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1950年11月，萧克找到聂荣臻，向他建议成立化学兵学校的事情，并提议让张乃庚任校长。
聂荣臻也知道这个人，就笑着说：“我认识这个人啊，他是北京某大学化学系的高才生，抗战初期到晋察冀参军，当过教导队队长，团政委、旅政治部主任和副政委。但你还是问问总理吧！”
于是，萧克就向周恩来报告筹建化学兵学校的事情。很快，报告转到毛泽东那里。
11月29日，毛泽东批准了萧克的报告，又过了一个多月，化学兵学校在四川江津成立了，以后又迁到北京的南口。
原来，在建国初期，萧克发现陆、海、空军和防空军都有院校，陆军中的步兵、炮兵、装甲兵、通信兵、工程兵也有院校，只有化学兵没有院校。
萧克认为，化学兵是个重要的兵种，在现代战争中不能缺少，而当时又特别缺乏这方面的人才。
随着部队正规化训练的全面展开，军事院校也不断发展，各大区、各军兵种还要创办各类院校。
1951年，为了统一规划，萧克组织军训部的干部分赴各大区，一个单位一个单位认真调查，对院校的数量和分布进行科学论证。
当时，军训部需要摸清全军共需要各级各类院校的总数和各类院校的规模、招生数额等。
军训部把全军院校分为“三级制”，即培养初级指挥员的基层军事学校。培养中级指挥员的军兵种高级军事学校和培养军以上指挥员的全军最高学府，即高等军事学院。
后来，萧克又提出，基层军校培养的排长、连长、航空员等要达到大学水平。如果退伍回到地方，其文化水平也可以当教员、当经理、当厂长等。
萧克这样考虑问题是从当时的国情和部队干部队伍长远建设出发的，他在一份报告中写道：
把院校招生同干部的进退结合起来，把干部任命和复转结合起来。军队院校培养出来的军官，既能治军，又能治国，用现在的话说，就是“两用人才”，就能使干部队伍像活水一样流动，保持生机。
为了建设好全军的军事院校，军训部提出了一套比较系统的院校建设调整方案。
1952年，萧克把这个方案拿给刘伯承和叶剑英看，他们都同意。刘伯承最后说：“你去向主席汇报一下，看他有什么意见！”
萧克就打电话问中央办公厅的叶子龙：“我要向主席汇报工作，能不能安排一下。”
叶子龙回答说：“等我通知吧。”
很快，叶子龙打来电话说：“主席要你去汇报。”
萧克拿着早就准备好的方案图表，去了毛泽东那里。进屋后，萧克笑着对毛泽东说：“主席，我要在你的墙上挂几张图表。”
毛泽东和蔼地笑了笑：“为何啊？”
萧克答道：“这样可以一目了然。”
毛泽东走过来说：“那好，你就挂吧！”
萧克把图表挂在毛主席面前的墙上。这些张图表把全军军事院校的布局、纵向和横向的关系以及教学内容、训练计划等都反映出来了。
毛泽东靠前仔细看着，并不时询问萧克，萧克就站在挂图前为毛泽东讲解。
听完讲解，毛泽东说：“你要汇报的问题我已经清楚了。很好，很好！”
毛泽东对萧克的方案很满意，在萧克要告辞的时候，他又说道：“你以后常来汇报啊！”
萧克答道：“是，主席！”
1952年6月，毛泽东批准了军训部提出的全国军事学校调整方案，将全国5所高级步兵学校缩编为一所总高级步校和两所高级步校，将17所步兵学校缩编为9所，并决定在哈尔滨筹建军事工程学院，培养陆海空军高级技术人员。
经过调整后，全军共有各级各类院校91所，各院校的训练对象、学制、训练计划、教学内容等，都开始走向正规化。
1952年11月，军校部成立，从此，全军院校工作有了专门的机构进行统一领导。
从1950年6月到1954年11月，萧克担任了4年多的军训部长，主持全军的训练工作。他带领军训部的人员为解放军走向正规化、现代化做出了努力。