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生物学界认为，在自然选择作用下，自然界存在的生物与生物之间、生物与环境之间的协同关系是生物进化的关键因素，这种协同就是和谐共生的关系，人体生命现象由环境决定。人类在漫长的生存发展和进化过程中，始终受到自然环境的影响，人体的组织器官及其功能也处于不断的进化过程中。在这种过程中，人体生理系统具有与之相适应的能力。同时，也具有与自然环境不相适应的一面，人体就会出现疾病，有疾病就存在与自然环境之间的斗争，在长期的斗争实践中形成了一系列有益的经验和方法。在与自然界及社会环境和谐相处的对立统一关系中，人们对人的生命现象的认识，涉及健康与疾病关系问题。疾病与健康是一对矛盾，人类为了健康，就要努力减少疾病，在与自然界、社会因素的相处中保持一种和谐自然状态。一旦生病，就要与之进行斗争。斗争的方式有多种，主要有自然相处和人工干预，人工干预就是医学。人类开展对疾病的斗争产生的医学有许多种，在世界上有影响力的医学主要分为两大类：一是中医，一是西医。
《易经·系辞上·第十二》说：“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”形而上与形而下是两种不同的科学体系，也是两种不同的研究方法。 形而下的科学研究的方向着眼于某一事物的某一个侧面。西医看到的人，也是人的有机体，但西医的视野把活的整体的人归结到组织器官水平、细胞水平、分子水平上，力求在最细微的层次上研究机体结构和功能。西医的分析方法把人拆成零件，然后分头研究构成整体的各个部分。集自然、社会、心理为一体的人被肢解为分子、细胞水平后，存在着人的整体性被简化了的现象。这样从微观看宏观、从局部看整体、从简单看复杂、从量看质，以此看待人体生命现象及疾病发生发展的本质和规律性，就有缺失的部分。医学看是精准，却离对疾病的精准把握较远，就是这个道理。
近些年来，西医运用最新的基因组学方法，试图即刻查明包括感冒在内的基因组表现形态。疾病是人体自身生存环境及自组织系统遭到侵袭和破坏的结果，人体表现出的症状及化验检查给出的病名，可以清楚明白地告诉你，身体内出现了不和谐及不平衡状态。与疾病进行斗争，改变这种不和谐及不平衡状态，是患者就医的目的。医院运用各种技术手段及方法对疾病进行干预，患者症状解除及检查指标正常，表明医学治疗成功，是疾病治愈的标准，也是西医治病的特点及表现形式。根据有用性和有效性标准，这种治疗方法当然具有科学性。 对于疾病症状及疾病之名的认识，涉及生命价值观。西医生命科学观从微观入手检查、诊断和治疗疾病，着眼于人体的局部，这就是西医所说的病灶。西医的检查及化验指标成为检验疾病治愈与否的事实依据，有时疾病症状解除了，检查指标也正常了，但人的“精、气、神”并没有恢复，这是因为体内环境并没有达到和谐平衡状态，还不是完全意义上恢复了健康，与践行大健康理念与目标还有距离。生命健康不能过度依赖医疗，就是从这个层面认识的。
医学面对的人具有自然属性、社会属性，是具有心理、精神因素整体状态的人。中医将病人一系列不适症状归之于证型，这种定性方法就不是局限于症状。 中医从人体内部的整体组织性与外界的统一性，从人的社会性与精神性的相互关系上把握人体生命现象，源于中医认为生命是一个复杂的有机整体，人体病理现象与生命现象不是单纯的线性关系，不是简单的一一对应关系。中医学以活的整体的人为中心而展开，通过望、闻、问、切获取的自然流露于外的机体反应状态，是中医学的证候，以证候为研究对象而形成的医学理论，是中医的本质属性，是“形而上之道”的思想体系。
