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按照日本神话，天照大神是日本天皇家族的祖先。
不过和我们想象的可能不一样的是，天照大神出生之后，并没有直接统治日本，她飞升到高天，继续当神仙。后来有一天，她的一个后代，第六代孙神倭伊波礼毗古命下凡来玩，结果发现人间的大米饭和生鱼片太好吃了，一吃就停不下来，吃了太多凡人的食物，失去了回到天界的能力，只好很委屈地成为大和王朝的第一代天皇，即“神武天皇”，开始以神的身份统治人间了。这一年是公元前660年，也就是中国春秋时代齐桓公争霸的时期。
这就是传说中日本历史的开始。
按照《古事记》记载，第一代天皇神武天皇在位76年，活到137岁。接下来的十来代天皇，也大多是超级长寿的老人，比如第六代孝安天皇享寿123岁，第十二代景行天皇竟然活到137岁。
因此，很显然，所谓早期天皇时代历史都是传说，不是真事。连早期日本史学家都懒得给他们编更多的故事，从神武天皇往下的八代天皇，
在日本历史上被称作“阙史八代”，因为史书上只简单地记载了他们的名字，以及诞生和即位的时间，没记其他什么事迹。
被虚构的不只是这八代，很多学者认为，第十七代履中天皇才是天皇史上第一个真实的人物。
履中天皇的即位时间，已经是公元400年了。也有一些人认为第十六代天皇仁德天皇是第一个真实的人物，而他的即位时间是公元313年。也就是说，日本天皇家族的真实历史，是一千六七百年，而不是传说中的两千六百多年。不过即使如此，也堪称世界最古老的家族之一了。
神话当然只是神话。真实的日本历史到底什么样呢？让我们从头讲起。
日本人的起源是人类学史上最复杂的问题之一。“在现代世界列强中，就文化和环境而言，最与众不同的当数日本人。其语言起源也位列语言学界最富争议性的话题。”
不光是语言，人种来源同样是众说纷纭。
最早的一批日本人有可能是走路来到日本的。因为日本原本和亚洲大陆是连在一起的。
在距离现代最近的三次冰河时期，由于海水大量冻结成冰，海平面比今天低了91.4米。
因此，日本列岛与大陆是连在一起的，至少北部北海道经库页岛与大陆相连。大陆上的人类追逐着各种动物，不知不觉就来到了日本。约在一万年前，冰河期结束，海平面上升，日本被海水隔开了，大陆来的这些移民在完全不知情的情况下成了最早的一批日本人。
也可能有些早期日本人是从海上到达的。日本列岛的土壤是酸性的，不利于保存骨质，因此长期没有发现早期人骨化石。不过，在今天已经属于日本的冲绳的碱性石灰岩地带，发现了九具人骨化石，被命名为港川人，距今一万八千年到一万六千年。“该人骨非北方人，与中国广西柳江人相似，如果研究属实，港川人与中国南方就有很深的渊源。”
他们到达冲绳后，有可能继续前往日本列岛。
由于日本文化与中国西南少数民族文化的诸多相似性，一些日本学者提出了“照叶树林文化论”。
所谓“照叶树林”，指的是具有类似山茶那样在阳光下闪闪发光的树叶的常绿乔木树种。这一说法认为由常绿乔木覆盖的地区，从喜马拉雅山脉南麓、阿萨姆、东南亚北部山地、云南高原、长江南侧（江南一带）的山地到日本的西部，文化中存在着很多共同要素，比如纳豆、糯米、鱼裹饭、草履、木屐、干栏式建筑、以水除涩的饮食习惯、对歌、兄妹为婚的神话等。有些学者还特别指出，中国云南的山地是照叶树林文化的中心地带。所以“照叶树林文化说”又称“阿萨姆——云南”起源说。
不论来源如何，在大海刚刚将日本与大陆分开的时候，日本原始人类的发展水平和大陆是同步的，都处于新石器时代，甚至还曾经一度领先。1960年，考古工作者在日本的一处遗址发现了几片碎陶片，经过碳十四测定，它们居然来自1.2万年前，这一发现震动了世界。因为这比世界上其他地方发现的陶器都要早很多年。
因此日本人烧制出了迄今我们所知的人类最早的陶器之一，考古学家把它们命名为“绳纹陶器”，因为这些陶器的共同特点是上面都有用绳子压制出的花纹。历史学家将从那时起的历史称为“绳纹时代”（也就是新石器时代）。
这一点非同寻常。因为陶器的出现，意味着人类开始定居——坛坛罐罐特别是较大的陶器带着不方便。在此之前，人类都处于游猎采集阶段，人类之所以两次走出非洲，也不是因为生性喜欢旅游，而是游猎采集、居无定所的生活方式决定的。
世界上其他地区的人类，都是在进入农业社会之后才开始定居并使用陶器的，而日本却是在进入农业社会前一万年就开始使用陶器。这是日本历史的一个引人注目的与众不同之处。
为什么其他地方的人还在四处奔波的时候，日本人却早早选择定居下来了呢？关于这一点，我在后面“日本人‘集团主义’性格是怎么形成的”一章当中还会继续进行论述。
因此，日本人的祖先看起来非常聪明而有创造力。但很不幸，分手之后不久，大陆上的人类发明了农业，接下来又相继发明了青铜器和铁器。这些发明在欧亚大陆上迅速传播，一个个文明古国相继兴起。
