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同一时期，弗洛伊德切实地推进了“潜意识心智”这一算不上全新的突破性概念。弗洛伊德的心理分析理论给世人带来了极大的冲击，也或许是这股巨大的冲击力使得他的理论进入黄金时代？不管怎么说，在其事业早期，弗洛伊德就已经有些不自量力了。1895年，他出版了《科学心理学方案》（ The Project for a Scientific Psychology ）一书，书中大力宣扬一种超物质主义思想，认为所有心智活动都等同于神经活动。他宣称，迈向科学心理学的第一步即为确认并精准描述各种与心智活动相关的神经活动，这与现代科学寻找意识神经相关物的目标或有些许类似。就这还不够，他进一步提出了第二步，“消除还原论”：摒弃过去描述心智状态的术语，用一套新的神经学术语取而代之。因此，当你想表达嫉妒的时候，你不再说自己“感到嫉妒”，而应说自己的“大脑J2区正在以某一特定速率发放”。弗洛伊德甚至提议，这一变化不仅适用于脑研究学者，更应当推广至所有人。他说的确实是所有人。如果真如他所说，人类的诗歌将面目全非，比如情人节卡片上印刷的情话将变成：“当我的L987T神经元接收到你的脸的信息时，我的p392J神经元发放速度提高了95%。”如果“我的”这一概念也用编号来表示的话，只怕句子就更长了。
书新鲜出炉后没多久，弗洛伊德又彻底转变了想法。哲学家欧文·弗拉纳根（Owen Flanagan）说：“1895年，《科学心理学方案》写就的当年，弗洛伊德声明这是一场‘试图用心理学解释心灵过程的无意义的伪装。’” 21 不仅如此，他还认定心智活动只能用心理学术语来描述。还原论什么的也不需要了。根据弗拉纳根的调查，这一论调的根源或许来自弗洛伊德在医学院的一名导师即德国哲学家、心理学家兼前任牧师弗朗兹·布伦塔诺（Franz Brentano）。
布伦塔诺希望将自然科学领域严谨的研究方法引入哲学和心理学领域。他把心理学研究方法分为两种，分别命名为“发生心理学”和“描述心理学”。发生心理学从传统的经验主义第三人称视角出发研究心理学问题，而描述心理学则着重以第一人称视角描述意识现象，后者也被布伦塔诺称为“现象学”。他赞同18世纪哲学家们的观点，认为所有知识都来源于经验，并主张心理学必须依靠内省法来对人的内在体验进行实证性研究。从这里可以引申出“意识”的另一个定义：对体验现象的觉察和主观感受，我们将在下一章讨论这个问题。
布伦塔诺坚信，心智现象和物理现象之间的差别在于，物理现象是外在知觉的“对象”，而心智现象是包含内容的，并且总与某事“有关”，也就是说，心智现象是指向对象的。布伦塔诺进一步强调，心智现象所指向的对象“不应被理解为一个物体” 22 ，而应是一个语义对象。因此，你可以盼望看到一匹马，也可以盼望看到一头独角兽，后者即为一个完全出于想象的对象。你甚至可以期望原谅，不管属不属于想象，这都是一个语义对象，尽管不是那种能放在桌上的物体对象。布伦塔诺认为“相关性”是意识的主要特征，并用“意向的内存”（intentional inexistence）一词来描述思维对象的状态。欧文·弗拉纳根写道：“这一观点，也就是后来人们所知的‘布伦塔诺理论’，它认为倘若缺乏相关概念用以描述心智状态的内容，任何语言体系都无法充分表述心理现象中的重要事实，其中便包括物理学或神经科学语言。” 23
弗洛伊德将从病人那里获得的经验进行总结，并将其与潜意识过程的概念关联起来，构建了一套系统的心理学理论。他将心智分为三层：一为“意识”，即所有能被我们察觉的活动；二为“前意识”，包括一般意义上的、能够提取并送往意识层面的记忆；三为“潜意识”，即所有无法被意识觉察的感受、冲动、记忆和想法。涉及情绪、欲望和动机的加工过程无法被意识觉察，这一观点并非首次出现。笛卡儿就曾反复论述过，在笛卡儿之前还有14世纪的奥古斯汀和13世纪的托马斯·阿奎那，其后又有斯宾诺莎和莱布尼茨，均发表过类似见解。弗洛伊德的独到之处在于，他认为绝大部分潜意识活动都是“上不了台面”的。并且，根据他的理论，潜意识几乎影响了我们所有的思维、感受、动机、行为以及体验。
奇怪的是，作为一个科学心理学的支持者，弗洛伊德从未允许他人使用新兴的实验心理学手段来验证他的心理分析理论。弗洛伊德的部分观点的确经受住了实证的检验，例如现在我们普遍认为绝大多数认知活动都是在潜意识下进行的，但是，他提出的精神病理学理论经不起推敲，逐渐被后人丢进了垃圾桶 24 。