中医被称为“打不开的黑箱”是生命宇宙观，把人体作为一个整体，并与自然界、社会联系起来，研究的是生命过程中自然流露的机体反应状态。《素问·五运行大论》讲“夫候之所始，道之所生”。“候”就是机体反应状态，“道”就是生理病理规律及治病方法。中医生命宇宙观认为，所有的病都是现象，本质上是个人身体内出现了各种不和谐、不平衡，医生努力的方向是去帮助调整这些不和谐、不平衡状态。中医治愈病体现在生命体机能上的和谐平衡状态，称之为“阴平阳秘”。不仅是疾病症状的解除，还表现在人的精气神的恢复与生活属性、功能属性的正常化，这就是中医学的标准。与明白、确切的科学知识体系相比，中医学不具备现代 自然科学的体系特点，中医被认为不科学。对此，中华医学会会长、中国工程院院士钟南山认为，世界上所有疾病都是假象，所有的病都只是个名，但我们不知道它实际是什么。但现在医疗模式被过于强调，让我们对医生和医院过于依赖，这是非常不正常、不健康的。（2018年1月9日，钟南山院士在首届粤港澳大湾区卫生与健康合作大会上的讲话）。人到一定年龄，身体机能就会逐渐出现下降趋势。人生步入老年，生理指标就会偏离正常值，这个自然规律是医学无法改变的。大量实践证明，人体内部不同程度地存在着癌细胞，但有癌细胞不一定是癌症，与癌有关的基因也不一定得癌，也不应该将某些生理现象作为病理现象，强行或过度干预并不一定会对人体健康有利，但西医学面临的困境及表现出来的问题，恰恰就在于过度干预，这是生命科学观的认知层次。对此，樊代明院士强调说要纠正的错误观点是：一有病就要治，二认为病都是治好的。
人类在漫长的进化与发展进程中，不断受到自然环境、社会因素及精神因素的影响与侵袭，同时，也促进了人类的自然性选择。生病也使人体生命器官始终存在于不断的进化之中，很多疾病可以依靠机体的自然力修复。人体生理系统本身具有适应力，有时不需要医疗干预就能自行修复，这就是人体长期进化过程中形成和具有的抵御疾病的自愈力。医学也只是顺应天道，帮助与提高人体自愈能力。由于人体体质之间的差异性，其自愈能力也不相同，有时差异很大。人体的疾病，有的一治就好，有的治不好，有的不治也会好。西医学不可谓不发达，为什么人体的自愈能力会下降呢？这与现在用药等医学的过度干预有关。 美国医学会指出，医生的责任不仅仅在于开药方，还在于给患者提出指导性的生活方式。人体感冒90%以上是由病毒引起的，但医生及其病人都习惯于使用有抗菌作用的抗生素。美国医学会提出要求，医生不可以随便给病人使用抗生素，除非疾病是由细菌引起的。医生不能遵守这个规定，将会受到被吊销行医资格的处罚。医患关系出现的问题，一部分源于病人及其家属对于医学期望值过高，过度依赖医疗，认为付了钱就能治好病，这种等价交换概念在医学界 很管用，这是对医学认识上的严重误区。
人体免疫系统涉及细胞组织及其器官的相互作用，而用药也无法取代人体内与生俱来的具有防御和修复双重功能的免疫系统。治愈疾病是通过自然力实现的，而自然力是通过生命力产生出来的，所以医生的治疗就是有助于促进机体自愈的能力。 2004年《英国医学杂志》提出了一项研究成果，在最常见的60种疾病中，最佳办法是不予治疗。如前列腺癌手术切除弊大利小，乳腺癌手术存活时间不比保守疗法长。因而有人提出，对某些病的治疗价值需要进行重新评估。适当用药（有时也不需要用药）同时，注重病人改变饮食习惯及生活方式，调整好心态，注意调养等辅助性支持，以此来提高人类健康，谋求自然力与人工干预的平衡。医学的人工自然向生态自然转变，在治病过程中，限制干预范围，改变攻击性、破坏性的医疗观念，提倡建设性、自然性的治疗理念。生态自然是在人工自然基础上，复归天然自然的过程。人体生命是一个复杂、无序、难以准确预知的有机整体，是混沌理论架构。医学应该以混沌理论及理念认识人体生命现象，进而认识与治疗疾病，让医学理论及治疗方法回归于本真的状态。
