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针药结合在神经免疫疾病中的适应证十分广泛，尽管针灸与药物的作用机制不尽相同，但二者对于神经免疫疾病的调控作用已有坚实的循证证据。从机制上分析，神经免疫疾病主要源于“神经-内分泌-免疫”网络的紊乱。基于该层面的基础研究不断揭示出“神经-内分泌-免疫”网络分子通路，这不仅为药物研究提供了更多潜在的靶点，更揭示了针灸治疗上述疾病的效应基础。同时，明确“神经-内分泌-免疫”网络的分子通路为进一步巩固针药结合的“增效减毒、节约资源”特点奠定了坚实的基础，也使针药结合治疗神经免疫类疾病的优势受到了广泛的认可。
神经免疫相关疾病的发病机制较为复杂，常常涉及“神经-内分泌-免疫”网络的整体性、动态性失衡，单纯的靶向药物治疗似乎无法满足疾病发展过程中患者体内神经、免疫系统状态的持续改变。例如，传统的观念中“5-羟色胺（5-HT）假说”是抑郁症发病的主要原因。但近年来，研究者发现抑郁症的发病机制包括了“神经-内分泌-免疫”网络的整体失常，这也部分解释了许多患者对特异性促进脑内5-HT能神经传递的单胺再摄取抑制剂类药物产生快速耐受性的原因。有报告指出，“神经-内分泌-免疫”网络的紊乱主要表现为持续的心理应激状态过度激活交感神经，从而释放出大量儿茶酚胺，导致外周组织中巨噬细胞与单核细胞等免疫细胞的活化以及T淋巴细胞亚群紊乱，上调IL-1β、IL-6以及TNF等炎症细胞因子的表达。研究发现，针刺配合选择性5-HT再摄取抑制剂（SSRIs）治疗可以有效降低患者体内上述促炎性细胞因子，同时提升抗炎性细胞因子IL-4、IL-10的表达，针药结合治疗后，患者汉密尔顿抑郁评定量表（HAMD）评分也明显降低。这一方面是由于针刺可以平衡体内T淋巴细胞亚群紊乱；另一方面，通过感觉神经传入的针灸信号，可以在脊髓内以交感神经的形式输出到位于同一脊神经节段的器官内部，或是经延髓孤束核呈递给予其有突触联系的延髓头端腹外侧区和蓝斑区，最终输出儿茶酚胺能神经信号，整体调节外周器官的免疫状态。后续大量的研究也不断验证针灸联合SSRIs对于中风、肿瘤或冠心病经皮冠状动脉介入治疗（PCI）术后并发的抑郁症也具有良好的临床疗效。
除抑郁症外，卒中患者体内也存在明显的“神经-内分泌-免疫”网络异常。有报告指出，中风后中枢神经系统损伤引起机体呈现免疫抑制状态，这与卒中患者较高的细菌、病毒感染风险密切相关。免疫抑制的主要机制为，卒中后过度激活的交感神经释放大量的儿茶酚胺，作用于肝脏不变的NKT细胞，从而导致大量促炎T辅助细胞1型（TH1）向抗炎TH2型细胞因子的转变，过度分泌IL-10导致全身免疫抑制。已有的基础研究表明，利用β肾上腺素受体拮抗剂心得安可以阻断过量的儿茶酚胺毒性，大大降低卒中模型小鼠的死亡率。因此，虽然尚未有相关的研究可以考证，但参考上述针灸平衡T淋巴细胞亚群、调节儿茶酚胺能输出的效应，针灸与肾上腺素受体拮抗剂的结合使用也可能成为治疗卒中神经免疫相关后遗症的潜在方式。
与上述两种疾病不同的是，恶性肿瘤的发病机制中“神经-内分泌-免疫”网络的紊乱不仅体现在全身性，还表现为局部肿瘤微环境内的正反馈恶性循环。前者的分子机制与抑郁症、卒中类似，主要涉及异常兴奋的交感、副交感神经末梢过度分泌去甲肾上腺素以及乙酰胆碱等神经递质，直接或间接调节巨噬细胞以及T淋巴细胞等免疫状态。研究表明，针刺结合补阳益胃汤的治疗可能通过调节儿茶酚胺类神经递质的释放，有效促进胃癌患者的巨噬细胞、T淋巴细胞亚群和NK细胞等免疫细胞功能恢复，整体调节机体“神经-内分泌-免疫”网络的状态；而后者的关键机制是肿瘤细胞高度的分泌功能。有报告指出，肿瘤细胞可以通过分泌神经生长因子（NGF）等神经营养因子以及IL-1β等趋化因子在局部大量募集神经纤维与免疫细胞，二者接触后相互联系，释放大量致炎因子刺激神经末梢并募集更多的免疫细胞，在肿瘤局部形成恶性循环，成为肿瘤细胞生长以及恶性肿瘤持续性疼痛的重要机制之一。基于该机制的实验研究表明，电针结合吗啡类药物通过抑制脊髓背角星形胶质细胞的活化，引起肿瘤细胞合成和释放的NGF和IL-1β的减少，与单纯药物组及单纯电针组相比明显提高了大鼠的痛觉阈值。
