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慢性筋骨病的病因有外因和内因。
外因主要是指慢性劳损，同时也与外感六淫、邪毒感染等其他因素有密不可分的关系。当筋肉疲劳或过度负荷时，即使每次负荷量都是在关节及肌肉、骨骼组织能承受的范围内，也可能因反复过度活动或承受应力，使外力总量超过了骨与肌肉的减震和负荷能力，从而产生慢性劳损即积累性损伤。骨骼是通过骨组织的变形来减震的，而肌肉是通过肌肉收缩、张力来减震。因此，运动、劳动的过度，使肌肉的关节韧带疲劳而发生劳损。相反，筋肉的疲劳，可使骨骼承受的张应力会相对增大，其结果也能导致骨疲劳。相关研究表明，骨的疲劳损伤机制是一个骨局部微细骨折损伤及重建的连续过程。由于骨骼具有不均匀性，反复负荷下会造成骨组织局部应力集中，易造成细微骨折，最终形成应力性骨折。这种显微骨折机制也可发生在关节软骨下骨质，关节软骨下骨过多的显微骨折的修复，可导致软骨下骨的硬化改变，使软骨下骨的顺应性能进一步得到破坏，使局部关节软骨承受的应力高度集中，最终造成骨关节的退行性病变。若肝肾先天不足，或有关节软骨结构改变、缺损者，则患本病的概率更高。
内因主要是正气不足，以肾中精气不足为主。因“肾为先天之本”“肾藏精，精生髓”，故精气充盛，则筋骨坚强，不易发生损伤；若肾精虚弱，骨质疏松，则易发生损伤。骨伤科疾病虽然主要是由于外因引起的，但内因还是起到决定性作用，正如《素问·刺法论》所说的“正气存内，邪不可干”，又如《素问·评热病论》认为“邪之所凑，其气必虚”，其中气指一身之正气。正气是与邪气是相对而言的，正气泛指人的整体功能活动，同时也包括机体的抗病能力和自我康复能力等。因此，中医学非常注重人体正气的强弱，正气充沛，则气血充盈调和，脏腑经络等功能健全，卫外固密，病邪难以侵犯机体，从而不易患病。综上所述，疾病的产生主要是与人体正气强弱有着根本的联系。慢性筋骨病多因肾精亏虚，不能濡养筋骨，则产生“骨枯”“骨极”“骨痿”。
筋骨相连，筋能束骨，筋能壮骨，说明筋骨之间具有十分密切的关系。在筋骨劳损中，两者常常同时受累，只是主次、轻重不同。
伤筋，筋急则拘挛，筋弛则痿弱不用。跌打损伤中，筋往往首当其冲，受伤概率最高。在临床上，扭伤、挫伤均可导致筋肉损伤，局部肿痛、青紫，关节活动受限。即使在“伤骨”的病证中，如发生骨折时，由于筋附着于骨的表面，最先受伤的往往是筋；当关节脱位时，关节四周的筋膜一般均有破损。所以，在治疗骨折或脱位时首先应考虑筋伤；慢性劳损，亦可导致筋的损伤，如“久行伤筋”，说明过度的行走，可致筋的损伤。《杂病源流犀烛·筋骨皮肉毛发病源流》曰：“筋也者，所以束节络骨，绊肉绷皮，为一身之关纽，利全体之运动者也，其主则属于肝。故曰，筋者，肝之合。按人身之筋，到处皆有，纵横无算。而又有力诸筋之主者曰宗筋。”筋之总聚处，则在于膝。《素问·五脏生成》曰：“诸筋者，皆属于节。”因此，筋病对肢体的活动影响较大，尤其对四肢关节影响最大。一般而言，急性筋伤多表现为拘挛，慢性筋伤则筋弛，表现为痿弱不用。临床上筋伤较为常见，其证候多种多样，病理复杂多变（如筋急、筋缓、筋缩、筋挛、筋痿、筋结），治疗时宜细审察之。
伤骨，在骨伤科最常见的“伤骨”病证主要包括骨折、脱位，主要因直接暴力、间接暴力所引起。凡伤后出现疼痛、肿胀、活动功能障碍，并可因骨折位置的改变而有畸形、骨擦音、异常活动，亦或因关节脱位的，均因骨的位置发生病理性改变，附着于骨之筋紧张，从而出现弹性固定的情况。但伤骨并不是单纯性的、孤立的损伤。综上所述，损骨能伤筋，伤筋亦能损骨，筋骨的损伤必然累及气血伤于内，脉络受损，导致气滞血瘀，出现肿胀、疼痛。《灵枢·本脏》指出：“是故血和则经脉流行，营复阴阳，筋骨劲强，关节清利矣。”所以治疗筋骨病损时，必须行气化瘀以改善气滞血瘀的病理变化。
慢性筋骨病的病理属性多为本虚标实，大多数以气血瘀滞、经络痹阻为标，以肝肾亏虚为本。肝主筋，与肢体运动有关。肝之气血充盛，筋膜得其所养，则筋力强健，运动灵活。《素问·痿论》曰：“肝主身之筋膜。”《素问·六节藏象论》曰：“肝者……其充在筋。”《素问·经脉别论》曰：“食气入胃，散精于肝，淫气于筋。”肝之气血亏虚，筋膜失养，则筋力不健，运动不利。如筋痿不用，可见于肝阴不足；因为肾藏精，精生髓，髓养骨，所以骨的生长、发育、修复均须依赖肾气的滋养和推动，而肾虚者则易发生腰部扭闪、劳损等。正如《素问·脉要精微论》曰：“腰者肾之府……骨者髓之府，不能久立，行则振掉，骨将惫矣，得强则生，失强则死。”这里所说的“得强则生，失强则死”是指肾精强盛而言。骨若发生病理变化，其因在肾，因肾藏精气，而能濡养骨髓。骨折伤时必然内动于肾，因肾生精髓，故骨折后，肾不能充分地生养精髓，则骨也必然得不到充分的滋养，故在治疗时应配伍补肾壮骨的药物，疗效会更佳，充分说明“肾主骨”理论在骨伤科的病因病理方面是非常重要的。
《素问·生气通天论》云：“骨正筋柔，气血以流。”筋骨是一个动静平衡的整体，注重筋骨的关系，可使气血流通，加速疾病的痊愈。临床除先天性的病变外，大多是“筋”病变在先，如不良姿势、情绪紧张、潮湿、疲劳和外伤等，会出现“筋强”的改变，“筋”状态的改变使其不能约束骨骼，使“骨”的形态发生了改变，最终打破了“筋骨”平衡的状态。筋骨平衡的含义有两个层面，一为内源的稳定：含椎体、附件的椎间盘与相连之韧带的静力的平衡。二为外源的稳定：主要是附于颈椎颈部的肌肉的动力的平衡。在神经系统调控下，动静力平衡保持着筋骨系统之稳定性，若其中某一环节受到破坏都可引起甚至诱发筋骨失衡，即打破了“骨强筋弱”的状态。《素问·痿论》曰：“宗筋主束骨而利机关也。”“束骨”出现失调则会使骨不稳定等，“利机关”失调则出现运动功能障碍等。“骨正筋柔”也是“骨强筋弱”的一种具体表现。“骨强筋弱”是机体相对平衡的状态，对临床治疗此类失衡疾病是非常具有实际意义的。