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加快推进畜禽养殖废弃物处理和资源化，是贯彻绿色发展理念的必然要求，是加强生态文明建设的重要举措，它关系着广大农村居民的生产生活环境、关系农村能源革命、关系着我们能不能不断改善土壤地力、治理好农业面源污染，是一件利国利民利长远的大事。然而，长期以来，畜禽粪污已成为农业的主要污染源，大规模的畜禽粪污，虽是巨大的资源库，但处理不好，必然给环境和居民生活带来不利影响，因此，畜禽粪便要“还田”，必须经过“无害化”处理。
自然沉淀渗漏。目前农村的小规模养殖中，最常见的方法是把猪粪用水冲到大粪坑中，让它沉淀，一部分粪水渗入地下，粪渣沉淀到坑底，到冬季猪圈停止清理时，把大粪坑中的上部粪水抽走，流到大田或自然流失，再把沉淀挖出来，直接施到大田中。
这种方式的优点是农民可以卫生养猪，对减少猪的病害发生有好处，同时省工省力。其缺点在于：（1）在存贮过程中粪水下渗污染地下水，粪坑暴露在外，滋生蚊蝇，传播病害，污染环境；（2）对粪水、粪渣再利用的过程中，粪渣直接施入大田会产生二次发酵。
“三分离”即“雨污分离、干湿分离、固液分离”，“一净化”即“污水生物净化、达标排放”。这种模式是控制粪污总量，实现粪污“减量化”最有效、最经济的方法，适用于中小规模养殖户。
雨污分离将雨水和养殖场所排污水分开收集的措施。雨水可采用沟渠输送，污水采用管道输送，把养殖场的污水收集到厌氧发酵系统的进料池中进行后续的厌氧发酵再处理。
建设方案：建雨污分离设施的内容包括需要建设雨水收集明渠和铺设畜禽粪污水的收集管道，保证雨水与粪污水的完全分离。一方面，在畜禽养殖场厂房的屋檐雨水侧，修建或完善雨水明渠，尺寸据实际情况而定，一般为0.3米×0.3米；另一方面，在厂房的污水直接排放口或收集池排放口，铺设污水输送管道，将污水输送至厌氧发酵系统的调浆池或进料池中。
干湿分离即将畜禽粪便先收集到储粪池中，再用水冲洗猪舍，将冲洗水收集到粪水池中，再进行厌氧发酵，使猪粪与污水分开收集。收集起来的畜禽粪便，经过后续的固液分离可再次降低其含水率，便于再利用。
建设方案：建干粪收集池，基本尺寸为3米×4米×1米，可根据养殖场规模适当调整，购置粪污运输推车；建粪水收集池，基本尺寸为4米×10米×1米，可根据养殖场规模进行适当调整；完善粪污收集系统与厌氧发酵系统的衔接。
对干清粪过程所收集的畜禽粪便进行再次脱水，获得含水率更低的粪渣（含水率一般在65％以下），便于再利用；分离出来的粪水排往沼气池的进料池，进行发酵处理。
建设方案：建固液分离间，基本尺寸为4米×8米×3米，钢架厂房结构，四周建1米高围墙，半开放式，并购置固液分离机一台，用于分离干清粪过程所收集的畜禽粪便，分离机工作能力为10立方米/小时左右。
因场地所限，固液分离间建在地埋式沼气池顶部的混凝土地板上，注意做好沼气的防泄漏措施，沼气输出管道不得布置在固液分离间内。
生态净化系统主要由一个一级生态塘和一个二级生态塘构成。
生态塘建设方案：清除生态塘内的水花生等杂草，保留已经生长的藕、野菱、菖蒲、风车草、芦苇等水生植物；清除一级生态塘四周道路两侧的杂树杂草，保留树冠形态较好的已经成材的树木，如果塘四周没有或少有树木，在靠池塘一侧种植柳树，池塘向内的土坡上种植黑麦草、吉祥草、兰花三七等。
好氧堆肥是指在有氧条件下，利用好氧菌对废弃物进行吸收、氧化、分解。在目前，通过好氧堆肥后还田，是畜禽养殖场固体粪便利用效果较好、投资较少的一种模式。一般畜禽粪便的好氧堆肥主要包括预处理、发酵、后处理等工序。
主要是调整水分和碳氮比等条件。预处理后应达到下列要求：（1）堆肥粪便的起始含水率应为40％～60％；（2）碳氮比（C/ N）应为20:1～30:1，一般猪粪的碳氮比为12.6，鸡粪的碳氮比为10，不易直接发酵，可通过添加植物秸秆、稻壳等物料进行调节，必要时需添加菌剂和酶制剂；（3）堆肥粪便的pH值应控制在6.5～8.5之间，如果粪便pH值偏低，可以向堆料中加入少量的熟石灰或碳酸钙；如果pH值过高，则可以加入新鲜绿肥或青草，分解产生有机酸。
（1）发酵过程温度宜控制在55～65℃，且持续时间不得少于5天。（2）堆肥时间应根据碳氮比（C/ N）、湿度、天气条件、堆肥工艺类型及废物和添加剂种类确定。（3）堆肥物料各测试点的氧气浓度不宜低于10％。（4）发酵结束后，应符合下列条件：碳氮比（C/ N）不大于20:1；含水率为20％～35％；堆肥应符合《粪便无害化卫生要求》（GB 7959—2012）的规定；耗氧速率趋于稳定；腐熟度应大于等于Ⅳ级。
发酵结束后应对发酵物进行后处理，通常由再干燥、破碎、造粒、过筛、包装至成品等工序组成。
将污水排入沼气池中，通过厌氧菌发酵，降解粪污中颗粒状的无机物、有机物，产生的沼气可作为能源用于发电、照明和燃料。沼渣和干粪可直接出售或用于生产有机复合肥；出水即可进入自然处理系统（氧化塘或土地处理系统等），也可直接作肥料用于农田施肥。