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任何事情都是有得必有失，太上皇依靠武士集团的支持获得权力，最终也付出了巨大的政治代价。
随着时间的推移，平氏和源氏在中央扎下根来，在政治中发挥的作用越来越重要。特别是地方上发生保元、平治两次重大叛乱，都是由平清盛率部平定。他战功赫赫，平步青云，位于人臣之首。他发现，有了刀把子的他要想获得更大的权力也很轻松。于是，他也效法历史先例，开始觊觎最高权力。
平清盛来到京都原本是要拥护天皇，但当他发现自己大权在握时，就开始操纵朝政，这在日本历史上是一个很常见的现象。……平清盛将他的女儿嫁给新的天皇，等他的儿子出生后，就逼迫天皇退位，然后自己以幼天皇的外祖父的身份进行统治。
苏我氏和藤原氏的历史再次重演，平清盛与皇室联姻，将女儿德子嫁给高仓天皇，1178年，外孙出生，第二年，平清盛就将不听自己命令的上皇后白河法皇幽禁于鸟羽殿，责令其“自今以后，不过问万机”。又过一年，平清盛就毫不客气地胁迫高仓天皇让位给刚满三岁的外孙，由自己来实际执掌政权。于是，平氏家族正式取代了藤原家族。因为平氏居住地是京都的六波罗蜜寺一带，
人们将平氏政权称为“六波罗政权”。
不过六波罗政权没能持续几年。平氏的迅速崛起，引起另一大武士家族源氏的嫉妒。平清盛病故后，后白河法皇任命源氏首领源赖朝出兵消灭平氏，1185年，源平两军在下关海峡决战，平氏大败，全军覆没，平氏一族葬身海底。
前门驱虎，后门进狼。扫灭平氏之后的源赖朝，又成为天下最有实力的人。源赖朝篡权比平氏还彻底。1192年，他从天皇那里得到“征夷大将军”的封号，遂以老家镰仓为大本营，建立起将军幕府，史称“镰仓幕府”。
日本幕府时代由此开始了。
幕府政治与以前的摄关政治、院厅政治的相同点都是架空天皇，但是也有很大区别。摄关政治、院厅政治一直是首都内部的政治斗争，权臣依附于朝廷而存在，生活在首都。而幕府则干脆把皇权晾在一边，在远离京都将近一千里的镰仓另立机构。
日本的幕府时代，从1192年持续到1867年，一共675年。不过这600多年中，并不是只有一个幕府，而是前后经历了镰仓幕府（1192年—1333年）、室町幕府（1338年—1573年）、江户幕府（1603年—1867年）三个时期。
镰仓幕府建立之初，主要统治地域在日本“东国”，即以镰仓为中心的日本东部一带。而天皇的朝廷所在的京都一带，称为“西国”。当时朝廷还掌握着西国的行政、司法大权。“承久之乱”以后，幕府才在全国建立起统治地位。出身武士的幕府将军源赖朝成为天下的掌控者，他的直接领地包括9国和散在全国各地的500多个庄园。他把他信任的武士家臣（叫“御家人”），派往全日本其他庄园充当“地头”，进行管理。庄园收入的一部分，归这些武士所有，“剩余的收入作为税收或是收益缴纳给贵族庄园主”。
因此，在镰仓幕府时代，日本还不是典型意义上的欧洲的封建结构，因为家臣对庄园只有管理权，而不是所有权。但是，将军与其家臣的主从关系，从镰仓幕府时代就已经牢牢建立起来了。将军要给他的家臣提供丰厚的收入来源，对于将军的这种“御恩”，御家人必须以“奉公”的方式回报，即平时要负责值守保卫京都和镰仓，战时要率自己的全族舍身疆场。
镰仓幕府的建立，标志着钩心斗角、争夺权力的平安旧贵族时代的结束。原本地位很低的武士阶层终于登上了历史舞台的中心。武士们中大多数原本是中小领主，具有管理生产的经验，质朴刚毅，积极进取，崇尚以“忠君、节义、廉耻、勇武、坚忍”为核心的武士道哲学。因此，镰仓幕府建立之后，一扫旧时代高高在上的萎靡腐朽的作风，日本的政治经济出现了欣欣向荣的势头。
但这种势头刚刚冒头，就被忽必烈的侵日战争打断了。
