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邓小平不仅和刘伯承、徐向前一起挥师杀敌，建设部队，而且还对晋冀鲁豫根据地党的建设、政权建设和经济建设竭尽心智，做出了卓越贡献。
1941年以后，华北敌后抗战进入了最艰苦的阶段。太行根据地日益缩小，部队大量减员，农业生产因敌人的多次“扫荡”而不收，军民生存感到极为困难，有人开始对抗战的前途产生了怀疑。
针对这种情况，邓小平在一次会议上指出，一切革命事业的发展不会是直线上升的，必然是迂回曲折、波浪式地向前推进，一浪高，一浪低，后浪推前浪地不间断地滚滚向前。抗日战争和根据地的建设也必然是经过发展、巩固和提高这个过程，在巩固提高的基础上，再向新的阶段发展前进。邓小平为此提出了战胜和克服严重困难的各项具体措施。提出在1941年必须努力于三大建设的工作：即建军、建政、建党。建军重心放在正规军的加强，游击战争的发展与军区工作的健全上；建政重心是掌握和贯彻统一战线政策，正确执行“三三制”的原则，建设抗日民主政权，树立民主政治的基础，并加强财政经济文化教育建设；建党重心是加强群众工作，密切党与群众的联系，切实掌握党的各项政策，加强党对武装的领导，以及严密党的组织，提高党的纪律。
邓小平用很大的精力去抓根据地的政权建设工作，直接领导了冀南行政主任公署的建立，并在实践中总结提出了建立一个抗日民主政权所应具备的几个基本原则。邓小平在《敌后方的两个路线》一文中指出：第一，它应该成为真正领导抗日的民族主义的政府。第二，应成为民权主义的政府。即必须是由民众选举出来而为民众所信赖的政府，其行政人员应该是忠诚为国，廉洁奉公，刻苦努力，不怕困难，勇于牺牲的抗日分子。第三，应成为民生主义的政府。这个政府必须坚持有利于国而无害于民的原则，采取多种措施去适当地改善民生。第四，这个政府还应成为统一战线的政府。它不仅是各抗日党派共同拥护的政府，而且是团结各阶层的核心。最后，为了适应抗战的需要，有必要按照地形、敌情等条件来重新划分行政区域，使军、政、民在特殊条件下不致于发生慌张溃乱的现象。这是从斗争实践中总结出来的，是对抗日民主政府基本属性的规定。
1940年3月，中共中央在《关于抗日根据地的政权问题的指示》中提出“三三制”的政权体制后，邓小平更进一步抓紧在太行山各抗日根据地的落实工作。4月15日，邓小平发表《党与抗日民主政权》一文，指出：“三三制”的抗日民主政权的实质是民主。党领导政权工作时，必须贯彻民主的精神，反对“以党治国”的观念。党对政权是指导与监督，即“党对政权要实现指导的责任，使政权真正合乎抗日的民主的统一战线的原则。党的领导责任是放在政治原则上，而不是包办，不是遇事干涉，不是党权高于一切。”
邓小平充分肯定了“三三制”的政权是当时敌后抗战的最好的政权形式，因为它是“几个革命阶级对汉奸、亲日派、反动派的联合专政，既能合乎统一战线原则，团结大多数与日寇、汉奸、亲日派进行斗争，又能保证由共产党员与进步势力结合起来的优势”，而且这种政权形式也是“将来新民主主义共和国所应采取的政权形式”。邓小平的《党与抗日民主政权》一文，集中反映了他在抗日民主政权建设方面的理论贡献，是对中共“三三制”政权思想的补充和发展。
邓小平在分析了“以党治国”的种种表现后提出，这种观念必须尽快予以摒除。党对政权要采取指导和监督的政策。所谓指导，它的权力只限于“命令政府中党团和党员”、“必要时用党的名义向政府提出建议”，而“绝对没有命令政府”的权力。以“党的名义”提建议不是无条件的、经常性的，而是“必要时”方可采用。此外，“只有党正式决定的代表才有权代表党说话，提议案，或与其它党派接头”，任何个人不得擅自以党的名义出面。“指导”的目的是为了“使党的主张能够经过政权去实行”。而“监督”则是为了“使政权真正合乎抗日的民主的统一战线的原则”。为使指导与监督能够真正发挥其作用，必须处理好政令与党令的关系，必须保证政权的“三三制”形式。这就要求政权中的党团和共产党员一定要起模范带头作用，要有意识地展开民主政治斗争，提高政府威信和工作效率。“以党治国”这种不良现象的产生表明了在“一个半封建的缺乏民主的国家”里，“共产党员一般缺乏民主的习惯，缺乏民主政治斗争的常识与锻炼”。他充分肯定了民主政治的好处，认为“它能够及时反映各阶级各方面的意见，使我们能够正确地细心地去考虑问题解决问题；它能够使我们从群众的表现中去测验我党的政策是否正确，是否为群众所了解所拥护；它能够使我们对事物感觉灵敏，随时具有高度的警惕性；它能够使我们党得到群众的监督，克服党员堕落腐化的危险，及时发现投机分子以及破坏分子而清洗出党；它能在民主政治斗争中提高党员的斗争能力，使党更加接近群众，锻炼党使党成为群众的党”。邓小平的这些思想和主张反映出他的远见卓识以及实事求是的探索精神和勇气。
1941年4月，太行根据地在邓小平的直接领导下开展了村选活动，选举边区临时参议会参议员活动。同年7月7日，晋冀豫边区临时参议会在辽县桐峪镇隆重开幕。参加大会的共有各地选出的一百三十三名参议员，邓小平以共产党参议员的首席代表身份参加会议。根据“三三制”原则，临时参议会选举中共党员申伯纯为议长，无党派人士宋维周和国民党员刑肇棠为副议长。由于会议同意把鲁西三十三县划入，所以晋冀豫临时参议会改名为晋冀鲁豫临时参议会，同时成立晋冀鲁豫边区政府。从此，晋冀鲁豫边区扩大到西起同蒲线，东至津浦线，南临黄河，北抵石太，面积达三万五千多平方公里，成为坚持华北敌后抗战的重要依托。晋冀鲁豫边区临时参议会和政府的成立，标志着太行根据地的政权建设进入了一个新的阶段。