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管理会计是随着企业管理实践和理论的发展而逐渐形成的，并从传统财务会计中分离出来，具有现代意义的会计分支。
正如财务会计的形成与经济学的发展密切相关，管理会计的形成则与管理学的发展相辅相成。
被誉为“科学管理之父”的泰勒于20世纪初提出了科学管理理论，这一理论为管理会计的提出创造了条件，在此理论基础上形成的一系列科学管理制度也引起了企业管理的重大变革。科学管理制度中最重要的一点就是制定与生产劳动相关的各种标准，这些标准涵盖劳动工具、原材料、工作时间、工作定额等各个方面，并在实际生产中，对照标准，超额完成的产量或节约的时间，这部分工作成果实行累进计件工资制。同一时期，哈林顿·埃默森在成本管理方面提出了结合实际生产的标准人工成本法，而管理学家甘特又将这种理念推广到了材料成本和制造成本的管理中，后来标准人工成本法逐渐发展成为标准成本，得到推广并形成相关制度。当时的美国政府机关和民间企业也在对各项管理费用实行预算控制制度。
在企业的创立与运营过程中，标准成本制度与预算控制制度可以看作是管理会计的两大支柱，但在当时并没有管理会计这一名称，因此二者仅被视为成本会计的组成部分。管理会计正式出现于20世纪20年代，美国的奎因坦斯在《管理会计：财务管理入门》一书中首先提出“管理会计”这一名称，但当时管理会计还仅仅被视为企业内部进行的财务管理。
20世纪20年代，美国学者威廉斯根据生产成本的各部分与产量之间的关系将成本划分为固定成本和变动成本。变动成本是指与产量成比例变化的成本，而固定成本则与产量的变化无关。同时期稍晚，美国学者哈里斯提出了区别于传统成本法的变动成本法，并以此为基础进行企业的盈亏平衡分析，这使得管理会计的内容得到了进一步的丰富与发展。
美国哈佛大学的梅奥教授等通过“霍桑实验”证实，从社会学、心理学等角度激励劳动者，对提高劳动生产率而言是十分必要的。他们还提出了民主管理、参与制、职权分散、目标一致等理论和方法，这在客观上为管理会计添加了目标管理、责任会计等新内容。
20世纪50年代，一种新兴的管理理论——现代管理科学理论开始形成，这一理论以运筹学和行为科学为基础，将企业经营决策的正确性放在首要位置。西蒙的“决策论”可以作为这种理论的典型代表，“决策论”指出：管理的重心在于经营，经营的重心在于决策。
受现代科学管理理论影响，会计研究的重点开始从对经济业务过程的反映和事后分析逐渐转向对经济业务的事前预测和过程控制。为了加强企业内部管理，出于决策需要，一些现代的数学方法被引入会计领域，于是，从传统会计相应分离出更具有现代意义的分支——管理会计。
信息经济学理论是了解和分析管理会计系统的基本原则。根据信息经济学理论，管理会计人员要以对决策的有用性为出发点来要求会计信息，从而在不确定的环境中选出能帮助企业合理决策的会计系统。经济学家乔治·斯蒂格勒曾在论文中提到，信息经济学能够分析不同信息系统对经济的影响，并对其提出要求。如果将会计系统看作一个信息系统，那么对于在会计研究中涉及的信息系统的经济性必须遵循一定的原则和要求。
代理理论在信息经济学的基础上，将适用于单人决策的情形发展到适用于多人决策的情形，这一理论将会计信息看作委托人与代理人之间建立契约的基础，将企业看作委托人和代理人以契约的形式联结而成的复合体。而管理会计信息系统通过提供信号为委托人和代理人的决策提供参考。
交易成本理论是与代理理论同时期形成的。交易成本理论认为企业是为了应付不确定的环境而建立的合作组织，交易在企业内部完成可以避免市场交易中可能产生的低效率和成本损耗。通过这一理论，企业各层级管理者的期间成本支出问题、责任会计中的权责界定问题、服务于战略的成本会计定位问题都能在一定程度上得到解释。
随着我国的改革开放，管理会计的概念于20世纪70～80年代传入我国。第一部相关著作是在20世纪70年代由当时的机械工业部组织翻译的《管理会计》一书；到了20世纪80年代，各家出版社又相继出版了管理会计普及读物以及适用于不同财经类院校的相关教材。除出版物外，为了推进管理会计在国内会计行业的普及，财政部、教育部还相继在全国范围内组织了管理会计师资格培训。但由于当时我国的经济改革刚刚开始，会计体制和方法整体还处于计划经济阶段，因此管理会计很难取得从理论到实践的发展和突破。
在改革开放不断深化的大背景下，我国社会主义市场经济体系逐步确立并不断完善，为了适应市场经济的需求，更好地与国际接轨，我国的财务会计制度于1993年进行了改革，借此机会，管理会计得以进一步发展。近年来，尽管我国相关领域的学者不断探索并尝试建立具有我国特色的管理会计体系，但理论方面依然尚未取得突破，实践方面仍有许多企业没能将管理会计应用到实际中，缺乏基于行业特点的管理会计理论和实践。
当下，我国经济的发展方式正从注重规模与速度逐步转向注重效益与质量，提高企业整体效率、强化内部管理已然成为企业发展的长期目标。随着我国会计准则的逐步合理化、规范化，管理会计作为经济管理的重要组成部分正发挥着越来越重要的作用，我国的管理会计体系也逐步健全起来。
近年来财政部相继发布了一系列管理会计建设规范，从2014年10月《关于全面推进管理会计体系建设的指导意见》，到2016年6月《管理会计基本指引》（以下简称《基本指引》），再到2017年9月《管理会计应用指引第100号——战略管理》等22项管理会计应用指引，2018年12月《管理会计应用指南第204号——作业预算》等5项管理会计应用指引标志着管理会计指引体系在我国已基本建成。管理会计在企业发展中的战略导向与信息支撑作用正吸引越来越多的目光，得到社会各界的广泛认可。