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以上已经谈到很多的基础问题，而最核心的问题有两个，一个是基本观念，一个是基本方法。基本观念就是“天人相应”“宇宙生物合一”，基本方法是“阴阳术数构系”。那么，《内经》的作者在谈论五运六气的时候，是否提出了一些具体的结构和概念来表述上面这些基本问题呢？答案是肯定的。他提出了“气立”与“神机”这两个概念。《素问·五常政大论》说：“根于中者，命曰神机，神去则机息。根于外者，命曰气立，气止则化绝。”由于形气相感而万物化生，那么，万物通过什么跟外界发生联系，万物又通过什么来完成其生长化收藏的过程？在这个问题上，古人也是充分运用了思维，他们看到，既然有节令，而很多东西的生长跟节令息息相关，于是他们想到，这些生物体里面应该存在一套密码，这套密码可以叫作“气立”。它专门跟气候的变化发生联系，比如说我们种葡萄，葡萄存在一套“气立”的密码，到了春天，由于气候的变化，启动了“气立”的密码。这个气是指节气，《内经》里有“五日为一候，三候为一气”，一年刚好二十四节气。“气立”就是指植物本身有一套密码跟节气的变化发生联系。到这个节气的时候，如果节气能跟它的密码相合、相应，这时密码所对应的程序就会被打开，然后它就会按照这个程序去完成自己的生长变化过程。对于荔枝来说，开花结果不可能在一月，它都要到三月才开花，只有到这个三月的节气，才能启动荔枝开花结果的这套密码，所以在三、四、五月，荔枝才完成它开花结果的这个过程。而果熟收成之后，它就逐渐地进入到一种潜藏的过程。长荔枝的这个节气已经过去了，而没有这个气，就不会生长荔枝，气止则化绝。物生谓之化，不是这个气，它就不能化，所以说气止则化绝。到了第二年，气又来了，又重新启动了荔枝的这个气立，于是它又重新开始了开花结果的程序。等到气止了，开花结果的变化就停止了。那么，我们能不能让荔枝开两次花、结两次果呢？除非你有办法，你能模仿到让荔枝开花结果时候的气候特点，使它这套关闭的气立密码重新打开，那么，你的荔枝或许能够在一年里面两次开花结果。《镜花缘》里面谈到武则天在冬天使百花开放，虽然这不是正史所记，但这个事实是完全可能的。现代人也做出了实验，诱使开花的“气立”打开，这个“气立”打开了，百花也就在严冬里争奇斗艳。
跟外界联系的是“气立”这套密码，那么，完成生长发育这个过程的这套东西是什么呢？就是“神机”。在我们体内，“气立”这套密码所开启的过程，虽然不像植物那样有一个明显的开花结果的过程，但是它仍然会启动一套程序，通过气血阴阳的升降来保持与外界节令气候的协调关系。而我们人体的另外一个过程，我们为什么会长高、长胖，我们为什么会衰老，是什么东西调动我们体内的因素，调动我们的心肝脾肺肾跟气立建立联系呢？这就是“神机”的作用。所以人体有两套密码，任何一个生命体都有两套密码，一套密码是气立，一套密码是神机。“气立”负责与外界的气候、与外界的神发生联系，那么“神机”呢？它是借助后天的营养，在气立的协同下，完成生长壮老已的过程。在《素问·生气通天论》里有一段话：“如是则内外调和，邪不能害，耳目聪明，气立如故。”王冰对“气立”的注释是“真气独立如常”，这样的解释是否完备，是否符合经义呢？希望大家去思考。
“气立”这个概念在《素问·生气通天论》里已经出现，而在其他篇章也有类似的提法，可是神机呢？一直到“运气七篇”才出现。总之，神机、气立都是作者为了更深入地描述天的三阴三阳如何跟人的三阴三阳发生联系的时候，利用了人的经验感知，同时又利用了阴阳术数构系，在一定经验感知的基础上，借助阴阳术数构系，通过理性思维而产生的。所以，气立和神机都是精神的产物。因为那套东西是什么，谁也不知道，只不过是我们把它认作气立、神机而已，这是理性思维的结果。大家不要忘了，昨天我强调的，光凭经验积累是不可能构筑知识系统的，也就是说把中医认为是经验，这是不准确的，中医存在着理性思维，存在着它的系统！我们可以设想，我让你看一辈子病，就算你能活三百岁吧，你一生下来，就开始看病，那么三百年以后，你可以积累很多经验。但是如果你抛弃了阴阳术数构系，你能否产生五运六气学说呢？大家可以反问自己，我认为是不可能的。哪怕你有一千岁。光凭经验你是无法构造出五运六气这个体系来的。那么，中医的当务之急是什么？老中医的经验是有价值的，可是1955年开始采风，还有三十多年来的临床报道，为什么不足以解释中医的很多理论，或者他们也没有一个人在大量的经验基础上，重新构造出一个新的体系？为什么我们有不少学医的人，认为五运六气是摸不着边际的东西？这里面有着深刻的原因，值得我们很好地思考。