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畜牧业的养殖过程中，由于养殖人民对环境保护的思想认识不透彻，大部分农民只注重经济效益，从未考虑对环境的影响，将养殖粪污随意排放，致使各种细菌滋生，导致各种疫病时有发生，排污处理设施欠缺，造成环境污染，扰乱和阻碍了人民的正常生活，从而制约了乡村养殖业的持续发展。
在我们国家，针对某些急性、烈性、危害性较大的传染病和地区性动物易感传染病制定了强制免疫措施，即区域性政府采购这些传染病疫苗，用于基层防疫，此措施大幅度降低了这些恶性传染病的发病率和死亡率。这项举措本着利民惠民的宗旨，为乡村的健康养殖业保驾护航，但是却让一部分养殖户产生了依赖心理，再也不愿意花钱去采购其他疫病的疫苗，只注射政府采购的免费疫苗。这恰恰让某些二类、三类动物疫病钻了空子。比如猪丹毒、猪细小、猪支原体肺炎、猪链球菌病、羊痘、羊脑炎、禽白血病、鸭瘟、小鹅瘟、传染性胸膜肺炎等，这些都是政府没有采购的专用疫苗，一旦发病传染非常快，疫情难以控制，会给养殖户造成重大的经济损失，有一些疾病还危害人畜健康，这严重制约了乡村养殖业的发展。
一些中小养殖户，对畜牧养殖只是一时兴起。看到村里的其他人发展养殖业富裕起来，就眼红，跟风发展养殖业，这些人不具备丰富的养殖经验，也没有先进的养殖理念，只看到养殖产生的利益，而看不到养殖的辛苦和风险，盲目投产搞养殖，经不起各种风险的打击，常乘兴而来、败兴而归，这也影响了乡村养殖业的发展。
有的乡村地区养殖技术十分落后，养殖水平还停留在老式传统养殖上。体现在：
（1）动物圈舍设计不合理，没有为动物创造舒适的生活环境和科学的生产条件，不利于畜禽养殖业发展。
（2）大多数防疫工作不到位，卫生条件脏乱差。很多养殖户为了节省成本，不注重各种疫苗的注射，在注射疫苗时候偷工减料；也不懂得圈舍内外消毒的重要性，甚至不给圈舍消毒。
（3）饲养管理技术欠缺，特别是动物生产期的护理技术不足，这不仅降低了初生仔畜的存活率，也会诱发母畜的产科疾病，影响母畜后续的配种和分娩。
（4）动物日粮搭配不合理，维生素及矿物质元素缺乏，致使动物发育不良，动物缺钙、腹泻、气喘等问题经常发生。
（5）常见疾病诊疗知识匮乏，遇到动物发病手忙脚乱，随意喂药，处置不当，最后病程延误，导致更加严重的后果，造成不必要的经济损失，这些都制约着乡村养殖业的发展。
动物养殖需要有一颗坚强的内心，不论动物发生什么情况，都要沉着冷静地应对。但是现在有的小型养殖户只考虑赚钱，从未预估风险，一遇到动物或动物产品的经济波动就担惊受怕，惶惶不安。俗话说“家有万贯，带毛的不算”说的就是养殖业是存在风险性和不可预估性的，告诉我们要防患于未然，坚定信念，不畏艰难。现在乡村部分养殖户对风险没有承受力也成了制约乡村养殖业的一大因素。
养殖业的发展需要较长的生产周期，需要养殖户掌握超前的科学养殖方法、目前市场的养殖现状、对养殖动物信息预测及对养殖市场的驾驭能力。但是乡村养殖，由于受到地域和基础条件的限制，有的偏远地区，交通不便利，信息不灵通，相对比较闭塞，再加上有的养殖户相对懒惰，并且文化程度较低，不关注养殖信息动态，得过且过，常盲目跟从，不能与时俱进，这也制约着乡村养殖业的发展。