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五脏，在此指脏腑。别，区别，分别。因本篇以“藏”“泻”论脏腑的功能，其方法别于其他论脏腑的篇章，故名“五脏别论”。
全篇主要针对当时对脏腑划分不清的情况，对五脏、六腑、奇恒之府的概念、根本区别及功能特点进行了划分及论述；阐明了诊脉取寸口的道理，强调了四诊合参；论述了医生诊病应持的态度。
篇中对脏、腑、奇恒之府的划分，为后世脏腑划分奠定了基础。篇中六腑“泻而不藏”“实而不满”的理论，对后世临床诊治六腑诸疾具有重要指导意义，至今临床治疗急腹症，仍应用这一理论予以指导，均取得了较好的疗效。篇中诊寸口以察全身疾病的理论，是后世寸口诊法的重要理论依据之一。诊寸口，始见于《内经》，详于《难经》，推广于《脉经》，诊寸口是中医重要的诊察方法之一。
黄帝问曰：余闻方士 ［1］ ，或以脑髓为藏 ［2］ ，或以肠胃 ［3］ 为藏，或以为府，敢问更相反，皆自谓是 ［4］ ，不知其道，愿闻其说。岐伯对曰：脑、髓、骨、脉、胆、女子胞 ［5］ ，此六者，地气之所生也，皆藏于阴而象于地 ［6］ ，故藏而不泻 ［7］ ，名曰奇恒之府 ［8］ 。夫胃、大肠、小肠、三焦、膀胱，此五者，天气之所生也，其气象天，故泻而不藏 ［9］ ，此受五藏浊气 ［10］ ，名曰传化之府 ［11］ ，此不能久留输泻者也 ［12］ 。魄门亦为五藏使 ［13］ ，水谷不得久藏。
所谓五藏者，藏精气而不泻 ［14］ 也，故满而不能实 ［15］ 。六府者，传化物而不藏，故实而不能满也。所以然者，水谷入口，则胃实而肠虚；食下，则肠实而胃虚。故曰实而不满，满而不实也。
帝曰：气口 ［16］ 何以独为五藏主？岐伯曰：胃者，水谷之海，六府之大源也。五味入口，藏于胃以养五藏气，气口亦太阴也。是以五藏六府之气味，皆出于胃，变见于气口 ［17］ 。故五气 ［18］ 入鼻，藏于心肺，心肺有病，而鼻为之不利也。
凡治病必察其下 ［19］ ，适其脉，观其志意，与其病也。拘于鬼神者 ［20］ ，不可与言至德 ［21］ 。恶于针石者，不可与言至巧 ［22］ 。病不许治者，病必不治，治之无功矣。
［1］方士：本指知晓方术，炼丹求仙，以保长生不老之人。后泛指医、卜、星、相之辈。此处指医生。
［2］为藏：其下《太素》有“或以为腑”四字。可参。
［3］肠胃：是下文“胃、大肠、小肠、三焦、膀胱”的省称。
［4］敢问更相反，皆自谓是：意即当我冒昧地提出疑问时，方士彼此相互驳斥，皆自以为是。敢，谦词，自言冒昧之意。
［5］女子胞：即子宫，又名胞宫。女子胞位于少腹，主月事、孕育胎儿，为奇恒之府之一。
［6］藏于阴而象于地：指奇恒之府如大地藏载万物一样，具有贮藏阴精的作用。象，象征。阴，阴精。
［7］藏而不泻：指奇恒之府主贮藏精气，而不主传化水谷和排泄糟粕。
［8］奇恒之府：指异于通常所说的腑，包括脑、髓、骨、脉、胆、女子胞。因其功能似脏，形态似腑，似脏非脏，似腑非腑，名曰奇恒之府。奇者，异也。恒者，常也。
［9］泻而不藏：指六腑传化水谷、排泄糟粕的作用。六腑不能贮藏精气。
［10］五藏浊气：指五脏代谢所产生的浊物。
［11］传化之府：指胃、大肠、小肠、三焦、膀胱。此五者具有传化水谷的作用，不贮藏精气。王冰注：“言水谷入已，糟粕变化而泄出，不能久久留住于中，但当化已输泻令去而已。传泻诸化，故曰传化之府。”
