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中国学者的著述涉及这段历史者时间较早。梁廷枏的《耶稣教难入中国说》、夏燮的《中西纪事》和王之春的《国朝柔远记》等中西关系史著作，以及魏源的《海国图志》、徐继畬的《瀛寰志略》和梁廷枏的《海国四说》等综论外国之书，虽对新教入华史无专门记载，但从其论及西教之内容，仍可窥见中国知识界在19世纪中期对新教之认知及态度。
笔者所见最早的关于新教传教士在华活动的中文著作，是王元深（王宠惠的祖父）的《圣道东来考》
。王元深曾是郭士立创立的福汉会的成员，后随德国礼贤会传教士罗存德传教。他在1899年撰写了《圣道东来考》，1907年在香港出版。这本小册子以记述礼贤会在广东的活动为主，兼及其他新教教派在广东的初期活动，所涉及的教派有伦敦会、美国浸礼会、美部会（书中称为纲纪慎会）、英国安立甘会（书中称为安立间会）、美国长老会、英国卫斯理会（书中称为惠斯理会）、福汉会、礼贤会、巴色会、巴陵会、德国小巴陵会，卷首和卷末分别有《景教东来考》和《天主教东来考》。书中最有价值的部分是《德国礼贤传道会入粤记》，几乎占全书一半的篇幅，对礼贤会19世纪后期在广东活动的叙述比较详细。因作者本人是该会的会员，他所提供的细节是难得的研究资料。他对福汉会情况的叙述虽篇幅不长，但也提供了一些内部情况。该书对新教其余各派在华早期传教活动的记述虽极简略，但亦具参考价值。
1908年，上海商务印书馆出版了谢洪贲的《中国耶稣教会小史》，作为“布道小丛书”的第4种。作者以将近一半的篇幅追溯景教和天主教在华传教史，然后分4个阶段简单地叙述1807～1907年新教在中国传播的经过，其中第二章“教会立基时代”和第三章“教会萌芽时代”，就1807～1842年和1842～1860年新教传教活动提供了一个简略的纲要。这本小书是目前可以见到的第一部关于新教在华活动的专门著作，由于对景教和天主教的传教史也有叙述，故可以将它看作简明的中国基督教通史。它的意义还在于开启了20世纪前期教会修史的风气。
1920年，温国符编辑、邝柳春校订的《西广东长老会历史》由启明公司承印出版。这本小书对美国长老会在广东传教以及广东本土长老教会的发展有比较清楚的说明，其中第三章“论长老会传至中国”对早期长老会传教士在广东的活动有一点记载。
1924年秋，《神学杂志》第10卷第3号出了一期特刊，名为《中华基督教历史》，由冯玉祥题写书名。该刊叙述各新教差会的简况，侧重于当时的情况，对伦敦会、公理会、圣公会、礼贤会等新教差会来华活动的起源分别在各部分的开头提及。
1934年，在广州等地活动的浸信会牧师刘粤声出版了《两广浸信会史略》一书。这是关于浸信（礼）会区域活动史的第一部著作。作者对叔未士、罗孝全等早期浸礼会传教士在广东的活动，美国浸礼会分裂后南方浸信会的活动，以及两广本土浸信教会的发展都有叙述，有的部分内容较为详细。刘粤声在广州沦陷前后到香港，1941年又出版了《香港基督教会史》一书。1940年4月，香港基督教联会开会决议，编写《香港基督教会史》，成立了一个编辑委员会，集体编写，以刘粤声为主编，同时向教友征求资料和文稿。到1941年7月，该书完成。全书分为7个专题，其中第一章“会宗史略”介绍公理宗、信义宗、浸信宗、圣公宗和循道宗传教士在华活动的起源，第七章“个人传记”为马礼逊、裨治文、叔未士等人立传，均有一定的篇幅涉及新教传教士在华南的早期活动。
