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1948年4月30日，中共中央在《纪念“五一”劳动节口号》中提出：“为着打倒蒋介石建立新中国而共同奋斗”，号召“各民主党派、各人民团体、各社会贤达迅速召开政治协商会议，讨论并实现召集人民代表大会，成立民主联合政府”。
“五一”口号一经发出，即得到了何香凝、沈钧儒、马叙伦、蔡廷锴、谭平山、郭沫若等各民主党派和无党派民主人士的广泛响应。他们都认为，中国共产党的“五一”口号“适合人民时势之要求，尤符同人等之本旨”，纷纷表示要通电国内外各界及海外侨胞，共同努力，完成大建国业。
从这以后，本已身兼数职的周恩来就又扮演起“准总理”的角色。他一边协助毛泽东指挥全国范围的大决战，一边又抽出很大一部分精力筹划建立人民的政权。
为了让广大民主人士参与新政协的筹备工作，也为了保护受到迫害的民主人士，从1948年秋天开始，周恩来精心组织几百名爱国民主人士从国民党统治区和香港、海外到达解放区。
1948年11月初，受已到达解放区的各民主党派代表的委托，周恩来开始主持起草新政治协商会议的共同纲领。此时，周恩来已经开始考虑政府机构构成和人事安排等问题了。
1949年2月27日，在党中央驻地西柏坡，周恩来审阅修改了《关于新的政治协商会议诸问题的协议》、《新政治协商会议筹备会组织条例（草案）》、《参加新政协筹备会各单位民主人士候选人名单》、《中华人民共和国政府组织大纲（草案）》、《中国人民民主革命纲领（草案）》等，并指示工作人员把他们印成一册，名叫《新的政治协商会议有关文件》，然后分发给大家协商讨论。
1949年6月15日，经过近半年的准备，新政协筹备会第一次会议在北平中南海勤政殿召开。
在这次会议的第二天，周恩来作了《新政治协商会议筹备会组织条例（草案）》的解释报告，并说明，我们的共同纲领“不能不转向建设方面”，“重点要我们共同努力，来建设一个新民主主义的新中国”。
在这次会上，周恩来被推选为新政协筹备会常务委员会副主任，并兼任第三小组组长，负责起草《共同纲领》。
6月的北平，盛夏已经开始展示出它热辣辣的威力，而此时，周恩来把自己“关”在勤政殿里起草《共同纲领》。用了一个星期左右的时间，周恩来亲自写出了全文，以后又经过7次反复讨论和修改，才形成草案并送交新政协筹备会第二次全体会议。
8月26日至27日，在新政协筹备会常委会第四次会议召开。
在会上，周恩来提出：
在社会主义时期，仍然要有中共与党外人士的统一战线，要有各党派统一合作的组织，这个固定的统一战线组织，名称也要固定，建议称为中国人民政治协商会议，他要长期存在。
9月17日，新政协筹备会第二次全体会议上，新政协改名为中国人民政治协商会议。
9月21日，具有历史意义的中国人民政治协商会议第一次全体会议，在中南海怀仁堂隆重开幕。
第二天，周恩来在会上作了《关于〈中国人民政治协商会议共同纲领〉草案的起草经过和特点》的报告。
报告说：
《中国人民政治协商会议共同纲领》草案，是新政治协商会议筹备会第三小组决定由中国共产党负责起草的。草案初稿写出以后，经过七次的反复讨论和修改，计由先后到达北平的政协代表五六百人分组讨论两次，第三组本身讨论了三次，筹备会常务委员会讨论了两次，广泛地吸收了各方面的意见，然后将草案提交筹备会第二次全体会议作了基本通过，现在提交政协全体会议讨论。协商过程中着重讨论到的有如下几个问题，现在加以说明。
第一是中国人民民主统一战线的问题……
