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这次调整方针的建议受阻后，李斯贪禄保位、不思进取的劣根性便彻底地暴露出来了，他开始一味地顺从始皇，一味地歌颂始皇，并转而支持北伐，策划南征，主修阿房宫。事实上，就其当时的地位而言，他已位极人臣了，即便有功也不可能再图发展，只要能得皇帝欢心，他便可持禄固宠，何乐而不为呢？
公元前 221 年 4 月的一天，嬴政招集文武百官，会聚咸阳宫，设酒庆祝大一统国家的建立。一时间，宫廷里觥筹交错，万岁之声呼得山摇地动，烛光高照，笙歌欢奏，群姬起舞，可是这动人心弦的热闹场面却感动不了李斯，他坐在席位上陷入了新一轮的沉思。
的确，经过十年的努力奋战，秦完成了扫除割据的任务，可是如何巩固这空前的成果呢？
李斯正在沉思的时候，忽然听到秦王说：“寡人以微小之躯，兴兵诛乱，依赖祖先神灵保佑，诸侯国王都俯首就范，终于得以安定天下。如果寡人称号不改变，不能体现巨大的成功，也无法使声名传于后世，请诸君商议寡人的新称号！”
嬴政的话音刚落，李斯立即从文臣之列中走了出来，他可不想在这个时候落在别人的后边。李斯向秦王上奏说：“启禀陛下，臣等认为过去五帝统治的地方仅仅千里，现在大王兴举义兵，平定天下，这是自古以来没有的事，五帝也没法办到。古代曾有‘天皇、地皇、泰皇’，而以泰皇最尊贵，臣等昧死上尊号，王称泰皇，发布命令称‘制’或者‘诏’，陛下自称为‘朕’。”秦王基本同意了李斯的上奏，说：“李廷尉说得不错，古代确有三皇，且泰皇最贵，但如卿所言，上古还有五帝，且功劳都不如寡人大，寡人一统天下，功过三皇，德盖五帝，当称‘皇帝’。其他就按廷尉的意思办。”
天下初定之后，因为百废待举，每天奏章大批大批地送至宫廷。秦始皇事必躬亲，日理万机，有时竟通宵达旦地批阅奏章，把自己的子弟忘在了一边。诸公子见大臣都得了封赏，而父皇迟迟不封自己，很是焦急。但迫于秦始皇的威严，他们不敢探问，于是便商定要丞相王绾出面奏请父皇。
一日早朝，丞相王绾出班奏道：“陛下功高盖世，但诸侯刚刚平定，燕、齐、楚、吴等地距离遥远，如果不任命藩王统治这些地方，恐怕会出事。诸位公子都已长大，请陛下分立为王，镇守四方，拱卫朝廷。”
秦始皇一听要立诸子为王，感到很意外，便命令群臣商议，各抒己见。有的大臣认为分封是长治久安之策，也有的对王绾阿谀奉承、随声附和，都同声赞道：“丞相所奏甚是。”
正在这时，朝班中走出一位大臣。秦始皇一看，是廷尉李斯。只见他端笏正襟奏道：
“臣考察历史，发现周文王、武王所封子弟、功臣很多，当初的时候，侯王们都能忠孝王室，听令天子。可是到了后代，血族疏远、亲情淡化，于是反目为仇，相互攻击，周天子无法控制这种局面。如今赖陛下的神威，海内一统，应全部作为郡县，由朝廷直接管理。群公子和功臣，可以用公家的赋税重重地赏赐就是了。这样，他们能够满足，皇帝也好管制，这才是国家安宁的根本办法。”
始皇听了十分赞赏，说：“天下争战不休，就是因为有侯王的缘故。现在天下刚刚安定，再立诸侯国，就等于重新兴兵，想求安宁休息，怎么可能呢？还是廷尉说得对！”
于是，始皇罢免了王绾的丞相之位，任命李斯为丞相，使他成为一人之下、万人之上的权贵。
当上丞相以后，李斯进一步辅佐始皇策划、制定了一系列诏命和法令。
为防止六国旧部死灰复燃、东山再起，令全国险要地方，凡城堡、关塞及原来六国构筑的堤防等，统统毁灭，使欲反叛者无险可据，无塞可依，难于作乱；将天下划分为三十六郡，每郡设置郡守、丞尉、监御史，由中央统一管理。
为防止百姓反叛，令民间原有的和缴获六国的大量武器全部上交，不准私留。当时的兵器多为铜所铸，地方的郡守县令把从民间收缴上来的兵器都运到咸阳。始皇命人熔毁兵器，铸成十二个大铜人，陈设在咸阳宫门外，用以象征自己统一天下的丰功伟绩。