已经有研究表明，人类进入21世纪，70%～80%的人有不同程度的心理及精神性疾病，而精神疗法及安慰剂效应已经成为人体疾病治愈和康复的一个重要手段，也是自然医学派及医学活力派坚持的观点，与中医“百病生于气”的理念相一致。美国著名学者莉萨·兰金（Lisa Rankin）医学博士写了一本很畅销的书，书名为《安慰剂效应——TED临床医生亲身实践的非药物疗愈法》，她是线上健康社群“OwningPink.com”和“LissaR-ankin.com”网站的创办人。她热衷于探索人们生病的因素是什么的话题，深入研究医生可以通过怎样的方式来为病人提供更好的照顾，同时病人如何更好地自我照料。她在谈到安慰剂效应时谈到以下观点：一是通过结合积极的信念和医护人员的悉心照料，心理作用能够改变身体的生理状态；二是通过选择生活方式，心理是如何改变身体的生理机能的；三是她创造一个全新的健康模型，这种模型就是她开具的治疗心理及精神性疾病的处方，这个处方包括彻底的自我关爱和自我疗愈的六个步骤。她并未奢望能够说服所有的医生，只是希望他们能够倾听她的观点，并以此希望医生们能够扩展自己的思维方式，帮助医生们净化过去的想法，释放关于健康和医学的那些过时的观念，并一起去探索人类生命现象的奥秘及疾病本质，这是认识医学生命观的视野。
随着科学的发展，对人体生命现象本质的揭示在逐步增多而趋于全面，这就是复杂性科学对人体生命现象、生物系统、天地人等复杂系统的认知。 我国著名科学家钱学森在20世纪80年代就指出，西医起源和发展于科学技术的分析时代……人体科学一定要有系统观，而这就是中医的观点，中医理论包含了许多系统论的思想。中医与西医两种不同的科学体系，在近现代文化和科学研究中占据大部分内容，影响到对科学的认知和思维方式，进而影响医疗模式、生活方式和健康养老事业，这是今天我们极力关注和重视两种医学价值及其关系的根本所在。
基础理论来源于实验归纳。 它以生物物理和生物化学的方法，通过实验了解各个局部的生理功能及其病理反应。通过预先规划设定的物理或化学实验，以取得预想的药物。经过临床试验作用于人体并取得一定效果，产生一种新药，对全部实验结果进行归纳，形成西医的基础性理论，这种理论很直观，不仅可以重复，也可以还原。动物身上具有的生理、病理、药理反应构成医学生理学、病理学、药理学的理论基础，在此基础上，形成西医的诊断学和治疗学。解剖学对人体内部的组织、结构看得见、摸得着，对人体内骨髓、血管、神经、肌肉组织及器官了如指掌。在尸体及动物身上进行的生理、病理、药理实验最终还要在人身上进行检验，为药物治疗的有效性及有效性的程度下最终定论。
医学解剖分析方法把人拆成部分，然后分头研究各个器官、组织乃至 细胞、染色体、基因的结构、生理和病理特点。现代科学技术为西医所利用，如显微镜、X线，声学、光学、物理学、化学等的最新成果越来越多、越来越普遍地运用于西医的实验、诊断和治疗。对人体生理和病理现象的把握相对地越来越细、越来越精准，趋势越来越明显。 西医从微观领域入手来探讨和认识人体生命现象及疾病，这种研究方法及其特点具有独到之处，有助于对疾病结构形态及相应功能属性的清晰性、准确性、确定性及量的把握。西医对于单一因素疾病比如传染病、某些单基因缺陷疾病等疗效显著。对病毒、细菌等微生物病源，经过科学研究，做出微观的定性，血清学、病原学、毒力学搞清楚后，做出疫苗或抗生素，如对于传染性疾病能够很快控制住，对于伤口感染、肺部感染等高死亡率的情况也能够用抗生素控制。这种有效率高得惊人，往往是99%以上的成功。天花等重大疾病被消灭，这是西医学的巨大成就。正是在传染病方面的巨大成功，使西医占据了中国医学的主导地位。
