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1926年4月29日，第三次教授会议选举各系主任，余日宣当选政治学系主任。根据《清华学校组织大纲》，学系主任之职权为召集学系会议办理以下事项：一、编制本系课程；二、编制本系预算；三、推荐本系教授讲师教员及助教；四、审定本系图书仪器之购置及其他设备；五、保管本系一切设备；六、讨论本系教学及学生训育问题。各学系成立后，各系主任开始制订学程大纲，陆续刊登在《清华周刊》上。政治学系的学程大纲以英文拟定，现照录如下：
First Year :
Chinese………………3 hours
English………………3 hours
Modern history………………3 hours
Political science I………………3 hours
12 hours
Natural Science（Physics，Chemistry，or Biology）or Other Electives
Second Year :
Chinese………………3 hours
English………………3 hours
6 hours
Chinese Diplomacy………………3 hours
Comparative Gov't………………3 hours
Third Year :
Chinese Diplomacy………………3 hours
World Politics………………3 hours
Modern Imperialism………………3 hours
Elements of Law………………3 hours
International Law………………3 hours
Political Theories………………3 hours
Political Parties………………3 hours
Second Year （especially for 1926-27）：
Chinese………………3 hours
English………………3 hours
Chinese Diplomacy………………3 hours
Comparative Gov't………………3 hours
Municipal Gov't………………3 hours
World Politics………………3 hours
Natural Science ???………………3 hours
Far Eastern Gov't………………3 hours
Municipal Gov't………………3 hours
World Politics………………3 hours
Modern Imperialism………………3 hours
Natural Science ???………………3 hours
Fourth Year :
Chinese Diplomacy………………3 hours
World Politics………………3 hours
Modern Imperialism………………3 hours
Elements of Law………………3 hours
International Law………………3 hours
Political Theories………………3 hours
Political Parties………………3 hours
Constitutional History of England………………3 hours
N. B. Students in this Department must take at least six courses in Political Science and at least three courses in other Social Sciences.
这是一份高度模仿美国大学政治学课程设置的课程表。 [1] 由于一年级学生不分系，1926—1927年度政治学系学生只有二年级学生29人（该年度学生所学的课程为上表右上角所列部分）。就整个四年的课程来看，极少涉及中国政治。该课程表公布之后，引起清华留美同学的关注。留美同学会会长徐宗涑请吴景超、王化成、雷海宗、何运暄、胡毅等五人组织清华文科课程委员会讨论会，研究清华大学文科课程，要求于1927年5月1日前提出报告。吴景超等在报告中对政治、经济、历史、教育心理四个系的课程设置提出批评与改进建议。主张“清华大学的文科，其职务不只在灌输学生以欧美的智识。大学文科的教员，应与学生一同研究中国的问题，使中国的社会科学，将来有独立的希望”。其课程改进方案强调加强中国问题研究。他们将课程分为三个层次：数字代码为一百至二百之科目，为大学一二年级学生开设；二百至三百之科目，为三四年级学生开设；三百至四百之科目，带研究性质，愿习者须得主任教授许可。“对于研究中国社会之高深科目，多置于三百至四百中，以示该种科目，注重搜考而不注重演讲之意。”关于政治学系的课程，其建议的方案如下（注：下划“ ”者为原课程中所无而该委员会以为应设之课程）：
一百至二百之科目：政治学入门 中国法律入门（等于原文中之Elements of Law） 中国宪法 公民学 议院法
二百至三百之科目：西洋政治思想史 国际法入门 比较政府 政党 市政府 世界外交史 中国政府 欧战前中国外交史 现代中国外交问题 满蒙藏问题
三百至四百之科目： 中国政治思想史 中国政治组织史
