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1923年2月7日，第二天就是小年了，再过一星期就要迈进旧历新年，然而，外地却传来不祥的消息。
当日《申报》刊载5日汉口电讯：“现因京汉铁路罢工，无火车来往，闻该路罢工乃反对军界，现有人图于明日举行总罢工。”
这其实已是旧闻，同日报纸还大篇幅报导《京汉路工人大罢工》：“京汉路工人之团结，较其他工人均形完固，上年冬复筹设总工会，以便统辖指挥各站工人团体，定本月一日在郑州开成立大会，柬邀各地人士参观，乃突为当地军警干涉，摔毁匾额，监视与会代表，工人大愤，秘密议定于四日正午十二时起全路罢工……”
吴佩孚终于露出封建军阀的狰狞面目，京汉铁路大罢工遭到血腥镇压。扫射、斩首、虐杀、刑讯，断头断手断脚死伤者无数，林祥谦牺牲得尤为惨烈，施洋被枪杀于除夕日。据不完全统计，二七惨案造成52名京汉铁路工人死亡，300余人受伤，40余人被捕入狱，1000多人失业流亡。
事实上，惨案的受害者远不止此，光是武汉各工团因为支援京汉铁路工人大罢工就有2200多人被开除出厂。白色恐怖下，积极参加京汉铁路大罢工的李汉俊逃离武汉，乘车北上。北京学生联合会派黄日葵、李大图来沪，发动上海各界支援大罢工。
一些工运骨干和失业工人逃亡到上海，沪上春节一时间多了无数悲戚与愤讨之声。形势急转直下，原定五一节在汉口成立全国总工会是不可能了。3月2日北京学界举行反政府的提灯大游行，以流血惨剧收场。中共中央被迫于2月中下旬离开北京，迁回上海。团中央机关也迁回上海。同月迁回上海的中国劳动组合书记部，仍由邓中夏任总部主任。在二七惨案后坚守在武汉处理善后工作的项英，也于同月被中共中央调至上海，任中共中央职工运动委员会书记。
然而，上海的政治迫害也非常厉害，由于一名同志的被捕，大批党内材料遗失。改善机构的工作无从做起。
“所以无论如何，应当上前进去，用了我们底全力，去创造一种快乐的世界，不要悲观，应当乐观。”4月15日，李大钊在上海大学演讲，主题为《演化与进步》。李大钊是3月初来上海的，二七惨案前后他正在武汉，亲眼看到如狼似虎的军人残杀工人的情形；为林祥谦（中共党员）等的罹难，他承受了巨大的悲恸，尤其是听到共产党员施洋的噩耗，就在前些天他俩还见过面。但是，李大钊仍鼓舞青年要保持乐观的斗争精神。同月，李大钊还作了“社会主义与社会运动”的长篇讲演。
6月上旬，从长沙来沪到中央工作两月的毛泽东，会同马林等离开上海，前往广州，筹备中共三大。中共中央于此迁往广州，这是当时形势所迫，也是遵从共产国际的指示。
8月5日，毛泽东又出现在上海街头。
中共三大决定共产党员以个人名义加入国民党，但仍旧保存并努力扩大共产党的组织。大会选出9名委员：陈独秀、李大钊、蔡和森、毛泽东、王荷波、朱少连、谭平山、项英、罗章龙，另有5名候补委员。强烈反对国共合作的张国焘落选了，瞿秋白虽未进入中央领导集体，却因其在大会上的积极作为颇为共产国际代表所瞩目。中央执行委员会选出陈独秀、毛泽东、罗章龙、蔡和森、谭平山5人组成中央局，陈独秀仍为中央局委员长，毛泽东为中央局秘书，罗章龙为会计。根据大会通过的《中国共产党中央执行委员会组织法》规定，“秘书负本党内外文书及通信及开会记录之责任，并管理本党文件。本党一切函件须由委员长及秘书签字”。会后，毛泽东和陈独秀等人积极与国民党方面商谈国共合作问题，并以国民党员身份致信孙中山，建议国民党“在上海或广州建立强有力的执行委员会，以期合力促进党员的活动和广泛开展宣传”，希望孙中山“不能沿袭封建军阀用武力夺取政权攻占地盘的同样的方针”，不要轻信南方诸省军阀，“我们要求先生离开广州前往舆论的中心地上海”。孙中山自有他的主见，不易为别人说服。7月2日，毛泽东又与陈独秀致信共产国际，报告中共三大及其以后的活动情况，明确：“此次会议后，我们决定把中央执行委员会的机关搬到上海工作，这不仅因为上海是工业最发展的中心区，而且也便于对全国工作进行指导和传达。”
毛泽东这天代表中共中央出席中共上海地委兼区委第6次会议。“我在党的三大上遇到金佛庄同志，这才知道他在浙江省警务处处长夏超的警备团里当营长。我提议上海地委兼区委密令佛庄同志相机作反战宣传。”毛泽东还代表中央提出三点建议，特别关照：“对邵力子、沈玄庐、陈望道态度须缓和，并编入小组。”
邵力子是国民党加入共产党的跨党分子；沈玄庐是中共上海早期组织成员，是上海社会主义青年团发起人之一，也是开展农民运动的先锋，却因为在共产党内没有占到地位开始渐渐流露出要脱离党的意思，甚至提出要退党，中共三大派人请他与会，他也不到；还有陈望道，他曾译过《共产党宣言》……当事人不免意气用事，党组织不应急躁应事。
会后，毛泽东迅速离场，身影隐入闸北区公兴路、临山路（原香山路，后改名为象山路）交叉处一条小弄堂里。这个里弄只有三个门牌，因此得名三曾里。先行来沪的新任中央执行委员、农工部长王荷波之所以看中三曾里，是因为此地属于华界，距上海北火车站仅一两里地之遥，方便与外省市的交通；周围有几十家缫丝厂和一些手工业工厂，居民多为广东人，其次是江北人。像这样既非贫民区，又不是绅士区，五方杂居，是极适合隐蔽的。为此租定三曾里一幢两层楼的石库门房子，作为中央机关的秘密办公场所。这幢石库门楼上楼下共有八九间房，陆续住进了毛泽东与蔡和森、向警予，还有罗章龙夫妇。罗章龙长期在北方工作，原提出继续留在北方区，中共中央和共产国际代表都不同意：“文虎不能留北京，应该从全局着眼，三代会既已作决定，就应该全部执行。”
翌年杨开慧带着孩子也曾短暂入住一楼的前厢房，与住在后厢房的蔡和森一家仅隔一层板壁。罗章龙一户人家则住在楼上。“三户楼”由此得名。当时租房必须有个户主，于是，他们对外称是王姓兄弟，称向警予为大嫂，推其为一家户主，安排大家伙食等里里外外的事都由她支应。
由于向警予负责妇委工作，兼做工人运动，常到附近丝厂开展妇女工作，为此给她配了一位青年团女团员王熙春做助手。王熙春也住在这里，主要在秘书处领导下负责对外联系，管理机关内一些政治性和事务性的工作，包括警卫、后勤等。三户楼有一个警报电铃，也由她负责。
蔡和森主编的《向导》经过迁京转粤，重新移回上海，就在三户楼延展。8月22日，向警予主编的《妇女周报》也得以创刊。也是在8月底，蔡和森代表中共中央去看望在沪闲居的张国焘。蔡向张正式通报了马林在中国任职期满，被调回莫斯科的情况。“陈独秀先生一直不赞成马林那种排斥反对者的态度，而且他也受着党内反对意见的压力，在逐渐改变原有的主张。”蔡和森解释道，还说到中央和不少同志都以党内团结问题为虑，希望能由中央分派张一项重要工作。张国焘表示愿意服从中央的决定。数日后，他受邀参加中共中央的一次会议，陈独秀态度亲切地接待了张国焘，希望他到北京去担负起铁路工会的领导工作。
中央局5位成员除谭平山留驻广东，其余都回到了上海，中共中央就此完成迁回上海的使命。为充实中央力量，9月增补王荷波为中央局成员。