去年中国共产党根据历来统一战线的主张，号召召开新的政治协商会议，得到了全国人民及各民主党派热烈的响应。发展到今天，这个号召已经实现了。大家的目的很明确，正如共同纲领草案和人民政协组织法所规定的那样，是实行新民主主义，反对帝国主义、封建主义和官僚资本主义，建设一个独立、民主、和平、统一和富强的新中国。为着这个任务，我们团结国内各民主阶级、各民族和国外华侨，结成这样一个伟大的人民民主统一战线。这不仅是中国共产党为之奋斗了28年的主张，也是各民主党派、各人民团体、各区域、军队、国内少数民族、国外华侨，以及一切爱国民主人士所拥护和赞成的。
……
第二是新民主主义的总纲问题。在讨论中，曾有一种意见，以为我们既然承认新民主主义是一个过渡性质的阶段，一定要向更高级的社会主义和共产主义阶段发展，因此总纲中就应该明确地把这个前途规定出来。筹备会讨论中，大家认为这个前途是肯定的，毫无疑问的，但应该经过解释、宣传特别是实践来证明给全国人民看。只有全国人民在自己的实践中认识到这是唯一的最好的前途，才会真正承认它，并愿意全心全意为它而奋斗。所以现在暂时不写出来，不是否定它，而是更加郑重地看待它。而且这个纲领中经济的部分里面，已经规定要在实际上保证向这个前途走去。
总纲中关于人民对国家的权利与义务有很明显的规定。有一个定义须要说明，就是“人民”与“国民”是有分别的。“人民”是指工人阶级、农民阶级、小资产阶级、民族资产阶级，以及从反动阶级觉悟过来的某些爱国民主分子。而对官僚资产阶级在其财产被没收和地主阶级在其土地被分配以后，消极的是要严厉镇压他们中间的反动活动，积极的是更多地要强迫他们劳动，使他们改造成为新人。在改变以前，他们不属人民范围，但仍然是中国的一个国民，暂时不给他们享受人民的权利，却需要使他们遵守国民的义务。这就是人民民主专政。这是对我们中华人民共和国的团结和生产有利的……
第三是新民主主义的政权制度问题。
……
从人民选举代表、召开人民代表大会、选举人民政府直到由人民政府在人民代表大会闭会期间行使国家政权的这一整个过程，都是行使国家政权的民主集中的过程，而行使国家政权的机关就是各级人民代表大会和各级人民政府。
第四是军事制度问题。人民解放军之所以能取得今天的胜利和得到全国人民的拥护，决不是偶然的。它的特点是不仅勇敢机智善于作战，而且能正确地执行政策，并帮助人民劳动。政治工作制度是它的灵魂。这种军事制度，不仅不同于封建军阀，也不同于资产阶级的军事制度。纲领上规定将以这种新民主主义的军事制度来统一全国的军队，这里边包括一切从国民党反动统治方面起义过来的军队。这种做法显然不同于军阀制度的吞并排挤，而是不分彼此帮助他们改造为人民的军队。
第五是新民主主义的经济政策问题。
……
第六是新民主主义的文化政策问题。
……
第七是新民主主义的民族政策问题。
……
第八是新民主主义的外交政策问题。
……
我们的政权制度是民主集中制的人民代表大会的制度；
我们的军队是人民的军队，政治工作制度是他的灵魂；
我们的经济政策要达到发展生产繁荣经济的目的，国营经济是领导成分；
我们的文化政策是民族的形式，科学的内容，大众的方向；
我们的外交政策为保障本国独立、自由和领土主权的完整，拥护国际的持久和平和各国人民间的友好合作；
我们的国家要成为各民族友爱合作的大家庭。
9月27日、29日，中国人民政治协商会议第一次全体会议在周恩来等主持下，先后通过了《中华人民共和国中央人民政府组织法》、《中国人民政治协商会议共同纲领》、《关于选举中国人民政协全国委员会和中央人民政府委员会的规定》和中华人民共和国国都、纪年、国歌、国旗4个议案。
30日，周恩来当选为中央人民政府委员和中国人民政协全国委员会委员，并被任命为新中国的第一任政府首脑。