原文中有Modern Imperialism今归于历史系。Far Eastern Gov't中关于日本的，可在“比较政府”一科中讨论，关于中国的，当另设专科教授，以示注重。Constitutional History今改名“中国宪法”，表示在该科中所讨论的，注重我们本国的宪法史，他国的往事，不过用以作参考比较而已。我们对于清华原定的政治系科目，有一根本的批评，就是他们对于中国的政治历史，组织，问题及现状，太未注意。我们所添设的课程，大半是矫正这缺点的。我们也知道，在现在这个时候，教“中国政府”，教“中国宪法”，的确是艰难，因为无教科书作根据，无现存的材料可以传给学生。但是这种艰难，是应该打破的，而负这种责任的人，便是堂堂的大学教授。我们希望于大学教授的颇深，同时更希望他们能逃避轮回教授的恶名，所以于讨论外国政治的科目之外，还加了一些更要紧的，讲中国政治的科目。
关于政治学系课程改革的建议，可能是由王化成提出的。1924年，时在美国明尼苏达大学读政治学的王化成就曾致函清华周刊，建议清华改设大学和增设中国社会科学。“美国大学，读政治者，除去普通学理外，大多是读美国中央政府，美国省政府，美国市政府。读书的是美国人，研究的是美国事，毕业以后，恰能用其所学！清华除去一礼拜四点钟之政治学一门外，别无政治课。所有者亦不过谈谈学理，与美国如何。中国什么样，是闻不到。我们在这儿不用说，还是念‘美国什么样’。回国之后，如若不自家下一两年工夫去研究本国的政治，差不多就不容易做事。问一句国情不知道。再问一句还是不知道。两三句话一谈，好的说洋学生不知国情，坏的骂一句‘洋鬼子’。我意清华应该首先增设中国社会科学，譬如政治方面，可有的课程如（1）中国政治学说。（2）中国历代政体的变迁。（3）中国现在政治的组织等等。其他经济学，社会学，无一不可照办。不过这种增设的课程，有两个条件：第一，要用科学方法，把材料organize起来；教授也得用西文课的教法（不是用英文）。第二，要好教习，中西学问俱好，而肯下功夫研究的中国的一班老先生是不适用。我承认他们有学问，不过他们不会教，不懂科学方法，不明新教授法。”
王化成上述观点触及西方社会科学输入中国后如何本土化的问题。1920年代初国内已有不少有识之士关注这个问题。1922年5月25日，罗家伦在致北大校长蔡元培的信中说：“留学政策，就现在泛滥的而论，殊属失败。自己的学术界程度与标准不提高，向国外剽窃是无用的。民族要有独立的思想，当有独立的研究，学风，方法，及材料之策源地。”
1925年9月，梁启超在《清华周刊》上发表《学问独立与清华第二期事业》，指出：“一国之政治独立及社会生活独立，俱以学问为之基础。”他告诫清华留美学生：“若仅以听受彼中校课自足，结果所学尽变成‘洋八股’，归来一无所用，且并不能得实习之机会以求所学之增益。故我同学在留学中，不容徒费全副精力以习彼国之实务而忘我国之实务，当常常注意其研究方法，思及回国后与本国实务接触，如何始能应用。”
在学生方面也有本土化的呼求。北京大学政治研究会会员邹德高、苏锡龄鉴于研究会同学所研究的东西，倾向于外国方面的多，认为“如果纯取法国外材料，完全舍丢我们本国固有的东西，无论研究的怎样详细，怎样精确，对于我国历史的思想变迁不明白，要想适用，仿佛是隔靴搔痒”。
1924年底1925年初，南开发生的“轮回教育”风波，更是引起学界关注。当时就有人批评道：“南大的教育，除了一两位视为不关重要的国文教员外，其余多是美国留学生，是年轻的留学生，而且是不懂中国国情的留学生。所以教授的材料，教授的方法，教授所用的语言，无一不是外国的，自然科学是如此，社会科学也是如此。至于中国的社会状况是怎样，中国大学教育的使命和方针应怎样，这些外国的教材等等对于中国国情的关系是怎样，中国青年所需要的教育是什么，中国青年对于国家所负担的责任是什么，他们一概不管，昏天黑地的把自己在外国所学的依样画葫芦抄来敷衍一回。干脆一句话，这些纯‘洋化’的留学生，硬拿外国的原本书塞进学生肚子里去，硬把外国适应的教育来教育中国人，中国的大学应当是这样的吗？中国的教育家的使命是这样的吗？社会上捐款助款给南大，为的是这样无益国家社会的教育吗？身受这种教育的青年们，不应当起来反抗吗？”
何廉于1926年6月初抵南开后，即前往北京、南京、上海等地，参观北大、燕京、清华、金陵、东南、复旦、交通、暨南、沪江、圣约翰及大夏等大学，仔细考察各校经济课程及其内容。他发现有两大缺点，一是多数抄袭美国各大学流行之课程，不加损益；二是所讲授者大抵全为欧美各国资料，本国情形反而不提。此种情形不独于经济学系课程为然，其他如政治学系及社会学系等课程，也是如此。
王化成等人的改革建议虽然迟至1927年10月初才在《清华周刊》上刊出，但在此之前可能早已递到清华当局者面前。1927年4月29日出版的《清华周刊》中对政治学系的现有教授及课程作了如下介绍：
现任教授：余日宣（主任）、钱端升、刘师舜、金岳霖。
专修课程如下：
入门：政府，民本政治原理
政治思想：西洋政治思想史，中国政治思想史，现代政治思想，国家学
政府：中国政府，日本政府，俄国政府，英国政府，美国政府，中国地方政府，英美地方自治，西洋地方政府，西洋市政管理，国家的联合政党
法律：法律概论，宪法，民法，刑法，商法，行政法
国际：国际公法，国际关系，中国外交史，中俄日外交史，中英外交史
1934年代理系主任王化成在《清华政治学系之概况》中提到：“本系课程，自兹年始，加以系统的整顿，分为各组，拟定预修课目，庶免趋难避易，躐等荡级之弊矣。”所指大概即上述情况。这次修改体现了几个新的特点。第一，对课程进行分类系统化，所有课程被分为五类。第二，增加了有关本国方面的课程，包括中国政治思想史、中国政府、中国外交史。第三，加重了法律方面的课程。在余日宣最初拟定的课程中，法律课程仅有法律概论和国际法，而且这两种课程也与政治学关系密切，此时则增加了民法、刑法、商法等纯粹的法学课程。第四，有关各国政府的课程大为增加。另外，这个课程表似乎存在因人设置的情形，其中政治思想类课程、政府类课程、国际类课程，可能是因为金岳霖、钱端升、刘师舜各自的学术专长而设置的。
