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中国人对自然事物的研究，善于记事，对事物分门别类，主要采取志或史的方法。中国经、史、子、集四部文献均有自然志的丰富内容，以天学、地学、农学、医学四大学科为代表。天、地、农、医为主干的中国传统知识，有其固有的系统性，有博大精深的科学知识传统，蕴含有深厚的人文精神及辩证思维智慧，对于探究中国科学传统及构建中国主体文化体系具有很强的理论价值及现实意义。
在中国文明中，知识固然重要，但更重要的是道德、品行，并非把追求知识的确定性作为目的。与西方人按契约原则办事不同，中国人讲诚信，即内心的善。中国人讲究变化，讲究因时因地因人制宜。医学上，中医的五运六气、三因制宜病因病机学说及“司外揣内”的方法论，是哲学的智慧，是求真科学的精髓，是中国文化的精神，它体现在以下几个方面：
前面谈到，中国传统文化体现的是天、地、人的天人关系思想体系，中国天文学家眼中的天是一个有意义、有情感的人格化存在，地上的植物与资源也具有浓郁的人文理念。西方理解一棵树的意义，如活着的树可以保水保湿，供人乘凉，砍下做家具，树木本身没有意义。中国传统认为，自然不仅是被征服的对象，也是人格化的、有意义的存在，中国文化赋予万物丰富的人文内涵。《道德经》说“上善若水”，水的品德总是往下流，滋润万物，从不居功，从不要求回报。水能包容万物，随器赋形，水又坚韧不拔，以柔克刚。《道德经》中“自然”的意思是“自己如此”，道法自然是中国文化的根本精神。“道法自然”，就是强调尊重事物的本然状态。中国科学文化不是把天地万物看作冷冰冰的东西，只有认为它们具有生命价值，对自然才有敬畏之心。我们讲的合情、合理，已成为国人看问题、办事情的思维习惯。美国军事学家托马斯·菲利普斯在给英译版的《孙子兵法》所写的序中，比较了西方兵圣克劳塞维茨的《战争论》与中国兵圣孙武的《孙子兵法》思想。他讲西方追求理想主义、完美主义，在战争中，最终解决问题是消灭敌人有生力量，不仅是消灭敌人的物质力量，还包括摧毁敌人的精神力量，战争一定要达到完美、理想的结局。但是，孙子讲，攻心为上，战争的最高境界是不战而屈人之兵，不一定要把敌人消灭光。托马斯-菲利普斯很赞赏中国人这种思维方式，因为它合情、自然、合理，自然就是本来状态。
与中国人文精神相联系，中医生命观重视人体功能的恢复，强调人体精神状态对于治愈疾病、恢复功能的意义，践行的就是道法自然的自然之道，也是科学之道。中医学秉持天人感应的生命宇宙观，讲的就是人与自然界密切互动关系。天人相应是说，天（自然规律）和人（人体运行）是互相适应、互为反映、互为映照的。在诊治疾病与预防疾病时，注重自然环境对于健康与疾病的关系及其影响。中医认为“有诸内者必形诸外”，由此寻求治病养生之道。面对由人与环境相互影响、相互制约形成的生命小宇宙复杂系统，中医更适于把复杂性当作系统来处理，这就是阴阳系统状态模型，具有超越现代科学的思维理念。
整体观具有连续性、立体性和系统化的特点，这已引起现代科学的重视。即分别是纵的时间层面把事物视为一个延续的发展过程，从横的空间层面把诸种事物内在因素视为一个庞大网络，从纵横两面对事物进行层次和结构的整体把握。中医学主张人自身整体性和外环境的统一性，讲究生活环境和生活方式对生命健康的重要性，与中国文化相融的中医学“三因制宜”思维就是整体观，是系统论思想。它表现为人与自然的统一，人体生命现象与社会、自然之间相互依存，人体各个组成部分之间不可分割，功能上相互协调，病理上相互影响。中医学运用中国文化尤其哲学上的阴阳属性反映对立统一，用五行生克理念反映整体相关性，重视人体生命现象的整体性及其疾病本源的关联性。在对疾病的把握上，从宏观的角度归结其为系统状态模型的不平衡不和谐状态，不局限于局部结构及微观处。西方科学还原论不是不考虑整体性，但问题是经过无数次分解、还原，一个个部分、层次弄清楚后，整合的面貌并不是部分的简单相加，因为它简化掉了产生复杂性的非线性关系，整体不是等于部分之和，而是大于部分之和。这正如贝塔朗菲（1901—1972，奥地利著名分子生物学家）所说，当对生命中各个分子都了解清楚时，对生物的整体图像反而模糊了。当前，中国文化整体观的根本精神，引领系统性科学的发展。
