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自1689年《尼布楚条约》签订后，俄国不得不在黑龙江沿岸地区领土划分问题上做出巨大让步，因此俄国在该地区的政策长期处于空白状态。随着时间的推移，到了19世纪中叶，俄国在此地的政策被迫发生转变。
1839年，英国为维护向中国出口鸦片的权利，对中国发动鸦片战争。出口中国的大量鸦片均产自英属印度。在军事实力方面，特别是海上实力，英国具有显著优势（中国的战船和海防炮陈旧过时，几乎无法击伤登陆中国海岸的英国战舰），战争的结果早已注定。
1842年8月29日，中英两国签署《南京条约》，宣告战争结束。根据该条约，清政府同意向英国割让香港岛；承诺支付用于赔偿英国在海关被焚毁鸦片的600万银元及1200万银元的战败赔款，并且向英国商人赔偿300万银元的损失；向英国开放厦门、福州、宁波、上海、广州等五处为通商口岸，准许英国在上述城市设立领事馆。闭关锁国的“天朝”重新开启了与英国的贸易，鸦片贸易也在其中。
《南京条约》使本已陷入严重危机的中国背上了沉重的负担。之后，以太平天国运动为首的反清运动如火如荼，外国人的大量涌入加剧了这场危机。在无法废除《南京条约》的情况下，地方政府试图暗中抵制它。1856年6月，法国传教士在广西的西林县被捕，在经历了长期的酷刑折磨后被斩首。10月，英国以地方政府不愿展开调查为由，发动了第二次鸦片战争。1857年，法国参战，法国的及时加入解决了英国兵力匮乏的问题（1857年春，印度爆发了起义，因此英国无法从印度抽调军队）。
同期，俄国在远东的活动日益活跃，然而与军事行动相比，俄国更倾向于非武力活动。当时，黑龙江流域被视作清国疆域。西方地图学家认为，黑龙江的江口隐没在沙土中，出于同样的原因萨哈林岛也被视为半岛。在相当长一段时期，俄国在远东的政治利益仅限于保护鄂霍次克海的毛皮贸易。最初，此事由1846年9月出任东西伯利亚总督的穆拉维约夫（Н. Н.Муравьев）负责。
1846年，俄美公司康士坦丁号舰船驶出鄂霍次克海，前往黑龙江下游地区进行勘察。勘察结果虽然令水手们大失所望，却令坚决反对开发此区域的最高文官涅谢尔罗德（К. В. Нессельрод）感到欣慰。在向尼古拉一世汇报时，涅谢尔罗德称，黑龙江下游无法通航，萨哈林岛只是个半岛。对此，尼古拉一世做出严厉批示：“很遗憾。与黑龙江这条毫无用处的河流相关的问题就此作罢。”
1848年8月，在向堪察加彼得罗巴甫洛夫斯克派遣由海军大尉涅维尔斯科伊（Г. И. Невельский）指挥的贝加尔号运输船后，情况发生了变化。1849年5月，贝加尔号抵达阿瓦恰湾。
1850年春，涅维尔斯科伊勘察队深入黑龙江江口，在此建立了根据地——尼古拉耶夫斯克哨所。虽然涅维尔斯科伊的勘察活动未经上级批准，同时也未获得涅谢尔罗德的支持，但是最终他得到了沙皇的支持。
尼古拉一世简要地阐明了自己的立场：“俄罗斯的国旗一旦在那里升起，就不应降下。”
1853年5月，俄国礼貌地拒绝了英国提出的出兵支援侵华英军的提议。
由于远东地区的归属问题仍不明晰，萨哈林岛和滨海边疆区仍旧面临着被第三国侵占的危险。
1853年春，东西伯利亚总督兼军队司令穆拉维约夫奏明尼古拉一世，提议将划界问题授权地方政府处理。1854年初，沙皇批准提议，下令：“在解决此问题时，应尽量避免火药味。”
1853年9月19日，涅维尔斯科伊率领3名军官、73名水手乘尼古拉一世号舰船前往萨哈林岛。在登陆阿尼瓦湾南部岛屿后建立堡垒，声明该岛为俄国所有。
1854年4月，穆拉维约夫向黑龙江沿岸调派部队，以巩固黑龙江下游和鄂霍次克海沿岸的俄国驻地。俄国在该区域的活动明显加强。这对于抵御来自英法两国的威胁意义重大。
5月23日，俄国舰队驶入黑龙江水域，这是17世纪以后俄国对该流域沿岸的首次勘察。
1855～1856年，俄国继续向黑龙江沿岸调派兵力。涅维尔斯科伊的勘察行动极大地提升了俄国在该地区的地位。在远东军事行动结束后，穆拉维约夫1855年9月开始与清政府进行谈判。最初，他提议未来两国的边界应沿黑龙江划定，但遭到了北京方面的坚决反对。此外，在克里米亚战争前夕，俄国向日中两国派遣由海军上将普提雅廷（Е. В. Путятин）领导的代表团，以便维系与中国的陆地贸易、开启与日中两国的海上贸易。
