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针药结合在临床实际应用中的关键问题应该是针灸与药物如何进行结合？怎么样的结合是合理的或必须的？有没有禁忌？应该遵循什么样的原则制订针药结合的临床方案？
2005年，有研究指出，针药结合在用于镇痛时，有没有明确的配伍禁忌？例如，以往在针药复合麻醉中，发现安定用于脑外科手术时明显影响针药复合麻醉效果，安定归属于针麻减效药，但后来在妇产科分娩镇痛时，安定能加强针刺镇痛效果；这就提示，针药结合在不同的病种（不同的机体状态下），配伍规律也有所不同，值得深入研究。这是首次将针药结合与配伍规律联系起来的文献。
2011年，文献中首次出现“针药配伍”一词，认为药有寒热温凉，穴有升降浮沉，用穴如用药，用药如用兵。我们可以把中药处方与针灸处方合二为一，这样将更有助于从整体上把握针药并用及其效果；方剂君臣佐使的组方配伍理论同样适用于指导“针药结合”治疗模式的构建，亦即用“针药配伍”的概念来指导针药结合的具体运用形式。临床应用针药配伍时，或以针灸为主，或以药物为主；对于方药所擅长的疾病，以方药为主、针刺为辅，同时“以针为药”，把穴性及针刺效应看作一味或数味药物，针刺相关穴位的效应可以与方剂中的其他药物相互配伍以增效减毒；同理，对于针灸所擅长的疾病，以针刺为主、方药为辅，同时“以药为针”，把药效、药性及归经与针刺选穴配伍应用。然而，到目前为止，这方面未再见到新的论述。
承淡安曾指出“方有‘桂枝汤’‘麻黄汤’等，而针灸法不能以某几个穴代‘桂枝汤’，或某几个穴代‘麻黄汤’。‘针’与‘灸’之取穴，概以症状为定则，若某穴代某药，则根本不可能也”。即针灸是“辨症论治”，强调了针药在治疗理论方面存在明显的差异。因此，辨析针灸、药物中“配伍”的原则及其内涵对于确立“针药配伍”概念的内涵具有重要意义。
据考证，“配伍”是一个现代名词，首见于1949年出版的《伤寒解毒疗法·方剂说明》“表里和解丹：上方虽用经九年，效验甚明确，然其配伍药，亦应研究随时改良”。《汉语大词典》中“配伍”的解释是：把两种或两种以上的药物配合起来同时使用。药物配伍之后可以加强药理作用，减弱毒性或刺激性，防止副作用，矫正恶味。亦泛指把两种或两种以上的物品配合起来使用。《辞海》的解释则是：将不同的药物调配在一起使用，如药物配伍之后可以增加疗效，减低副作用。可见，配伍一词主要是指两种及以上药物的同时使用。
然而，并不是两种以上药物联合使用均称为“配伍”。在医学领域，目前最常用配伍一词的是中医药学领域，主要概念有方剂配伍、腧穴配伍等；在西医学领域也用配伍一词，但更常用的是“联合用药”一词。2002年以来，在西医领域，尤其是心血管病防治领域，多效药片（固定剂量复方制剂，polypill）成为一个研究热点，陈可冀指出，polypill的概念与中药复方有相似之处，但根基于中医药理论的中药复方与根基于西医理论的西药复方在其化学组成上却是两个极端体系，前者是复杂体系——“说不清道不明”，后者属简单体系——“明明白白”。西药的特点和优势在于药物成分作用靶点和途径都比较明确单一，结构清楚、疗效确切且特异性较强，有成熟和公认的评价体系，但对药物不良反应和耐药性等问题一直没有很好的解决办法。
