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作为一个迟到的概念，“东南亚”的最终诞生与第二次世界大战的爆发有着密不可分的关系。1938年9月，英法两国在绥靖政策的指导下，签署了慕尼黑协定，将苏台德地区割让给纳粹德国，这一举动也让日本进一步确认了英法的软弱。协定签署的次月，日本就开始了南进行动，先后占领了中国的广州和海南，并进一步将目光投向了东南亚。如果从1941年7月日军占领法属印度支那算起，在不到一年的时间里，日本就从老牌帝国的手里夺取了后者经营了数十年甚至数百年的殖民地，将东南亚地区纳入了其所谓的“大东亚共荣圈”。
从一定意义上讲，日本对东南亚的占领，打破了欧洲殖民者统治下该地区的隔绝。日本甚至可以被称为“有史以来第一支将统治范围扩张到整个东南亚的政治力量”。在占领的早期，一些东南亚的民族主义者受到日本的迷惑，成为“大东亚共荣圈”的拥趸。1943年11月，大东亚国家大会在东京召开，菲律宾总统何塞·劳雷尔、缅甸总理巴莫，以及泰国总理代表旺·怀他耶功出席了会议。此前，从未有多位东南亚领导人同时出席过国际会议。 [5] 也正是受到日本的启发，一些东南亚领导人开始有了关于区域主义的思考。 [6] 然而，日本的权力巅峰也是其衰败的开始，1942年6月日本在中途岛战役中的失败成为太平洋战争的转折点。1943年8月，英美在魁北克召开会议，作为会议的一项成果，英美决定设立“东南亚司令部”，推进在缅甸、马来亚、印度支那的对日作战。司令部由蒙巴顿任最高统帅，史迪威任副统帅。
“东南亚司令部”的设立，被许多东南亚史学专家视作一个标志性的事件。尽管“东南亚司令部”的主管战区与今天我们理解中的东南亚仍有很大区别——没有覆盖菲律宾，却包括了斯里兰卡、马尔代夫以及今天印度的部分领土。 [7] 但正是该司令部的出现，让“东南亚”这个名词出现在世界政治版图上，并走进公众的视野。可以说，第二次世界大战的爆发，前所未有地让整个世界（特别是西方世界）将注意力投向了东南亚。正如历史学家霍尔写道的：
第二次世界大战前，东南亚是西方大多数人不了解的地方，它在印度和中国的对比之下完全失去了光辉。用印度以远地区或印度支那等术语去形容东南亚广大地区，而且用印度尼西亚或东印度群岛去称呼它的岛屿世界，这不但模糊了它的形象，而且也低估了它的重要意义。但现在，一下子情况完全变了……战后的世界已开始意识到东南亚了，这在过去是从来没有过的。
在霍尔看来，战争让西方人突然意识到，自己以及整个国家的切身利益原来与东南亚有着如此密切的联系：荷兰国民储蓄的很大一部分都投资到了印度尼西亚；印度支那的存在维系了法国在世界上的政治地位；而很多英国人的亲人曾在殖民政府工作，因为日军的突袭而成为俘虏，并最终死于日军的苦役。
这样的变化也带来了政治与决策阶层的变化，并推动了知识阶层的转向。1945年，美国国务院首次设立了东南亚事务局。相应的，学界也越来越多地将东南亚作为一个整体来看待，伦敦大学东方与非洲研究学院以及耶鲁大学分别于1946年和1947年开设了东南亚研究分支。 [8] 1955年，史学界也出版了第一本有关东南亚地区历史的专著——英国学者霍尔的《东南亚史》。 [9]