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全国中药材供应保障平台用户分为管理员和填报用户两类，其中管理员角色包括超级管理员、管理员。各角色用户的功能权限如下。
系统超级管理员，可以创建项目、创建项目管理员、分配项目管理员相应的功能权限。如：超级管理员分配2021生态种植项目，并为该项目分配项目管理员账号及功能权限配置。项目体系包括普通项目体系（项目子项目）、行政区划项目体系（国家省县三级管理）两类。
超级管理员还可以查看平台汇总数据。
超级管理员的功能权限包括：
（1）药材监测台。
（2）资源名录管理：药材管理、基原管理、生产标准管理、名录数据概览、资源名录管理、综合查询。
（3）扶贫：药材基地统计表、扶贫成果展示。
（4）种植监管：企业信息查询、基地信息查询、种植规模查询、生态种植模式和技术、环境监测数据查询、采收查询、初加工查询、质检查询、销售出库查询、库存管理查询。
（5）物联网监控：物联网大数据指挥舱，实时监测基地生态环境数据及视频。
（6）数据指挥舱：中药材主页、数字地图概览、企业&用户数据统计、种植数据、仓储数据、流通数据、扫码数据。
（7）设置：首页、申请列表、用户管理、系统设置（管理员设置：可以设置下级管理员账号；权限设置、平台信息）、中药资源名录（药材管理、基原管理、生产标准管理）、溯源码管理、召回管理、基础数据管理、审计追踪。
管理员可以添加项目组成员，也可以根据项目需要往下分配子项目管理员及权限设置。如：以2021生态种植项目为例，该项目类型为按行政区划管理的项目体系，项目管理员即国家管理员，国家管理员账号可以给下级各省管理员分配账号并进行功能权限配置。管理员可以多级。管理员的功能权限包括以下内容。
（1）种植监管：企业信息查询、基地信息查询、种植规模查询（生态种植模式和技术）、环境监测数据查询、采收查询、初加工查询、质检查询、销售出库查询、库存管理查询。
（2）物联网监控：物联网大数据指挥舱。
（3）设置：首页、申请列表、用户管理、系统设置（管理员设置：可以设置下级管理员账号；权限设置：设置下级管理员权限）。
包括企业管理员和企业填报员。企业管理员可以创建企业、创建企业填报员、分配企业填报员权限；企业填报员可以填报企业业务信息。
企业管理员和企业填报员的功能权限包括：
（1）药材种植：首页、基地管理、种植（生态种植模式和技术）、采收、初加工、质检、赋码、仓储（加工入库、采购入库、销售出库、库存管理、养护）、溯源查询、基础设置（基原管理、高级设置、仓库管理、产品召回）、统计（物联网监控、数据统计）。
（2）药材养殖：首页、基地管理、养殖、采收、初加工、质检、赋码、仓储（加工入库、采购入库、销售出库、库存管理、养护）、溯源查询、基础设置（动物管理、高级设置、仓库管理、产品召回）。
（3）设置：企业信息、企业荣誉、员工管理、权限配置（通过权限配置，为部门或者员工分配不同的功能权限）、更改管理员、客户管理、供应商管理、消息中心、个人中心、物料管理、设备管理、质检配置、养护配置、农户档案管理、帮扶数据上报、应用中心（基地监测、基地视频设备配置）。