按照定额交税，因此，村子里的具体事务，您也就不用管了，不用再进入我们的村子。获得“不入权”以后，领主和武士就不能随便进村，当然也就不能随便增加赋税。
委员会的第二项职能，是内部税赋协商。领主同意赋税定额之后，大家再来到神社开会，商量具体谁家承担多少赋税。这是关乎每家每户利益的大事，通常要花很多时间公开讨论，有一家不同意也不能通过，一定得做到公平合理。
委员会的第三项职能是管理山林、水源等公共资源。为了避免纠纷，同一条河边或者一个盆地的几个“惣村”通常会联合起来，成为“惣乡”。
各村协商怎么维修水利设施，如何分配灌溉用水。哪个村到哪片山林打柴，野生的木材和竹子怎么分配。
第四项职能是司法。以前村子里发生了盗窃斗殴等事，都得由领主来处理。“惣村”成立之后，农民们获得“检断权”，自己来处理这些普通司法案件。
有了司法权之后，有些“惣村”甚至还拥有了“立法权”，它们制定了自己的“惣定”，也就是各村的“法律”，以便让村民们“有法可依”。“这种规制惣村生活的成文法1448年首先出现在近江浦生郡今堀乡。惣定由村落全体成员会议制定，前述管浦庄惣定由20名上层村民签名，规定审判要举行村落全体成员会议。”惣定一开始通常不过是关于村子如何开会等具体事项的“村规民约”，后来在一些地方演变成了“基本法典”。“最终发展到拥有行政、司法条文的包含检断权的惣定，带有作为惣村经营基础的基本法典的性质。”
自治通常都发生在国家权力薄弱或者缺失的地方。日本“惣村”在中国没有出现过，但是类似的农村公社在西欧中世纪却普遍存在。这是因为战国时代的日本和中世纪的西欧有很多共同之处：它们都处于封建制度下，都缺乏成熟的官僚系统，因此农民们必须要自我管理。
日本的“惣村”和欧洲的农村公社有很多相似之处，它们都以村民大会为最高权力机关，通常都自己处理内部纠纷和普通案件。
两种自治体的一个重要功能都是管理山林土地资源。“（日本自治村庄管理山林等资源）与西欧马尔克公社监督和调整耕地和草地的利用，使全体成员共同遵守在休耕敞田制下实行的强制轮作和强制放牧方式十分相似，共同体是作为承担经济职能的公共管理机构而发挥作用。”
日本和欧洲历史发展的这种相似性，背后反映的是人类社会组织方式的共同规律。“在社会缺乏基本的协调、联系的情况下，必然会要求形成某种组织形式来承担这种职能。”
不过日本的“惣村”和西欧的马尔克公社也有不同。欧洲的马尔克公社的内部关系更为平等。中世纪的庄园法庭继承了马尔克公社的传统，遇到纠纷时，领主和农奴都作为平等的成员出席法庭，“在这种法庭里，领主也仅仅是个提问题的人，判决者则是臣仆自己”
。这是基于欧洲从原始公社时代遗留下来的平等习惯。
而日本社会等级制一直根深蒂固，因此，在日本的战国时代，庄园领主、地头都不参加村民大会，村落共同体的司法权也仅局限于处理村民之间和村落内部的事务。惣村共同体成员内部也存在着明显的等级区分，这显示出日本惣村组织所具有的亚细亚特征，
也典型地说明了“日本介于中西之间”这一历史特点。
和欧洲历史相似的另一点是，在自治乡村的基础上，日本也出现了自治城市。这在东亚更是独一无二的。
战国时代，日本很多工商业城市成功地争取到了自治权，比如堺、平野、博多、桑名，以及京都的部分地区。争取的途径也和欧洲类似，即向领主上交金钱，购买到自治权。“自治城市在当时都是经济上较为富裕的工商业城市，统治者为了获取更多的收入而只好给予城市一些特权，允许其拥有更大的发展自由。堺就是以高额的贡纳换取的自治权利。”