西医追求精准度，使得它的学术分科越来越细，对疾病的诊断与治疗也提出了新的更高的要求。病人到医院一定要进行检查、化验，而且不止在一个科室，也不止进行一种检查，有时需要反复检查。西医这种实证科学的诊疗特点具有现代自然科学所追求的精准特质。人类对人自身及其事物的认识需要在不确定性中把握确定性，在混沌中把握精准和清晰。而且全面的认识、把握功能需要认识结构，把握宏观需要认识微观，把握整体需要认识局部，把握动态需要认识静态，这是以西医学为代表的现代科学的价值所在，也是值得称道的。人们对西医治病上的高效与精准价值认知度较高。
西医是现代科学求力意志的表现形式。通过研制药物或手术使人体病理得到改变，这就是西医给予人体一种作用力。西医治疗疾病也是为了增进人体免疫机制，从而提高人体自组织的恢复力。西医在发展过程中，西药群体性治疗方案及手术疗法在解决疾病痛苦、改善症状方面确实会有立竿见影的效果。西医在研究及临床上，对人体疾病的病理进行干预，通过设计操作的目标和手段，探寻病情发生、发展的规律性，从中寻找共性与标准性的治疗方法。求力意志是西医认识与控制疾病的特点，这种特点在认识事物及认识人体生命现象方面具有普遍性，表现为认识与控制疾病能力的提高、技术手段的进步。 西方科学从基督教神学的束缚下解放出来，求真科学让位于求力意志为特点的现代科学。
评述：自然科学表现出的求力意志性是现代性科学的表现形态，它在近现代具有无与伦比的影响力、支配力。在人类历史上，自然科学对于社会进步做出了影响长久的贡献，功不可没。自然科学在中国也具有深厚的影响力，已固化为中国人的思维习惯，成为一种思维定式。求力意志性归之为理性科学范畴，特征表现为数学化、化学化、力学机械化。医学作为求力科学的分支和重要组成部分，在认识与控制疾病方面的求力意志性在不断增强，体现在止血、急救、接骨、解救孕妇临产、诊断腹内疾病等方面，满意度较高。
西医学随着现代科学技术而产生，又随着现代科学技术的发展，研究方法在科技进步中不断改进。仪器设备的更新，化验、诊断技术的提高，治疗手段的增强，都是西医技术提高的标志，是医学技术先进性的标尺，也是现代科学技术不断进步的表现形式。西医学在现代科学的推动下不断取得新的成果，西医学在某种程度上代表着现代科学技术的进步状况。物理学、化学、生物学、声学、光学、影像学、激光等技术不断运用于西医的诊断与治疗之中，其现代性有目共睹。正是在这个意义上，世界各国为了促进和提高医疗水平，不惜斥巨资不断运用现代科技，不断为患者研究和运用新型药物和治疗手段。《华尔街日报》2017年12月14日网站报道，中美逐鹿“精准医学”，谁能更快破译国民基因密码？科学家希望能识别出致病的基因突变或基因异常，集中破解基因密码，然后根据每个人的基因蓝图定制药物，加深对疾病的了解，从而发力挺进“精准医学”的前沿。医学科技化，是西医科学性体现。
西医通过实验、循证研究，探寻人体生理、病理现象及药理作用，进而把握诊病治病规律性，形成了标准化、模式化、规范化等共性的内容。仪器检查到局部生病的细胞，生化检验出化学化的数学指标，医学结合患者主诉及表现出的症状，将其归之为某一类性质的疾病，并为之命名。为疾病定性命名具有规范性、普适性标准，治疗上相应也表现为模式化，形成了系统性强的医学模型，体现为群体化治疗方法。按照西方哲学观点，对事物与现象能够认识取之为名，不能相识取之为相，以便再识，在医学上，就是留待观察。不能为疾病定性命名，就无法采取治疗。因而，西医的难点体现在诊断方面，一旦诊断清楚，相对应的主要就是群体模式的治疗方法。西医诊断与治疗的模式化，依赖于现代自然科学技术的精细化、标准化、规范化，这就是医学的科技化。有时医学等同于科技，就是从这方面认识的。