王荷波对于到上海工作原也有顾虑，还是罗章龙南下途中到浦镇劝其同行来沪。王荷波表示：不愿意离开工作，怕脱离群众。幸好其夫人在一旁促驾：“你走，我同你一道走好了。”于是，王荷波携眷与罗章龙同车来沪。
9月4日，王荷波就任上海地方兼区委会委员长，
他经常造访三户楼，但见楼门外挂着“关捐行”的招牌，此处佯装是做帮人填写外文表格到海关报税的生意。王荷波当时住在公共租界同孚路（今石门一路），陈独秀住处离三曾里更近，仅有一两里地路，且在三户楼设有床铺，一旦开会晚了或者有事不能回去就留宿于此。苏联领事馆的专门联络人也常来此处。经常来三户楼的几个人对外称是亲戚串门，其他非经允许不准入内。陈独秀夫人高君曼有一次来找，应门的王熙春不认识她，将其拒之门外。只有一些特殊的、经中央允许的人，以及来接头的同志可以暂住三户楼。曾经有个湖南青年从长沙来找杨开慧，头次来沪，人地两疏，很想在此借宿，却被“女户主”执拗地送到了车站。那个湖南青年不知道，他要投宿的是中共中央的机关重地，三户楼的楼上就是党中央开会、办公所在，比党在公共租界威海卫路瑞兴里的办公处更为重要。共产国际代表来此开过会。时任青年团书记的恽代英，也曾来此列席中共中央会议。为安全起见，三户楼住户严格遵守“五不”不成文公约：不到外面上餐馆，不看戏，不看电影，不到外面照相，不在上海逛街。每月休息时间由向警予、王熙春规定，可到空旷之地散步，或到吴淞炮台、兆丰公园（今中山公园）游玩，也可到松江、太湖、苏州等地远足。
平日里，三户楼更像是一个情报分析中心。大量的中外报刊如《新闻报》《申报》《新申报》、上海《民国日报》、天津《益世报》，以及外文报《密勒氏评论》，还有一些外国杂志主要是共产国际的英、美、德、法各种文字的报刊，都源源不断地送到这里。为避免旁人起疑，这些报纸不是直接送到三曾里，而是分送到不同信箱，其中一个设在北四川路离苏州河不远的邮政局地下室，由王熙春每天去取。如此取回来的报纸，只能是第二天细看了，用以掌握国内外政局。毛泽东看中文报，每天早餐时他就边吃边看报纸，看到重要内容就记录下来或剪下来。《申报》《新闻报》的北京专电，他也给予特别关注，藉以研究全国政治动向。陈独秀、罗章龙、王荷波、恽代英都看外文报刊。有时，他们还一起谈论有关报刊内容的诸问题。
阅报之余，则是草拟文件、决议，为《向导》等党的刊物撰文，专心著述，经常是笔耕到深夜，不以为苦。蔡和森所著的《俄国社会革命史》一书9月初脱稿，托李大钊联系出版。李大钊当时正在上海，9月3日他受青年星期讲演会之邀作题为“关于青年问题”的演讲，7日他致信胡适，询问该书稿可否收入“世界丛书”：“和森很穷，专特此以为糊口，务望吾兄玉成之”，翌日即离沪赴洛返京。罗章龙有一次写了一篇文章，其中有“延误革命的佳期”这么一句。“佳期”，特指男女约会，还有就是结婚日期之意。以男女两情相悦的佳期密会比喻国共两党的精诚团结，颇具谐趣。陈独秀偶然看到笑出声来：“以革命与佳期联用，实为新颖，形象非凡，气氛乐观。我们平时草文，均属一时急就的篇章。如从文艺角度看，竟无一是处。”
这期间，陈独秀以只眼、独秀、孤松为笔名，发表了不少短论及诗篇，嬉笑怒骂，皆成文章。毛泽东也勤勉笔耕，除了为中央起草公文之外，他撰写发表了《省宪下之湖南》《北京政变与商人》《“省宪经”与赵恒惕》《英国人与梁如浩》《纸烟税》，所作无不紧密联系时政，其中发表于《向导》的《北京政变与商人》一文，号召建立全国各阶层的联合战线，进行反帝反封建的革命斗争。这正是中共中央当时的中心工作任务。
9月，毛泽东因事返湘工作。中央局秘书工作由任会计的罗章龙兼代。那年秋，蔡和森投入国共协力创办上海大学的工作，兼任社会学教授，讲授“社会进化史”，同年在上大执教的共产党人还有施存统、恽代英、杨贤江、侯绍裘、沈雁冰等。而邓中夏、瞿秋白此前经李大钊介绍，分别受聘为上大总务长、教务长兼社会学系主任。邓中夏首先埋头苦干，制定出上海大学章程，确立上大的教育方针。瞿秋白讲授“现代社会学”和“社会哲学”两门课，深入浅出，引得非本系的学生甚至外校学生也来旁听，已是全校较大一间的教室，却总挤得满满的。
因为鲍罗廷9月下旬由京抵沪，瞿秋白越加忙碌起来，鲍罗廷因要前往广州为孙中山当政治顾问，一眼看中瞿，向陈独秀提出要秋白做他的翻译。
10月10日，瞿秋白参加上海大学的双十节庆祝大会。“起来，受人污辱咒骂的！起来，天下饥寒的奴隶！满腔热血沸腾，拼死一战决矣。……”
瞿秋白唱起他数月前翻译的《国际歌》，长歌一曲，英俊潇洒而又才华横溢，令上大师生为之倾倒。上大女学生王剑虹目光炽烈，暗恋着瞿秋白，翌年初两人结婚。另一名男生也听得如痴如醉，“关向应”是其随李震瀛由大连来沪，进上大学习时新取的名，志在响应“主义”的召唤，起而奋斗。
也正是在10月，陈独秀与罗章龙一起签发第19号中央通告。通告指出：“中俄外交为现在国内重要政治问题之一”，“兹决定各区或地方委员会，亟宜联合各该地一般团体向社会公开为承认苏俄的运动”。
国内外政局迅速变动，从10月起上海的一些国民党员明显出现反对共产党留在国民党内的情绪，中共中央抓紧筹备第一次执行委员会，原定10月20日召开。10月间，包惠僧从北京来到上海。不过，他不是来开会的，而是奉调回武汉工作途经上海。
因与筹备中的第二次劳动大会时间冲突，第一次执委会改在11月15日。11月7日，又一个十月革命纪念节，李大钊现身上海大学的社会问题研究会成立大会，作《社会主义释疑》的演讲：“我们要改造的社会，是寻快乐的，不是向那穷苦不自由的地方去。”李大钊此来是应孙中山之邀会商国民党改组问题，11月间他还先后到上大作“史学概论”“劳动问题概论”的演讲。
中共三届一中全会因为等候驻粤委员而再次延期，在穗参与国民党改组工作的谭平山最终没能来沪，11月24日上午9时会议召开。“到会者中局委员四人，驻京驻鄂委员各一人，S.Y.（ 社会主义青年团的英文缩写，引者注 ）代表一人，特别招待同志一人，共八人，驻湘驻粤委员未到，中局委员一人因事赴湘亦未到。议事日程如左：
（一）中局报告大会后进行事项；
（二）各委员报告地方工作情形；
（三）国民运动进行计划；
（四）劳动运动进行方针；
（五）教育宣传问题；
（六）第五次国际大会准备事件；
……
陈独秀代表中央局作三大后的工作报告，分政治、宣传方面、与国民党关系、劳动运动、农民运动、党务六个部分。“大会后即发生北京政变，中局随即发表对于时局的主张（印汉文六千，英文三百）”，陈独秀如此回顾中共三大后的政治工作。对于国共两党的关系，他亦不回避问题：“大会决议案，尚未能充分执行者，一、因同志中对于决议案有多少疑虑；二、因国民党本部办事不敏决；三、因同志们和国民党员间的猜疑及政治观念不同；四、因本党经济困难。有此四因，原拟在最短期间成立北部中部各重要支部之计划遂未能实现。”在评述了共产党在各地帮助国民党建立组织活动后，陈独秀接着通报情况：“此时国民党中有一派人拟实行改造，并决于明年正月十五日在广州召集大会，又一派人反对之，将来或酿成重大的变化。……”