2009年有研究者提出了“复方药物”的概念，其定义是“复方药物即指为了实现整体最佳的疗效目标，综合多种治疗原则和多种作用机理导向下所开发的由多个化合物或化合物群配伍组成的治疗药物”。复方药物既包括中药复方药物，也包括西药复方药物（化学药复方药物），甚至还可能开发中西药结合的复方药物。近年来很多西方科学家和国际制药公司开始向中药学习，而中药优势和特点的集中体现之一就是复方药物。复方药物不仅可以通过降低单一药物成分的有效用药剂量降低毒副作用，更重要的是通过配伍法则实现了增效减毒的协调统一，而且国际上抗疟疾药物研究表明复方药物可以显著降低耐药性。
西医与中医在联合用药方面的态度是非常不同的，西医认为联合用药过程中，药物相互作用是导致药源性疾病的重要因素，合并使用药物越多，药源性疾病发生率越高，致死性药物相互作用也可能出现；联合用药品种越多，不良反应发生率越高；有些药物相互作用是有益的，可以提高疗效或降低毒性；但更多的药物相互作用是有害的，使得药物的作用降低或毒性增加。中医则认为中药配伍使用（联合用药）可以实现提高疗效、减少个别药物毒副作用的目的，所以中医学发展出系统的方剂配伍理论，尽管各个时期其名称不尽相同，但合理地联合用药一直是中医的优势与特长。
方剂即中药处方，是临床按方证对应的原则，遵循方剂配伍规律选择中药及用量，并指明制法与用法的规范化药方。可见，配伍-药物组成是方剂的核心要素之一，指导中药配伍的理论观点称为配伍规律。明确的方剂配伍规律描述始见于《神农本草经·序例》，一是君臣佐使规律，“药有君臣佐使，以相宣摄合和，宜用一君、二臣、三佐、五使，又可一君、三臣、九佐使也”；二是七情和合规律，“药有单行者，有相须者，有相使者，有相畏者，有相恶者，有相反者，有相杀者，凡此七情，合和视之。当用相须相使者良，勿用相恶相反者。若有毒宜制，可用相畏相杀也，不而勿合用也”。尽管历代医家有多个方面的发展，在当代这两个规律仍然是方剂配伍的主要规律。
当代研究者认为，方剂配伍规律是指方剂中各个元素之间在干预机体从疾病向健康转化过程中的本质的联系；主要有君臣佐使配伍规律、七情配伍规律、特殊配伍特殊规律［如攻补兼施、甘温除热、升清降浊、提壶揭盖（以升为降）、反佐等］。然而，也有研究认为在现行《方剂学》教材选定的208首方剂中，有50.48%的方剂配伍没有遵循君、臣、佐、使这一原则，特别是原则不全、原则反串现象比较普遍，较大程度地影响着方剂理论的科学性；并认为配伍过程中的阴中求阳或阳中求阴、情绪调理等隐性原则现象，也应作为现代方剂学研究的重要内容。有关文献整理研究认为，中医方剂的配伍理论主要是君臣佐使理论，认为这是方剂构成的基本框架；但是有学者通过对小方的分析认为君臣佐使理论并不是主要的方剂配伍理论，性味配伍及七情和合是最根本的方剂配伍理论；研究者强调“由于药对是最简单的配伍，是组成复方的基础，药对配伍规律反映两个（组）药物间相互关系，‘七情和合’是反映药对配伍相互作用最为典型的规律”。
