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经济基础决定上层建筑。天皇掌握着天下土地和农民的时候，皇权当然最大。当农民逃入贵族的庄园，天皇手里所剩无几的时候，皇权当然就要被架空了。
日本幕府时代以前的古代政治史，一言以蔽之，就是一部天皇和贵族权臣争夺最高权力的历史。在大化改新之前，是贵族苏我氏掌握着大权。在大化改新失败之后，另一个贵族家族藤原氏从天皇手中拿走了权力，导致著名的“摄关政治”出现。
我们讲过，大化改新后一批新官员演变成新贵族，大化改新的“参谋长”中臣镰足就是其中的典型代表。被天皇赐姓“藤原”后，这个家族不断接受“职分田”“位田”“职封”“位封”等赏赐，因此获得了大量土地和劳力。这是藤原家后来成为权臣的经济基础。
当然，光有经济基础还不够，搞政治必须擅长玩阴谋。而藤原氏在玩弄权术上也有出众的天分。
鉴于苏我氏专权的历史，大化改新之后，日本皇室规定最高权力绝不允许皇室之外的人染指。即使天皇因为种种原因不能工作，权力也必须交给皇室中的其他人物而不是外姓大臣。686年，天武天皇在病榻上曾经下达命令：“天下之事，不问大小，悉启于皇后及皇太子。”
藤原氏却成功地突破了皇室的铁律，掌握了权力。其途径与历史上的苏我氏几乎一模一样，即通过与皇室联姻，取得外戚身份。
825年出任位高权重的左大臣一职的藤原冬嗣把自己的女儿顺子嫁给了皇太子正良亲王为妃，并且成功地生出了一个儿子，就是道康亲王。这是藤原家把自己的血统嫁接到天皇家族的第一步。
当然，日本历史上一直是“子以母贵”，皇后所生的皇子在继承皇位时占有绝对优势。因此，顺子虽然生了儿子，当时的太子却是当时的皇后嵯峨天皇的女儿正子内亲王生出来的恒贞亲王。
不过藤原氏有着足够的厚皮黑心和政治手腕。842年，通过著名的“承和之变”，藤原冬嗣的儿子藤原良房诬陷太子谋反，以莫须有的“谋叛罪”迫使天皇废掉了恒贞亲王，将自己的外甥扶上了皇位。这是日本历史上第一个有着藤原血统的天皇。藤原家族因此成为朝中第一家族。藤原良房以天皇舅舅的身份，掌握了最高权力，于866年正式获得“摄政”称号，即以人臣而摄天子之政。整个过程几乎完全复制自历史上的苏我氏。
当然，“摄关政治”的建立不可能一帆风顺。藤原良房死后，他的外孙清和天皇宣布亲政，试图从藤原家族手中拿回权力，结果很快就被藤原良房的儿子藤原基经以军事政变手段逼迫退位，让同样有着藤原血统的九岁的皇太子继位，即阳成天皇，藤原基经继续以舅舅的身份代为执政。结果几年以后，小天皇长大了懂事了，又不听话了，于是又被藤原基经找个理由废掉，选择了虽有藤原血统但年已五十五岁的时康亲王，使他成为光孝天皇。
为什么会找一个年纪如此大的人当天皇呢？因为时康亲王脾气好，老实听话，从来不敢乱说乱动。884年，他上任后，颁布了一道极为有名的诏书，从制度上奠定了长达二百余年的摄关政治的基础：
太政大臣（指藤原基经）为朕腹心，统摄内外，以分朕忧，万政颁行，悉以资之，百官奏事，为先咨禀，如此则朕得以垂拱而治，其各恪遵。
这道诏书的实际意思就是朝廷的一切权力归于藤原基经。诸位有什么事的话，就都去向太政大臣藤原基经请示，不要再随便来打扰我了。
除了年龄大，光孝天皇还有一个先天的弱点，就是他没有娶藤原家的女儿为妻，因此他的儿子们没有直接的藤原血统。天皇家族本来没有姓氏，因为天皇是神的后代，不是人类，不必有姓。但光孝天皇把自己所有的儿子都赐了姓，意思是不敢让他们成为天皇的继承人，在继承人问题上全凭基经安排，您完全可以不从我的儿子当中选。但基经最终还是慷慨大度地选择了光孝天皇的儿子定省。光孝天皇大喜过望，“召定省，右执其手，左执基经手，泣曰：‘大臣勋劳莫大，汝谨勿忘。’”。
