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肾，主藏精生髓。《素问·六节藏象论》曰：“肾者，主蛰，封藏之本，精之处也。”肾主封藏，是封藏的根本，是藏精的处所。肾中之精包括先天之精和后天之精两部分，先天之精禀受于父母，是构成人体胚胎的原始物质。《灵枢·决气》曰：“两神相搏……是谓精。”后天之精始于水谷精气及脏腑化生的精微物质，是维持生命的物质基础。正如《素问·上古天真论》中所说：“受五脏六腑之精而藏之。”
肾主水。《素问·逆调论》曰：“肾者水脏，主津液。”清代何梦瑶注：“精、髓、血、乳、汗、津、泪、溺，皆水也，并属于肾。”《素问·水热穴论》曰：“肾者，至阴也，至阴者，盛水也。”唐代杨上善注：“至，极也。肾者，阴之极也。阴气舍水，故曰盛水。”
肾主纳气。清代何梦瑶《医碥》曰：“气根于肾，亦归于肾，故曰肾纳气，其息深深。”林珮琴《类证治裁·喘证》曰：“肺为气之主，肾为气之根。肺主出气，肾主纳气，阴阳相交，呼吸乃和。”张锡纯在《医学衷中参西录》中曰：“人之元气，根基于肾，萌芽于肝，培养于脾，积贮于胸中为大气，以斡旋全身。”
肾主骨。《素问·宣明五气》曰：“肾者，其充在骨。”清代唐宗海《中西汇通医经精义》曰：“骨者，肾之所合也。”说明骨骼的健壮与肾关系密切，肾气足，骨髓生化有源，则骨坚固有力。
肾生髓。《素问·阴阳应象大论》曰：“肾生骨髓。”《素问·逆调论》曰：“肾不生，则髓不能满。”《素问·痿论》曰：“肾主身之骨髓。”这里的“髓”包括脑髓和骨髓。
肾主生长发育和生殖。《素问·上古天真论》曰：“三八，肾气平均，筋骨劲强……四八，筋骨隆盛，肌肉满壮；五八，肾气衰，发堕齿槁；六八，阳气衰竭于上，面焦，发鬓颁白；七八，肝气衰，筋不能动，天癸竭，精少，肾藏衰，形体皆极；八八，则齿发去。”
肾开窍于耳和二阴。《素问·阴阳应象大论》曰：“肾在窍为耳。”《灵枢·脉度》曰：“肾气通于耳，肾和则耳能闻五音矣。”指若肾精充沛，上濡耳窍，则听觉聪慧，反应敏捷。《素问·金匮真言论》中认为：“开窍于二阴，藏精于肾。”
肾在志为恐。《素问·阴阳应象大论》曰：“恐伤肾。”《素问·举痛论》曰：“恐则精却，却则上焦闭，闭则气还，还则下焦胀，故气下矣。”由于肾居下焦，肾精化为肾气后，势必通过中上二焦，才能布散全身。恐使精气却而不上行，反而令气下走，使肾气不得正常布散。
肾为作强之官。《素问·灵兰秘典论》曰：“肾者作强之官，伎巧出焉。”意思是肾在人身是负责振奋、强壮的器官，能产生伎巧。《素问·阴阳应象大论》说：“肾生骨髓。”《素问·痿论》说：“肾主身之骨髓。”肾主骨生髓的生理功能，实际上是肾精及肾气促进机体生长发育功能的具体体现。肾藏精，精生髓，髓居于骨中称骨髓，骨的生长发育，有赖于骨髓的充盈及其所提供的营养。故《素问·六节藏象论》说肾“其充在骨”，只有肾精充足，骨髓生化有源，骨骼得到髓的滋养，才能坚固有力；若肾精不足，骨髓生化无源，不能营养骨骼，会出现小儿囟门迟闭，骨软无力，以及老年人骨质脆弱，易于骨折等。
《素问·上古天真论》中关于“三八，肾气平均，筋骨劲强……八八，则齿发去”的记载是对人体生命活动规律及其骨骼发育、退化、衰老过程的最早的认识。
《素问·逆调论》曰：“是人者，素肾气胜，以水为事，太阳气衰，肾脂枯不长……肾者水也，而生于骨，肾不生，则髓不能满，故寒甚至骨也，所以不能冻粟者……病名曰骨痹，是人当挛节也。”从中医生理学、病理学方面叙述了“痹”与“骨”的密切相关性，也证明了肾气虚弱是发生“骨痹”的内在机制。
