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在肠道中安家的细菌和真菌需要彼此的存在，就像花园土壤中的细菌和真菌一样。它们共同存在于一个复杂的生态系统中，这个生态系统比地球上最丰富的雨林还要复杂得多，物种之间相互依存。当微生物群健康时，发挥最大效益的菌株——肠道伙伴——就会占据肠壁的大部分区域，蜷缩在肠壁的一层黏液中。当有益的肠道伙伴兴盛时，它确保可能伤害人体的寄生菌（如酵母念珠菌），以及可能导致严重感染甚至致命的细菌（如难辨梭菌）得到控制。其实，微生物群系中没有一种细菌或真菌天生会伤害你。肠道中大多数微生物都有自己的作用，并在生态系统中有一席之地。但为了保持良好的秩序，最有用的肠道伙伴就会“排挤”那些不太有用的菌株，使菌株在肠道生态系统中只占一小部分。这确保了肠道中的有害细菌不会大量存在或者主导肠道环境，甚至控制肠道并造成混乱。这对作为“宿主”的生物体来说意味着，如果你能够维持微生物群生长所需要的条件，这个复杂的微生物生态系统就会回报你，照顾好你。
当微生物群得不到好的生长环境时，问题就会发生，使微生物群生态系统失去它所需要的营养，或者用它不需要的东西轰炸它（比如第六章中提到的能量干扰源），曾经让你精力充沛的微生物群就会失去能量。即使你体内微生物种类比例的细微变化也会影响你的健康。研究表明，两种常见细菌（厚壁菌和拟杆菌）比例的改变会对新陈代谢产生负面影响，并导致1型和2型糖尿病、结肠炎和肥胖症。
当微生物生态系统的平衡完全被打乱，有害细菌占主导地位时，就会出现真正的混乱。例如，肠道伙伴会产生一种叫作琥珀酸的代谢物，它在产生能量方面起着至关重要的作用。
当不那么理想的细菌占主导地位时，琥珀酸就会在某种意义上改变菌群，变得具有破坏性。当琥珀酸生成过量时，它就开始作为一种对抗剂发挥作用，向免疫系统发送维持炎症状态的信息，同时增加脂肪储存。
当你想象许许多多的菌株都在你肠道内相互作用时，就更容易理解为什么我们这些研究发达国家健康和能量水平下降的人，在过去几十年里对我们微生物群落自然多样性的崩溃深感担忧。（与那些研究农田和全球食物供应的人的担忧类似，多样性和繁盛的土壤微生物的消失正在使曾经的沃土变成“死”土。）我们知道，在各种生态系统中，当一个物种灭绝时，另一个物种就失去了存在的基础。这种连锁反应是毁灭性的。例如，哈扎人以及其他被研究的狩猎-采集者身上体现了微生物平衡的最佳状态：他们的内部生态系统已经被证明是极其多样化的，而且是“动态”平衡的，也就是说生物群落的组成随环境的变化而变化，如季节的变化会带来不同的食物。相比之下，普通西方人的微生物群是在加工食品中形成的，缺乏我们倡导的肠道伙伴茁壮成长所需的纤维食物，反而含有过多化学物质并造成压力，就像沙漠一样贫瘠而没有活力。