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由于在苏州水灾时期的政绩，景祐二年（1035年）三月，范仲淹被召为尚书礼部员外郎、天章阁待制，进入皇帝侍从的行列，主要职责是管理国子监。范仲淹之所以又被委以重用，除了因为其在被贬官之后不怨天尤人，一如既往、脚踏实地地为民办实事，以优秀的政绩进一步显示自己的行政能力；另外，朝廷对台谏官先示惩罚然后提拔，这是赵宋政权屡试不爽的官场潜规则之一，这样可使台谏官坦然面对官场的沉浮。
范仲淹回朝后，没有收敛自己的锋芒，而是首先拿害死郭皇后的内侍阎文应开刀。郭皇后被废后，停了一段时间，冷静后的仁宗又很想念被废掉的郭皇后，不断派人前去慰问，并赐以自己写的乐府诗。废后也作诗相和，词甚凄婉。仁宗还曾经下密诏让废后回宫，但是废后说道：“如若召见，必须由百官立班受册才行。”言外之意，必须以正规途径恢复皇后的身份。仁宗听后，只好暂时作罢。但是，郭皇后一旦复位，对内侍阎文应肯定不利。恰好废后患小病，朝廷派阎文应带御医前去诊视。谁知几天以后，废后突然去世。朝廷内外都怀疑阎文应在药中下毒，却没有实据。仁宗知道后，表示深深的悼念，下诏追复皇后身份，而停谥册祔庙之礼。
范仲淹马上着手调查此事。阎文应最后被贬，后死于贬所。
老谋深算的宰相吕夷简见范仲淹如此下去，必将给自己带来很大的麻烦，于是建议仁宗让范仲淹暂时知开封府。开封府作为京师所在地，事务自然非常繁忙，处理不好的话，上至皇帝、大臣，下至黎民百姓，自然会议论纷纷，甚至会惹火烧身。京官难当，这样就可以顺理成章地罢免范仲淹的职务。
此前的知开封府，任上惹下祸端的例子也不少。太宗太平兴国八年（983年），刘保勋知开封府，寡妇刘氏到府诉丈夫前妻的儿子元吉将毒物放入食物中，差点将自己毒死，刘保勋按验后认为证据确凿。元吉妻子敲登闻鼓诉冤，中国古代于朝堂外悬鼓，以使有冤抑或急案者击鼓上闻，从而成立诉讼。登闻鼓源于魏晋南北朝时期，后历代相沿。我们常常在影视片中看到冤屈的百姓在衙门口击鼓鸣冤的场面，所击的大鼓就是登闻鼓。案子改由御史台审理。御史台审理后，方知刘氏与他人通奸，被元吉发现，刘氏惊悸成疾，故诬告元吉。刘保勋为此被罚俸三个月，不久又由辛仲甫取代他知开封府。仁宗年间知开封府陈尧咨、判官张宗诲还曾经因为喜欢喝酒耽误政事，遭到监察御史王沿的弹劾。
但是，范仲淹到任后，以其卓越的行政处理能力，把开封府的一应事务处理得井井有条。东京城很快传出两句民谣：“朝廷无事有范君，京师无事有希文。”阿附吕夷简的胥偃，多次上奏朝廷，攻击范仲淹治狱“立异不循法”，但是，胥偃的女婿欧阳修却极力为范仲淹辩解，导致翁婿反目，可见范仲淹的人格魅力。范仲淹很重视过去案例材料的搜集和整理，以作为判案的参考。宋太宗曾经知开封府，范仲淹将其在任时所判的案牍整理后上奏，仁宗在此基础上，让人编了一部《狱事汇编》，共七百一十卷，可惜后来失传了。