然而因为被大海隔开，日本人对大陆上发生的这些事一无所知，从公元前12000年起，一直到公元前300年，日本人一直都安安静静地处于绳纹时代，基本上仍然靠打鱼和采野果为生，烧制带绳子花纹的陶器，生活方式大致一成不变。
交流在人类文明成长中的重要性在早期日本身上以反面的方式体现得至为明显。
一直过了差不多一万年之后，中国进入秦汉时代，大陆文明的光芒才直接辐射到日本，第一次把日本从蒙昧状态中唤醒。这个时期中国出现了方士徐福带领三千童男童女东渡日本的传说。传说通常是历史事实的夸张变形。在秦始皇征服六国和秦汉易代的大规模战争中，很多中国人为了逃避战乱，逃到朝鲜。《三国志·东夷传》说：“陈胜等起，天下叛秦，燕、齐、赵民避地朝鲜数万口。”可能是在这波移民潮的压力下，大批朝鲜半岛居民去了日本，其中也包括一些先到朝鲜后来又通过朝鲜去日本的中国人。
日本也由此从绳纹时代，进入“弥生时代”（即铜石并用时代）
。所谓“弥生”，是指在日本弥生町发现的一种弥生式陶器，这种陶器与朝鲜半岛南部发现的陶器器形相似。经过一万年的停滞之后，在外来文明的刺激下，原始的“绳纹陶器”发展成了先进一点的“弥生陶器”。弥生时代的到来，标志着日本从原始社会跳跃式地发展，进入了农业社会。同时在人种上，绳纹人和弥生人也实现了融合
。今天的大部分日本人被认为是绳纹人和弥生人共同的后代。
弥生人来源于哪里，也是一个争议重重的问题。大多数人主张弥生人来自朝鲜半岛，但再进一步追问，朝鲜半岛的人来自哪里，又一次众说纷纭。
内田琉璃子在《日本音乐的寻源与泰国西北少数民族民歌》中说，日本音乐文化既有中国西南民族文化因素，也有阿尔泰语文化因素。“我早就认为日本的音乐之源主要有两条：其一是北方系统……即来自中国的西藏、蒙古一带。听到西藏牧民在马背上哼唱‘金马鞍’这首歌时，会因为它酷似日本的‘追分’而吃惊。在其发声方法、音乐风格以及四度结构的五声音阶方面都是那么相似，特别是集中力量拖长一个音的末尾并加以颤摇这种方式实在太相似了。……其二是南方系统，即中国南部，特别是以云南一带为中心的南方农耕文化之源。……我于6年间共计13周（约4个月）生活在泰国北部少数民族中。那时常常发现他们在食物、信仰、思考方式中，同日本有着惊人的相似。……听了克伦族的拉卡比大娘唱的歌后，因歌的表情和音阶全和日本相似，以至我产生了是日本农村大娘在唱的错觉。”
“照叶树林文化论”在日本一度影响很大。但是近年来，日本学界又兴起了“长江中下游起源说”。
这种学说的大致思路是，在中国长江中下游，生活着古越族人，又称“百越”。根据《汉书·地理志》颜师古注引臣瓒曰，百越的分布极广，“自交趾至会稽七八千里，百越杂处，各有种姓”。后来中原文化南下，古越族文化的覆盖地缩小，退缩到今天以中国西南为中心的地区。日本文化与中国西南地区文化的很多共同特点由此而来。
确实，日本很多早期的习俗和中国典籍记载的吴越一带习俗很像，比如中国吴越一带以捕鱼为生的人都“断发文身”，而《三国志·倭人传》中记载日本“男子无大小皆黥面文身”。两地文身的目的是一样的，即避免水中凶猛动物的伤害。吴越之人说文身可以“避蛟龙之害”，而“倭人”同样认为文身可以“厌大鱼水禽”，即驱避水中的大鱼和水禽。由此可见日本文化与中国吴越文化的联系。至于吴越文化到达日本的途径，有先跨海到达朝鲜半岛再到达日本的可能，也应该有一些中国人是从长江三角洲一带直接渡海而至。早期原始人类可能在绳纹时期即直接渡海到日本，佐佐木高明就认为“照叶树林文化”到达日本的时代很早，在绳纹时代就深刻影响了日本文化。
后来中国大陆越灭吴，楚灭越，秦灭楚，也可能导致拥有初步航海技术的吴人、越人、楚人跨海逃亡到日本，参与构成日本弥生文化。
日语的复杂性也证明了日本种族来源的复杂性。日语中既有阿尔泰语、阿伊努语等原始语言成分，又有南岛语、藏缅语、汉语吴语成分。分子人类学的研究证明，“猜测携带单倍群O的人群除了经由朝鲜半岛到达日本九州的线路以外，还可能有一条是从长江中下游沿海路到达日本琉球群岛或九州的路线。……弥生时代日本的主要人群迁徙是经过朝鲜半岛以及经海路抵达日本的大陆移民，途经朝鲜可能为其主要路线。……日本人群父系中约3%的Y染色体单倍群C3-M217和2%左右的单倍群N-M231就非常可能是在与东北亚的突厥语族、蒙古语族、通古斯语族的祖先人群在接触交流中所混入的，日本人及韩国人所特有的Y染色体单倍群O2b1-47z就是日韩人群共祖或混合的证据。”
关于日本人的起源，人类学界还会长期争论下去。不论如何，青铜器、铁器和水稻从大陆传入日本，这是毫无疑问的。弥生时代，水稻种植技术和配套的水利技术（水田技术）同时传到日本，让日本迅速从原始社会跨入农业社会。