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综合治理法，顾名思义，就是综合采用多种方式构建符合集团和下属企业特点的管控模式。
综合治理法的开始，首先要对集团和各下属企业各自的经营环境进行分析，在此基础上，确定集团总部的定位以及面向不同下属企业的管控模式，根据不同的管控模式进行治理结构、组织功能、管控条线、核决权限的设计，并据此构建管控机制、制度和流程，以及通过信息技术、绩效考核、内控评价、审计稽核等手段确保管控机制的实现，并能够根据环境的变化对管控机制进行动态调整。
在此基础上，站在集团的角度，还要不断提高总部的价值创造能力，不断开展面向下属企业的宏观调控与变革推动，以助推这套综合治理体系的有效运行。
综合治理法无论听起来还是实际操作起来都比前两种方法复杂，但也有其优点。首先，只要按照以上程序操作，就能够逐步构建起完备的管控体系；其次，由于这套方法结合了管控体系落地的各种工具，包括制度、流程、信息系统等，使得管控不是仅仅浮在表面，而是能够深入到下属企业的每一个关键操作环节；第三，这套方法自带评估和监控机制，如果能够严格运行，是可以及时发现管控运行中的漏洞和风险并加以弥补的。
综合治理法看似复杂，但它有可遵循的程序，相对于人治法和法治法来说并不需要太多的特定条件，在实际执行中反而更容易操作和复制，是适合于所有类型企业集团的管控方法。
综合治理法使用的局限性主要在三个方面，一是对集团的管理基础有较高的要求，尤其是对总部，要具备建设和运行各项管控手段和工具的人才和能力；二是要有相对清晰的发展思路，如此才能使得体系的建设更为有效，不至于出现体系建了立刻变，建了不执行或体系与公司发展目标不匹配、束之高阁的局面；三是要有坚定的信心，不能期望罗马一天建成，要容忍短期投入不见效甚至招致负面评价的情况，稳步、扎实地推进体系建设。