权知开封府期间，敢于担当的范仲淹并没有吸取此前因为犯颜直谏而被打压的教训，仍然是不平则鸣。内侍阎文应倚仗权势，作恶多端，却一直没有人敢向仁宗提出罢黜他。范仲淹在仔细调查、核实了他的罪行后，决定上疏揭露其罪恶，考虑到阎文应的势力很大，范仲淹在上疏之前就烧毁了家里所有的兵书，害怕一旦上疏失败，被人反打一耙，抄家时成为谋反的罪证，又给家人留下遗嘱，其中写道：“我一旦为此遭遇不测，后代千万不要再做官，但于我的坟墓旁边，修一草庐，教书授徒为业。”仁宗彻底了解情况后，罢黜了阎文应的职务，将其外放。
当时宰相吕夷简把持用人大权，一时被提拔的官员多走他的门路。朝臣们对此敢怒而不敢言。见此情景，范仲淹挺身而出，在详细调查的基础上，画了一幅《百官图》，上奏仁宗，并在朝堂上当着吕夷简等臣僚的面，指着图对仁宗解释说：“如此提拔为按序提拔，如此提拔则为不次提拔，如此则公，如此则私。进退高级臣僚，凡破格者，不应该由宰相全部掌管。”
气急败坏的吕夷简当场就说范仲淹狂妄胡言，但事情却不了了之。没隔多长时间，范仲淹和吕夷简又发生了尖锐的矛盾。
北宋之所以定都于无险可守的东京，一来由于自安史之乱之后，经济中心完全转移到江淮地区；二来陈桥兵变后赵匡胤匆忙登上帝位，此时最需要的是政局的稳定，自然不便迁都。局势稳定之后，赵匡胤多次考虑将都城迁往有险可守的洛阳，但是赵光义等大臣以“王朝运数，在德不在险”的理由予以强烈反对。迫于大臣们的反对及其他因素，迁都未能形成定论，但是，赵匡胤说道：“后代子孙，总有一天要在此问题上吃大亏！”身经百战的赵匡胤，自然知道定都于东京的缺陷所在。
景祐三年（1036年）五月，大臣孔道辅又一次向仁宗提出迁都洛阳的建议，包括范仲淹在内的大多臣僚都表示反对。范仲淹思考了几天后，认为虽然不能迁都，但是一旦和辽国发生大规模的战争，辽军兵临东京城下的危险不是没有，于是写了《论西京事宜札子》，提出一个折中性的方案。在札子中他写道：“西京西有崤山和函谷关，北有邙山和黄河，一旦东京有危险，可以退守洛阳。但是，洛阳自立朝后至今，几乎没有什么储集，急难时刻，如何应对？不妨以准备到皇陵朝拜为由，逐渐修建一些大规模的粮仓，陕西路有余粮的话，就由陕西东运到洛阳；东京以东的地区有余粮的话，就西运到洛阳。这样不用几年时间，就可以贮备够战时所需要的粮食。太平时期，朝廷于东京办公，一旦危险，则迁到洛阳。这样，进可攻，退可守，可立于不败之地。”范仲淹的这一建议，应该说很有远虑，也委实可以执行。仁宗将范仲淹的札子交给宰执们讨论，吕夷简当着仁宗的面，就冷冷地冒出两个字：“迂腐！”然后又大声说道：“范仲淹就是典型的沽名钓誉之徒！”对吕夷简颇为信任的仁宗，自然否决了范仲淹的动议。
针对吕夷简对自己的污蔑，范仲淹认为必须向仁宗做出解释，以免仁宗为其所误。于是范仲淹连续向仁宗上了《帝王好尚论》《选贤任能论》《近名论》《推委臣下论》四个札子。在此“四论”中，范仲淹主要强调了如下观点：
第一，君王必须善于纳谏，必须重用人才。范仲淹且以尧、舜、禹、汤、文、王、周公等作为正面的例子，以夏桀、商纣王、隋炀帝作为反面的例子，作为明证。
第二，君王必须选贤任能。他以秦失张良、陈平，汉得张良、陈平导致的截然不同的结果进行论证。