1936年，女教徒余淑心等编纂的《福州美以美年会史》由福州仓前上梅坞知行印刷所印行。其书卷一《布道志》中的第一章“布道之缘起”和第二章“布道开创时代”，很简略地回顾了美以美会派遣传教士到福州开教之情形，以及该会传教士在福州的初期活动。同年，由女教徒吴立乐主编的《浸会在华布道百年史》由上海中华浸会书局出版，刘粤声作序。该书是同类书中部头较大的一种，共234页。在每一部分的后面附有与正文有关的问答题，此乃仿效欧美同类著作的做法，供教徒修习之用。作者按地区叙述浸礼会在中国发展的历史，其中华南、江苏（含上海）和华东（浙江、福建）几个部分涉及本书研究的范围，对叔未士、罗孝全、晏玛太等早期活动的叙述相对来说比较详细。
1940年，时任福建协和大学教授的王治心出版了《中国基督教史纲》，这是一部基督教在中国传播的通史。全书分为22章，叙述自唐代景教到晚清以后各大教派在中国活动和传播的历史，其中有3章涉及本书研究的范围，即“更正教输入中国的预备时期”、“太平天国与基督教”和“道光以后更正教各宗派的活动”。书中所说的“更正教”即基督教新教。作为一部中国基督教通史，全书各章单独来看均显单薄，也较少专题性的讨论，但总的来说，它还是可以为以后的研究者提供一个入门的途径。书中对相关历史事件的叙述和评价全从教会的立场出发，因此该书仍可归入教会修史的范畴。
教会修史的风气一直持续到1949年前夕。1947年，上海中华浸会书局还出版了上海第一浸会堂编的《上海第一浸会堂百年史略》，专以浸会在上海的发展演变为内容。其中“史略”“年表”两部分对叔未士、啤士等人1840年代末1850年代初在上海的传教经历有所叙述。
这些著作的共同特点在于，它们可以提供新教各教派在华活动的历史与现状的纲要和概况，供一般性了解，也可为后世的研究者提供一定的帮助，但一般不对具体问题做深入的探讨，大都很简略。披览之余，还可以发现，各项著述在叙述同样的史事时均大同小异，且时有错漏之处。
1950年由上海浙沪浸礼会出版的《华东浸会百年史》可能是教会修史的余音。自此时直至1980年代，中国大陆学术界的有关研究基本上着眼于两个方面：一是进行反洋教运动的研究，代表作是李时岳的《近代中国反洋教运动》；二是着重于揭露、批判西方传教士对中国的侵略。
1970年代末1980年代初，随着学术研究的复苏，基督教在华传教史的研究逐渐得到一些学者的重视。关于早期新教传教士在中国的活动，也有一些文章从各方面加以探讨。进入1990年代后，有关传教士的研究，由初期侧重于宏观的评价和长时段的论述转向对具体问题的探讨，标志着研究的深化。
这些文章或探讨新教在中国的早期传教史，或讨论新教传教士与中外关系和中西文化交流的联系，或论述新教传教士与近代中国文化的关系等，均能通过具体问题探讨新教传教士在中国的早期活动。中国大陆学者对新教传教士的专门研究可以说从1980年代才开始。
几部相关的学术著作在1980～2000年陆续出版。1981年，顾长声的《传教士与近代中国》出版。这是1949年后中国大陆出版的第一部以近代来华传教士为研究对象的专著，作者搜集了众多研究资料，特别是国内学术界不太常见的外文史料，对传教士（含天主教和新教）在近代中国的活动有比较系统的介绍。因此该书很受学术界的欢迎，分别于1983年、1989年和1993年修订再版和重印。该书前3章均有内容涉及本书研究的对象。顾长声1986年出版了他的另一部研究传教士问题的著作——《从马礼逊到司徒雷登》。这部书是29名来华新教传教士的传记汇集。作者对早期的新教传教士很重视，在书中为马礼逊、裨治文、雅裨理、郭实腊（士立）、伯驾、布朗、雒魏林、罗孝全、理雅各等9人作传。他们都是早期比较著名的传教士，在不同的方面具有影响。作者在书中提供了关于他们生平和活动的基本资料。
