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身为保皇党的威利斯视理性灵魂为身体的“国王”。就像任何大型组织的首领一样，国王只知晓呈递给他的信息，而非对外界拥有直接认识。在此类组织架构中，呈递的信息可能是错的，也可能根本不会上达国王。因为大脑本身是一个生理器官，它或它的部件会生病，从而无法产生正常的智能，并对理性灵魂的信息渠道造成影响。大脑生病了，理性灵魂就可能出问题，甚至出现永久性的损伤。无论在当时还是现在，这都是一个强有力的观点。如你所料，为了证明自己的理论，威利斯描述了多个他所遇到的精神疾病病例。
在人类理解意识的征途中，威利斯是一个重要的人物，因为他是首批将特定大脑损伤与特定行为障碍联系起来的学者，同时他还认识到大脑不同区域负责不同的任务。他在著作《关于野兽灵魂的两个论述》（ Two Discourses Concerning the Soul of Brutes ）中阐述了这些观点，认为脑能够在不同区域而非单一脑区自动完成多个任务；他还描述了大脑的信息交流通道，不过当时人类还没有发现电，在他的观点中，通道传输的是灵魂，而不是电信号。他推动了历史的巨轮，为认知神经科学这门向理解人类认知体验发起冲锋的现代科学奠定了基础。