与会者各自汇报工作，广东方面的报告提及国民党改组进程：“国民党临时执行委员会遂于十月二十八日正式成立，由孙中山特派九人为委员（内有同志一人），特派五人为候补委员（内有同志一人）”，所说的党内同志分别为谭平山与李大钊。该报告还提及“又另组临时委员会上海执行部，推定汪精卫、张继、戴季陶、胡汉民、叶楚伧五人为委员，并已派廖仲恺到上海克日召集成立云”。三届一中全会通过的《国民运动进行计划决议案》，提出共产党要“努力站在国民党的中心地位”的主张。全会要求，凡有国民党组织的地方，共产党员和青年团员要全部加入进去；凡没有国民党组织的地方，由共产党帮助建立国民党组织。
就这样步入上海湿冷的12月，这月首日出版的《前锋》第2期刊发了陈独秀的大幅文章《中国国民革命与社会各阶级》。陈文起首即宣称：“人类经济政治大改造的革命有二种：一是宗法封建社会崩坏时，资产阶级的民主革命；一是资产阶级崩坏时，无产阶级的社会革命。此外又有一种特殊形式的革命，乃是殖民地或半殖民地的国民革命。”此后纵论国民革命，并对殖民地半殖民地各阶级逐一分析，“工人是社会上有力的阶级”，“即在纯粹资产阶级的民主革命中，工人阶级一旦感觉得这种革命于自身亦有利益时，往往成为急进的先锋，况在国民革命，工人阶级更是重要的分子了”，“但同时我们要知道：工人阶级在国民革命中固然是重要分子，然亦只是重要分子而不是独立的革命势力”。在一番论证后，陈独秀指出：“中国社会各阶级都处在国际资本帝国主义及本国军阀两层严酷的压迫之下，而各阶级合作的国民革命，是目前的需要而且可能。”至于革命前景，陈独秀如此预见：“国民革命成功后，在普通形势之下，自然是资产阶级握得政权；但彼时若有特殊的环境，也许有新的变化，工人阶级在彼时能获得若干政权，乃视工人阶级在革命中的努力至何程度及世界的形势而决定。一九一七年俄罗斯的革命就是一个好例。”
“二次革命论”主张在早期中共领袖的心胸盘旋。
同月，中共中央接连发出通告。第11号中央通告，是针对广州政府拟收回海关用人管理权，遭英国派兵占领海关事件，指令“各区及地方同志应即召集全体紧急会议，筹备联络各团体发起剧烈的排斥英货运动，并通电全国主张收回全国海关，以恢复国家应有之主权”。12月25日发出的第13号中央通告，系有关国民党改组及收回海关主权问题。通告通报国民党改组情况，提出“吾党在此次国民党全国大会代表中，希望每省至少当选一人”的任务目标，对于即将召开的国民党“一大”讨论党纲章程及对于时局之策略的紧要问题，要求“代表动身前各区均应详加讨论，俟各省代表过沪时，我们的同志再集合议决一致的主张”。此外，继续要求各地党组织关注广东海关问题，采取抗争行动。通告明确：“中局即以此二项工作进行如何为各地方工作勤惰之标准。”文件结末署名仍为委员长陈独秀与秘书罗章龙。
毛泽东在12月底始奉中央通知，匆匆离开杨开慧，从长沙重返上海，准备赴广州参加国民党第一次全国代表大会。
1924年元旦，中共中央与社会主义青年团中央局召开联席会议，专门讨论对于国民党一大的意见。陈独秀、恽代英、蔡和森、瞿秋白等与会，在南方帮助孙中山抵住陈炯明进攻、稳定广州局势的鲍罗廷也来沪出席，他直言批评上海的共产党对国共合作不热心。会议主题是对国民党党纲、章程、政纲等提出修改意见。
会后没两日，瞿秋白挥别新婚妻子王剑虹，赴广州参加国民党一大筹备工作。“要爱，我们大家都要爱”，“谁怕爱，谁躲避爱，他不是自由人，他不是自由花魂”（《爱》），缠绵情感糅合追求理想社会的赤诚，秋白思念爱人的诗笔在五彩布纹纸上轻灵地跃动。
前往广州参加国民党大会的李大钊、张国焘途经上海，1月5日接通知参加中共中央临时特别会议。陈独秀提议李、张会同在广州的谭平山、瞿秋白等，组织一个指导小组，以领导出席国民党大会的中共党员。1月上旬，各省市推选的参加国民党一大的中共党员代表汇集上海，中央领导人主持讨论有关认识和要求。
中共党员代表纷纷离沪赴粤，陈独秀却始终没有登上去往广州的海轮，尽管他被孙中山指定为出席国民党一大的安徽省代表。由于同蔡和森等在《向导》发文批评国民党与军阀、与帝国主义妥协，重军事轻宣传等问题，孙中山大为恼火，曾对马林放狠话说再不收手要将陈独秀开除出国民党。知道国民党内对自己不满的大有人在，陈独秀没有参与国民党一大决议的起草工作，这回干脆是躲清闲了。
正扳着手指算着国民党一大召开几天了，突然传来列宁逝世的噩耗，巨大的哀痛笼罩了上海的革命界。看着报刊发表的种种评论，陈独秀觉出有些问题：一些人将苏俄革命归之为列宁个人意志之伟大，以为列宁去世俄罗斯革命将之寿终，这是唯心派的误解；反之，另有些人作机械的唯物论解释，这也是不对的，“个人的意志固然不能创造客观上不可能的东西，而在客观上可能的范围以内，却有个人意志回旋的余地，并且必须有此个人的努力及天才的创见，这客观上的可能才能够适当的实现”。陈独秀心里盘旋着这句话，去找蔡和森商量，却发现和森病倒了。1月27日陈独秀奋笔疾书，向胡适催讨稿费：“蔡和森兄卧病在床，医药无费，弟不忍坐视其困贫而死，特函求兄即将他的书稿函告商务结束，余款早交，使他得有医药之费或可活命。”
2月2日出版的《中国青年》第16期，发表了陈独秀的《列宁之死》。该刊系1923年10月20日创刊于上海的中国社会主义青年团机关刊物，这期可称纪念列宁专号，6篇文章全与列宁有关。再过两天，就是旧年除夕了。
过了个广州春节，毛泽东2月中旬从广州来到上海，仍然入住三曾里。
1924年1月30日闭幕的国民党一大，确定了孙中山的联俄、联共、扶助农工三大政策。大会选举产生的中央执行委员会中，共产党人李大钊、谭平山、于树德为委员，毛泽东和沈玄庐、林祖涵（林伯渠）、于方舟、瞿秋白、韩麟符、张国焘为候补委员。1月31日，毛泽东出席孙中山主持的国民党第一届中央执行委员、监察委员第一次全体会议，会议决定派遣中央执行委员分赴上海、北京、汉口等地特别组织执行部，指导和监督当地党务。毛泽东受委派到国民党上海执行部，该部统辖苏、浙、皖、赣四省与上海市的国民党党务。
2月25日，春寒未尽，环龙路44号（今南昌路180号）已是春意盎然，国民党上海执行部在此召开第一次执行委员会议。国民党中委、候补中委胡汉民、于右任、瞿秋白、叶楚伧、茅祖权、毛泽东出席；何世桢、谢持、邵力子、孙镜列席。胡汉民主持会议，议决通过上海执行部各部人事名单。各部部长皆为国民党大员，而秘书、干事多由共产党人承担。中共中央局在沪5名成员有3人，再加上在去年团的二大新当选为社会主义青年团中央委员的恽代英，还有其他一些党员骨干，都在上海执行部兼任职务。在秘书处文书科主任邵元冲未到任前，由毛泽东代理，旋因邵氏留驻广州，确定毛泽东为文书科主任。同时，毛泽东还是组织部秘书，罗章龙为组织指导干事；恽代英为宣传部秘书，施存统、沈泽民为宣传指导干事；邵力子为工人农民部秘书，邓中夏为调查干事，刘伯伦、王荷波为办事员；向警予为青年妇女部助理。此后，中共党员李立三、杨之华、张佐臣、孙良惠、刘重民等，也先后为国民党上海执行部效力。这些共产党骨干进入上海执行部工作，充分体现了2月在沪召开的中共三届二次全会精神：“我们的同志，加入国民党各种机关内，以扶助督促其党务之进行”，“加入之人，必须选择能干而且适宜于国民党某种工作的同志；使他的工作成效，可以引起国民党对于我们同志的尊重与信任，同时亦可使国民党党务有进步”。