2010年有研究者指出了中药分子配伍的概念，认为中药配伍的发展存在三个层次：饮片配伍中药→组分配伍中药→分子配伍中药。饮片配伍中药：传统中药制剂，如汤剂、丸剂、散剂、膏剂等，是中药饮片按照君臣佐使配伍等理论，利用传统制剂技术制成的，属于中药饮片配伍制剂。传统中成药在中医临床上发挥了数千年的治疗作用，疗效确切。但是传统饮片配伍中药具有大、黑、粗以及药效成分不清楚，作用机制无法用简明的现代语言阐述清楚等缺点。中药组分配伍：在传统中药配伍理论的基础上，张伯礼、王永炎院士提出组分配伍研发中药的理论，首先分离各个标准组分，通过建立组效关系寻找有效组分，然后优化各组分的配伍配比，形成组分处方，进一步研究处方作用机制，研发新药，建立质量标准，利用组分配伍已对清开灵、复方丹参、六味地黄汤等多个经典方进行了研究和二次开发；组分配伍中药利用中药配伍理论将有效组分优化配伍配比而成，改善了传统饮片配伍中药的剂量大、粗糙的缺点，但由于有效成分仍然不明确，仅仅选取有效组分中结构、药效较清楚的成分作为指标成分来控制质量，而指标成分的药效作用不能完全反映整个制剂的作用，并且剂量仍然较大，限制了先进剂型的应用，是其局限性。分子配伍新假说：分子配伍是以中医药理论为指导，在组分配伍的基础上，进一步明确有效成分、作用机制，将结构、药效、作用靶点清楚的多个有效分子，优化配伍成分子复方，制成具有先进剂型的现代中药，并建立质量标准。分子配伍是组分配伍的发展和完善，也是组分配伍发展的更高阶段。后两种配伍如何应用传统中药的配伍规律或是有新的配伍规律仍在探索中。
2019年，有研究者提出用超分子“印迹模板”理论解释中药复方配伍的观点，或许是对中药组分配伍、分子配伍规律深入探索有所启示。该观点主要基于以下两个观点：一是超分子化学法源于自然，也应回归于自然；二是中药与人体是来源于自然界的巨复超分子体，自然界的生物体进化过程本质上是生命体的超分子化学过程。生物体内各种分子以超分子“印迹模板”为母体，由小分子到大分子，由单分子到多分子，由多分子到细胞器、细胞、组织、系统，乃至整个生物体，逐步演化，超分子“印迹模板”贯穿始终。中药复方配伍理论正是对中药与人体这种分子间作用的表达。中医理论的经络脏腑是生物体各级超分子“印迹模板”有序体；中药有效成分群是与经络脏腑“印迹模板”相一致的聚集体；中药配伍能显著地改变这一“印迹模板”的作用规律。
以上中药配伍的观点与研究，有可能在传承方剂配伍理论的基础上构建新的理论，更可能为针药配伍规律的研究提供学术基础。
西药联合用药基本上没有统一的联合用药原则，主要根据不同疾病制订详尽的指南实施，如高血压合理用药指南提出降压药物应用应遵循下列四项原则：剂量原则，一般人群采用常规剂量，老年人从小剂量开始；优先原则，优先选择长效制剂（从长时疗效和平稳性考虑）和固定复方制剂（从依从性考虑）；联合原则，联合用药（2级高血压或高危人群）；个体化原则，依据不同合并症和患者对药物不同的耐受性给予个体化用药。其中，联合原则的内容是：对单药治疗未达标者或2级以上高血压患者原则上可采用联合治疗方案；对老年患者起始即可采用小剂量2种药物联合治疗，或用固定复方制剂。这与前述西医认为联合用药弊大于利的认识有关。
同样，临床上针灸也有处方，包括两大要素，即腧穴与刺灸法，常用的配伍概念是“腧穴配伍”。有研究指出腧穴配伍是基于中医理论，在针灸选穴原则的指导下，结合临床和腧穴主治特性，选取两个以上作用相同的腧穴进行配伍，发挥腧穴的协同增效作用，以达到特定治疗效果，提高临床疗效的一种方法；针灸处方是针对患者病证情况，在辨病辨证基础上，提出的具体治疗方案，其主要涵盖穴位组成和治疗方法两大部分；腧穴配伍是针灸处方的基本要素，针灸处方是腧穴配伍的具体应用。腧穴配伍的选穴原则有部位选穴（近部、远部）、辨证选穴、对症选穴、按西医学理论选穴；配穴原则有按经脉配穴法（本经配穴、表里经配穴法、同名经配穴法）、按部位配穴法（上下配穴法、前后配穴法、左右配穴法）。