不同体质类型的人，由于个人免疫力、耐受性、过敏性、环境因素、生活习惯等不同的原因，完全科学化的群体治疗方法表露出的问题在于，对于某些差异性大的部分群体，是在医学规范标准之内或是之外，难以得出明确性结论，有时针对不同病人，很难对治疗价值进行评估就是这个道理，如对于“三高”疾病、某些癌症患者等。医学治疗中有的效果差，有的人用药后易出现过激反应，有的副作用明显等，这些都是群体化治疗带来的不良现象。某些疾病对于不同的患者，也不像医学推断的那样严重。 由于个体的差异性，病人可以与癌细胞共存，有的癌症患者存活时间长、存活率高，有的疾病不治或者通过保健、养生就能自愈，就是这个道理。 研究证明，吸烟与喝酒对健康不利，但对于有的人负面影响就不明显，这源于：一方面健康与致病之因，并非存在直线、单线、简单的一一对应关系；另一方面在于个体之间的差异性。按照哲学观点，共性只能大致包括个性，任何个性不能完全被包括在共性之中。群体化治疗对于差异性大的 体质存在偏差，群体治疗模式表现的弊端，其原因就在于此。 另一方面，个性也离不开共性，个性表现着共性。共性体现的是事物类的性质，如果说个性指的具体物质及现象，那么共性则是共同本质，共性具有普遍性，也有绝对性的一面。从细胞、染色体、基因等细微处研究人体病理结构形态，由于抽象掉了精神、心理等功能状态因素，因而，医学研究出的共性有普世价值，群体化治疗的标准化和模型化，体现出一定科学性特质。
中医学认为，疾病与健康不是孤立存在的，它们与自然环境、社会因素等相互关联，具有动态性、过程性和辩证性。在中医观念中没有具体病的概念，中医被称为过程性医学就是这个道理。这个过程性医学还表现在，治病与防病、康复、生活密切相关，防病、治病、康复、生活之间又相互作用、相互影响。一方面，医学治病的立足点和落脚点在于患者康复后生活功能正常状态力求最大化，治疗要服从和服务于这个目标。治病过程中注重与患者沟通、倾听患者感受。另一方面，医生也不仅体现在治病上，从价值观和方法论上引导患者对治病模式的选择，有责任和义务向求诊者传授健康理念及健康生活方式、养生之术，帮助患者向健康最好的方向上发展。中医学认为，最好的医生是自己，医生的作用就是引导患者，这也是“上工治未病”的中医价值观所在。总之， 其一医生要成为求诊者的挚友、老师，其二患者对健康要有科学的认知。生命健康不仅是无病，还要“知其道者，法于阴阳，和于术数”“饮食有节，起居有常”“虚邪贼风，避之有时，恬淡虚无”等，保持“阴平阳秘”的精神状态。这些观点集中体现在“道法自然”“形与神俱”的生命宇宙观。 中医学的智慧体现在：
其一，中医是哲学。 哲学是什么？哲学是境界之学、智慧之学，从有限把握无限。中医的哲学观从现象认识本质，形成了“有诸内，必形诸外”“候之所生，道之所生”的认识论，“司外揣内”的方法论，践行的是“治病必求于本”的生命宇宙观。
其二，中医与文化相融。 中医的根本精神蕴含着治国理世之道，良医良相理念及上医治国、中医治人、下医治病的内涵，在于“物一理也，通其意无所不可” （苏东坡语） 。中医治病就是救人，也是治国，治国也是治人。因而，中医被称为是“人道”医学。
其三，中医具有艺术性。 中南海御医胡纬勤讲，中医是一门伟大的艺术，具有通天的手眼。基于生命健康的复杂性，中医运用系统状态模型如表里、寒热、虚实、阴阳及“升降出入，无器不有”的认知来把握，这种“大道至简”的思想智慧和方法论，具有很强的欣赏与品味价值，是中医艺术性的体现，需要灵性和感悟来把握。中医的艺术性还表现在“有病不治，常得中医” （《汉书·艺文志》） ，“不服药为中医” （清代学者钱大昭注释 语） ，“治心病以‘广大’二字为药，治身病要以‘不药’二字为药” （曾国藩语） 。中医治病的艺术性真谛在于“上工治未病”“药补不如食补”“食补不如神补”及“是药三分毒”，能不用药就不用的道法自然理念。现代西方自然医学派提出，能不动手术尽量不动，能不吃药尽量不吃，要调动自身的修复能力，也是这个道理。