3月1日，上海执行部开始正式办公。这里原是国民党中央本部所在，国共合作后气象一新。在毛泽东等人的主持下，执行部组织部发出第1号通告，要求国民党旧党员进行重新登记。随后发布第2号通告，说明入党的详细手续。组织部明确要求旧党员必须经过登记，必须了解、赞成、接受国民党一大议决的宣言、党纲和党章；绝对服从党的纪律；登记后，个人自由不再由个人自由支配，需服从革命的利益。具此三种觉悟，方能为国民党内同志。以前要加入国民党只要交一元钱，其他不问，就能领到一张党证。上海执行部重新登记党员有助于改变国民党组织极端松懈涣散的问题。
然而，一些国民党元老对重新登记党员却表示难以接受。一天，一个人径自冲上楼来，胡汉民、汪精卫一见，立即起身招呼，攀谈起来。在楼上办公的毛泽东、罗章龙起初没在意，但听得那人一肚子牢骚：“我从同盟会开始，革命几十年还要填表？可不可以免填？”寻声一看，原来是国民党一大新当选的中央监察委员谢持。胡汉民解释道：“这是新规定，先生（孙中山）也同意要我们这样做的。”谢持一拍桌子，就是不肯填表。汪精卫出来帮腔：“上有总理，下有组织部。”谢持撇开组织部长胡汉民，转身找组织部的具体办事人员理论，毛泽东、罗章龙颇感为难：“党员人人都要填，胡汉民、汪精卫也填了。要遵守孙中山先生的意见。”谢持一怒而去。毛泽东善于做人的工作，派员送表过去，好言解释。谢持终于填了表，其他一些老党员也就照规办事。
在清理旧党员的同时，毛泽东、恽代英、邓中夏等共产党人注重吸纳革命青年，为国民党输入新鲜血液。3月11日夜7时半，毛泽东出席中共上海地委兼区委召开的国民党委员会会议。因到会人数不多，改为谈话会。毛泽东在会上报告上海执行部开始办公以来所发布的两个通告及相关工作。会议作出上海大学、中华书局、同孚路瑞兴里、北火车站、邮局五区分部，归入第四区党部，并请求上海执行部改组区党部等决议。此外，毛泽东还参加江湾区党部成立大会，
并曾和罗章龙邀侯绍裘一起到松江县，指导当地国民党组织工作。
经努力，3月底上海成立了10个区分部，5月又增加了2个分部。这其中以上海国民党第4区分部的成立最为波澜起伏。该区位于环龙路所在的法租界，孙中山上海住处就在这个区，许多下野的国民党政客也住在这里，有的当过军长、师长、部长、省长，有千余人。在审查发放党证过程中，他们一下子送来许多表，企图蒙混过关，执行部严格把关，清理了一批人。开大会前，国民党右派为获得更多选票，以掌控局势，做了两手准备：一是合法地争取多数，请孙中山先生出来说话；如果此路不通，就纠集地痞流氓，届时抢占主席台、制造武斗，破坏选举活动。共产党人获悉此情况后，决定执行部的全体同志都要出席会议。孙中山对于国民党右派的请示未予表态，当天会议有许多新闻记者来采访，王荷波领导组织了一支强大的纠察队，从主席台到门口设立岗哨，严格控制会场。罗章龙担任大会主席，大会召开，国民党右派纠集一些流氓想闯进来，被纠察队赶跑，国民党右派的捣乱以失败告终。
3月犹如上海执行部的“创世纪”，诸多事项在此月展开。3月5日，上海执行部发出通告，4天后（9日）下午在小西门中华路少年宣讲团举行列宁追悼会。3月6日，上海执行部召开第二次执委会会议，议决开展平民教育运动，组织平民教育运动委员会主持之。毛泽东一度任平教委员会常务委员，直到5月26日始以身体健康问题及“组织部及秘书处事务又繁”为由恳辞此职。
该平教委员会与黄炎培的“上宝（
指上海、宝山，引者注
）平民教育促进会”联合，建立平民学校数十所。上海大学也积极行动起来，建立平民学校。平民教育运动实以共产党人为骨干，在小沙渡、杨树浦、浦东、吴淞等工人集中的地方开展教育宣传与组织工运工作，与中共中央和团中央普遍举办平民学校的决定积极呼应。
3月14日，中共北京区委派遣来沪报考黄埔军校的张隐韬、杨其纲等人，到上海执行部找毛泽东接洽。早在2月28日上海执行部召开的第一次各部联席会议，就议决军官学校招生接洽事宜，翌日考生开始报名。3月12日，借上海大学举行考试。13日，上海执行部第三次执委会会议又议决黄埔军校招生事项，计划通过复试挑选200余名学生，赴广州参加最终考试。为此，毛泽东向张隐韬等同志通报情况：“已考过一次，你们来迟，须暂待两日，听本部的通知。”
后又于23日举行第二次考试。月内，毛泽东还见了郭一予、陈作为、赵自选等长江流域及其以北各省的考生，和气地关照对方：“这次来上海复试的人数很多，很认真，凭考试成绩取录，你们赶快准备功课复试。”
后来成为国民党主力将领的黄维来沪报考黄埔军校，见他的也正是刚过而立之年、风华正茂的毛泽东。
上海执行部还陆续承担了黄埔军校二期至四期的招生工作。毛泽东主要负责黄埔军校一期的上海招考工作，并推荐了6名湖南同志投考黄埔军校，他们是后为“黄埔三杰”之首的蒋先云、黄埔军校一期生中声名仅次于蒋先云的共产党员李汉藩，以及此后在战场中烈火真金的伍文生、赵枬、张际春，
还有李焜，系黄埔军校最早赴苏留学的13名学员之一，只是此后经历不详。此外，当时在上大旁听的许继慎，以及杨溥泉、王逸常、曹渊、廖运泽等也初试合格，南下广州复试。
3月20日，上海执行部召开第四次执委会会议，通过宣传部提交的上海大学设立“现代政治班”案，以及宣传工作等草案。恽代英是宣传部的幕后推手，3月24日上海执行部宣传部的《评论之评论》周刊创刊，《发刊词》明确办刊宗旨：在复杂混乱的社会中，“指出一般民众应走的康庄大道”，“指出谁是谁非的真相使得一般民众有所适从”，“至于持论，则务期合于革命的、进步的两个原则”。该刊作为《民国日报》特种附刊发行，由上海执行部指导干事、《民国日报》编辑沈泽民主编，恽代英、萧楚女、沈泽民等为主要撰稿人，宣传反帝反封建思想。恽代英还将各区分部负责宣传工作的同志组成一个宣传委员会，主要有刘重民、刘兆先、雷荣璞（雷经天）、贺威圣、王人路、侯绍裘、李宇超、沈资田、李硕勋、蔡鸿干、顾谷宜等共产党员和青年团员组成，开展大量的宣传工作。
3月27日召开的执委会，根据德国革命党人佛朗克的提议，决定组织合作运动委员会。两天后（29日）召开谈话会，俄国人魏洛德讲演“中国合作运动与外国合作运动之联络”，佛朗克讲演“合作运动与革命党之关系”，邵力子报告“中国合作运动之情形”，毛泽东与会。4月10日，毛泽东被上海执行部指定为合作运动委员会委员。
青年妇女部成立于3月5日，曾受命在三八节开展妇女宣传活动，不久分为青年部和妇女部。在向警予的努力下，月底妇女部成立国民党妇女运动委员会，吸收各界国民党女党员30人为委员，向警予兼任该会秘书。妇运委员会旨在推进平民教育与合作运动，在提倡男女平等、争取妇女合法权益、组织妇女运动等方面，起到了积极的作用。
