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科学是什么？科学是国人耳熟能详的词汇。在国人心目中，科学自然是正确的代名词，科学就是好的东西，具有正面价值判断功能。教科书对“科学”的定位：文明的永恒、普适、唯一性，对一定物质条件下物质变化规律的总结，可以重复验证，可证伪，自身没有矛盾。1888年，达尔文给科学下定义：“科学就是整理事实，从中发现规律，做出结论。”它是建立在实践基础之上，经过实践检验和严密逻辑论证，是反映客观事物的本质及运动规律的知识体系。从逻辑上看，科学理论自身能做到逻辑上的一致性，自圆其说。从经验上看，科学理论是可以用实践或观察加以检验的预测，实际生活中有已被证实的预测等。
通常意义上，科学包含两个方面：一是自然科学；二是社会科学。自然科学是研究无机自然界和包括人的生物属性在内的有机自然界的各门科学的总称，它认识的对象是整个自然界，即自然界物质的类型、状态、属性及运动形式。近现代自然科学具有如下特征：它反映的是事物的自然性、客观性，具有清晰性、准确性、标准性。它主要运用理性演绎的思维方式，非此即彼，也可称之为技术科学。近现代自然科学是机械形而上学的世界观，以求力意志性为特征，勾画出世界图景的机械化、标准化、模式化，与理性实证演绎和思维相结合的科学标准和概念指的都是近现代自然科学，其方法论是还原论，把质还原为量、宏观还原为微观、整体还原为局部、复杂还原为简单，是实证科学。社会科学（social science）是关于社会事物的本质及其规律的系统科学，是以研究人类社会现象的模型科学。社会科学中系统性思维蕴含有主观性、社会性，它是以感性直观为主或感性和理性相结合的思维方式，具有复杂性、非线性、过程性的思维特质，既可以非此即彼，又认同亦此亦彼。社会科学尤其中国传统文化丰富的辩证法和人文精神蕴含着系统论的世界观和方法论，特点鲜明。
科学作为社会事业，涵盖两个方面，其价值判断也应该有两方面的内容。但是，在当今的日常用语中，主要用自然科学定位科学。指代性复杂的“science”一词在古希腊所代表的认知传统到了近现代成为自然科学的内涵，一方面与日本的不恰当翻译有关。日译把“science”一词译成科学，并没有切中“science”本义。自19世纪以来，指代性复杂的“science”进入了专业化、职业化时代，数、理、化、天、地、生各自独立发展。“science”在古希腊蕴含的认知传统、理性传统到了现代已经成为实用主义的技和艺。在现代科学意义上，科学重点指的是“艺”不是“道”，是“用”不是“体”，这样的科学观念只是西方科学的“末”而不是“本”。日本对“science”一词的翻译影响到我们对科学概念的认知。中国近现代缺乏西方语言的翻译人才，而日本引进西学较早，近现代中国人多数到日本留学，阅读日本文献相比英文要容易，中国大名鼎鼎的人物——梁启超、严复、康有为、王国维等大都采用日译名词。在中国文化结构中，文哲史、天地人都是不加区分又都根系一宗、相融共生的文化，因而，日本翻译家把近现代已经分科了的science一词（仅蕴含自然科学），翻译成了西方传统思想指代性复杂和众多的“科学”一词。另一方面，自然科学被定位于科学，由于其实用性被强调，即科学等同于科技，它一定能转化为技术力量，技术力量成为近现代提升军力、国力的强有力手段而不可被替代。直至今日，自然科学受到重视都是这种思维占主导。
1840年鸦片战争后，救亡图存成为中华民族最为紧迫的任务，认识到船坚炮利是西方先进与富强的标志。1861年，清政府中的开明势力开展了一场“洋务运动”。后来随着第二次鸦片战争、中日甲午战争及八国联军入侵中国等一系列战争的失败，国人认识到，在学习和引进西方军事技术过程中，只学习船坚炮利是不行的，还要学习西方的科学理论、科学方法及科学思维方式。中国是全方位的落后，要抛弃中国传统的人文及其思想体系。“中学为体、西学为用”受到质疑与批判，主张西体西用。中国传统文化价值体系被抛弃，而西方科学（指自然科学）及其技术成为中国人最易认同和接受的东西，西方现代科学的“用”转化为“体”，“器”也转化为“道”。国人倾向于把科学等同于科技，中国没有科学部只有科技部就能说明这一点。1977年5月，我国哲学社会学科从中国科学院分离出来归入新成立的中国社会科学院，中国科学院的内涵就特指自然科学，科委和科协也都是与自然科学关联在一起。国人所接受和认知的多是自然科学思维模式，并以此来定位科学，是有深层次根本原因的。
改革开放后，国人迎来了“科学的春天”，追赶发达资本主义国家的科学技术，成为国人的迫切愿望。重视现代轻视传统，重科技轻人文，现代化也指的是科学技术现代化。在医学领域，就是重西医轻中医，用西医标准和模式看待中医，以西医解释中医，把中医纳入西医体系之中。这种思维主导着一些人中西医结合、实现中医现代化的理念与实践操作方法。中医是我们的原创，但“医学院”及“人民医院”的内涵是西医，这与我国文化建设与医学价值体系认同有关。改革开放以来，中医望、闻、问、切等传统诊断方式及“医乃仁术”的职业道德及社会理想等人文精神受到市场经济的严重冲击。
教育上重理轻文，认识上科学等同于科技，这是对科学全面性认识上的误区。恩格斯提出，熟知并非真知。西方哲学家尼采认为，科学是一种社会、历史和文化的人类活动。美国科学家库恩·费耶阿本德对现代科学的定义早就提出了质疑。《科学是什么》 （吴国盛著） 一书指出，实证科学（现代自然科学）不能代替科学全部。西方后现代主义指出了现代科学的局限性和片面性。科学思维影响到我们习惯性思维、学术研究、日常生活及治国理政，影响到我们的文化建设和科学教育事业，影响到我们的医学教育与发展方向，其影响力之大怎样表述都不为过。2016年11月11日， 习近平总书记在孙中山先生诞辰150周年纪念大会上指出，“我们现在所处的时代比历史上任何历史时期都更接近于实现中华民族的伟大复兴，比历史上任何历史时期都更有信心、有能力实现这个目标”。我国早已从鸦片战争及“文革”结束后国家面临的生存危机中走出来，我们现在所处的危机不是救亡，也不是图存，更不是启蒙，而是重塑与21世纪中华民族地位相适应的文化主体。科学是文化的重要组成部分，在医学领域，涉及我国医学主体发展模式与发展方向。加强对科学的全面性认知，极具现实意义。