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人们通常认为，威利斯的解剖学实验成果和理论思想对后来的著名哲学家约翰·洛克影响深远。他同样是医师出身，曾在牛津大学受教于威利斯。学生时代的洛克觉得有意义的课程并不多，威利斯的解剖学讲座算一门。洛克随后同另一位医师托马斯·西德纳姆（Thomas Sydenham）成为挚友，后者也是威利斯的校友。西德纳姆通过亲身实践掌握了大部分医学知识，这种方法逐渐被洛克认同为学习的基础。
在接诊数百名病人之后，西德纳姆逐渐意识到，一些疾病具有类似的症状，不管病人的身份是萨塞克斯郡的铁匠还是约克公爵本人。他开始相信疾病能够通过症状特征来区分，并开始像给植物分类一样对疾病进行分类。这是一个具有划时代意义的举动，因为直到当时，盖仑建立的诊断和治疗方法依旧广受推行，而这套方法在很大程度上是带有主观性的。在盖仑看来，每位病人的疾病都由独特的体液失衡引起，因此需要量身定制治疗方案。和他不同，西德纳姆开始了实证医学的早期实践。他在一群有同样病症的病人身上尝试了不同的疗法，并根据疗效评估和调整药物。颇具讽刺意味的是，反倒是盖仑的观点更贴合现代医学新兴的个体化疗法风潮，西德纳姆的观点则更符合系统医学思路，即对所有症状相同的病人实施标准化的治疗流程。在本书第7章和第8章中我们将看到，科学界经常会像这样出现不同的方法流派，从而引发“非此即彼”的大争论，然而事实上总存在至少一个其他选项。这就是所谓的“假两难推理”，属于一种非形式谬误。你或许没有想到，最终是物理学家站了出来，证明通常来说没有任何一种答案能独立解释一切。在讨论神经元如何产生心智的问题时，这种思想就变得非常有用了。
你或许已经猜到了，作为一名未来的哲学家，洛克对西德纳姆的方法进行了追问：真的要先知道病因才能对之进行治疗吗？病因真的是能找到的吗？威利斯认为病因是可知的，并通过解剖和实验来寻求病因，洛克和西德纳姆却不这么想。他们最终得出结论，认为病因是超越人类认知范围的。洛克在后期更是相信，心智的运作机理和万物的真理同样是不可知的。他采用西德纳姆研究疾病的方法来研习哲学：限定自己只基于日常经验来讨论哲学思想。基于这种立场，洛克顺理成章地提出了著名的“白板说”，拉丁语称“tabula rasa”，即认为心智源于经验和自我反思。这一思想构成了当今社会科学的经典人类理论：后天经验占主导地位。
洛克最终和笛卡儿一样成了二元论者，但他们的思想在很多细节上存在差异。洛克从心理学角度对灵魂进行了阐释，并写道：“意识是人对进入自己心灵的东西的知觉。” 1 根据他的观点，这种对知觉的知觉或察觉是通过一种“内在感觉”来实现的，他将之称为“反思（reflection），其所提供的思想仅通过心智对自身运作的反思来获得”。洛克甚至进一步提出，潜意识的心智状态是不可能存在的：“人无法不通过知觉来知觉自己是有知觉的。”
与笛卡儿不同，洛克切断了灵魂与心智（会思考的东西）之间的联系。回忆一下，对笛卡儿来说，心智和灵魂是一体的：思想是心智的主要属性，物质不可能脱离其主要属性而存在。因此，心智无时无刻不在思考，甚至包括睡眠状态，即便此时产生想法会被立刻遗忘。洛克同意心智在清醒状态下是时刻保持思考的，但是，基于自己的经验，他不认为人在无梦睡眠状态时依旧会思考。不过，睡着的人肯定是有灵魂的；不然人如果在睡觉的时候死了该怎么办？因此，对洛克来说，（拥有意识性质的）心智和灵魂必然是分开的！多简单的推理！
笛卡儿同时还将意识的内容限定为当前的心智运作。洛克则没有这样的限制。他认为人们完全可以对过去的心智运作和活动持有意识。洛克将意识视作将个人经历整合为自我意识和个人同一性的“黏合剂”。他相信正是意识让我们觉察到自己过去的经历是属于自己的。他认同笛卡儿关于人类具有自由意志的观点，却又通过引入全知全能的上帝来回避物质如何产生自由意志的问题，只是声称这都是上帝的作品。
以上就是一群全世界最聪明的人针对身体、心智和灵魂的运作机制提出的模型。他们用自己观念中那些无可争辩的事实来拟合这个模型，用以把人类和动物、神明、心智及意识区分开来。这就是模型制作者的行事风格，直至今日依旧如此。他们创立一个模型，随后不断地进行修改，所有的改动理论上都基于新获得的信息，直到模型看上去能被用来解决问题为止。他们在这种情况下提出的模型是相当混乱的。
17世纪末，关于意识的理论数量庞大却令人困惑。科学界已经积累了很多相关的事实证据，有朝一日会为后来的理论学家提供框架基础，但依旧缺乏一个基础的、综合的概念结构来解释意识究竟为何物。哲学家们就整个意识问题争执不休，有些人甚至认为意识这一哲学概念本身就毫无逻辑可言。终于，少年老成的英国哲学家大卫·休谟站了出来。他早就对哲学家们“无止境的争论”感到不耐烦了，并在18岁时将意识问题扶上了前进的快轨。他认为古人关于道德和自然的哲学“完全出自假想，更多地依赖捏造而非经验”。 2