同期单列成立的青年部，从复旦大学、南洋大学、上海大学、同济大学等20余校推举委员40余人，各分任职务，开展出版、演讲、平民教育、合作运动等工作。许多共产党员和团员都曾到平民学校授课和工作。也是在3月，工人农民部开始着手调查各地工人农民党员的活动。
一度主持上海执行部工作的胡汉民，起初对共产党人不以为然，看到共产党人扎扎实实地推进工作，态度始渐改变。他曾对人说道：“执行部中共党员各有长处，不可小觑。至于中共群众组织势力更不可侮。”
此时虽然处于国共合作“蜜月期”，但是，双方时起摩擦。胡汉民拥护“容共”政策，然而，对联俄不无警惕之心。有一天，和人闲谈中俄关系，胡汉民看似随口地说道：“俄国即殷高宗时的‘鬼方’，当时中俄双方打了三年战争。”以“鬼方”指苏俄，显含贬斥之意，影射时事。随后，他有意无意地问罗章龙：“罗先生对中俄关系掌故了如指掌，以为然否？”罗章龙知道对方话里有话，就绵里藏针、有理有节地回答：“这是先生的创见，极可参考，但是就地理位置而言，显然系似是而非，况且孟子有言：‘此一时彼一时也’，战争与和平原本是常见之事。”胡汉民一时默然，忽然扬声鼓掌道：“高见！高见！”彼此一笑了之。
面对不利的社会舆论，陈独秀3月26日在《向导》发表《利用国民党》一文。文章态度鲜明地表明：“共产革命是劳资两阶级的争斗，国民革命是各阶级合作对于外族及军阀的争斗；所以只有国民党能利用共产党，而共产党决不能利用国民党。”胡汉民对陈独秀刮目相看，曾对下属称赞陈“戛戛独造，究竟与众不同”。但是，他对共产党人将国民党与民族资产阶级画等号，而自认为代表无产阶级的说法，也不能接受。
中国社会主义青年团《团刊》发文阐述，共产党和青年团必须掌握革命的领导权，加强国民党内的中共党团工作。上海执行部青年部秘书何世桢见此大为反感，同恽代英辩论起来。恽代英毫不相让，一语击中对方软肋：“你不要认为喝过洋墨水，其实你对马克思学说什么都不懂。我们不必再争论，还是好好看看《资本论》吧！”
争论归争论，上海执行部暂时还是维持了国共合作的局面。5月5日，是孙中山就任非常大总统3周年纪念日，上海执行部及各区党部代表约300人，在莫利哀路孙中山寓所举行集会。毛泽东、恽代英、邓中夏、向警予、王荷波、沈泽民、罗章龙、邵力子，与汪精卫、胡汉民、叶楚伧等在屋前草坪合影，一时呈国共群英会的盛况。
然而，也正是5月，谢持女婿曹任远从巴黎归来，向张继、谢持等人出示了所谓俄共与中共阴谋的“证据”。这是青年党头目曾琦在法国搜罗到的《团刊》第7号（1924年4月11日刊行），内载中共三大《关于国民运动及国民党问题的决议》、中共三届一中全会关于《同志们在国民党工作及态度决议案》，还有中国社会主义青年团二大及扩大中央执行委员会会议之报告及决议等文件。这些中共党、团文件，其实是国共合作之初共产党告诫党团员在国民党内谨小慎微、自我约束、注意与国民党人团结合作和帮助国民党发展组织的有关决议，却被曾琦作为共产党阴谋加以揭发。国民党元老派见此，更是认定这些文件足以证明中共方面在国民党内进行秘密的有组织的“党团”活动，并有在国民党左派中吸收党员、扩展组织的计划。张继与汪精卫来访陈独秀，指责中共方面违反在国民党一大所作之声明。
对张继等人的发难，陈独秀一时不以为意。国共合作之初，国民党内散布的反对意见多有耳闻：怀疑中共受苏俄操纵指使，背后别有阴谋；强调两党“主义”不合，不能相容；担心中共喧宾夺主，致使国民党失去独立地位与组织之中心；认为大党包容小党犹如孙行者跳入猪精的腹内打跟斗，使金箍棒，猪精如何受得了；对于共产党员、青年团员加入国民党能否忠诚表示怀疑，不过是借国民党的躯壳，注入共产党之灵魂，等等，
全是小人之心。再加上国民党一大后，各地中共党员在竞选中胜出，大会产生的国民党中央执行委员会共产党就占了近1/4的席位，一些重要的职务亦为共产党人所任，还有，国民党中央党部从上海移驻广州，国民党元老特别是在上海的老党员备感大权旁落的冷清，这回分明是借机生事、小题大做。
5月，向来事情不少。早在4月19日，陈独秀就与毛泽东联名发出中共中央第13号通告，要求各地党、团组织开展五一、五四、五七国耻纪念宣传活动，陈独秀最为萦心的还是迅速召开中央执委会会议。5月10日左右，陈独秀与张国焘一起拜访维经斯基。维经斯基4月间再次来华，指出，中共中央的工作方针重点应放在本身组织的发展和领导工人运动上，对于国共合作，共产党员要积极支持左派，反对右派，使国民党革命化。见到前来开会的包惠僧，陈独秀劈头盖脸就是一通臭骂，指责对方排斥异己。“是大家选举我任委员长的，”包惠僧申辩并反击道，“你这是袒护小组织”，“既调我到武汉去整理党务和工会，为甚么又要去搞国民党的工作？”因为有师生之谊，包惠僧不好太过顶撞，终于被骂哭了。这时，沈玄庐、杨之华刚好进来，就把两人劝开了。
5月10日至15日，第一次扩大执行委员会会议（一说中共三届三次会议）在沪召开，维经斯基与会。陈独秀在报告中特别提到“党内小组织问题”，“近数月已渐安定，自二月底第二次中央执行委员会议发通告以后，此种纠纷现象更完全消灭了”。包惠僧满腹委屈，隐忍不发，只想着回武汉后再写信解释。会议在肯定国共合作以来成绩的同时，指出工作上对国民党右派的右倾缺点，要求“用种种方法于思想上和组织上巩固左翼”。会议通过《共产党在国民党内的工作》等决议案，抛弃了马林影响下此前共产国际有关国民党是包含4个阶级的民族革命集团的含混说法，确定国民党是一个资产阶级的政党，由此认定国民党“客观上不能有严格的集中主义及明显的组织形式”，强调党现时的根本任务是在大产业的工人里扩大我们的党，“不必帮助国民党组织上渗入产业无产阶级，不然，就是一个很大的错误”。会议为健全中央工作机构作出重要举措，决定中共中央分设宣传、组织、工农、妇女等部，毛泽东兼任中央组织部部长，罗章龙兼任中央宣传部部长，王荷波任中央工农部部长，向警予任中央妇女部部长。
会后，包惠僧动身坐船回武汉，第二天上海各报专电称汉口德润里23号的共产党机关被破获。设在该处的中共汉口地委机关，实与国民党湖北省临时省党部一起办公。5月13日，湖北军阀当局派出武装军警和便衣，突袭国民党湖北省临时省党部，不仅破坏了共产党汉口机关，还波及国民党汉口执行部。国民党汉口执行部是国民党一大后在广州之外建成的三个执行部之一（沪、汉之外，还有北京），管辖湘鄂陕各省党务。在此事件中，刘伯垂、许白昊及工人杨德甫等同志被捕。
陈独秀一见大惊，扔下报纸，赶紧派王荷波坐火车往南京，去截住包惠僧，不能让他自投罗网。
5月19日，中共中央发出第14号通告，指示各地党组织就军阀吴佩孚、萧耀南逮捕汉口国民党执行部许白昊、刘芬等7人事件迅速表示抗议。
祸不单行，又从北京传来坏消息：张国焘被北洋军阀抓了，李大钊等遭到通缉。
上海6月初的天气时而暴热，梧桐树已经新绿成荫。
王荷波化名彼得洛夫，离开上海，与李大钊等前往莫斯科参加共产国际五大。