日本的自治城市组织几乎毫无例外地都带有“惣”字，例如大山崎的自治组织被称为“惣中”“惣庄”，京都的自治组织被称为“惣”，石清水八幡称“惣町”。这说明日本自治城市的发展是建立在自治乡村的传统上的。和欧洲一样，自治城市的市长通常轮流担任，“大山崎的上下两宿老首领就是每年轮换，依次由紧随其后的宿老接替，然后从门阀町民中新吸收两人加入宿老”
。城市管理委员会通常以集体合议的方式处理市政。和欧洲巧合的是，日本很多城市管理委员会的成员都是36个，和欧洲一样，都是六的倍数。
和自治村庄一样，给领主交了钱，自治城市就获得了“不入权”，成为“守护不入之地”。也就是说，领主不能随便进入这个城市。
自治城市由此拥有了自己的司法权，对案件根据本城市的习惯和法令进行审判，只有与外界的纠纷才由幕府裁决。
许多城市甚至还拥有自己的武装力量，比如京都就雇佣没落武士组成自己的军队。
在日本的自治城市中，自治程度最高的是堺市
。堺市以其雄厚的财力组织了一支强大的雇佣军，并挖掘了护城河来保护自己。“通过对外贸易积累了大量财富的堺港，在其周围掘凿堑壕，雇用浪人，以防外敌。”
堺市甚至拥有货币的铸造发行权，并拥有专门维持治安的警察，因此成为战国时代日本最安全的地方。
这时期来到堺市的一位欧洲天主教传教士向本国政府报告说，堺市富庶而和平，像意大利自由城市威尼斯那样实行自治。
有了自己的军队，自治城市就有资本反对大名们对自己的勒索。1568年，一代雄主织田信长命令堺市交纳“矢钱”（军费）3万贯，堺市公然拒绝。当信长企图动武时，堺市议会致书另一个享有自治权的城市平野，呼吁平野与自己组成联盟，以武力抵御信长。正如羽仁五郎所说，这一举动说明战国时代的日本“甚至还有过近代自由城市共和制联盟的萌芽”。
不过和欧洲比起来，日本自治城市的权力是不完整的，而且自治城市在日本战国时代二百多个工商业城市中占比很小，远不及中世纪的欧洲。“日本自由城市的数量有限，而且城市的自由权利不够充分，……堺等城市居民不具有法律意义的人身自由权。”
这些都体现出日本式自治城市的局限性。
中国历史和日本历史的另一个重大不同，是日本历史上从来没有出现过中国式的农民起义。日本百姓远远没有中国农民那样的雄心壮志，他们不但没有推翻过任何一个天皇，也没有推翻过任何一届幕府。日本高层政治始终是贵族和武士阶级的游戏，普通民众从来没有参与其中。
当然，这并不是说日本民众没有发动过抗争。日本历史上出现过多如牛毛的“一揆”，这就是日本底层民众的抗争运动。
日本的很多汉字词语，用法与中国大相径庭，比如这个“一揆”。这是日本史书中常见的词语。“一揆”语出《孟子》：“先圣后圣，其揆一也。”就是说不论先圣还是后圣，衡量标准是一致的。到了日本，这个词却演变成了“一致行动”的意思，指的是日本历史上的民众暴力运动。
中国史学界以前一般都将“一揆”解释成日本的“农民起义”。但事实上，稍微深入观察一下，你就会发现绝大多数日本“一揆”和中国式的农民起义很不一样。中国的农民起义通常是以推翻政权为目标，要“杀到东京，夺了鸟位”，与当权者你死我活。但日本的“一揆”从来没有改朝换代的要求，它总是“很没出息”地为了一些具体的“小目标”进行抗争，强迫领主做出经济上的或者其他方面的让步。
中国的农民起义通常是走投无路的农民突然爆发，日本的“一揆”却往往遵循一定程序与规则。农民们遇到欺压时，往往聚集到神社，像“惣村”平时开会一样，商议提什么要求，怎么反抗。商量定了之后，撰写“起请文”，写明此次行动的宗旨，以及行动纪律，所有参与者签名后，将“起请文”焚化，把纸灰撒在神社前供奉的水碗之中，大家一起喝下去，这就是所谓“一味神水”仪式。然后，大家齐心协力，拿起武器，进行反抗。如果经过抗争，诉求得到满足，“一揆”便自行解散。
