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在三大幕府时代当中，室町幕府的权威性不如之前的镰仓幕府和之后的江户幕府。这是因为足利尊氏得天下过于容易，缺乏根深蒂固的权力基础。“尽管足利家族出身名门又得到皇室认可，但他们一直未能积聚起足够的财富和声望吸引其他主要的武士家族追随其后。”
推倒天皇的事业是他联合各地大名共同完成的，他自身的兵力在联盟中并不占什么优势。尤其重要的是，反朝廷联盟成功过快，导致他没有机会进行“权力深耕”，即对各地大名进行强有力的削平，让他们发自内心地畏惧并臣服于自己。
万事有因必有果，短平快地获得的最高权力，基础并不牢固。因此，“足利尊氏获得‘征夷大将军’的称号，但他们的权力始终只限于京都及其近郊。在日本其他地区，地方封建主为控制尽可能多的土地而你争我夺”。
这种情况就导致成功之后，他必须尊重各地大名们的权力，与他们分享胜利果实，否则他们随时可能背叛。足利尊氏不得不任命战争中立下战功的领主充任各国的“守护”，也就是一“国”之主，授予他们税收权、司法权和行政权，更为重要的是，允许他们拥有各自的军队。因此，室町时期的大名们享有比镰仓时代更大的自治权。
“足利政权在建立之初就给予麾下大名极大的发挥空间，其治下的绝大部分地区处于大名的控制之下，幕府直辖的‘奉公众’只是管理很小的一部分，大部分军队也由大名指挥，具有高度的自主性。将军与大名之间实质上更像一种蕴含平等性的联盟，而非名义上的上下级关系。”
这种权力结构导致室町幕府的权威没能持续太久。一开始，将军凭借战争中结下的“战斗友谊”还能控制各地的领主，但是“数代之后，地区领主对将军本人的忠诚变弱，而上述权力使得他们独立起来”。
“地方守护们开始拥有越来越多的土地所有权，他们自行其是，服从还是不理会京都的指令，全凭自己的兴致。”
在室町幕府建立后的一百三十年里，各地大名至少表面上还尊重幕府脆弱的权威。日本人爱面子，不会公然反对将军的命令。直接导致幕府权威崩溃的，是日本历史上著名的“应仁之乱”。
应仁之乱是由于幕府将军的继承权问题引发的。室町幕府第八代将军足利义政很像中国的宋徽宗，从小对政治毫无兴趣，全力营造银阁寺，究心于茶道、作庭、书画，享受“佛系”的散淡生活。
这样一来，幕政自然一片混乱。特别是后来幕中因为将军的继承人问题，分裂成了两派。原来义政一直到二十九岁还没生出儿子，遂立了自己的弟弟当继承人。不料几年之后，又意外中年得子。他的妻子当然要立自己的儿子，弟弟当然反对，义政无力调和，大规模的分裂战争遂起。
应仁之乱是日本历史上最具破坏性的大规模战争，从1467年持续到1477年，时间长达10年之久。京都被战火烧成了灰烬。皇室和幕府在应仁之乱中虽然幸存下来，但只剩下一个徒有其名的空壳。
自此天下无主，各地武士争着称霸称王，“天地杀气满，山河战场多”。整个日本陷入长达一个多世纪的混乱，这就是日本史上的“战国时代”（1467年—1573年）。
日本战国时代的命名，完全抄袭了中国的战国时代。这并非只是文字上的巧合。这两个战国虽然隔了一千八九百年，却有很多相似之处。
首先，形成两个战国局面的原因大致类似。
中国之所以出现战国时代，是因为周王室对各地诸侯失去了有效控制。周代的分封制是建立在血缘关系上的，随着时间的推移，天子与各地诸侯的血缘联系越来越弱化，导致周天子对地方的控制力越来越弱，最后中央权威崩溃，在经历了诸侯争霸的春秋时代后，进入大国直接兼并的战国时代。