定省登基成为宇多天皇后，自然同样很“懂事”，887年即位后也颁布了一道著名的诏书，诏书中说：“万事巨细，百官已总，均关白太政大臣（指藤原基经），然后奏上。”意思是大小事务都先报告太政大臣，然后再上报给我。
通过这道诏书，一个大名鼎鼎的官职“关白”诞生了。“关白”一词出自《汉书》，系“禀报”之意，在日本却由此演变成第一权臣的官名。
这两道诏书，为“摄关政治”的建立提供了法律依据，将藤原氏的地位固定了下来。从此之后，天皇必须由拥有藤原氏血统的皇子出任，藤原氏以外戚身份在天皇年幼时做“摄政”，在天皇成年后做“关白”。
如前所述，日本皇族结婚后，妻子仍然生活在娘家，丈夫晚来早走，生育的子女由外祖父家的人照顾。
小天皇是在外公家长大的，由舅舅和外公带大，和他们有很深的感情纽带。他们替外甥执政，看起来倒也“合乎情理”。由此藤原家的家政机关“政所”成了实际的朝廷中心，天皇的宫殿只剩下一些典礼功能。四个女儿都被立为皇后或者皇妃的藤原道长曾经写过一首和歌，表达自己的满意心情：
斯世我所有，一如我所思；
皎皎十五夜，满圆无缺时。
通过政治权力支撑，藤原家族的经济实力也不断扩张。到11世纪中叶，藤原氏的庄园占据了全国土地的十几分之一。右大臣藤原实资在他的日记中写道：“天下之地，悉成一家（藤原道长）之领，公领已无立锥之地矣。”
摄关政治起自858年，即清和天皇即位，一直持续到1068年，相当于中国的唐后期到北宋中期，一共210年。
为什么结束于1068年呢？因为这一年，一个没有藤原血统的天皇登上了皇位。
一百多年来，藤原家源源不断地把女儿们送进宫，让她们源源不断地生出新天皇。可是，到了藤原赖通一代，不知道为什么，一直生不出女儿。藤原家只好送了几位养女入宫，但居然也都没能生出皇子。
因此，1068年，没有藤原家血统的后三条天皇登上了皇位。他的父亲是后朱雀天皇，母亲是三条天皇之女祯子内亲王。这是宇多天皇以来，170余年里，第一个与藤原氏没有直接血缘关系的天皇。
没有了亲情纽带，天皇和藤原家的关系马上出现了转折。因为没有藤原血统，所以后三条天皇在成长过程中备受藤原氏的冷落。后来虽然被勉强立为太子，也不受藤原家的尊重。按照传统，皇子立为太子后，会得到一把传世剑“壶切”，作为东宫的象征，但当时的关白藤原赖通说什么也不肯将宝剑奉上，甚至还公然说：“纵虽正统，自非藤氏出，则不可得。”
后三条天皇即位时已经三十五岁，他智力出众，很有雄心，决心改变天皇被架空的局面，夺回属于自己的权力。“上性刚而仁，聪敏雄断。自在诸王时，每叹臣强君弱。……好学修德，究习国家故事，常切齿丞相，及即位，每事裁抑。”他性格刚强仁义，聪明有决断，还在当亲王时，就叹息权臣跋扈。他喜欢研究历史，痛恨摄关，所以一上台，就要限制权臣的权力。
然而面对藤原氏盘根错节的庞大势力，面对近乎成为定制的摄关制度，从哪里下手呢？后三条天皇脑筋急转弯，想到了一个办法：钻制度的空子，成为上皇。因为摄关制度管的是现任天皇，但是管不了上皇。
古代日本天皇制虽然效仿中国隋唐，但是太上皇制度却和中国不一样。中国的皇帝一旦让位成为太上皇，就失去了权力，甚至被软禁起来。但日本的上皇不然，作为继任天皇的尊长，仍然享有准天皇的待遇，比如呈送上皇和天皇的文书均称“上表”。上皇的“宣”也和天皇的诏敕具有同等的效力。在私人关系上，天皇每逢新年都要对上皇进行正式参拜，即“朝觐之礼”。
这显然也是贵族政治时代的集体决策制的遗留，说明日本移植自中国的君主独裁制还不够成熟。
