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日本投降后，英、法、荷等老牌殖民国家纷纷重返东南亚。然而，当他们回到自己的旧日王国时，却发现这里早已变了天地。东南亚各国的民族主义组织在日据期间获得了极大的壮大，很多组织都拥有了自己的武装力量。在占领的后期，江河日下的日本当局为了获取当地民众的支持以便更好地阻击盟军的反扑，给予了东南亚国家名义上的独立，这也在一定程度上唤醒了东南亚人民追求独立建国的政治意识。在老牌帝国中，除了英国以较为开明的态度，通过协商与谈判为自己的殖民统治画上了句号，荷兰和法国都遭遇了新建立的民族主义政权的激烈抵抗，并陷入旷日持久的殖民地战争。
而此时的美国已经跃升为整个国际体系内的超级大国，它更多地将欧洲国家主导的殖民体系视为战后秩序构建的绊脚石。我们不难理解，对于美国而言，殖民地对欧洲宗主国的经济依附，无疑将妨碍美国建立新的自由贸易体系。更重要的是，在美国看来，如何遏制共产主义在东南亚的蔓延，才是当务之急，而欧洲殖民者与东南亚民族主义者之间的战争，只会为苏联提供向东南亚“渗透”的机会。正是在这样的考量下，美国才不断向荷兰施压，迫使后者同印尼共和国政府达成协议，印尼最终获得了独立。
然而，东南亚的区域一体化进程并没有随着殖民体系的终结而开启。尽管第二次世界大战让“东南亚”这个术语越来越为人们所熟知，但此时的东南亚并未成为一个真正意义上的“区域”。相反，冷战的爆发延续了地区内不同国家间的隔绝。
1949年，中国国内战争的结束，让“多米诺骨牌理论”在美国甚嚣尘上。为了防止下一块“多米诺骨牌”倒向社会主义阵营，美国开始将遏制战略扩展至东南亚。与此同时，法国逐渐在印度支那战场上处于劣势地位，如何填补法国撤出后印度支那出现的“权力真空”，成为美国政策界最为关注的问题。1954年7月，法国在国内政府倒台与战场失利的双重压力下，最终签署了日内瓦会议《最后宣言》。两个月后，在时任美国国务卿杜勒斯的推动下，美国联合英国、法国、澳大利亚和新西兰这几个西方传统盟友，以及菲律宾、泰国和巴基斯坦，在马尼拉召开会议，并签署了《东南亚集体防务条约》和条约议定书等文件，东南亚条约组织（SEATO）就此成立。
虽然被冠以“东南亚”之称，但条约的签订对于东南亚区域边界的确定以及区域的整合，却并没有过多助益。事实上，东南亚条约组织的成立进一步分化了东南亚国家。如果以我们今天对“东南亚”的定义作为标准，在东南亚条约组织的正式成员中，仅有菲律宾和泰国这两个“地道”的区域内国家。就地理范畴来看，条约虽然明确将柬埔寨、老挝和越南划入了保护范围，
但却没有提及区域内其他已经获得独立的国家，相反只是泛泛地使用了“东南亚的一般地区”“西南太平洋的一般地区”等模糊的表述。
在大国频繁干预的背景下，东南亚国家也做出了截然不同的外交选择。一边是泰国与菲律宾，它们将共产主义视为最主要的威胁，选择加入东南亚条约组织，借助美国的军事力量，保障国家与政权的安全。另一边则是越南民主共和国（北越），在拥抱共产主义意识形态的同时，主张通过武力革命的方式彻底清除西方国家在地区内的残余势力。而采取中间立场的则有印度尼西亚、缅甸和柬埔寨，这三个国家后来成为不结盟运动的成员。作为东南亚最大的国家，印尼一直主张奉行独立自主的外交政策，反对与任何大国缔结军事同盟。事实上，印尼政府从一开始就拒绝了杜勒斯关于建立东南亚条约组织的提议。
印尼还在1955年亚非会议的召开和不结盟运动的发起过程中，发挥了重要的领导作用。
一言以蔽之，今天已经被我们熟识且广泛使用的“东南亚”，实际上是一个新近的概念，同时也是一个外来的概念。在被创造出来后的很长一段时间里，“东南亚”仅仅是一个外部强加给这个地区的名称。正如有学者指出的，“东南亚”这个术语更多地是在向强大的西方命名者致敬，反映的是他们的认识，而不是那些被命名的、居住在这里的人民。 [10] 直至冷战结束前，外部力量始终对区域一体化的走向发挥着决定性作用。更准确地讲，大国间的博弈持续分化着东南亚，造成了区域内部的隔绝甚至是对立。
在谈及前殖民时期的东南亚时，著名学者王赓武写道，当时居住在这里的人民并没有意识到他们之间存在任何文化上的共性，他们也没有任何的“地区归属感”。 [11] 其实，同样的话也可以用来描述20世纪50年代的东南亚。尽管“东南亚”这个名称已经被创造出来，但真正意义上的“区域”是否已经形成？这仍是一个很大的问题。“区域”是否存在，最终还是取决于居住在这里的人民，取决于他们是否认为自己属于同一个区域。