由此可见，“一揆”是一种有着明确目标的集体抗争，和中国式的暴动或起义很不一样。中国的农民起义通常是一种壮烈的赌博，成功者成为开国皇帝，王侯将相。但是绝大多数农民的起义都失败了，结果是被凌迟、被斩首，失去一切。但在日本历史上，“一揆”因为目标有限，手段也不太激烈，很多都取得了胜利，或者至少取得了部分成果。
日本历史上的“一揆”大致分两类。第一类是要求减免赋税的，通常称为“土一揆”。比如1461年，备中国新见庄的领主安富氏在灾年仍然横征暴敛，忍无可忍的农民聚集到神社，举行“一味神水”仪式，然后拿起武器，把安富氏驱逐出境。
另一种是反对高利贷剥削的，叫“德政一揆”。由于农民普遍贫困，很多人都借了高利贷，高利贷主的利息之高，让人无法承受。1428年，京都醍醐寺的农民不堪忍受高利贷压迫，揭竿而起，各地农民群起呼应。统治者不得不发布“德政令”，宣布不但归还农民三分之二的典当物品，五年以前所有借据还一律作废，起义队伍这才纷纷解散。大和神户乡的农民为了纪念这次胜利，在一块巨大的花岗岩石雕佛像上刻下了这样的铭文：“正长元年（1428年）以后，神户四乡无任何债务关系。”这座带着铭文的佛像至今仍然保存在奈良市区的柳生町。
因此，日本的“一揆”和中国的起义明显不同，却更像欧洲中世纪的农民起义。我们知道，欧洲的农民起义也经常利用原有的公社传统召集农民。和日本的“一揆”一样，欧洲的农民起义并不谋求推翻政权，而更像是一种社会运动，通常都有明确的有限的要求。1024年的法国布列塔尼起义，以恢复古老的村社制度为目标。1525年爆发的德国农民战争，主要目的是宗教诉求，为了增进“上帝的荣耀”，实现“基督教兄弟之爱”。远在997年，诺曼底农民举行过一次大起义。一位编年史家记载说，这次起义的原因是农民要“按自己的法规使用森林附属地和水源”。
日本的“一揆”和中国的农民起义之所以有如此区别，有两个原因。第一个原因是日本的政治结构是封建制的，各“国”或者“藩”处于半独立状态，互不统属，一地的抗争，很难蔓延到另一地，不便展开大规模的席卷全国的农民起义。黄仁宇说，虽然压迫严重，但“日本之地形、封建体制，以及乡士作主之地方组织，均使农民暴动无法像在中国那般高度展开。1637年岛原之乱，参加者无法取得流动性，致全部歼灭，即是一个显明例证”。
第二个原因是日本统治阶级对民众的压迫有一定限度，很少会完全把民众逼到墙角。从表面上看，日本的农民负担要远比中国沉重。中国历史上那些“行仁政”的时期，动不动就标榜十五税一、三十税一，也就是税率最低只有3%。而日本农民的负担如果仅从字面上看，则高得吓人，有“四公六民”或“五公五民”的说法：
日本土地税额之高，为历史家经常提及。正规之土地税（“年贡”）通常为收成之40%至50%（“四公六民”或“五公五民”），又有其他附加及杂税（“口米”“欠米”“小物成”“助乡役”）。
武士阶层对农民的压榨一直是很重的，
因此日本农民的负担确实高于中国很多王朝的初期，但通常低于中国大部分传统王朝的中后期。在中国历史上，一个王朝的中后期，因为政治腐败，不断征收各种附加税，实际税率通常会达到名义税率的数十倍。而日本农民的实际税率却通常低于名义税率。因为名义税率的基数是大米产量，而大米收获后土地上再种杂粮，并不征税。同时，两次检地相隔时间通常很长，这中间开垦的荒地是不用交税的。另外，中国的税赋征收，是政府直接对散沙化的个体民众，可以随便加征各种附加税费。而日本历史上大部分时期，是村庄整体交税，也就是说，农民是以集体对抗权力，赋税不能像中国这样随便加征。因此，学者们一般估计，日本农民们的实际负担低于三分之一，