肾主骨，生髓。肾主藏精，而精能生髓，髓既居脑中，又居骨中，在脑者名脑，在骨者名骨，骨髓以充养。《素问·宣明五气》曰：“肾生骨，其充在肾。”即肾精充足，骨髓生化有源，则骨骼得到骨的滋养而坚固有力。若肾精虚少，骨髓化源不足，不能营养骨骼，便会出现骨骼脆弱，导致骨折、骨病的发生。肾生髓，肾气不足，脑壳不充，会导致脊柱退变性疾病和骨代谢疾病，如颈椎病、腰椎间盘突出症、骨质疏松症、骨关节病等。
“肾主骨，生髓”与脊柱关节病关系密切。《素问》指出“肾，其充在骨”“腰者，肾之府，转摇不能，肾将惫矣”。《医经精义》曰：“肾藏精，精生髓，髓生骨，故骨者，肾之所合也。髓者，肾精所生，精足则髓足，髓在骨内，髓足者骨强。”说明脊柱、关节与骨之强劲和脆弱是肾中精气盛衰的重要标志。肾中精气充盈则骨髓生化有源。骨才能得到髓的滋养，骨可强健有力。人体衰老则肾气衰，肾精虚少，骨髓化源不足，不能营养骨骼而致骨骼空虚从而导致颈椎病、腰椎间盘突出症、骨质疏松症等疾病的发生。
“肾主骨”理论成熟于明清时期。杨清叟根据《内经》理论，结合临床实践，提出了“肾实则骨有生气”的论点在《仙传外科集验方·服药通变方第二》有所体现，并开始重视补肾与治伤的关系，薛己在《正体类要·正体主治大法》中记载“筋骨间作痛，肝肾之气伤也”。《圣济总录·诸痹门》则大力提倡“补肝肾以壮骨”，强调了补肾填精药的君药地位。
“肝肾同源”理论源于《内经》。《素问·五运行大论》云：“北方生寒，寒生水，水生成，成生肾，肾生骨髓，髓生肝。”说明了肝肾两脏之间相互联系、相互影响的密切关系，体现了中医学的整体观念。肝藏血，肾藏精，精血同生，故肝阴和肾阴相互滋养，肝肾相生。肝和肾均内藏相火，相火源于命门。肝和肾密切相关，相互制约，治疗上多兼顾二脏。《医宗必读》曰：“东方之木，无虚不可补，补肾即所以补肝；北方之水，无实不可泻，泻肝即所以泻肾。”即强调了“肾与肝”“肾与脾”的密切关系。
“肾为先天之本”“脾为后天之本”，肾藏精，主命火，命火为生气之源，是生命的原始动力。脾胃有消化、吸收、输布水谷精微之功能，而组成人体以及与生命活动密切相关的气血则是由水谷精微所化生，所以又说“脾胃为气血化生之源”。脾与肾，即“后天”与“先天”，是相互资生，相互促进，在病理上亦常相互影响，互为因果。
在慢性筋骨病治疗中，我们多用益气化瘀补肾法，结合肝肾同源，脾肾同治，拟订了“以气为主，以血为先，肝脾肾同治，标本兼顾”的治疗大法。
髓分骨髓、脊髓和脑髓，皆由肾精化生。肾精的盛衰，不仅影响骨骼的发育，而且也影响脊髓及脑髓的充盈。脊髓上通于脑，脑由髓聚而成，故《灵枢·海论》曰：“脑为髓之海。”《素问·五脏生成》曰：“诸髓者，皆属于脑。”因此，肾精充足，髓海得养，脑发育健全，则思维敏捷，精力充沛；反之，肾精不足，髓海空虚，脑失所养，则见“脑转耳鸣，胫眩冒，目无所见，懈怠安卧”，可见，脑的功能虽然归心统领，但与肾亦有密切关系。脑的病变，尤其是虚性病变，常采用补肾填精法治疗。
《素问·宣明五气》曰：“五脏所主……肾主骨。”“主”有主持的意思。“肾主骨”包含肾充养骨骼以及二者生理层面的关系。《素问·六节脏象论方》曰：“脊者……其充在骨。”骨骼起支持人体的作用，为人身之支架。骨之所以能起这样的作用，依赖于骨髓的营养。骨髓由肾精所化生，《素问·阴阳应象大论》指出“肾生骨髓”髓藏于骨腔之中，以充养骨骼，所谓“肾充则髓实”。而髓的生成，为“肾主骨”提供了物质基础。此外，牙齿和骨的营养来源相同，同样也是肾脏的精气所化生的，故有“齿为骨之余”之说。齿与骨同出一源，亦由肾精充养，故称“齿为骨之余”。牙齿松动、脱落及小儿齿迟等，多与肾精不足有关。温热病中望齿的润燥和有无光泽，又是判断肾精及津液盛衰的重要标志。