为防止豪富大户聚众造反，令各地的豪门大户迅速迁居国都咸阳。这样，既使他们远离家园，失去世代居住和统治所奠定的威望的基础，又便于朝廷就近监督他们的言行，使其不能相互勾结、暴乱。
另外，秦国统一前各侯国都有自己的法律、制度、货币和度量衡单位，为了便于统治，李斯规定今后统一实行秦国的法度、货币和度量衡制度；废除六国原来的文字，统一使用秦国的“小篆”。
然后，李斯随同皇帝巡行天下，宣扬皇帝的神威，并在山水形胜之处刻石颂扬秦皇功德。
秦始皇统一六国之后实行郡县制，统一文字、度量衡，对刚建立的秦政权的巩固起了重大的作用。但是在各个阶层中思想还极不统一，对秦国以什么样的理论作为思想基础，在认识上还存在着很大分歧。
秦始皇三十四年（前 213 年），这场决定雌雄的斗争终于爆发了。这年冬季的一天，秦始皇在咸阳宫里举行盛大宴会，七十多个博士（掌管书籍和备皇帝咨询的官员）上前祝酒。
博士仆射（博士中的首长）周青臣称颂始皇说：“从前奏国方圆不到千里，全赖陛下神明，平定了海内，统一了天下。陛下把原来各诸侯国的领地作为郡县，天下人人安乐，不再有战争的祸患，丰功伟业，可以流传万世。自古以来，没有任何人能比得上陛下的威德啊！”始皇听罢，笑逐颜开，喜不自胜。
但就在始皇喜滋滋、飘飘然的兴头上，博士淳于越却上前进谏说：“臣听说殷、周两朝统治了一千多年，都封子弟和功臣作为朝廷的辅翼，如今陛下享有天下，而子弟却无一人被封，一旦朝廷发生变故，靠谁来相救呢？做事不效法古代而能统治长久的，我还从来没有听说过。现在周青臣又当面阿谀奉承来加重陛下的过错，不是个忠臣！”
此时，李斯己达到人臣之极致，实现了青年时代的人生理想。郡县制本是由他提出来的，现在 8 年过去了，竟有人跳出来唱反调，算老账，分明有将矛头指向他的意思，为了身家利益，也为了国家前途，李斯感到有必要阐明自己的看法，澄清是非，统一认识，于是他毅然走出文臣班列，说：
“五帝的制度不相重复，三代（指夏、商、周三个朝代）的制度也不相因袭，但却都能做到天下大治，这完全是时势变化发展的结果。如今陛下创立千秋大业，建树万世之功，这当然也不是那一班愚儒所能够理解的。淳于越说的，都是夏、商、周三代的事，已经过去那么多年了，有什么值得效法的呢？
如今天下太平，法令统一，老百姓就应该好好地种田做工，读书人也应该努力学习现行的法令制度。可是，现在就是有那么一些读书人，总觉得现在的制度没有古代的好。他们这些人到处造谣惑众，利用古书上的记载来攻击现行的国家制度。这种情况不禁止，陛下的威信就会一天天下降，乱党的声望就会一天天提高。因此，臣下建议，除了秦国的史书以外，应该把列国的史书，还有私人收藏的《诗》、《书》和诸子百家的著作等等统统烧掉！”
秦始皇按照李斯这一建议，颁布了焚书的命令。各郡县的官吏接到焚书的命令，马上派遣了许多士兵，去挨门挨户地收缴、搜查书籍。在差不多的时间内，全国各地到处都点燃了焚书的烈火。秦国史书以外的好多历史书，民间收藏的《诗》、《书》和诸子百家的著作，还有其他许多珍贵的古籍，就这样全都变成了灰烬。作为这一事件的主谋者李斯，永远也逃不脱其历史罪责！
国家的空前统一，权力机构的有效运转，大规模的土木兴建，对外战争的空前胜利，凡此种种无不给人增添喜悦，本来好大喜功的秦始皇更是被空前巨大的胜利所陶醉。可是这表面的繁荣景象，并没有挡住谋略家李斯敏锐的视线，他发现了隐藏在帝国背后的空前危机。所以他常常惊恐不安，有意调整方针，并在对北伐匈奴的御前会议上慷慨陈辞，主张罢兵养民，充实国力，暂缓对外战争，没想到此议遭到秦始皇的当头棒喝。
这次调整方针的建议受阻后，李斯贪禄保位、不思进取的劣根性便彻底地暴露出来了，他开始一味地顺从始皇，一味地歌颂始皇，并转而支持北伐，策划南征，主修阿房宫。事实上，就其当时的地位而言，他已位极人臣了，即便有功也不可能再图发展，只要能得皇帝欢心，他便可持禄固宠，何乐而不为呢？