综上可见，针灸的配伍原则或规律与中药配伍规律、西药联合用药原则均存在显著的区别，将针灸与中药或西药联合应用时，应该遵循的原则或理论还有待探索。
在导论中我们曾指出，在长期的中医药学术发展的过程中，针灸与方药作为中医学治疗疾病的两个主要方法，在理论与实践上，走过了一源两歧交互发展的道路。一源是指两者均在理念上遵循中国传统医学的知识范式，均以阴阳、五行、脏腑、经络、气血津液、四诊八纲等学说为其治疗范式构建的基本概念，两歧是指由于干预方法与途径的差异，形成了各自解决临床问题的不同规范；针灸以体表腧穴为干预部位，以针灸器具为干预工具，以治疗经脉相关疾病为主要对象，方药以药物特有的性味为基础，以口服进入体内为主要途径，以治疗内脏疾病为主要对象。正是由于它们的多种不同和实践中事实上的分离，才有了“故圣人杂合以治，各得其所宜”的经典命题，即各种治疗方法有其自身的适应证，圣人使用不同的方法治疗不同的疾病，在这里强调的不是针药在患者身上的结合，而是针药技术与思想在医者知识中的结合，所以历史上才出现了“针药相须”“针灸须药”的多种论述。
我们前面定义了针药结合，它是指以针灸学、药学理论为指导，根据针灸及/或穴位、药物作用的特点，形成并实施针灸与药物同时治疗疾病及/或穴位给药治疗疾病的临床方案的科学过程。针药如何结合同时运用就成为核心问题。前面我们简要分析了目前配伍、配伍规律的基本内容，我们并不认为中药的具体配伍规律可以直接应用于针药结合，一方面是因为它是以中药药性理论为基础的，中药药性与穴性的关系我们前面已经讨论过，显然存在本质的不同；另一方面是还有针灸与西药的结合，这方面也没有明确的原则与规律可以借鉴。因此，我们尝试将针药结合配伍的原则上溯到配伍的最根本原则，即“合和”原则。
我们认为“凡此七情，合和视之”是对七情配伍的总概括，所以“合和”是对中药配伍最根本原则的提炼。“合和”一词，是融合了“合”与“和”的含义而构成的复合词汇，“合”与“和”原本是两个独立意义的字词，后根据需要连用并举，表达“整体协调”之义，逐渐演化为中国古代哲学最具特色的思想观念之一。它也是中医学的核心思想，《黄帝内经》视“和”为生命活动的最佳状态，将常人称为“阴阳和平之人”；病理上，认为阴阳五行之气的失调是疾病的根本原因，提出“从其气则和，违其气则病”的观点；治疗上，提出了“因而和之，是谓圣度”的基本原则。这是中国医学对世界医学最重要的贡献之一，因为当前的西医遵循的是截然不同的“对抗治疗”理念。
针药配伍合和原则的含义应该有三个方面：一是合的含义，即针灸与药物共同使用；二是和的含义，即针灸与药结合共同使用的目标是为了应用各自的特点促进机体的“和谐”；三是为了实现合和的目标，针灸与药物必须合理地配伍应用。基于这样的认识，借鉴“广义药物配伍”的观点，我们尝试提出针药配伍应该有以下四个原则：①增效配伍，即针药结合后，至少一种疗法的疗效得到增强；②主辅配伍，即在一种治疗方法为主解决主病的情况下，增加另一种治疗措施以解决兼病或兼证；③共效配伍，对复杂性疾病两种治疗措施均能实现各自的疗效，解决各自的问题；④制偏配伍：即针对中西药物不可避免的毒副作用，应用针灸消除或抑制毒副作用，或使有毒药物的使用量明显减少，以实现降量减毒的目标。当然，这些原则的具体内容还有待进一步的研究与深化。