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针灸与药物（包括中药及西药）结合治疗痛症已获得临床的验证，并逐渐为国际所接受。随着现代生理学、病理学、药理学、分子生物学等理论、技术、药物日新月异，针药结合在痛症方法和应用范围上都较传统的针药结合有很大的发展，但在研究的内容、方法、规律等方面尚存在不少问题，如何充分利用现代医学知识及技术手段开展研究，本节将从临床和基础研究策略方面进行探讨。
循证医学提倡将临床医师个人的临床实践和经验与客观的科学研究证据结合起来，为医患个体及医疗机构提供合理应用策略，是一种带有普遍意义的疗效评价手段，具有相对客观公正的特点。采用严密的设计、严格的对照、规范的数据来论证和发展针药结合疗法对于临床各类痛证的治疗效果，对于针药结合学的发展十分重要，针灸、药物作为治疗疾病的两种措施，在治疗性质、作用途径等方面各其自身的特点。如何建立适合针药结合临床特点的研究方法和模式是针药结合临床研究面临的重要问题，也是急需解决的问题。一方面，临床研究必须符合现时科研设计的基本要求，设有严格的随机对照观察组和客观的生理、生化指标；另一方面，在开展临床研究时，其临床设计必须根据疼痛（病种、病性、病位、病程等）、药物（种类、剂量）和针灸方案（合适的穴位、参数、干预时机、对照）等因素，制定合理研究方案，并结合临床进行机理研究，使研究资料更具有说服力。
目前，现代药物的配伍规律比较明确，某些药物之间有明确的配伍禁忌；中药配伍历来也有“十八反”“十九畏”之说。针药结合在用于镇痛时，有没有明确的配伍禁忌？举例说，以往在针药复合麻醉中，发现安定用于脑外科手术时明显影响针药复合麻醉效果，安定归属于针麻减效药；但后来在妇产科分娩镇痛时，安定能加强针刺镇痛效果，这就提示，针药结合在不同的病种（不同的机体状态）下，配伍规律也有所不同，值得深入研究。由于以往课题研究急于出阳性结果，往往强调阳性有效药物及其机理，而对减效药物的规律及机制几乎没有开展研究，这是十分欠缺而又十分重要的一个方面，也是针药结合研究中必不可少的内容之一。
疼痛属于感觉和知觉的范畴，而动物实验只能通过躯体及内脏伤害性反应等来观察，因而有明显的局限性。目前国际通用的各种慢性疼痛的模型包括炎性痛、神经痛、内脏痛、癌痛等，在动物实验中，应注意由于各种模型反映的病变本质有所不同，各个实验检测指标的含义也有明确的范围，因而在开展针药结合镇痛实验研究时需要根据实验目的加以选择，并且在应用过程中也需要采用各种模型相互比较，同一模型中也应该有多层次的指标相互印证，这样得出的结论就比较可靠。
基础研究紧密地联系临床，从临床需求出发，结合临床上提供的线索进行有针对性地筛选，找出针药结合的有效药物，并进行机理研究，最后反馈到临床，促进针刺疗法效果的提高，这是确保针药结合成功的重要经验。