1987年，张力和刘鉴唐两位学者出版了《中国教案史》一书。这是迄今篇幅最大的中国教案史研究专著。该书有一章（第五章）简略地叙述了鸦片战争前后新教传教士的活动，作为讨论近代教案的历史背景，并对近代早期的3个教案进行了研究，其中对1848年青浦教案的研究比较详细，所征引的资料也较丰富。
1990年代后，随着学术界对传教士研究的进一步重视，又有两部著作问世。1996年，顾卫民的《传教士与近代中国社会》出版。这部著作从唐元的基督教说起直至1949年，可以看作一部中国基督教通史。该书作者表示要从社会史的角度来研究传教史，搜集了比较丰富的史料，在对问题的分析、论述上也有自己的特色，并在书中反映了中国内地、香港、台湾和国外的一些研究成果，较十多年前顾长声的《传教士与近代中国》一书在学术上有所进展。在基本架构和研究资料上，该书似乎也有所突破。关于早期的新教传教运动，该书第三章有部分内容涉及。
1997年，王立新的《美国传教士与晚清中国现代化》出版，是一部试图从现代化的角度考察美国传教士对中国近代历史影响的专著。作者尽可能全面地收集了有关中外文献资料，并对若干专题进行了比较透彻的考察和论述。本书的前5章均有涉及早期来华美国新教传教士活动的内容，其中第五章讨论美国传教士与鸦片战争后“开眼看世界”思潮的关系，是较有特色的部分。还应提到的一部著作是熊月之1994年出版的《西学东渐与晚清社会》。从书名就可以看出，这不是一部研究传教士的专著。但该书的第二章、第三章论述鸦片战争前后西学输入中国的具体过程是以传教士，特别是新教传教士为主要研究对象的。作者对早期来华新教传教士与西学输入的关系进行了细致的探讨。
在研究资料的发掘整理方面，所取得的一项可喜进展是《东西洋考每月统记传》的影印出版。《东西洋考每月统记传》是中国境内出版的第一份中文期刊，但在国内一向难以寻觅。杭州大学（现并入浙江大学）历史系的黄时鉴教授在美国访问研究时获得该刊比较完整的复制件，经整理后由中华书局于1997年影印出版。黄教授在卷首所撰的长篇导言，本身也是一篇很有价值的学术论文。
在传教士研究方面，一个取得了比较丰富学术成果的领域是近代教会教育研究，特别是教会大学研究。1989年和1994年，华中师范大学和四川大学分别主办了“中国教会大学史国际学术讨论会”和“教会大学和中国现代化国际学术讨论会”，会议论文均结集出版。1998年11月，珠海市政府主办了“容闳与中国现代化学术研讨会”，有一批会议论文与早期教会教育相关。1999年8月，华中师范大学中国教会大学研究中心主办了“近代科技传播与中西文化交流国际学术讨论会”，会上有一批论文涉及新教传教士在近代西学传播过程中的地位与作用。
概而言之，中国大陆学术界对近代传教士问题的研究，经过20年的努力，已经取得一定的成果，学术研究的领域也正在扩大。在所有论著中，以早期新教传教士为对象的占有相当的比例。但受到各方面条件，尤其是资料的限制，有关的讨论似乎到了某个层次后就再难深入，且常有互相重复之处；对一些表面事实背后的内在联系也缺乏有深度的探讨。因此，可以说这个领域的研究仍处在初期阶段。