以上资料显示，在神经免疫领域应用针药结合的方法治疗正是利用针灸效应的“多方位、多层次、多靶点”的整体促愈功能，弥补药物“单一靶点”作用的失衡。同时，药物作用的靶向性也能突出针灸广谱效应中的相对特异性，二者相得益彰，整体调控“神经-内分泌-免疫”网络。
治疗精神类疾病的一些药物具有起效延迟的特点，例如大部分抗抑郁的西药起效时间为2～4周，约20%的患者甚至在4周内无法缓解症状，极大地增加了患者的痛苦和自杀倾向。据统计，针刺可以有效缩短该类药物起效时间，这可能与针刺提高药物的血药浓度有关。从分子机制上来看，针刺作用于穴位时，产生的伤害性刺激可通过瞬时受体电位香草素1（TRPV1）的传导激活局部感觉神经末梢释放具有趋化活性的P物质（SP）以及降钙素相关基因肽（CGRP）等神经递质或神经肽，并以轴突反射的形式扩张皮肤表面的毛细血管，增加静脉、肌肉以及穴位注射等经皮肤给药的药物吸收浓度。这一机制也可以解释针药结合的特殊方式——穴位注射给药起效迅速的主要原因。相关的研究也表明，穴位注射天麻素可以快速有效地缓解抑郁症患者的重度抑郁状态。此外，芪地莲花汤结合足三里穴位注射黄芪注射液可以改善胃癌患者的免疫功能，提高生活质量；局部释放的SP、CGRP等物质还可以募集巨噬细胞、中性粒细胞等免疫细胞，上述细胞联合皮肤黏膜下的肥大细胞、树突状细胞等常驻免疫细胞，分泌肿瘤坏死因子（TNF）以及白细胞介素（IL）等细胞因子在穴位局部改变血管的通透性以及血液流变速度，同时还会分泌5-HT等神经递质，反向作用于神经轴突，进一步扩大针刺信号的神经输入，从而提高血药浓度。2015年的报告也指出，通督调神针法能缩短抗抑郁药物治疗脑卒中后抑郁的起效时间，提高总体疗效。综上所述，针灸联系穴位局部与全身的“神经-内分泌-免疫”网络，可能通过整体性升高血药浓度，缩短针对神经免疫类疾病药物的起效时间。
神经免疫类疾病的发病机制复杂、病程较长，因此患者对于治疗药物的种类、剂量的需求较高。目前许多临床一线用药的副作用较为明显，例如SSRIs会引起消化系统以及内分泌系统的紊乱；恶性肿瘤化疗药物（包括铂类似物、紫杉烷和长春花碱等）会引起慢性疼痛，加重癌症患者对止痛药物的依赖性。虽然目前许多新合成的药剂副作用较小，但是存在价格昂贵、长期使用的风险尚未可知等问题。在这个背景下，有报告指出，针药结合可以有效减少这类药物的副作用。例如，针刺结合SSRIs类药物舍曲林治疗可以有效缓解舍曲林引起的胃肠功能紊乱，且针药结合组的疗效明显优于单纯药物组；而对于恶性肿瘤的治疗，2018年的研究表明，电针通过激活坐骨神经CB2受体，抑制紫杉醇诱导的化疗后NLRP3炎性小体活化和Caspase-1、IL-1β成熟片段的产生，从而缓解化疗药物引起的疼痛。与之类似的研究表明，黄芪桂枝五物汤联合“逆针灸”疗法可以有效治疗恶性肿瘤化疗引起的IL-2等神经毒性物质的表达，改善患者的疼痛以及免疫状态。除了减少化疗药物的副作用外，针药结合治疗还能有效减轻恶性肿瘤患者长期服用吗啡类止痛药物引起的消化系统功能紊乱，例如针刺结合温脾汤以及滋肾通关丸可以缓解胃癌患者长期服用奥施康定引起的便秘，除了直接针对药物的副作用外，针药结合还可以降低单次药物的摄入量，有效节约治疗成本的同时还减轻了药物副作用对患者免疫系统的不良影响，优化了神经免疫疾病的治疗方案。