第三，名教乃儒家之宝典，无论是商汤还是周文王，都以他们的伟大善举博得了天下的人心，然后得了天下。姜太公和孔子，他们一生的追求，无不在求名。求名，求善名，有什么不好？
第四，宰辅、将帅、御史、京尹等朝官和县令等地方官，各司其职，应该给予他们法定权限内的权力，这样才能够把事情办好。
第五，国家的核心权力，尤其是用人大权，必须掌握在君王手中，不可旁落，否则后患无穷。范仲淹以西汉末年王莽、唐玄宗时期李林甫的例子作为恶证，其矛头自然是直指吕夷简。
第六，一国之君，不能热衷于处理具体的事宜，要能够发现不同的人才，把他们安置在合适的位置，这样才能做到无为而治。
范仲淹的“四论”，无不透露出忠君报国的拳拳之心。但是，吕夷简知道后，马上给范仲淹扣了三顶大帽子：“越职言事、荐引朋党、离间君臣”，第二顶帽子尤其触犯赵宋的祖宗家法。仁宗马上将范仲淹贬官饶州（今江西省鄱阳县）。其实，范仲淹第二次被贬官时期，就说过“理或当言，死无所避”“既竭一心，岂逃三黜”的话，不幸被他言中。
殿中侍御史韩渎秉承吕夷简的旨意，请求仁宗将范仲淹犯“朋党之罪”的罪名张榜于朝堂，并严禁臣僚越职言事，其目的显然是杀一儆百，堵塞言路。
高压恐怖气氛之中，更能看出人的本来面目。范仲淹曾经在韩亿不知情的情况下，向仁宗荐举韩亿。当仁宗将此事告诉韩亿后，韩亿立马说明自己和范仲淹没有丝毫关系，对范仲淹没有丝毫感激之情。而秘书丞余靖、太子中允尹洙冒着被打上“朋党”的罪名，为范仲淹极力辩解。高若讷作为谏官，坐视范仲淹被冤屈的局面，却冷眼旁观，实际上是为吕夷简助力，于是馆阁校勘欧阳修发公开信强烈谴责他。秘书丞余靖、太子中允尹洙、馆阁校勘欧阳修，很快也被贬官。馆阁校勘蔡襄以四人的事迹作为题材，作了一首《四贤一不肖诗》，“四贤”指范仲淹、余靖、尹洙、欧阳修，“不贤”指高若讷。诗写得很长很形象，反映的又是当时街谈巷议的朝廷的热点问题，有经商头脑的卖书人知道后，将诗赶快刻印，东京人争先恐后购买。辽朝使节正好到东京，也买了一部分，回国后张贴于幽州（今北京市）的驿馆。泗州通判陈恢上章，请求严惩蔡襄，左司谏韩琦也跟着上章弹劾陈恢，说陈恢越职希恩，要求严惩陈恢。但是，二人的上章，仁宗一概不理。正在“丁忧”的苏舜钦，也上了《乞纳谏书》，指出此举“使正臣夺气，鲠士咋舌，目睹时弊，口不敢论”。
此前被河北转运司弹劾罢免军职的刘平，也以私怨秉承吕夷简的意见，上章指责范仲淹，说范仲淹等毁訾大臣，后边一定有大后台，欲逐大臣后取而代之。刘平后在西北战场，因为轻敌导致全军覆没，自己也被夏军俘虏，范仲淹却没有落井下石，可见其气量和涵养。
此事，历史上称为“景祐党争”，实质上是朝廷上的改革派集团向墨守成规的元老派既得利益集团的一场挑战。由于元老派大权在握，又有仁宗的大力支持，改革派自然免不了失败的结局。
当然，范仲淹第三次被贬的幕后推手，大多学者都归罪于吕夷简，实际上主要还是来自仁宗。仁宗虽然是中国古代对待臣下最宽厚的君主，却惑于“朋党之论”，而丧失辨别是非的能力。在仁宗看来，范仲淹等人的行为是不折不扣的“朋党”。不过仁宗虽然以“朋党”的罪名处置了范仲淹等人，实际上处罚还是比较轻的。