日本战国时代的出现原因也大同小异，如前所述，因为室町幕府的权威先天不足，对各地控制不力。数代之后，各地守护即尾大不掉，地方秩序逐渐瓦解。
其次，这两个战国时代都是一个权力重新洗牌的时代。
在中国的春秋战国时代，在上面，周天子控制不了诸侯，在各国，诸侯也控制不了自己的家臣。很多诸侯被自己的家臣推翻，所谓“弑君三十六，亡国五十二，诸侯奔走不得保其社稷者不可胜数”。春秋末期，姜太公的后代被齐国权臣田氏家族架空。公元前391年，田氏干脆把齐康公放逐到一个海岛上，“食一城，以奉其祀”。齐国遂由姜齐变为田齐。接下来，公元前376年，晋国的三个卿大夫干脆合伙把这个老牌诸侯国瓜分成了韩、赵、魏三国。这就是中国由春秋进入战国时代的标志性事件——三家分晋。
日本的战国时期也出现了类似的历史进程。从室町幕府后期开始，日本各地纷纷出现“下克上”事件，即诸侯的权力纷纷被家臣夺取。1507年，越后的家臣长尾为县杀掉了当地诸侯即守护上杉房能。1515年，安艺的豪族毛利元就杀掉守护代武田元繁。1549年，细川氏家族的实权被家臣三好长庆夺走，失去权力的细川晴元剃发隐居，郁郁而终。在“下克上”的过程中，一些出身社会底层的人成为大名。比如斋藤道三原本是一个卖油郎，后来成为武士。1542年他发动兵变，驱逐了家主，自领美浓国战国大名。
经历了频繁的“下克上”，日本各地诸侯大名进行了一次“大换血”，“到了16世纪末期，足利时代的所有大名几乎都被推翻，除了九州岛南部是个例外”。
这样一来，各地的诸侯从“守护大名”变成了“战国大名”，也就是说，从幕府将军那里受封得来的权力，变成了靠自己的实力夺取的权力。
事实上，战国时代频繁的“下克上”，有些可以称为“地方自治”或者说“民主政治因素”的产物，因为有些大名是家臣选择的。“即便是有着数代传承的旧武家，一旦对家臣统治失策，也很快就会被臣下中的有力之士夺去权势。然而，正如君主可以选择臣下一样，臣下也有权选择君主，并将自己的生命和财产托付与之。”
著名战国大名，甲斐国的武田信玄就是这样登上君主之位的。他的前任武田信虎武功赫赫，完成了甲斐国的统一，但是“恶逆无道，使得国中人民，甚至牛马牲畜皆愁苦不堪”，因此遭到家臣的流放，继而拥立信玄为武田家督。
两个战国时代的第三个相似之处，是它们都是一个改革的时代。
一部中国战国史就是一部变法史。李悝在魏国兴起改革大潮，吴起在楚国的变法轰轰烈烈，当然最成功的是秦国的商鞅变法。每一次变法，都会催生一个强国，每一次变法，都会引起周围国家的连锁反应。
日本的战国时代也是这样。大名们在激烈征战的同时，也在国内纷纷进行改革。因为战国时代的战争不是单纯的军事较量，更是综合国力的对抗。只有通过强有力的改革提高综合国力的大名才能生存下来，那些因循守旧的大名注定被吞并。一大批日本的“商鞅”“吴起”因此而起。
中国战国改革的第一个重点是实行郡县制，以取代世袭制。日本战国改革虽然没有做到这一点，但是各大名也全力进行集权，通过与家臣签订誓文、制定家法的方式，强化了对家臣的控制，并逐渐发展成江户时代的种种集权手段。这一点我们在论及江户时代时还要详细叙述。
日本战国各国改革的第二个重点是普遍进行土地调查（“检地”），以强化财政收入。和中国春秋战国时期的“初税亩”和土地国有化相似，各地大名们纷纷没收领地内的庄园，将它们收归己有。
为了查出隐瞒的田地，掌握人口资源，战国大名普遍实行“检地”，然后确定每个村庄的赋税定额。