其四，生命宇宙观与大健康理念。 生命不是造物主创造出来的，是天地之和气而生。维持生命力和健康，就要“因和而生”，运用“中”的理念调整不平衡、不中正，使不平和臻于和谐平衡的功能状态。中医治病以固本达到“阴平阳秘”状态为己任，以恢复和保持生命功能正常状态最大化为目标，这些是中医核心价值观和思维方式。在方法论上，就是“和于术数”，具体表现在“饮食有节，起居有常，不忘作劳……” （《素问·上古天真论》） ，达到“真气存之，精神内守”。自然界春生、夏长、秋收、冬藏的自然规律及天要下雨、地震前兆中，动物出现的异常举动现象，是求力意志、征服和改造自然的现代科学不能逆转和改变的。中医“道法自然”理念与西医鼻祖希波克拉底关于“是人体自身战胜了疾病”的观点有通融之处。西医学发展进入误区，在一定程度上突破了“以不伤害人为底线”的医学理念，有悖医学立论初衷。《抱朴子》中的一句话有助于认识中医智慧，即“非长生难也，闻道难也。非闻道难也，行之难也。非行之难也，终之难也”。这句话意思是说， 不是养生艰难，要懂得养生之道艰难。不是说听到养生的道理很难，而是正确的践行艰难。也不是按照道理去做很难，难的是能够坚持到底。 从中，我们能够认识和感悟到中医文明博大精深，奥妙无穷。中医思想理论和方法，对于把握生命健康，对于把握治病之道、养生之术，对于治国理世都具有深刻的启示价值。中医的智慧对于医学发展模式、医改政策、养老保险事业等具有很强的理论价值及实践意义。
医学的主要目的是治病，治病为了健康，健康是为了美好的生活。随着生活质量提高，人们防病、治病的理念意识进一步增强。医学之理之法之术，都应该立足于和服务于生活、健康、长寿的理念、原则和目的。这就要求医学治病能不用药就不用，能不手术就不手术，尽量做到不伤害人。治疗中损伤人体生理机能和免疫机制要达到最小化，实现恢复正常功能属性状态最大化。按照中医的理念就是要固本，表现在精气神及生活功能状态属性的恢复上。中医“治病必求于本”的思想理念及“以药之性纠体之偏”的方法论，追求的就是患者生理功能属性正常化的目标，这与生命现象的本质相一致，也符合生活要求及大健康目标。中医学是人道的医学，就是从这方面来认识的。中医的中药、针灸疗法及正骨理念等，践行的就是保障和恢复人体功能属性的原则，这是医学价值所在。中医的生命力，源于人道医学价值观。国家强调坚持中西医并重，不仅是对中医价值的高度认同，也是践行生命大健康理念和目标现实需要的理性选择。总之，解读中医的价值性、生命力与科学性，在于医学的出发点和落脚点是病人的生活属性、功能属性。
中医学与中国文化相融通，既是技术，又是文化。长久以来，我们对中国文化、中医学的“体”和“道”认识肤浅，把握得也不到位，就容易形成糊涂认识和错误概念。理性科学占据了我们的思维，这是长久以来文化及教育上的缺失造成的。2017年12月11日，中国生物技术网刊载一篇文章《科学你慢慢学，中医我先治病去了》，作者系清华大学生物学本科、美国匹兹堡大学医学院药理学博士、康奈尔大学博士后的谭亚娣。文中讲，中医是等待科学不断挖掘的宝库，“科学”对中医的认知会不断刷新，中医昨天和今天能有效地治好某些病，科学明天才能明白过来，为什么？他指出，判断医学的标准不是科学不科学，而是治病救人的有效性和安全性。美国有44个州允许中医针灸医师执业，欧洲在法律上也认可中医和针灸。全世界都在不断探究中医治病有效性的奥秘，杰出的中医都有不少神奇的治病疗疾的故事，疗效稳定。中医能够解决多因素、多器官、多系统复杂性疾病，理论清晰，也经得起时间检验，具有满意的疗效，这是中医生命力所在，也是认识中医科学性的实践标准。在世界医学发展史上，多个国家和民族形成了有自己特色的医学，中医学是特色医学的一种表现形式，且具有旺盛的生命力，表现在中医治病的有效性及治病除本的神奇上，这是中医的科学性而远非其他因素所能展示并让人信服的真实性存在。中医思想体系及方法应用的长期性、固定化，并非一定是落后的，恰恰从一个侧面证明中医学是成熟的医学，这种成熟性表现为稳定性和有效性。