高君宇由太原来到上海，总算是摆脱了阎锡山的罗网。他翌月离沪南下广州。
6月17日，从重庆乘江庆轮顺流而下的杨闇公抵达上海。半年前在不知中共成立的情况下，杨闇公与吴玉章等在成都成立中国青年共产党（Y.C），这回是来寻求中国共产党指导的。他在当天日记中写道：“目击国际帝国主义和国际资本主义的势力圈，更令人不快已极。加以居于沪上的国人，受了物质的征服，醉生梦死，不知末日将临，尤为使我忿而且痛。”寻寻觅觅，一时没找到共产党人，看到国民党人“自满的样子”，杨闇公写下他的不以为然：“哪里知道今日的国民党，全是CP的朋友把它提高的哟！”（6月21日）不遇、错失，直到25日，杨闇公才得以同故友恽代英面谈，
后又见到罗亦农，同中共中央取得联系。党中央承认Y.C，杨自此成为中共党员。
萧楚女在6月出版的《中国青年》《向导》《新建设》等刊物上频频发文，他5月初来沪，开始佐助好友恽代英主编团刊《中国青年》，数年前恽代英组织利群社、共存社时二人就已结识，
6月间，萧楚女对上月新创刊的《贵州青年》发表的《贵州问题的先决问题》大加称赞：“黔铁君对于一般抱狭隘嫉滇主义的贵州人，予以纠正，说贵州人在此时，切不可以因为恨唐继尧底滇军而走错路——去欢迎直系势力袁祖铭回黔驱滇。……故贵州人今日是不能让‘任何反动势力侵入，将它原有的个性摧残，使它的地位和精神，从此与它的环境永陷于矛盾和冲突的悲境’的。这是一个何等周到的政治见解，何等远虑的革命态度！”
文章所说的“黔铁君”，正是当时尚在党外的热血救国青年周逸群，周由此与萧楚女、恽代英密切往来，不久南下进黄埔军校学习军事。
杨开慧同她的母亲也在这月来到上海，领着毛岸英，抱着尚在襁褓中的毛岸青。三户楼正酝酿着搬家的事。根本原因在于三曾里离环龙路有些远，毛泽东、罗章龙等人是坐出租汽车前往办公地。为确保中央局机关的安全，他们总是在远离三曾里的一个指定地点集合。返程时他们也不让司机开到住处，而是让车停在指定地点，为的是不暴露自己的行踪。随着上海执行部工作日益繁忙，确有必要就近居住。6月间毛泽东携家眷迁居公共租界慕尔鸣路甲秀里（今威海路583弄），只是蔡和森夫妇不太可能一同搬迁。其年春，蔡和森为中共中央特派员赴天津视察工作，4月初与李大钊等筹备国民党北京执行部，创办中共北京区执委会机关刊物《政治生活》周刊，5月回沪参加中共三届三中全会后，又携向警予一起回长沙省亲。向警予5月25日生下第二个孩子，将其留给蔡和森大姐抚养，不久，蔡和森夫妇返回上海。虽然北京形势险恶，蔡和森仍坚持北上，直到7月10日才返回上海中共中央局工作。而6月14日虹口云成、物华丝厂工人为增加福利、缩短工时发动罢工，两天后扩大至14家丝厂、14000余人，向警予义无反顾地投身到领导女工坚持这场罢工的斗争中去。
毛泽东迁居的新住处两底两层，位于公共租界，系清末所建的老式石库门建筑，居住环境较“三户楼”更为幽雅。毛泽东夫妇将新租住处的二楼留给蔡家，自己在底楼安家。前厢房不住人，毛泽东经常在那里写文章，杨开慧帮助誊抄。到了晚上，杨开慧还要去小沙渡工人夜校上课，人地两疏，幸亏有徐梅坤顺路陪同前往，到深夜10点左右，徐梅坤正好结束工作，又陪杨开慧回家。有时太晚了，徐梅坤就住宿在毛泽东的家里。
罗章龙在六七月间，也从三曾里搬了出去。回望一时寥落的三户楼，想念“同心若金，攻错若石”，“团结一致，同舟共济”的工作生活氛围，罗章龙无限感慨，内心不由得吟诵为三户楼而作的一首七律：
黄浦激浪雪山倾，
淮海风云会郡城。
东楚山川多壮丽，
西方瘴疠满神京。
亡秦主力依三户，
驱虏全凭子弟兵。
谊结同心金石固，
会当一举靖夷氛！
“黄浦”两句说的是革命同志在黄浦江畔的上海风云际会；“西方”自然是指西方列强，因而所对应的“东楚”就不仅是指湘省山川而是中华风光；最后四句借用“楚虽三户，亡秦必楚”的典故，表达共产党人反帝反军阀的必胜信心，“三户”二字正好对应三户楼之名，佳句天成。
似乎谁都没有注意到谢持6月5日悄然离沪赴穗。
6月18日，谢持联名张继、邓泽如，三位国民党中央监委在广州向孙中山和国民党中央执行委员会提出《弹劾共产党案》，一时震动国共两党。中国共产党和社会主义青年团要求“跨党”党团员在国民党中的一切政治言论必须受中央指挥成为他们发难的借口，该弹劾案指责共产党“欺蒙总理”“违反党义”“破坏党德”，妨害国民党的生存与发展；并诬蔑瞿秋白主编的中共中央机关刊物《新青年》和参加编辑的《向导》，“已摧毁破坏国共合作之界限，而妨害合作之精神”，要求“从速严重处分”，进而主张国民党内“绝对不宜党中有党”。一星期后，谢持、张继等又就“共产党加入国民党，而在党内作党团活动”向鲍罗廷提出质问。
弹劾共产党，让国民党右派异常兴奋，尽管孙中山暂时压制了《弹劾共产党案》，上海地区还是跟风出现多起弹劾共产党案。也正是在6月，王剑虹病情加重，床边坐着心事重重的瞿秋白。7月初，戴季陶来沪，代替汪精卫成为上海执行部常委，大长国民党右派在沪势力的气焰，好在戴很快回故乡去了。尽管如此，同月中旬，毛泽东辞去上海执行部组织部秘书职务，以作适度退让，他推荐共产党员张廷灏接替。7月13日，陈独秀写信给维经斯基，对于国民党中央“无意制止反动派对我们的攻击”极表不满。陈独秀愤愤地写道：“孙中山和另外几个领导人是中派，而不是左派”，他主张：“我们不应该没有任何条件和限制地支持国民党，而只支持左派所掌握的某些活动方式，否则，我们就是在帮助我们的敌人，为自己收买反对派。”
7月21日，中共中央发布第15号通告。“通告”开篇明确指示：“我们在国民党的工作，甚重要而又极困难，各地同志应有不断的注意与努力！”并指出“国民党大部分党员对我们或明或暗的攻击排挤日甚一日”，国民党“右派的重要错误”是“不愿反对帝国主义的列强”，“根本反对苏俄”“压迫兵工厂工人组织工会”“排斥共产派”，明确“今后凡非表示左倾的分子，我们不应介绍他入国民党”，“须努力获得或维持‘指挥工人农民学生市民各团体的实权’在我们手里，以巩固我们在国民党左翼之力量”。
瞿秋白为王剑虹的病逝哀痛万分，他流泪恸哭，这是多年没有的事情。肺炎，加上怀孕，都怪自己啊。虹走了，分明是自己的魂走了。他端详剑虹的照片，就是他俩订情后丁玲从墙上取下给秋白的那张，照片后还有瞿当时题写的一首诗，开头一句便是：“你的魂儿我的心”。他用一块白绸巾小心翼翼地将照片包起，正在哀痛中，收到鲍罗廷写来的信：“我们的同志现在对可能退出国民党的问题考虑太多，因此很少从事在右派和左派之间加楔子的工作。”他收拾行装，准备南下广州去做“加楔子”的工作。
国民党右派加紧活动，在叶楚伧的策划下，7月29日国民党上海执行部调查部干事周颂西联络第五区党部，以及第三、第四区党部执委会定于8月1日在南方大学开会讨论共产党党团活动。8月1日开会时，曾贯吾派发两种印刷品，一是所谓“共产党挟持俄国金钱以破坏国民党，吾人须驱逐之”的“铁证”，二是致广州中央孙总理的电文。喻育之报告所谓共产党“破坏”国民党的经过，大肆捏造，蛊惑煽动。
