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卷二。大迦叶从禅定起，众中手牵阿难出，言今清净众中，结集经藏，汝结未尽，不应住此。是时阿难惭耻悲泣，而自念言，我二十五年，随侍世尊，供给左右，未曾得如是苦恼。佛实大德，慈悲含忍。念已，白大迦叶言，我能有力，久可得道。但诸佛法，阿罗汉者不得供给左右使令。以是故，我留残结，不尽断耳。大迦叶言，汝更有罪。佛意不欲听女人出家，以汝殷勤劝请，佛听为道。以是故，佛之正法五百岁而衰微，是汝突吉罗罪。
按： 释迦之门，初未许女人出家学道，及阿难请，而佛许之。是佛终不以重男轻女为然也。而大迦叶犹以此为阿难罪。
卷三。复次，是中有富那罗等六师，自言我是一切智人，与佛为对。及长爪梵志婆蹉姓拘迦那大等，皆外道大论议师。及长者尸利崛多，提婆达多，阿闇世等，是佛怨家，不信佛法，各怀妒嫉。有是人辈故，佛多住此。譬如毒草生处，近边必有良药。又如偈说：
譬如狮子，百兽之王，为小虫吼，为众所笑。若在虎狼，猛兽之中，奋迅大吼，智人所可。
诸论议狮如猛虎，在此众中无所畏。大智慧人多见闻，在此众中最第一。
以是大智多闻人，皆在王舍城故，佛多住王舍城。
按： 佛必与外道大论议师或怨家同处，此佛法之所以成其无上。毒草生处，必有良药，此义深远。大智慧人，必不因邪宗竞煽，异论嚣张，而为避人避世避地之计，如吾国隐逸之所为。隐逸者存退怯心，将孤陋自甘，其道不广。且使人间世遍植毒草，而良药将绝种也。
卷四。复次，如虚空，性常清净。人谓阴曀为不净。诸法亦如是，性常清净。淫、欲、瞋、恚等曀故，人谓为不净。
按： 阴曀本无损于虚空之本净。淫、欲、瞋、恚等曀，实无损于心性本净。学者但务去曀而已。孟子性善之旨，与般若根本不异。
卷六。复次，无量清净，有二种。一者，实有量，而于不能量者谓之无量。譬如海水，如恒河沙等，人不能量，名为无量。于诸佛菩萨，非为无量。菩萨无量清净智，亦复如是。于诸天、人及声闻、辟支佛所不能量，名为无量智。菩萨得无生道时， 惑染永尽，证见真常，是得无生道。 诸结使断故， 结者，谓一切惑染，使人锢蔽，如结缚不可解，故名为结。使者，谓人皆为诸惑染所役使，而不得自在，故复名使。佛氏所云惑染，儒者谓之己私，或私欲私意等等。 得清净智。问曰：若尔时已断诸结，成佛时复何所断？答曰：是清净有二种：一者，得佛时，余结都尽，得实清净。 结未尽时，不可得实清净智。 二者，菩萨舍肉身，得法身时，断诸结清净。譬如一灯，能除诸闇，得有所作。更有大灯，倍复明了。佛及菩萨断诸结使，亦复如是。菩萨所断，虽曰已断，于佛所断，犹为未尽。是名得无量清净智故，于诸法中意无挂碍。
按： 菩萨舍肉身云云，不必谓舍离此肉身也。于此肉身无有染着，便说为舍。孟子所云践形，正符此义。
卷七。诸菩萨禅定心调， 以禅定力，令心调和，不为结使之所扰故。 清净智慧方便力故，能生种种诸三昧。 三昧者，正定义。 何等为三昧？善心一处住，不动，是名三昧。 心离惑染，名善。心不随境迁流，名一处住。恒照恒寂，名不动。
问曰：多有坐法，佛何以故，唯用结跏趺坐？答曰：诸坐法中结跏趺坐最安稳，不疲极，此是坐禅人坐法。摄持手足，心亦不散。 中略。 复次，佛教弟子应如是坐。有外道辈，或常翘足求道，或常立，或荷足。如是狂狷，心没邪海，形不安稳。以是故，佛教弟子结跏趺直身坐。何以故？直身，心易正故。其身直坐，则心不懒。端心正意，系念在前。若心驰散，摄之令还。 孟子云收放心。 欲入三昧故，种种驰念皆亦摄之。如此系念，入三昧王三昧。云何名三昧王三昧？是三昧于诸三昧中最第一自在，能缘无量诸法。如诸人中，王第一，王中转轮圣王第一，一切天上天下佛第一。此三昧亦如是，于诸三昧中最第一。
卷九。如佛欲入涅槃时，语诸比丘，从今日应依法不依人，应依义不依语，应依智不依识，应依了义经不依未了义。依法者，法有十二部。 十二部经。 应随此法，不应随人。 传法之人，不必得佛法，故不应随之，而当于十二部经中直探法要。 依义者，义中无诤好恶罪福虚实故。 无字一气贯下。 语以得义，义非语也。如人以指指月，以示惑者，惑者视指而不视月。人语之言，我以指指月，令汝知之，汝何看指而不视月。此亦如是，语为义指，语非义也。以是故，不应依语。依智者，智能筹量分别善恶。 阳明云“知善知恶是良知”，义与此通。 识常求乐，不入正要。 识者，妄识，非正智故。妄识常贪着物欲，故云常求乐，此非真乐也。 是故言不应依识。依了义经者，有一切智人，佛第一。一切诸经书中，佛法每一。一切众中，比丘僧第一。如是等，是了义经。 下略。
按： 四依义最重要。余经所说，与此微有出入，兹不及检。