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随着潜意识心理过程这一观点逐渐被接受，19世纪的另一个伟大思想诞生了，这一回发源地转到了大不列颠群岛，对应的大事件便是查尔斯·达尔文于1859年出版《物种起源》（ On the Origin Species ）。《物种起源》头几版销量都很好，并很快引起了国外关注。在书中总结部分，达尔文同样用以下内容表达了自己对身心二元论的反对：“展望遥远的将来，我看到了更为重要的研究领域。心理学将建立于一个全新的基础，即通过渐变获得心智力量和能力的基础。人类及其历史的起源终将被阐明。” 25 起初人们还略有微词，等到1871年《人类的由来及性选择》（ The Descent of Man, and Selection in Relation to Sex ）一书出版时，达尔文的物竞天择理论已被科学界和许多普通民众接受。他在此书中详细列举了诸多例证，表明动物和人类共有连续的物理和心理特征，并总结道：“人与高等动物在心智方面的差别尽管巨大，但该差异只存在于程度，而非种类。” 26 达尔文此处意有所指，并非说动物也拥有永生的灵魂，而是再次反对了身心二元论。
正如人们常说的那样，达尔文是一个言辞和善的人，他甚至为破坏了许多人的信仰而感到歉意，其中就包括他的妻子。为了照顾人们的信仰，在《物种起源》的结尾，他写下了一段振奋人心、充满希望的话：
这样，从自然界的战争里，从饥饿和死亡里，我们能体会到最可赞美的目的，即高级动物的产生，直接随之而至。认为生命及其若干能力原来是由“造物主”注入少数类型或一个类型中去的，而且认为在这个行星按照引力的既定法则继续运行的时候，最美丽的和最奇异的类型从如此简单的始端，过去，曾经而且现今还在进化着；这种观点是极其壮丽的 27 。
达尔文认为，他的理论也一定能解释人的心智能力。这一部分理论在当时引发了更激烈的争议。反对之声既来自传统的二元论派，也来自洛克和休谟的经验主义追随者。按照洛克和休谟的观点，人类的大脑如同“白板”，其中所有知识都来源于感觉经验。正是因为这些争议，意识研究的发展饱受阻碍多年。终于，一个扎根于休谟的关联原则的心理学研究方法占据了主流，这就是行为主义（behaviorism）。
19世纪末，许多哲学家相信心智必须依赖肉体的大脑而存在，后者以某种形式承载了记忆和认知。一些生理学家认为脊髓神经也参与这一过程，另外一些则坚信整个身体均对此有贡献。
洛克将心智从灵魂中分离出来，并赋予其理性反思、伦理行为和自由意志的能力。心智是意识、意志和人格的基础，但它是会犯错的，会产生幻觉和误差，并且它手头的武器只有有意识的想法。潜意识深层的活动永远不会浮出水面。洛克没有正面回答物质如何产生自由意志的问题，而是引入了一个全能的神，并声称一切都是神的产物。休谟则摈弃了这些超自然力量，并尝试建立一门真正的关于人类心智的科学。在此过程中，他发现了人类心智的极限，即所有思想都受制于其能力。因此，通过弱化人类掌握物理因果关系的基础，他甚至对用牛顿力学的哲学基础来审视世界的可行性提出了质疑。
叔本华认为，驱动我们的是潜意识的动机和目的，而非有意识的思考，这使他更像一位后验主义的支持者。亥姆霍兹表明我们的知觉系统不是一台单纯的复印机，而是会将知觉信息以最佳推测方式拼凑在一起。接下来登场的是达尔文，他将我们的脑定位在一个不断进化的连续体中，并指导我们利用自然选择的思想来研究脑的进化过程，而将上帝踢出了牌局。
就这样我们来到了20世纪，依旧充满困惑，依旧怀着同样的问题，但手上多出了几项新的研究武器：测量不同任务的反应时变化，以及利用新的描述心理学方法关注主观的第一人称视角。接下来的100年必然会诞生许多新的思想、新的科学发现，以及全新的理解意识的方式。人类破解了原子结构，破解了DNA（脱氧核糖核酸）密码，登上了月球，并且开始能给活人大脑拍照片。在这些突破性进展中，总有那么一两个能向我们揭示意识的真相。