1274年和1281年，忽必烈两次发动侵日战争。众所周知，元军最终是被所谓的“神风”（台风）打败的，但是这并不意味着日本人没有为这场战争付出代价。除了“神风”的帮助，各地武士也花了巨大的经费，付出了很多努力。为了抵抗元军，日本九州九国的御家人聚集到九州北部海岸，“甚至神社佛寺人员都争先恐后急驰而来”，组成为数万人的御家人军队，与在博多湾登陆的元军交锋。元军第一次失败后，幕府担心其卷土重来，下令在全日本征发六十五岁以下的成年男子充当预备役人员，举国上下整军备战，各地努力修建工事，在海边筑起坚固石垒，加强防御。七年之后，蒙古人再次杀来，不料就在全面进攻的前夜，船队再次被台风吹翻。
因此，元日战争导致日本各地武士领主付出了巨大的经济代价和人力代价，很多人濒临破产。
武士的忠诚和经济利益是直接挂钩的，武士道同样是建立在经济基础之上。《日本武士道》一书中说，虽然家臣对主人的效忠要先于主人对家臣的恩惠。但是，“武士在战场上勇敢作战，必然会要求对其战功行赏，否则会发生背叛。也就是说，武士道并不是无条件的奉献”。
是的，武士们虽然夸耀自己的忠诚，但是事实上他们甚至不关心幕府当中的将军到底是谁。在镰仓幕府首任将军源赖朝去世后，他的妻子北条政子就掌握了实权，并且将权力移交给了北条家族。也就是说，镰仓幕府建立不久，外戚就对幕府将军的权力实现了再架空。镰仓幕府虽然是由源氏创立，实际世代享受权力的却是北条氏。但只要自己的经济利益能够得到保障，武士们对这些并不在意。
武士跟随幕府作战的规矩，是前期经费自己垫付，战后要能够获得巨额奖赏，这是他们勇猛冲杀的动力。但是抗元战争本身没有任何收益，几年来的整军备战，又使得幕府的金库空空如也，北条氏家族根本无力赏赐御家人，只能眼看着一些御家人因为战争负债陷入经济困境。这就破坏了由“奉公”取得“恩赏”的幕府同御家人关系的经济基础。“参与战斗的人并没有获得胜利的奖赏，不满渐渐积聚，甚至寺院和神社也要求赏赐，宣称正是他们的祈祷引来了神风。”
“大多数旁系御家人则在为幕府征战和承担各种义务的过程中，因不堪经济上重负，出现了贫困化的趋势，他们对幕府无力实现对自己的保护的诺言十分不满，这样，昔日幕府的权威和号召力也就在心目中荡然无存，在一部分御家人中还迅速滋长起离心倾向。御家人制度出现瓦解的迹象，意味着镰仓幕府统治的阶级基础已开始动摇。”
对镰仓幕府的不满越积累越多，各地武士纷纷兴起改变现状的要求，只需要一根导火索。就在这样的背景下，试图有所作为的后醍醐天皇即位了。
后醍醐天皇是在1318年登基继位的。他是日本历史上另一个雄心勃勃的天皇，立志重振皇威，积极密谋倒幕活动。
1332年，朝廷联合各地方武士起兵倒幕。各地的御家人早就已经与幕府离心离德，很多人参加到倒幕军中。在御家人中，源氏家族的后代足利高氏也竖起反旗，1333年帮助朝廷攻陷幕府大本营镰仓，执权北条高时及其家族280余人均切腹自杀，历时一个半世纪的镰仓幕府统治就此告终，天皇一时夺回了大权。
按理说，后醍醐天皇是依靠各地武士获得成功的，自然应该论功行赏，给武士们慷慨回报。然而他一心恢复旧有的天皇体制，重新重用皇室和贵族，史称“建武中兴”。地方武士们被冷落到一边。包括在倒幕活动中厥功至伟的足利高氏，虽然表面上得到后醍醐天皇的特殊尊重，以至天皇甚至特意将自己名字“尊治”中的“尊”字赐给他，令他改名足利尊氏
，但天皇实际上对他并不信任，而是处处防范。
武士们对天皇的不满自然一触即发。足利尊氏也认为他的机会来了，遂于1335年（建武二年）宣布起事，率领天下武士们攻入京都，把后醍醐天皇软禁起来，另立光明天皇。足利尊氏获得“征夷大将军”称号，在京都的室町建立幕府，史称“室町幕府”。
不久之后，被幽禁的后醍醐天皇携带“三神器”逃到奈良附近的吉野，重建小朝廷，自称正统，这个朝廷被称为“南朝”。足利所立的朝廷被称为北朝，于是日本国土上出现了两个朝廷，这就是日本史上的“南北朝”（1336年—1392年）时代。
不过，日本的南北朝持续时间很短，由于此时室町幕府已经建立，无论北朝还是南朝，都不再是真正的权力中心。
第三代将军足利义满消灭了南朝，实现了全国的统一。因此，日本的南北朝只是日本历史当中的一个小插曲，和中国的南北朝意义完全不同。