然后，曾贯吾手拿电文，要求在场者签字。第五区党部梁绍文见会议程序严重违背国民党的纪律，要求先行讨论后再签字表决。曾贯吾置之不理，梁绍文开门即走，但其后跟随者却遭到阻拦，曾贯吾、喻育之、何世桢等国民党右派声色俱厉，拳打脚踢，叫嚷着“不签字者即共产党非打死不可”。
黎磊宁死不从，惨遭痛殴，徐梅坤等被迫签字，事后报告广州国民党中央，“声明此次签字作废”。
一星期后（8月8日），喻育之等又纠集第三、四区党部右派分子20余人涌到环龙路44号，要求上海执行部致函广州国民党中央，并要叶楚伧在他们致广州中央的电文上盖印。上海执行部农民工人部秘书邵力子当场反对，被右派分子行凶殴打
：打死你这个背弃国民党的跨党分子。
喻育之是上海执行部调查部干事，竟对自己共事的同志下黑手，叶楚伧当时主持上海执行部工作，却是态度暧昧，既不顺从国民党右派致电广州国民党中央，又不制止和处理喻育之等殴打行凶的右派分子。对此，共产党人与国民党左派极为愤慨。毛泽东与恽代英、施存统、邓中夏、沈泽民、韩觉民、王基永、杨之华、李成（李立三）、刘伯伦等人联名致函孙中山：“喻育之等二十余人涌入执行部，强迫楚伧盖印于致总理电文，邵力子被殴伤，党纪扫地。若无制裁，何以励众？再楚伧主持不力，迹近纵容，并乞明察。”
上海执行部各区党部也纷纷表达强烈愤慨。
国共合作……陈独秀不觉眉头紧锁，他9月7日给远在莫斯科的维经斯基写信，要求实行共产党人退出国民党的路线。
稍前，中共中央因为鲍罗廷同意成立国际联络委员会以解决国共分歧问题而召开紧急会议，严厉谴责鲍罗廷不尊重中共方面意见，并向共产国际报告，现在相关意见、抵触情绪都集中于笔端。
时局不靖，就在4天前（9月3日），江苏督军齐燮元与浙江督军卢永祥两军正式交火，进而引发第二次直奉战争。9月10日，中共中央发布第17号通告，直指“此次江浙战争，显然是军阀争夺地盘与国际帝国主义操纵中国政治之一种表现；无论对于参加战争之任何方，若有人为偏袒之言动，都是牺牲人民利益来助宰制势力张目”
。同日出版的《向导》第82期发布《中国共产党第三次对于时局宣言》。宣言历数曹锟贿选以来直系军阀近一年的劣绩，指出：“此次齐燮元兴师攻浙，当然不是一般人所说简单的齐卢个人战争，或江浙战争，其战争之实际性质，是直与反直的军阀间全部大战争之开始；同时，也是英美和日法两派帝国主义者在中国争斗之开始。”并对战争进行政治大起底：“在开战的两方：直方于数省人民水灾待救不遑中，大兴排除异己之师，残害人民，自然是此次战乱之罪魁祸首；浙方虽宣布讨曹而非反直，实际上当然是反直战争。反直战争，在目前政治现象上虽然是必不可免的事势，然而我们绝对不能认为救国卫民的战争，其理由：（一）在逻辑上，只有反国际帝国主义反军阀的战争，可以全称肯定他是为国为民，至若‘反直即是为国为民’，我们实未能加以承认”，等等。进而号召“打倒侵略中国构成内战的一切帝国主义！”“打倒屠杀人民供外国帝国主义利用的一切军阀！”
然而，孙中山早与浙卢及奉系结成“反直三角同盟”，为此，叶楚伧主编的国民党上海执行部机关报《民国日报》大唱“义存卢氏，义亡卢亡”的腔调。在江浙战争越来越不利于浙江卢永祥的情况下，喻育之、童理璋等国民党右派拟利用“双十节”庆祝集会来扩大帮助卢永祥、打倒齐燮元的宣传活动。为防共产党人的抵制，他们暗中在会场布置军警、流氓和打手，以“维持秩序”。
10月10日，在孙传芳部进占青浦的情况下，当天下午，上海各团体在河南北路天后宫举行国庆国民大会。刚巡视长江各地团工作回沪不久的恽代英参加此会。大会开始前，进步青年散发“打倒一切帝国主义、打倒一切军阀”的传单，有人喊打，一时喧哗四起，经纠察员及热心者极力制止，会场始静。喻育之主持会议，他与童理璋等人声称“今日国民大会为本良心之主张不为党派所利用”，但安排的演说却是宣扬“卢永祥为正义而战应一致拥护卢公”。上海大学学生林钧等人对此发出冷笑，立时遭到手臂刺花的流氓殴打。全国学生总会秘书李逸、学生总会常务委员沈尚平和学生总会干事石玉白、刘稻薪等上前制止，也遭殴打。全国学生总会主任郭寿华坐在主席台上，他演讲刚说到“今天国民大会乃是要打倒军阀和帝国主义者”，就被喻育之、童理璋、徐畏三等强行抱住，不准发言。上大学生洪野鹤、何秉彝、王秋心、王怀心、刘一清、黄仁等在台下为反帝反军阀的演说鼓掌，喻育之喝令禁止，并指其“扰乱会场”。“刺花党”闻声而动，向前就打。恽代英因要到店员联合会演讲，正要离场，听到打杀声，返身与沈泽民等上前排解，结果沈泽民也挨了几拳。
郭伯和、黄仁、郭寿华等愤而登台，质问会议主席，却被诬为捣乱，遭流氓打手从七尺高台上推下，生生跌在台下硬石之上，一时怆痛之声，惨不忍闻。郭伯和跌伤头胸足三处，血流不止；郭寿华与一流氓滚落跌伤肩背等处，台下流氓又加以拳脚；黄仁、林钧受伤严重，黄仁一时呕吐交作，以致不省人事。
当天，陈独秀正遵照中央全会通过的决议精神，致函维经斯基，再次要求共产党人退出国民党。在这次中央全会上，瞿秋白作了关于广东省的路线的报告，中共中央毫不留情地批评了瞿秋白和鲍罗廷：“共产国际代表在军事政策上给予国民党帮助，实际上加强了国民党右派的反动势力。”鲍罗廷“最大的错误是他对国民党军事行动的支持”
。听到天后宫血案，陈独秀掷笔大怒，随即撰写另一篇檄文，题为《这是右派的行动吗，还是反革命？》。文章在《向导》第87期发表，强烈谴责国民党右派破坏合作的行径，并指出：“依照国民党大会的宣言，对于一切帝国主义及军阀的走狗，不使享有民权，何况认为党员！”既而摘引上海大学学生通电，反映天后宫事件的惨状，指斥“这种为一派军阀捧场作伥的卑劣手段”，并联及前此“上海执行部坐视右派数十暴徒殴打邵力子而不与以惩罚，纪律废弛”，敦促“党中负责任的最高党部，对于此次杀伤十几个青年学生的巨案如何处置”，“然后才可以判断党的价值”。
黄仁因伤及脑部，虽送到医院，仍于10月12日凌晨不治身亡，年仅20岁。
上海大学社会系学生黄仁，成为在上海牺牲的第一个中共党员（兼国民党员）。事件当日，瞿秋白奉中共中央的命令，组织反对国民党右派暴行的行动委员会。陈独秀之外，恽代英、邓中夏、施存统等也纷起撰文，严厉谴责国民党右派的暴行。
黄仁之死在上海大学引起轩然大波，上大学生发表通电，10月27日举行黄仁烈士追悼会，川籍同学李硕勋就在其中。英文系主任何世桢在事发当时就在主席台上，这一事件激化了以社会学系共产党员、青年团员为主的左派势力同盘踞英文系的国民党右派之间的矛盾。社会学系学生群起反对何世桢，何世桢也纠集他的学生来攻击瞿秋白，还联合几个英语教员以罢教示威。闹到最后，瞿秋白、何世桢双双离开上海大学作罢。
10月13日，上海执行部召开执行委员会议，讨论黄仁惨案的处理办法。在瞿秋白、毛泽东等委员的坚持下，通过了惩凶、抚恤等各项办法。会议决定开除主要责任人童理璋、喻育之的国民党党籍；明令在场的何世桢、周颂西、陈德征在3日内声明承认“此次国民大会凶殴同志者，为军阀及帝国主义者之奸细”，并说明他们在场却不加阻止及救护之原因。会议还以上海执行部的名义发表宣言，明确上海双十节国民大会发生的恶性暴力事件，“为帝国主义及军阀奸细卖国卖民之反革命行动”，并指认事件的责任者为“国民之公敌”，号召国民速起而讨之。