1949年之后，港台地区陆续有一些研究成果发表，数量不多。1957年，刘瑞滔主编的《港粤澳名牧生平》第一集由中华基督徒送书会印行。该书介绍了广东、香港、澳门早期华人牧师的生平，这些华人牧师活动的时代较晚，与本书直接关系不大，但可从中了解一些背景材料。1960年，简又文在香港出版了《中国基督教的开山事业》。这本小册子简要叙述了新教在华早期传教事业各方面的情形，作者还撰写了马礼逊等早期来华传教士和梁发等早期华人牧师的小传。1968年，罗彦彬编著的《中华礼贤会在华传教史》由礼贤会香港区会印行。
香港真正在新教在华传教史的研究方面取得重要成就的，是曾任香港基督教文化协会会长的李志刚。他至今已发表了大量的论文和多种研究著作。1985年，他的《基督教早期在华传教史》由台湾商务印书馆出版。这部著作以鸦片战争前后新教传教士的在华活动为研究对象，以鸦片战争前的内容为主，部分章节兼及鸦片战争后的史事。作者在第一章“序论”中简述明末清初天主教传教士在华活动的概况，之后各章分别对鸦片战争前新教传教士在华活动的史实，包括马礼逊的来华、传教士与十三行的关系、传教士的中文出版事业、传教士的教育事业、传教士的医药传教事业、传教士的传教事业、郭士立和罗孝全与洪秀全的关系等问题，进行了专门的论述。作者所搜集利用的资料，较之上述大陆的各种研究著作都远为丰富；作者对各方面史实的研究，也大大超过了迄今为止的其他中文著述。因此不少大陆学者的论文和著作，在讨论有关问题时都引用该书的资料作为研究依据。可以说，这部著作是迄今所有研究传教士问题的中文著作中最有学术价值的一部。笔者本人也数次向作者请教，并承蒙他寄赠著作，受益匪浅。但笔者认为，由于可以理解的一些原因，在以下几个方面该书也还存在值得商讨之处：其一，作者对新教传教士与西方政治势力的关系未予充分讨论；其二，由于在时间上大致以《南京条约》签订前后为界，部分问题的论述未能完整；其三，对于马礼逊以外其他差会及传教士的传教活动，该书亦未能予以系统的研究；其四，在资料方面还受到一定的局限。
李志刚还有其他几种著作。1987年，他的论文集《香港基督教会史研究》由香港道声出版社出版。该书有几篇论文研究早期新教传教士的问题：《早期传教士由澳迁港之事业及贡献》《香港基督教首次会议之新探》《马礼逊纪念学校的创立经过及影响》《郭士立牧师在港之历史及其所遗中文资料》。这几篇论文都能在一定程度上对《基督教早期在华传教史》的相关内容有所补充。1992年，三联书店香港有限公司又为李志刚出版了《香港教会掌故》一书。这本通俗的历史知识读物以精练而富有趣味的语言叙述香港教会史，其中前面的几篇掌故是以早期新教在华活动为内容的。此外，李志刚还分别于1989年、1993年和1997年在台北宇宙光出版社出版了《基督教与近代中国文化论文集》一、二、三集。这其中有多篇文章属于他擅长的领域——早期来华新教传教士研究，对马礼逊、郭士立、裨治文等传教士有较多的论述。
台湾的有关研究成果比香港要少，没有直接研究早期新教传教士的专著。1968年，杨森富的《中国基督教史》在台湾商务印书馆出版。这部书的写作模式和基本内容均与王治心的《中国基督教史纲》相似，篇幅亦相埒；论述早期新教传教士的部分也基本上与后者相似。1977年，林治平主编的《基督教入华一百七十周年论文集》由宇宙光出版社出版。这部论文集为纪念马礼逊来华编著，但书中仅有林治平的《平民中的英雄——马理逊》涉及早期传教士，且列为附录。1981年，宇宙光出版社又出版了林治平主编的《近代中国与基督教论文集》，其中王树槐的《卫三畏与〈中华丛刊〉》一文较详细地论述了卫三畏在《中国丛报》出版过程中的作用。1983年，查时杰主编的《中国基督教人物小传》由台北中华福音神学院出版社出版，其中包括梁发、王元深和何进善的小传。