中国求真科学具有与希腊科学不同的传统，表现在医学上，就是阴阳的对立统一学说及五行生克理论，成为人体物质与功能的概括，也是人体系统状态模型。中医看待人体生命现象向来是把整体与局部、宏观与微观、复杂性与简单性结合起来，一方面强调人是一个有机统一的整体，另一方面，注重人与自然相互影响，天人感应观是中国文化在中医学中的应用和表现形式。这种整体性医学，蕴含有系统论的思想精髓。中医关注整体层次上的人在做什么，产生什么效应，发挥什么作用？研究的对象是人整体层次上的反应状态及其运动。 按照西方哲学家亚里士多德的观点及系统论关于“整体大于部分之和”的论断，系统性是现代科学发展的生命力，这也是对中医生命宇宙观的价值认同。实证西医学在临床中会遇到不少令人生疑的现象。一方面，许多个学科医生都说病人跟自己的科室无关，医生对病人说：“你这个不是我的。”因为，所有的化验及检查都不支持本学科的标准和规范。病人说：“那我是谁的？”另一方面，又会出现这样的现象，各科医生看一样的病，都从自己这个角度用药，虽然每一个角度都是对的，可是加在一个病人身上，肝肾等代谢器官就受不了了。循证医学形成的扇理论、绳理论、柱理论等思想体系，带来的是头痛治头、脚痛医脚的方法论，且对疾病的治疗特性在于控制症状上。 这些现象需要医学深思思维方法的转换。
中医学对于人的把握，用现代系统科学的方式表达：第一，人是一个复杂的、有保持和恢复自稳能力的系统；第二，人的神明及理性在于人的精神性、思想性、文化性，这与形而上的科学人文精神相一致，也更能体现人的理性特征。人是自然的人，也是社会的人，是具有精神情态、心理属性的人。现代强调医生不应该只是开药的，要注重与患者的沟通，培养人文关怀理念。关心与热爱、同情与交流，应该纳入医生治病的思维理念之中。人类社会的进步，人类精神性疾病、心理疾病愈来愈多，疾病的康复与人的精神状态息息相关，这不仅是医学的观点，也是科学研究成果。中医着眼于物质的运动状态，注重人的精神性，而机器和物品不具有这样的特性，医学人文是医学的发展方向。
哲学讲，共性只能大致包括个性，任何个性不能完全被包括在共性之中。因而，个性化治疗方法与群体化治疗方法相比，对于患者个体具有更高的适宜度和更强的针对性。因而，个体化诊疗方法科学性程度更高。中医讲三因制宜、辨证论治的方法论，体现的是个体化治疗方法。 个体化治疗，一方面会增加诊病、治病的难度，需要医生对每个患者按照三因制宜的思维，从头开始，一一进行诊断并为之个性化处方。另一方面，也增加了总结系统性治病成果的难度。有些接受中医高等教育的医学生到了临床后，由于没有足够的积淀，缺乏对中医的深刻感悟，很难践行“大道至简”的智慧，针对不同个体疾病，不容易拿出个体化治疗方法。毛泽东在《实践论》中讲，感觉到了的东西，我们不能立刻理解它，只有理解了的东西才能更深刻地感觉它 （《毛泽东选集》第一卷，286页，2009年11月版）。 中国文化“由博返约”“厚积薄发”的根本精神，对中医教育和医疗实践具有很强的昭示作用和启示价值，中医工作者会感同身受。个体化治疗方法，需要深厚的智慧，才能形成看似简单的方法。在以西医为主体的医学氛围中，初学者临床上往往多是采用西医群体化治疗方法。