然而，叶楚伧却提出要把决定开除童、喻的公布时间推迟一天。与会者一致反对，认为童、喻二人“叛变行径证据充分，应该开除出党”。叶楚伧见众意难违，索性离会回家“睡觉”去了。翌日，张继等人指责叶楚伧，同时致电广州，请解除叶的党职兼除党籍。面对两方面的压力，叶楚伧弃职赴粤，后以“办理党务困难”为由，向国民党中央要求辞去上海执行部职务。
瞿秋白、邵力子也请辞民国日报委员职。继谢持辞去国民党中央监委后，张继也借机生事，致函孙中山，声称自己耻与“共产派”为伍，孙中山愤怒批复：交中央执行委员革除张继的国民党党籍。
鉴于上海执行部没有一位负责工作的国民党中央委员，10月25日毛泽东与沈定一、瞿秋白联名致电国民党中央，敦促叶楚伧、于右任、戴季陶积极到部视事，或另派正式委员来沪负责。
中共中央预料戴季陶、于右任不可能回沪工作，而只要他们还持强硬路线，叶楚伧也不可能回来工作，鉴于“我们的同志（瞿秋白、沈定一、毛泽东）都是候补委员，不能任负责人”，其方案有二：一是“务必尽快派汪精卫来上海”；二是“或者让某一候补委员（瞿、沈、毛）转为中央正式委员（最好是沈定一）”，以便将上海执行部“在一定程度上掌握在我们手中”。
北京政变，一时攫住了所有人的心。
正当第二次直奉战争如火如荼之际，直系“讨逆军”第三路总司令冯玉祥从热河前线回师北京，发动政变，囚禁贿选总统曹锟，驱逐废帝溥仪出宫，将所部与胡景翼、孙岳部联合改称国民军，联合奉系军阀张作霖，共请段祺瑞为临时执政，同时电邀孙中山北上，共商国是。事态的迅速变化，超出了所有人的预料。
陈独秀10月29日发表《北京政变与中国人民》，称：“此次北京政变，显然是英美帝国主义者抛弃了一个旧工具——吴佩孚，另换上一个新工具——冯玉祥，这个新工具比旧工具更柔顺服从一点，更得中国的所谓‘舆论’赞助一点。”仍呼吁：“我们不扫荡一切帝国主义者及一切军阀，决无实现和平安定的局面之可能。”同时发表的《肃清内部》一文，是对国民党的诤谏，认为国民党亟需在广东境内采取“肃清内部政策”，需要消灭的危机：“第一是心腹之患的范廖军；第二是各县绅士大地主所统率的乡民团；第三是久据东江的陈、洪、林、叶各军”，目前重要工作“不是侈言北伐，而是肃清党内的反动分子和境内的反动势力”。前些日孙中山平定广州商团叛乱，也是在共产党坚决主张下的行动，其实是殷鉴不远。
11月1日，陈独秀与毛泽东签发中共中央第21号通告。通告再度强调“党内组织为党的中心工作，一切对内对外发展，均与之有密切关系”，对各负责同志加强组织工作提出具体事项要求。然而，随后便传来孙中山决定离粤北上的消息。中共中央为此召开专题会议，蔡和森坚持认为冯玉祥此次倒戈是受美国帝国主义的指使，难道中国军阀背后能够没有帝国主义支配么？
陈独秀与彭述之、蔡和森等人意见一致，共同反对中共广东区委支持孙中山北上的意见，这是“军事投机”，“与段祺瑞妥协”。瞿秋白赞成孙中山北上，中共中央认为他犯了政治错误，不发他的文章，并调动他的岗位。在共产国际代表的影响下，党中央始改变态度，
为此在上述中央通告后附言：“现在我们对于孙中山参加北方和会并不根本反对，然我们当警告中山在和会中本着国民党的党纲政纲及北伐宣言说话揭破帝国主义者和军阀在和会中勾结宰制中国的阴谋。”
11月17日，孙中山北上抵沪，提出召开国民会议的主张，欢迎他的群众与租界巡警发生冲突，俞秀松等4人遭法国巡捕房逮捕，后经孙中山出面交涉始得释放，
成为上海各报翌日刊载的热点新闻。《民国日报》11月18日登出的有关即日起杨之华、沈剑龙脱离恋爱关系，瞿秋白、杨之华正式结合恋爱关系，以及沈剑龙、瞿秋白正式结合朋友关系的3则启事，同样轰动沪浙知识界。而中共中央因为不满孙中山发表的《北上宣言》“纯粹代表国民党中派的观念”，并担心“彼此次北去受军阀和国民党右派两面之包围，结果恐甚危险”，为此“中局议决，再发一次宣言。向中山提出政治的具体主张；同时，各地方联络各地人民团体，组织‘国民会议（国民党宣言有此主张）促成会’”。国民会议运动的思想萌芽于中国共产党第一次、第二次对于时局的主张。翌月，中共中央、青年团中央发出通告，强调国民会议运动是“党建筑社会的基础之一大时机”，要求各地组成国民会议促成会。上海国民会议促成会旋即于14日成立，进而倡议成立全国国民会议促成总会，得到全国各地的广泛响应。国民会议运动就此发动起来，与稍前的废约运动
相互响应，成为中国共产党推波助澜并指明运动前进方向的两大群众运动之一。
也是在孙中山抵沪的11月中旬，毛泽东、恽代英、罗章龙等上海执行部工作人员14人联名致函孙中山，反映上海执行部自8月以来未能照发经费，近来内部更是无人负责，党务几近停滞，恳请迅派负责专员进行部务，并设法筹款，清理欠薪。
毛泽东等人此时还不清楚：11月6日，国民党中央决议慰留叶楚伧，并催促叶、于（右任）、戴（季陶）3委员积极到上海执行部视事。尔后叶楚伧在廖仲恺、汪精卫的力劝下姗姗回沪。中共中央拟以共产党人负责上海执行部的方案就此落空。致函孙中山，成为毛泽东在上海执行部的最后活动（抗争）。
12月初，维经斯基来沪召开会议，纠正陈独秀退出国民党的主张，同时鼓励中共中央坚持阶级路线。会上，维经斯基含蓄地批评了上海执行部“我们同志”的工作，作为共产党在该部的最高负责人，毛泽东处境难堪。毛泽东坚决赞成国共合作，以致被党内同志视为“马林的人”，与马林多有意见分歧的维经斯基不认可毛泽东。
况且，为维护联合战线起见，既然叶楚伧回转上海执行部，就有必要让冲在斗争一线的毛泽东作出退让。
毛泽东携眷离沪回湘养病，正是1924年的岁末；参与筹备的中共四大一拖再拖，虽召开在即，却无缘与会了。
在上海，陈独秀与维经斯基、蔡和森、彭述之等人为筹备大会组成的“起草委员会”，正为民族革命的性质是否即资产阶级民主革命问题而发生争论，陈独秀与半年前从苏联归国的彭述之观点大体略同，维经斯基则持异议，他认为“民族革命运动的性质不能确定，须看将来的成功如何”，不过后来审查草案时，他同意了中国同志的观点。维经斯基起草的议决案等文件，由瞿秋白译成中文。而彭述之不同意陈独秀等人的观点，“把无产阶级在国民革命中的力量看得太低，把资产阶级的〈力量〉看得太高”，他请诸位看一下他10月间为《新青年》专作的《谁是国民革命之领导者》一文，“专在用客观的分析证明中国工人阶级比任何阶级要革命，并且是国民革命中之必然的领导者”。关于青年运动，起草委员会也有过一次争论。
陈独秀看了彭文后，撰文发表《二十七年以来国民运动中所得教训》，开始宣扬无产阶级“是最不妥协的革命阶级”，“不但在资本帝国主义国家的社会革命他是主力军，即在被资本帝国主义压迫之国民革命，也须他做一个督战者”。
入夜，上海执行部灯火通明，叶楚伧正大宴职员。叶楚伧回来了，对头走了，国民党右派举杯欢笑，一时弹冠相庆。