［12］此不能久留输泻者也：指五脏浊气及水谷糟粕不可久留于传化之腑，宜及时向下转输和排泄。姚止庵注：“化物至秽而不可久留。”
［13］魄门亦为五藏使：指魄门的启闭受五脏的支配，魄门是五脏的役使。魄门，肛门。张介宾注：“魄门，肛门也。大肠与肺为表里，肺藏魄而主气，肛门失守则气陷而神去，故曰魄门。”使，役使，支配。
［14］藏精气而不泻：指五脏主藏精气而不主传泻水谷。
［15］满而不能实：满，指精气盈满，此指五脏的功能特点。实，指水谷充实。五脏主藏精气，不主传化水谷。王冰注：“精气为满，水谷为实，但藏精气，故满而不能实。”张介宾注：“精气质清，藏而不泻，故但有充满而无所积实。”
［16］气口：又称脉口、寸口。两手腕部桡骨头内侧桡动脉处。中医脉诊部位之一，属手太阴肺经。
［17］变见于气口：人体内在脏腑经络气血变化表现于气口。见，通“现”。杨上善注：“胃为水谷之海，六腑之长，出五味以养脏腑。血气卫气行手太阴脉至于气口，五脏六腑善恶，皆是卫气所将而来，会于手太阴，见于气口，故曰变见也。”
［18］五气：此指自然界的清气。
［19］必察其下：下，《太素》作“上下”。杨上善注：“疗病之要，必须上察人迎，下诊寸口，适于脉候。又观志意有无，无志意者，不可为至。”
［20］拘于鬼神者：指迷信鬼神的人。拘，固执，迷信。
［21］至德：指至真至善的医学道理。至，极也。德，道也。
［22］至巧：指娴熟巧妙的针刺技术。巧，技巧。
黄帝问道：我听说有些医生对脏与腑划分不同，有的把脑髓称为脏，有的把肠胃称为脏，或称为腑，若向他们提出疑问时，他们再一次说明与别人不同的观点，都认为自己是对的。不知其中的道理，愿听你讲讲。岐伯回答说：脑、髓、骨、脉、胆、女子胞，此六者是秉承地气所生，其功能就像大地贮藏万物一样，主贮藏精气，而不主传泻水谷，所以叫奇恒之府。胃、大肠、小肠、三焦、膀胱，此五者是秉承天气所生，其功能像天阳运转不息一样，主传泻水谷，而不主贮藏精气，还能接受五脏代谢后的浊物，一并排出到体外，所以叫传化之府，受纳的水谷不能在此久留，要不断地向下转输排泄糟粕。魄门是五脏的役使，其功能是排泄糟粕。
所说的五脏，是主贮藏精气而不主传泻水谷，所以它有精气盈满，而没有水谷的充填；所说的六府，是主传导变化饮食物而不主贮藏精气，所以它有水谷的充实，而没有精气的盈满。之所以这样，水谷经口入胃之后，则胃中充实而肠中空虚，水谷向下传导，则肠中充实而胃中空虚。就这样，肠与胃虚实更迭，所以说六腑是实而不满，五脏是满而不实。
黄帝问：单独诊察寸口脉，为什么能知道五脏之气的变化呢？岐伯说：胃是水谷之海，六府传化的源泉。饮食通过口入胃，经胃的受纳腐熟，化生精微，以营养五脏之气，寸口属手太阴肺经，因此，五脏六腑的营养都来源于胃，脏腑之气的变化都能从寸口处反映出来。另外，天之五气入鼻，藏于心肺，所以心肺有病，则鼻塞不利。
大凡医生在诊治疾病时，要注意四诊合参，要询问患者的二便情况，切按脉搏的变化，观察患者的神志状态，询问其病所苦。对于迷信鬼神的人，不要给他讲医学道理；对于厌恶或害怕针石治疗的人，不要对他讲针石的疗效；对于不愿接受医治的，不要给他治疗，勉强治疗的话，也收不到预期的效果。