改革的第三个重点是推行重农政策，大兴水利。战争需要消耗大量资源，为了给战争提供物资保障，战国大名纷纷推行重农政策，大力兴修水利。据统计，1467年—1596年间，日本全国共完成大规模水利工程16项。保存至今的“信玄堤”是大名武田信玄的杰作。在这些水利工程的促进下，1450年—1600年，日本水田面积由93.94万公顷骤然增至162.36万公顷，提高了72.8%。
战国大名改革的第四个重点是致力于发展商业。大名们从繁荣的商业中可以获得大量税收，同时还可以满足自己的奢侈品的需求。因此，战国大名几乎无不积极改善运输条件，保护客商安全，以发展商业。
比如天文十八年（1549年），近江国的六角氏宣布“乐市令”，免除市场税，允许自由贸易。山城国宇治乡甚至在《市场课役案》中明文规定，盗卖之人也可以公然在市场上交易：“于盗卖辈者，押置商卖物，可令注进。”盗卖者只要交纳入市费（“市场课役”），每人十钱，就可以堂而皇之地入市。
普通读者阅读中国春秋战国史时可能没有注意到一个事实，这个时代虽然战乱不断，但是经济却不断发展，商业活跃，城市繁荣，人口也一直在缓慢增长。日本的战国时代也是这样。
在战国以前，日本各地庄园遍布，庄民被限制在土地上。农民们一开始虽然是为了逃避赋役，投奔贵族的庄园，但是在庄园制稳定之后，领主们对农民的剥削也越来越重，农民们处于大小领主的直接管理之下，不得迁徙，要承受各级领主压下来的重重负担，稍有积余就被拿去，处于类似农奴的状态。
战国时代当中，武士们纷纷离开了农村去参战，天高皇帝远，对农民的剥削不再那么纤屑无遗。特别是战国实行检地之后，农民们的赋税固定下来，剩余完全归己，这就刺激了农民的劳动欲望。他们拼命劳作，四处开垦荒地，因为这些荒地的收入是完全归于自己的。有些地区甚至出现了三熟制。应永二十七年（1420年），出使日本的朝鲜使臣宋希璟在《老松堂日本行录》里记载，日本尼崎“农家秋耕田地，播大、小麦。翌夏刈之，旋即插秧，秋初刈之，复种杂谷，冬初刈之……一年三熟”。
农业出现繁荣，商业也是这样。
一方面如前所述，诸侯们努力发展商业，另一方面，没有大一统政权控制的社会，存在着很多权力根须扎不到的地方，也有利于商品经济的自发性增长。《日本经济史》中说，在集权型社会，经济和政治是捆在一起的，只有依靠权力才能发财，因此财富集中在社会上层，扩大了贫富差距，使社会整体的经济发展受到损害。“与此相反，权力分散的社会，特别是在政治与经济明显分离的社会，经济活动就是经济活动，不受政治的支配。财富不完全集中于社会的一个阶层，已成为更大的需要乃至经济发展的动力。……就日本来看，中世末期，以畿内为中心，商品交换和货币流通有一定的发展，市场在形成之中，商人活跃在各个市场周围，进行着富有生气的活动。”
《全球通史》中也说：
（战国）大名控制时期，经济迅速发展，对日本社会产生了重要影响。除手工业之外，农业也取得了重大的技术进步，国家某些地区的亩产量明显地增加了一倍，甚至两倍。生产率的提高使贸易更加繁荣，使物物交换转变成货币经济。15、16世纪，在各战略要道、沿海港口或主要寺庙所在地，城镇逐渐形成。
因此，在日本战国时代，一方面战乱不断，另一方面，经济出现了局部繁荣，出现了很多专卖市场，比如米市、鱼市，商品的流通迅速而繁忙。在大名相互攻伐的同时，日本的人口却仍然在增长。日本人口学家速水融推测，庆长到享保年间（1596年—1736年），日本人口增长率大致保持在9.6%—13.4%之间。