中西医都是人类研究生命现象、寻求健康、防病治病的生命观和方法论。 中医生命宇宙观把生命作为小宇宙来看待，这是人的整体观念。并且认为，小宇宙受到大宇宙的影响，是大宇宙的部分，这就是天人相应理念。有什么样的宇宙观，就有什么样的方法论。与中国文化相融，中医学将生命小宇宙变化的本质及规律性归纳为阴阳的对立统一及五行生克制约整体相关性，且认为生命具有心理、精神等不同于大宇宙的人文特性。疾病的发生，是人体机能协调平衡受到侵袭招致破坏的结果。 中医着眼于调节人体精气神臻于和谐平衡状态，“阴平阳秘”是治病理念与目标。由于人是自然界的一部分，与自然界根系一源，因而中医运用自然界动植物、矿物质治疗疾病是自然的、合理的。中医治病的方法论就是利用自然界物质的阴阳属性，治疗疾病的阴阳盛衰现象，这就是“以药之性纠体之偏”之道。中医将自然界事物统归为阴阳两性，运用阴阳属性的互补性及五行生克关系，以药之性纠体内疾病功能状态的虚与实、寒与热等阴阳盛衰现象，是中医的科学之道。这个道不是“以物观之”的物道，不是“形而下之器”的认知，是“以道观之”的人道，是“形而上之道”的认知。长久以来，西方科学对中国文化的冲击，在医学上表现为西医实证学对中医学认知的影响，由此带来对与科技共融的西医学是科学的认知。医学的科学技术浸润着医道，这个道是“以物观之”。
现代西医学的生命科学观，循证研究事物，研究方法犹如蒙面摸象的耳、鼻、腿等，总结出扇理论、绳理论与柱理论等思想体系。运用现代科技仪器等手段，循证研究，增强了人们认识生病细胞及病灶的清晰性、精准性，对于把握病情结构和微观提供帮助，也是疾病命名的依据之一。这种手段不仅具有质的确定性，也有对量的把握的精准性，对于把握生命健康功能状态的传统医学来说是一个全新的视野。由于生命的动态性、疾病的过程性，即生病的细胞及病灶不一定是“原”和“本”。有时症状解除了，但人体机能并没有得到很好的恢复，患者感受不同。时常出现人体亚健康状态，甚至患者很痛苦，但仪器化验检查指标都正常，这就是西医的困惑和局限。西方哲学中，有名与相的理念，遇物相识即启用名以便记忆，遇状态不识即述为相，以便再识。万事万物千姿百态，皆有名和相与之对应。西医是“形而下之器”的生命科学观，以实为基，循时而动进行研究和模拟，利用现代科学手段寻求微观处及局部病理依据和化验的客观指标，检查不到生病的细胞及病灶就不能确诊，也无法用药，再不能确定就用排除法，按图索骥逐一排查，到最后谁都不是，仍是待查，无法用药。这是为什么呢？西医仅从症状与化验检查上难以确定疾病本性，看到的都是一些现象。病人出现的症状是疾病的表现形式，而根本性的是体内环境及机能出现了问题。
现代科学的数学化、物理化、化学化、生物化，形成了机械化的科学形态，由于缺少人文精神，因而与医学不能等同。 西医的诊断方法对于中医诊断提供辅助和参考，有人称之为中医诊断的延伸，是有益的。问题是，现在有些中医学习者，学习了西医的诊断技术以后，被仪器检查结果牵着鼻子走，受仪器支配，选药用药局限于中药的化学成分及药理作用，淡忘了中医生命宇宙观理念，从而模糊了中医“以药之性纠体之偏”的治病方法论。这是中医西化，以西医解释中医的根源，也是西医不易认识中医的原因。中西医之间的关系在于生命宇宙观的差异，根本的在于认知层次境界上的差异。这种认知差异就是“形而上之道”与“形而下之器”的差异。按照笛卡尔对自己思想体系的整体性认知，哲学是“根”，科学是“枝”。因而，作为哲学的中医是“本”，现代科学的西医是“末”。与生命观认知的差异相对应，是中西医治病和维持健康方法论上的差异。西医是现代科学的写照，有其科学性和合理性。中医理念抽象而深刻，文化底蕴不深的“科学”头脑对中医宇宙观的把握困难程度高，极易受现代实证科学干扰，出现思维上的断裂与混乱。这是造成学生专业思想不牢固、青年中医改行多、名中医成熟慢的根源，也是认知中医的困难所在。现代科技手段对于中医把握疾病的质与量提供有益帮助，但不能由此主导中医思维模式。西医诊断及化学成分、药理作用分析不能支配中医“以药之性纠体之偏”的“道”的理念。否则，就不符合中医生命宇宙观之本。运用中医之道把握西医之术，需要智慧与方法。把握生命健康，寻求治病之道之法，需要更广阔的视野及科学的真知，需要“大道至简”的智慧。中西医的差异，是思维模式的差异，是不同民族特性的表现，根本的是文化上的差异，文化的根本是人文精神。