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林奈第一次体系化的生物分类方法，按照种—属—科—目—纲—门—界七个级别分类的方法。
灵长类可以按照两种方法来进行分类。第一种是早期灵长类研究者们根据系统分类法将其分为原猴亚目与类人猿亚目。原猴亚目包括属于灵长目的眼镜猴与原猴，类人猿亚目包括阔鼻目与狭鼻目。具体来看，原猴亚目就是除新世界猴、旧世界猴及类人猿的灵长类动物。原猴亚目可分为眼睛大，眼球无法转动，需要转动头部来确认周边状况的眼镜猴，以及不同于指甲扁平的高级灵长类的长着钩爪的狐猴，它们比类人猿拥有更多的原始特征。人们在欧洲和北美的新生代始新世地层中发现了原猴亚目的化石，在马达加斯加等非洲和亚洲地区也有发现。类人猿手脚扁平，指甲不尖锐，脸部短小，脑部相对于身体比例来说较大。类人猿亚目也包括新世界猴、旧世界猴等。
根据系统分类法，灵长类可分为原猴亚目和类人猿亚目；根据鼻孔形状，可分为卷鼻猴与直鼻猴
第二个方法是根据鼻孔形状大致进行两分。一类是像狗鼻子一样，鼻孔分开并且湿润的卷鼻猴（鼻孔之间距离>较远）；另一类是鼻中隔狭窄且鼻孔干燥的直鼻猴（鼻孔之间距离较近）。
属于卷鼻猴的狐猴（左）与属于直鼻猴的眼镜猴（右）。卷鼻猴的特征是鼻子潮湿，两个鼻孔间隔大，直鼻猴的特征是鼻子柔软干燥
人类目前对灵长类的研究非常多，其分类体系相当复杂。大历史关注灵长类，主要是从生命的起源来看代代相传的动物特征是怎样遗传给人类的，在遗传的过程中又发生了怎样的变化，所以没有必要非常详细地掌握灵长类的谱系图。
大历史中的灵长类大体可以分为类人猿与猴两类。它们的身体特征中区别最明显的就是尾巴，即类人猿没有尾巴，猴子则有尾巴。更进一步来区分的话，类人猿包括猩猩、大猩猩、黑猩猩、倭黑猩猩、人组成的大型类人猿和长臂猿，猴可分为旧世界猴与新世界猴。它们各自的特征如下：
身体小而轻，前臂很长，用双足走路的时候甚至能触到地面。主要在树上群居生活，手脚可以抓住树枝，偶尔组织合唱。
体型大的类人猿，尾巴短小或退化。前臂发达且长，能够抓住物体到处移动。
猩猩身高不足1.5米，体重70千克，身上长有褐色的长毛，前肢长，后肢短。生活在树上，能在树上筑巢，靠果实和树叶维生。
大猩猩身高1.4～1.65米，体重150～290千克，力量是人的好几倍。脑容量为人的一半左右，有排成U形的细长牙齿，犬齿尤其发达。后肢短，走路时脚跟着地，善于爬树，平常在地上生活，跑的时候手脚并用。与敌人对阵时，身体直立用手出击，拇指与人类类似。脸、手掌、脚掌上没有毛，胸部的毛也很少。
黑猩猩比猩猩和大猩猩更接近人，它们生活在非洲丛林里，身高约1.4米，体重50千克左右。前肢力量大，善于爬树，大部分时间在地面上生活。走路时身体稍微前倾，跑动时手脚并用。全身覆盖着黑色的硬毛，脸、手掌、脚掌上没有毛，胸部的毛也不多。有的黑猩猩是肉食类的，但大部分还是以植物为食。
旧世界猴的化石主要是在埃及的新生代渐新世地层发现的，据推测它是在约2500万年前从类人猿中分化出来的，主要栖息在亚洲和非洲地区。旧世界猴的臀部通常有赘肉，雄性个体的臀部颜色更鲜亮。
长尾猴是旧世界猴的一种，鼻孔朝下，鼻孔窄且间隔小。它们虽有长尾巴，但不善于缠绕物体。其牙齿数量与人一样，不过人的犬齿较短，臼齿部分退化。
在非洲和阿拉伯的石山上生活的狒狒吻部较长，犬齿与拇指发达。它们主要捕食昆虫与蜘蛛补充蛋白质，也爱吃水果。大部分旧世界猴都生活在树上，但狒狒生活在地面上。
据推测，新世界猴是在距今约3500万年前，从生活在非洲的猴中分化出来的。它们只分布在中南美洲，鼻孔朝前，向左右两侧展开。上下各有3颗大臼齿，臀部的赘肉退化消失。新世界猴中的僧面猴智商与黑猩猩相近，脑部发达，体型更小，善于吼叫着扩张地盘或进行防御，群居生活。
如果将灵长类的进化用树状图来表示的话，那么与人位置最接近的就是其他类人猿，包括黑猩猩、倭黑猩猩、大猩猩和猩猩。最近的研究成果推测出了各种大型类人猿的分化节点，人类是在600万年前分化出来的，早于黑猩猩与倭黑猩猩，而大猩猩是在800万年前～600万年前，猩猩是在1600万年前分化出来的。因而大猩猩和猩猩跟黑猩猩和倭黑猩猩相比，与人相似的部分更少。不过最近研究类人猿的学者们比较关注的是大型类人猿的共性，如基因结构所具有的相似性、脑容量大、没有尾巴、序列复杂、群体规模大且形成了复杂的社会结构等。
原本住在非洲的猴子们怎么渡海来到美洲的呢？两个大陆没有曾经连在一起的痕迹，如果用大陆漂移学说来解释的话，时间的间隔实在有些过大。
受热带风暴的影响，有些巨大的浮木可以渡海到达别的岛屿或陆地，地质学家们便着眼于这一点，推测猴子们可能是乘着浮木漂流到了美洲。
秘鲁古猿的臼齿化石
据推测，最古老的新世界猴是秘鲁古猿，人类在亚马孙河流域发现了它的化石。它们与非洲猴非常接近，生活在约3600万年前的南美洲。
距今大约2 000万年前，马达加斯加位于现在所在位置以南1 600千米的地方，洋流从非洲大陆流向马达加斯加。被台风刮断的树木在大海里漂流，灵长类可能就是这样从非洲大陆到达马达加斯加并繁衍生息的。
距今大约3 600万年前，也就是新生代始新世后期，海平面急剧下降，南美洲与非洲之间的距离比现在要近得多，两个大陆之间有很多巨大的岛屿，猴子们乘着浮木移动起来比较容易。考虑到当时洋流的流向与风向，猴子们乘着浮木经过8～15天便可横渡大西洋。
古生物学家马里亚诺·邦德的研究团队在秘鲁附近的亚马孙河流域上游发现了3种与当时的非洲猴非常类似的臼齿化石，为该假说提供了证据。