18世纪下半叶之后，俄国一直企图渗透日本。亚历山大一世时期，俄国曾试图通过建立外交关系达成目的，但未取得积极成效。
1821年，俄国决定终止这些尝试，但是允许遭遇海难并在俄国海岸获救的日本人登陆库页岛，在当地人的帮助下返回祖国。
1852年，俄国最后一次尝试将这些人遣返日本，当时计划让他们乘坐缅什科夫大公号远洋舰抵达下田港，但是计划失败了，俄舰不得不在距离港口5海里处停泊，让日本人在此下船。
在海军上将普提雅廷与日本周旋的同时，美国海军准将马休·佩里（Matthew Perry）以雷霆手段实现了渗透日本的目标。
1854年，普提雅廷抵达日本长崎，谈判开始。谈判之初，德川幕府坚持以侮辱性礼节接待这位欧洲使臣，例如只允许使臣乘日本船只上岸，要求使臣赤脚走进接待处，要求使臣站着谈判等。普提雅廷严厉拒绝了日方的要求并且坚持立场，后来谈判节奏明显加快。
回国后，海军上将在报告中指出：“根据陛下的至高意志和外交部的指示，我探索出了一套与大和民族打交道的行动体系，即与之进行短暂而友好的交流；在不侮辱本民族尊严和使臣身份的情况下，以宽容的态度遵守日本的法律、习俗；在谈判时，平静而坚定地完成国家给使臣的委托。在君主英明的领导下，我坚定不移地执行了这一体系，直至在日本逗留的最后一天，在从未破坏日俄友好关系并且为之打下坚实基础的情况下，我有幸实现了事先考虑已久的预期目标。”
事实证明，普提雅廷的确精明强干。
俄国舰船在登陆库页岛之初做出了某些略显过分的事情，以此为由，日本官员试图限制外国人在本国领土上的行动自由。
总体而言，此时的俄日关系仍以友好、互信为基调。
1855年2月7日，日俄两国在下田签订了首个贸易条约《日俄和亲通好条约》。此后在日俄通商过程中，俄国享受最惠国待遇；两国建立了“真挚的友谊与长期和平的关系”；臣民受政府庇护；两国疆域以择捉岛和得抚岛为界，择捉岛以南归日本所有，得抚岛及千岛群岛的其他部分归俄国所有，萨哈林岛归两国共同管辖；日本开放一系列对俄贸易港口。
1858年，为了满足太平洋舰队的需求，俄国决定在萨哈林岛开采煤炭，由此激发了俄国占领整座岛屿的野心。在日本的抵制下，愿望落空，东京方面毫不退让，坚持以北纬50°划界。因此，事关萨哈林岛命运决议的制定被推迟到了将来。
1858年8月19日，日俄两国在江户（今东京）签订条约。该条约进一步确认了《下田条约》的条款，并且增加了对俄开放通商港口的数量，赋予俄国人在日购买、租赁房屋和土地的权利；针对俄国出口的商品，如木材、煤炭、金属、武器、蒸汽机等降低5%的关税。
日本仅对俄国出口的酒精饮料征收高额关税（35%）。上述条款对俄国极为有利，因为当时日本向英法征收的商品关税高达20%～35%。
作为回报，日本人同样获得了在俄国的自由贸易权。在第二次鸦片战争的背景下，欧亚国家达成了上述协议。
侵华军事行动最初发生于香港、广州、上海等中国南方城市，然而到了1858年，侵略目标转向了中国北方。1858年5月20日，英法联军占领了作为京津两地海防门户的大沽。26日，英法陆战队兵临天津港。6月4日，英法两国与清政府签订了《天津条约》。清政府再次支付赔款，增加对外通商港口的数量。
军事失利、第二次鸦片战争期间俄国表面上的支持及在签订《天津条约》时以普提雅廷为代表的俄国的态度影响了清政府在中俄边界划定问题上的立场。
1858年5月28日，穆拉维约夫与黑龙江将军奕山在黑龙江右岸瑷珲城签订中俄《瑷珲条约》，条约规定：从额尔古纳河至松花江海口归俄国所有；中俄两国边界沿乌苏里江划定；乌苏里地区保持开放，由中俄两国共同管辖；黑龙江、乌苏里江及松花江仅允许中俄两国船只通航；两国承诺为黑龙江沿岸贸易提供优惠待遇，允许满洲大臣管辖下的满洲人继续在黑龙江左岸居住。
黑龙江、乌苏里江沿岸为清朝罪犯流放之地，此地满人众多，甚至形成了村落。
《瑷珲条约》签订后，清政府自行遣散了该地区的居民，将农民迁回东北。
1858年6月13日（俄历6月1日），普提雅廷与清政府钦差大臣桂良、花沙纳签订《天津条约》，该条约使俄国同时获得了在华的陆地贸易权和海上贸易权。
