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（1）总部缺乏必要的职能结构与实现能力
集团要管好某些工作，就必须在总部配备相应的职能，这种职能未必是设立部门，也可以是一个专门的岗位或某一岗位上的某些特定职责和职权，例如：当前很多企业都在向资产管理型总部过渡，那么，在资产评估、资产经营、资产处置、资本市场沟通这些资产管理工作的关键环节，总部就要配置相应的部门或岗位，并赋予这些部门、岗位相应的资源和职权，使总部能够建立起对应于以上定位的专业能力，这样才有可能实现预期的目标。
（2）科学的资源配置能力欠缺
多企业、多业务经营，客观上要求集团有能力将资源科学地分配到每一个领域，但由于集团的资源有限（甚至不足），并非在每个想发展的领域都有充足的资源支持，这就要求集团总部必须具有一套科学的评判机制，以最为有效地投放资源。如果资源的投放和配置方向发生了错误，必然会导致集团陷入“资源危机”，连日常经营都难以维持，发展就更无从谈起。
（3）总部人员能力或数量不足
伴随着多轮国企改革，精简总部部门设置和人员配置一直是改革的主流，不能否认，精简机构确实有助于提升管理效率，但也应当看到，作为行使必要管理职能的总部，毕竟要开展一定量的工作、做到一定的标准，人员还是应当有相对充分的配备，表面上总部精简了两三个人、一两个部门，从绝对数量上看是精简了，但如果这些工作因此而无法开展或者开展质量打了折扣，这个损失其实远大于精简带来的效益。
还有一个问题就是总部人员的“文职化”问题，即：多由博士、硕士等高学历的、缺乏基层工作经验的人员组成，或者是由一线退下来的人员、一线人员的家属等组成，这样的配置相对于总部的功能定位来说显然难以满足要求，既无法有效帮助下属企业开展业务，也无法起到有效的监督作用，大家感觉上总部总是高高在上，拿出来的制度规定总是难以执行，总部也因此离一线越来越远。