1928年4月，政治学系将课程再作修订，调整了部分课程的学分与授课时间，增加了国际公法案例、外交学、西洋市政管理、比较政治、欧洲近百年史等科目，作为1928—1929学年拟设的学科。
但是这个修订方案并没有实施，因为1928年8月罗家伦出任清华大学校长，政治学系主任改由吴之椿担任，吴之椿对政治学系课程重新作了修订。
在吴之椿担任系主任之前，清华政治学系处于初创时期，教师较少，有的还兼任其他学系或外校的课程。当时北方政局动荡，教育界欠薪与索薪风潮时有发生，国民革命风暴又即将来临，导致教师队伍极不稳定。民国十五年至十六年度，清华教师分为研究教授、教授、讲师、教员等四种类型，而政治学系只有郑麐、刘师舜、钱端升等三位教授，郑、刘同时兼西洋文学系讲师，钱兼历史学系讲师。
1927年春季，钱端升开始在北京大学兼任教授，教政治和法律两系的宪法课。1927年4月29日出版的《清华周刊》中提及政治学系的现任教授为：余日宣（主任）、钱端升、刘师舜、金岳霖。
而5月份的《清华一览》则显示1927年上半年政治学系的教授为钱端升、刘师舜、余日宣，另有讲师陈复光一名。
1926—1927年度，政治学系主任余日宣出国休假。至1926年9月22日，系主任迄未举定，乃由教务长梅贻琦兼代。1927年春夏，奉系军阀入关，对教育界、报界人士极为横暴，钱端升乃避走沪宁，秋季应中央大学之聘，任政治系副教授。
1927年6月6日，校评议会上教务长梅贻琦出示当月4日外交部之部令：准温应星辞校长职，派余日宣暂行代理校长。但是，6月8日，北伐军进入北京。6月10日，梁启超对清华的局面有如下记述：“清华评议会许多议案尚未通过，新教习聘书一概未发（旧教习契约满期者亦尚未续发），而北京局面已翻新，校长辞职，负责无人，下学期校务全在停顿中。该校为党人所必争，不久必将全体改组。”
从民国十六年至十七年的各学系教师名单来看，政治学系的教师只有教授三人，即余日宣、苏尚骥和杨光泩。
但杨光泩不久就请假去了南方，1928年春任职于南京国民政府外交部。
可见国民革命北伐的浪潮对于地处北京西郊的清华学校也有不小的冲击，校中的政治学系亦受此影响。但是，这只是暂时的，与实际政治理应关系密切的政治学自然不会受到新主人的冷落。
[1] 以同一时期哈佛大学政治系的专业课程为例进行对比，可以看到这种类似性。当时哈佛大学政治系的本科课程有以下科目（这里列举部分）：Popular Government: Its History, Organization, and Practice；Principles of Popular Government；Political Though and Institutions；The National Government of the United States；European Political Institutions；State Government in the United States；Party Government in the United States；Municipal Government；American Constitutional Law；Elements of International Law；Nationalism in International Relations；International Government；Modern Imperialism。见 Harvard University Catalogue , Harvard University Press 1931, pp.292-295。就当时美国大学的普遍情况来看，据美国政治学会的调查，在200多所大学和学院中，有一半以上的学校将美国政治（American government）作为政治学导论课（Introductory Course）开设，其他的学校有的还将政治理论概述（Survey of Political Theory）、比较政府（Comparative Government）、一般政治问题（General Problems of Government）、公民（Citizenship）等作为政治学导论课。在导论课基础之上还有几十种相关的政治学课程。见William B. Munro，“Instruction in Political Science in Colleges and Universities，” The American Political Science Review , vol. 24, no.1,“Report of the Committee on Policy of the American Political Science Association”(Feb., 1930), pp. 138,141。留学法国的梁鋆立曾说：“试阅巴黎大学法科的课程表，哪里有什么‘政治学’和‘比较政府’的名称呢？（有的只是Droit Public和Droit Constitutionnel Compare）。至于‘政党论’、‘帝国主义研究’和‘现代国际政治’诸科目，大半是美国大学Graduate School所开的课程，只可算是美国货了。”（梁鋆立：《对于商务印书馆大学丛书目录中法律及政治部分之商榷》，《图书评论》第2卷第2期，1932年10月1日）也从一个方面反映了这份清华政治系的课程表具有美国化的特征。