然而，李斯毕竟不是一个头脑简单的平庸之才，他不愿眼睁睁地看着帝国之舟迎着暴风雨向暗礁上瞎撞。这样在保官与保国这个大问题上他的思想便展开了剧烈的矛盾冲突，为此他常常彻夜不眠，伤透脑筋，经过仔细的设想，他终于有了自认为是一箭双雕的好办法。
一天，朝会完毕，百官告退后，李斯悄声对始皇说：“陛下洪福齐天，子女满堂，现在个个都长大成人，可是他们却没有尺土寸地，心里未免对陛下有怨言，陛下应对诸子女多加疼爱，以安其心。”
始皇说：“朕政务缠身，无心关怀子女，确实不太合适，幸亏丞相提醒。依丞相之见，该如何调整父子关系？”
李斯说：“诸位皇子都已到了婚配的年纪，陛下江山要传之万世，就应当尽早安排皇子婚事。这样既可显示父子亲情，又可使后世有人。”
李斯此言无非要秦皇子娶李氏女为妻，以沾上皇亲国戚之名。秦始皇听了，略作思考后，说：“婚姻历来讲究门当户对，丞相劳苦功高，子弟不俗，才干绝伦，那就以丞相之女配寡人之皇子，寡人之公主配丞相之子，如何？”
此语正中李斯下怀，他赶快拜倒在地，称道：“愚臣不才，能与陛下联姻，实在三生有幸！”
不久，李斯的几个儿子分别娶了始皇的公主，李斯的女儿也都出嫁始皇公子。此举使李斯把家与国的矛盾化解了，通过这种联姻，秦国实质上也是他家的一部分。接着李斯又安排长子李由为三川郡守，负责秦都东大门的防守。
有了与皇室的关系，又有了在外负责军政的地方大员，李斯算是地位稳于泰山了。
但是，人算不如天算，李斯越要巩固自己的位置，他的地位就越显得不稳固。一天，李斯在相府书房悠闲地读着《韩非子》，忽然一个被李斯安插在始皇身边的亲信太监，急急来到相府，悄声告诉李斯说：“皇帝陛下这几天很不高兴！”
听说皇帝心情不好，李斯知道此事可能与他有关，忙问道：“皇帝富有天下，权倾宇内，为所欲为，怎会不高兴呢？”
太监说：“皇帝的权力欲是没有止境的，陛下每天都坚持批改各地奏章120 斤才休息，你难道不知道吗？”
李斯何尝不知道此事，不过他不明白这与自己究竟有何关系。这时，太监分析说：“权力是讲究独尊的，众人分掌权力则权力丧失威严。你身为丞相，为百官之长，最为皇帝所忌，而你又不注意检点行为，往往车骑很多，形同二皇帝。陛下有一次看到相君的庞大车队后，很不愉快。小人是相君的亲信旧臣，特来告诉相君，此后应该小心行事。”
李斯听罢，不禁毛骨悚然，想不到始皇对他这样竭尽全力、忠于秦朝的开国元勋也怀有戒备之心。此后，李斯外出总是撤减车骑，态度十分谦恭老实。
不料，始皇看到丞相突然改变形象，知道有人向丞相密报了消息，于是严加责问，无人招供，始皇一怒之下，把随从太监全部处以极刑。
李斯没有了耳目，更难透视始皇心思，在权力的危机面前，他魂不守舍，一日比一日消瘦。
一天，李斯长子、三川郡太守李由因事回咸阳，顺便拜访了父亲。李斯设宴款待归省的儿子，百官前来道贺，门廷车骑以千数，热闹非凡，好不气派。
筵席散后，百官告退，李斯父子俩拉起了家常。李由感慨地说：“我家本是上蔡平民，虽然有些钱财，可是总是受人欺凌，难有扬眉之机。现在竟置身朝堂，无比显荣，这都是父亲的英明睿智。”
李由在感激父亲的口吻中，透露出骄傲和得意。没料到李由的赞誉之语却引来李斯的一声长叹，说：“哎！为父听老师荀卿说过，任何事物都要防止太繁华、太成功、太顺利。我李斯只不过是上蔡百姓，皇上不因我无才无德，提拔我到丞相之位，如今朝廷众臣没有一个不在我之下的，可以说是富贵到极点了。可是，万事万物都是盛极而衰，我不知如何是好啊！”
李斯的这番长叹，道出了君臣关系的紧张，同时也道出了对秦王朝盛极而衰的忧虑，其中有个人前途命运方面的，也有国家安危方面的。
事实证明，李斯的这番感慨是颇有预见性的，即将爆发的一场政治旋涡很快地把他卷入了万丈深渊，使他的人生和他亲手缔造的帝国发生了不可想象的转折。