虽然这个负担并不轻，但仍然不及中国很多王朝后期的农民。换句话说，中国农民的负担通常在王朝的早中晚期呈现越来越重的趋势，而日本的农民负担虽然沉重，但比较稳定，而这一点也和欧洲中世纪类似。欧洲中世纪的地租也非常稳定，英国一个庄园的地租可以长达两百多年不变。
日本农业劳动生产率较中国高，这使日本小农更有可能积蓄起一定数量的剩余劳动。据美国西里尔·E.布莱克等人统计，德川幕府时期日本许多藩生产的粮食，“一般比它们的农村人口消耗的粮食至少多出百分之二十或百分之三十”。中国农业劳动生产率较低，这就使中国小农可能积蓄的剩余劳动量远不如日本。即使在农产量较高的江南地区，小农仅靠农业收入维持生活的，“十室之中，无二三焉”。北方则“收获除先完官外，大率不足糊口”。
王家骅说，日本和欧洲一样，通过低烈度的抗争让社会保持大体稳定。“历史上但凡小共同体发达的社会，共同体内部矛盾极少能扩展成社会爆炸”。
而中国的体制，是让问题发展到极致才能解决，社会动荡次数少，但是烈度巨大：
日本幕藩领主榨取、剥削日本小农的恣意性，却稍逊中国的封建地主及其专制国家。……中国……地主阶级及其国家的残酷剥削，常常越过剩余劳动的界限，而侵入农民的必要劳动部分，以致破坏农民的简单再生产，甚至使其无以为生。日本则稍有不同，尽管史书上也有不少年贡增征、胥吏豪夺的记载，但幕藩领主的剥削显然存在一定的限度。……“逃散”“越诉”“强诉”和全藩大起义等形式的农民斗争，其基本要求都是减征年贡。对领地有限，没有中国那样强大的中央集权权力的各藩来说，每一次农民斗争都会引起强烈震荡。因而他们被迫经常对剥削率做自我调节，其调节幅度小而频率高。中国却不然，它可以凭借强大的军队与官僚机器镇压农民斗争，完全无视农民要求。非待大规模农民战争沉重打击或推翻封建王朝后，封建统治者才会调节剥削率，重建封建经济，因而调节幅度大，频率却低。但长期“杀鸡取卵”式的剥削和周期性的巨大社会动荡，却会造成惨重破坏，从而延缓了社会经济的正常发展。
日本的底层抗争运动“一揆”和自治组织“惣”在历史上还曾经结合起来，创造了一个“惣国”，即自治藩国，成为日本历史上一道独特的风景。
1485年，山城国藩主畠山家族内部发生内战，两派势均力敌，打起了持久战。他们各在控制区内设关征税，频频向农民强征粮草。这样一来苦了老百姓。民众日夜被骚扰，民不聊生。
山城国的民众结成了“一揆”，召开大会，“做出决议，要求（畠山两军）撤退”。谁要是还敢继续留在山城国，“一揆”民众将发起武装攻击。在强大的“一揆”势力威胁下，双方军队不得不撤退，1486年，“一揆”组织召开会议，制定了《国中掟法》，对南山城一带进行自治，自治区的最高机关则被称为“惣国”。由36名代表组成的自治机构为最高决策机关，代表们按月轮流处理政务（“惣国月行事”）。
“惣国”的出现，被认为是日本战国时代的一例特殊的“下克上”事件，直到八年后，幕府才击败山城“惣国”，结束了自治政府的运转。
战国时代的另一个近乎“自治”的藩国是加贺国。推翻加贺国传统统治的是“一向一揆”。所谓“一向一揆”，就是以一向宗的寺院为中心组织起来的民众反抗运动。1488年，加贺的一向宗教友以十几万兵力包围了加贺守护富㭴政亲所在的高尾城，富㭴政亲在破城后自尽。
加贺国从此成为“无主之国”，此后90多年间由一向宗信徒执政，使加贺国成了“百姓所有之国”，
农民的年贡负担比以前减轻。《总见记》中描述农民的喜悦心情说：“武家作地头事情难办，一向住持当领主可随心所欲度日。”
那么，日本的战国自治局面是怎么结束的呢？是由两个战国霸主终结的。