于是后三条天皇在位四年就让位给儿子白河天皇，自己成为太上天皇。他意图金蝉脱壳，让出皇位却带走实权，绕过摄关体制来发号施令。他的儿子白河天皇后来也效法父亲，让位于年仅八岁的皇子（堀河天皇），自己成为上皇，然后设立了一个机构叫“院厅”，任命了自己的一个小班子来执行自己的决定。这样就形成了“院厅政治”。
当然，院厅政治不是灵机一动就能建起来的。院政之所以能行得通，关键在于天皇掌握了新的刀把子。
日本是岛国，没有防范外敌的持续需要，因此并没有建立常备军。直到大化改新后，才效仿中国，一度拥有了一支国家武装。然而班田制瓦解后，由于无力供养，国家军队也消亡了。
于是，武士团就成了各地唯一的武装力量。我们讲过，庄园制产生后，武力成为解决土地纷争的撒手锏，各个庄园都养起了武士。随着时间的推移，武士越来越专业化，因为“成为一个武士，费用不菲。马、盔甲和武器都很昂贵，并且需要长期的训练才能熟练使用。最基本的武器是弓和箭，要骑在马上使用”。要成为一个出色的武士，必须放弃其他职业，专心训练。因此，武士开始成为一种终身职业，甚至是一个家族的世袭职业。一般情况下，武士是以家族为单位，一家之长就是首领，父亲死了，长子继任。
正如同春秋战国时代侠客们可以随时更换门庭一样，在庄园时代，武士团也是流动的。哪个领主给的待遇好，地位高，就为哪个领主服务。与此同时，哪个领主拥有最多、最有战斗力的武士，也就意味着他在地方上最有势力。
在后三条天皇时代和白河天皇时代，天底下拥有武士最多的两个家族，一个是平氏，一个是源氏。
平氏和源氏原来都是皇族。原来，和中国历史上一些王朝一样，日本也经常遇到皇族繁衍人数过多，财政供养困难的情况。因此天皇有时会把一些子孙“赐姓”，“降为臣籍”，从天神家族降成臣民，不再由国家财政供养。从825年起，数代天皇将一些皇子赐以“平氏”“源氏”之姓，分赐到各地居住，大名鼎鼎的平氏和源氏家族就此诞生了。
虽然降为臣籍，但是身为天皇的后代，当然是有一些特殊待遇的。他们被赐予大量土地，并且通常被委任为地方官职，这样就成为各地最有势力的家族。他们以优厚的条件吸引武士为自己服务。地方上的武士也慕皇室之名，纷纷投奔，平氏和源氏因此成了地方上著名的武士领袖。
“到了11世纪，‘武士团’已经演变为大规模长期性的武装组织，分别在源氏和平氏家族的羽翼下结成同盟。……到了12世纪，源氏（有时也被称为清河源氏）已经在日本东部关东地区建立了根据地，而平氏（或称平家）则沿着京都以西的内陆海扎下了根。”
这样，平氏和源氏武士团就成了日本最重要的武装力量，以至地方上有动荡和叛乱，天皇也要请求武士团出手，加以平定。
平氏和源氏手下虽然拥有大量骁勇善战的武士，但是在摄关时代并不受重视，因为他们只是地方势力，与“高处不胜寒”的中央政治无缘，“在京都的皇室和贵族们的眼中，即便是拥有强大武装力量的武士首领，也不外乎是区区‘乡下野蛮人’而已”。
直到“院厅政治”的出现，他们才在政治上实现了崛起。
白河天皇成为上皇后，为了寻找权力基础，把眼光投向了地方上的武装势力，将势力强大的平氏武士团招入京城，以资保卫，称为“北面武士”。这样，各地的平氏武装都开始效忠上皇。不久之后，源氏家族也应召进入中央。对没有常备军的日本来说，太上皇掌握了全国最强大的武力，这个震慑作用是相当强大的。
“院厅政治”由此形成，接下来几代天皇登基后不久，都如法炮制，选择退位，成为太上皇，建立自己的“院厅”。上皇旨意称为“院宣”，权威高于天皇的诏令，“摄政”“关白”的名号虽然继续存在，但已经被架空，有名无实。白河上皇（1087年—1128年院政）、鸟羽上皇（1129年—1156年院政）、后白河上皇（1158年—1192年院政）以上皇身份共执政105年，这一百多年遂成为日本历史上的“院政时期”。