在整个过程中，在两艘炮舰、若干艘轮船、驳船及两个西伯利亚主力营（第13营和第14营）的威吓下，俄方甚至无须向中方开火就获取了如此巨大的利益。在此情况下，俄国士兵充当起了协助本国居民搬迁的劳动力，帮助他们沿黑龙江从外贝加尔的乌斯季-斯特列尔卡搬迁至兴安岭河口（全程980俄里）。移民来自外贝加尔的450个哥萨克家庭。
作为移民者的外贝加尔哥萨克由以下三类人构成：俄国欧洲的国有制农奴、因土地匮乏而难以生存的当地人及守备营士兵。他们肩负起了开发阿穆尔和其他远东地区的使命。
开发过程十分艰难，来自维亚特卡、彼尔姆、坦波夫及沃罗涅日的农民用时两年抵达定居地，迁徙距离达一万俄里。在侵占阿穆尔地区后的十年里，俄国垦荒支出高达3000万卢布，而开发成果却不尽如人意。
普提雅廷的出使成果令北京方面倍感失望。《瑷珲条约》签订后，俄国著名汉学家、1850～1859年北京东正教负责人、大祭司帕拉季（Палладий）指出：“我们不得不承认，在清政府眼中，我们的影响力已经大幅下降。最初，清政府认为我们可以成为战争的调停者，然而我们不愿意；但是现在，清政府认为我们无法担任调停者，即使我们愿意，与其他欧洲国家相比，我们的能力也十分有限。我们的所作所为玷污了我们的政策。在清政府看来，我们用含糊其词的承诺换取我们的所需，不付出任何回报。尽管如此，这也不足为虑，对于他们而言，这就是政治。”
他认为，扭转局面的唯一办法就是立即兑现向中国运送武器的承诺。
在条约签署后，作为“回报”，西伯利亚“赠予”清政府10000支线膛枪、60门装有弹药的要塞炮，并且对华派遣教员。
这些武器被送至中俄边境，
然而北京方面很快就对此失去兴趣、不予理睬，直至1860年才再次注意到它们。
哥萨克移民家庭开始开发这片绵延1137俄里的新疆土，后来他们成了组成山区骑兵部队、平原步兵部队的主力。
1858年7月4日，咸丰帝批准《天津条约》；1859年6月，清政府禁止英法公使进入北京换约。6月25日，英法联军进攻大沽，在海河水域，英法舰船遭预置的障碍物拦截，受炮火阻击而惨遭失败。
继续开战是不可避免的。在联军舰队的支持下，8090名英国士兵、4200名印度士兵及7650名法国士兵连续侵占包括辽东半岛沿海地区、芝罘港及大沽港；1860年8月24日，侵占天津，联军逐渐逼近北京。9月22日，咸丰帝率领朝廷逃离北京。10月18日，联军侵占北京郊外的皇家行宫——圆明园。24日，联军进入北京，未遭到清军的奋力抵抗。
当英法联军出现时，御林军甚至弃城而逃。尽管中方多次声明，先前俘虏的26名联军使节状态良好，但是最终只有13个人活着回来了。被送回的13人及13具尸体表明他们曾遭受酷刑。作为报复，英法联军决定火烧圆明园（因为这些使节正是在此受刑的），并且要求向受害者家庭提供赔偿金、严惩施暴者。
尽管英法联军取得了上述胜利，但是其结局远非乐观。他们无法也不愿深入中国。以此为契机，清政府邀请俄国公使、陆军少将伊格纳季耶夫（Н. П. Игнатьев）伯爵在谈判中进行调解。
1859年初，他奉命抵达北京，并且手握重权。俄政府向他下达了严禁干预中国国内冲突的指令，禁止他援助冲突中的任何一方。俄政府极为担心：“在内讧、各方势力、全民意愿的影响下，清政府这个少数民族建立的王朝将会中兴。如果您对清政府的中兴有足够的把握，那么请您务必毫不动摇地与之建立联系。务必注意，无论如何，我们都不能通过武力保护满洲人的利益。”
最初，伊格纳季耶夫的地位十分尴尬。英法联军和清政府以普提雅廷为鉴，不愿相信俄国并且试图将其“撵下”谈判桌。只有平民对俄国人怀有好感，因为使团领袖经常竭尽所能地阻止，或者说是限制胜利者实施抢劫和暴力行为。最终，利用英法联军之间的矛盾和对清政府的了解，伊格纳季耶夫顺利地成了在参战国之间斡旋的调解人。
俄国外交官成功地缓解了英法两国对清政府的压力。10月24～25日，清政府与英法两国在北京分别签署了确认《天津条约》的《北京条约》，其主要条款有：清帝为海河事件致歉；赋予英法两国在京设立常驻使馆的权利；清政府支付800万两白银，200万两用于赔偿商会损失，600万两用于补偿军费损失。此外，清政府还需向遇难使节的家属提供死亡赔偿金，法方20万两白银和英方30万两白银。
1860年12月14日，伊格纳季耶夫与清政府签署《北京条约》，借此俄国领土从乌苏里江扩展到了日本海和朝鲜边境。
此后在很长一段时间里，俄国得以喘息。