长久以来，西方实证科学流行，以致科学主义成为时髦，理性至上及逻辑推理成为普遍有效和唯一科学的思维方法。反观中国文化，其思维传统是直观的，常被认为是不科学的，因为它模糊含混、不清晰、不规范。自然科学概念运用于一切领域包括医学，理所当然地成为正面评判价值标准和唯一尺度，这就是科学性，这就是理性标准。实际上，直观思维是对事物直接的感受，也是比较普遍的。生活中遇到的大量事物一开始都需要通过感性来把握，这就是直觉。从思维发展来看，直观思维是直觉、体悟、判断为一体的把握事物及本质的方式。直观思维具有直观性，又有实践体悟性。直观思维，不仅是我们日常思维的生活方式，也是科学研究及人类创造发明的基础，感觉与判断力是一种智慧与能力。
评述：中国古代多讲“天人合一”“知行合一”，这种求统一、求和谐的思想，缺乏细致分析。汤一介谈到：有人认为元气论接近量子场论，《周易》中有二进位的电子计算机原理等，但是元气论并没有发展成近代科学，原因是元气论是一个没有经过分疏的总体观，传统哲学没有建立起系统论和逻辑分析理论观 （见《面对中西文化》一书，5～6页） 。中国传统思想中，人们对事物的观察和认识往往是总体性的，没有进行分门别类的具体科学研究。按照恩格斯观点，现代科学需要经过形而上学机械论阶段。“元气论”接近于“量子场论”“相对论”，中国传统思维方式接近于近现代科学，但这只是一种形式上的接近。直观思维有其缺陷性，在于不规范、不清晰、不精准等，缺乏数学化精准性特质。但是，我们不能由此说直观思维不科学。
直观思维蕴含的模糊性，有很强的理论价值与实践意义。它不仅得到了西方学者的高度评价，也有很强的现实意义。美国学者约翰·希里格斯在其与英国学者合著的《混沌七鉴——来自易学的永恒智慧》一书中说，混沌的科学思想源于研究人员对于气象学、电路、湍流等复杂物理系统的研究。《易经》的作者和注疏者曾长期深入思考自然界和人类活动中的秩序和无序间的关系，他们最终将这种关系称为“太极”。当代世界的社会状况类似于物理系统中的非平衡状态，混沌科学会帮助我们理解所发生的一切。与中国传统文化相融共生、根系一源的中医学对人体生命现象和疾病的认识是一种独特智慧，源于生命现象的复杂性及精准、模式、规范认知的困难性。中国自古就有与西方不同的文化传统，在求真方面具有与西方不同的认知内涵，这就是善于在确定性与不确定性、有限性与无限性、清晰性与模糊性、绝对性与相对性之间寻求一种中性思维度。一方面追求知识，另一方面，也是更重要的方面，就是通晓人道。西方现代主义遇到困惑，希望从中国文化科学传统中寻求智慧之源，是有其深刻根源的。善于从中国文化科学传统中吸取营养，把握思想和方法，基本的和主要的表现为以下两个方面：
第一，人文精神。
与单纯征服自然的求力意志及理性自由相比，中国文化赋予自然界生命的意义，是工具理性与目的人文的统一。“上善若水”的思维方式，注重的是看待水对人类的意义及“君子不器”的品质。中国文化把天地万物看作有生命、有生机、与人相融共生的组成部分，中医生命宇宙观体现出“人道”医学特性就是这个道理。力学自然观是实验室走出来的科学，认为一切都是客观的、数学的、机械的，一切变得数字化、简单化。现代科学变得无生命、无生机意识，人体生命现象和疾病成为被消除了质的多样性的纯数学存在，这是西医学的科学特性。
第二，辩证思维。
中国文化表现出浓郁的辩证法思想，不仅认为事物之间联系的整体性，还认为事物处于运动变化和发展过程中。与西方理性科学思维非此即彼，此是彼非不同，中国直观思维是亦此亦彼，此中有彼，彼中有此，此可以变为彼，彼可以变成此，因而科学、真理都是相对的。中国文化倡导自然合理及和谐理念是辩证思维的表现，因为自然的才是合理的，也才是科学的。中医注重功能的恢复是自然的、合理的，也是科学的。现代科学给我们提供一套确切明白的知识体系，具有实用性。而实际上，任何知识都是不确定的。罗素认为，人类追求确定性是不可能的，人类永远处在探索哲学问题的永恒的过程之中。即便相联系的事例足够多，而且或然性可以几乎接近必然性，但也只能无限制地接近，都永远不能达到必然性。对医学的过度依赖，源于对医学的科学性高度认知，认为检查的精准，治疗上又无所不能。对医学科学性的认知，对疾病与健康关系的把握，进而通晓养生之道，需要转换科学思维方法。