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从上面概括描述的明朝末年社会阶级矛盾在各方面的表现，我们可以清楚地看到，以朱明王朝为代表的统治阶级已经极度腐朽，烈火在地下运行，一场大规模的农民革命正在酝酿当中。
万历年间，统治阶级中的某些人士已经怀着不安的心情，指出朱明王朝业已面临着社会的大动荡。如郭正域在题为《法祖停税赋》的奏章里说：
自古乱亡之祸，不起于四夷，而起于小民。秦之强盛，兼并六国，卒之扰乱天下者，非六国也，乃陈胜、吴广一二小民也。汉之天下，四夷款塞，呼韩来朝，卒之扰乱天下者，非四夷也，乃黄巾等贼一二小民也。元之天下，灭金灭宋，一统四海，卒之扰乱天下者，非金非宋也，乃韩山童、刘福通一二小民也。
安州知州张遂在《兴除议》一文中，也大声疾呼“盗贼可忧”。他说：
国家自庚戌以来，北击胡，东挂倭，西灭哱，南平播，节年不闻以盗为苦也。间即桴鼓时闻，皆谓鼠窃不足虑，而不知秦之亡非以陈胜乎？汉之亡非以张角乎？唐之亡非以黄巢乎？天以水旱开其机，上以暴敛驱其众，此盗之所由起也。……而奸雄如陈胜、黄巢之流，非可以威降、术羁，此其人最足为隐忧，是在庙堂之上，当预有以罗致驾驭之也。
然而，统治集团所代表的，正是社会上盘根错节的反动势力，它们自身已经无法解脱社会危机。在这种情况下，打破封建统治的枷锁，为历史的前进开辟道路的，只能是农民的革命运动。
农民的起义并不是一帆风顺的，明王朝也不是一推就倒的。从万历年间起，各地的农民曾经多次举起义旗，向腐朽统治发动冲击。例如，万历十六年，刘汝国在南直隶太湖、宿松地区领导起义，自称济贫王
，铸铜印大书“替天大元帅”
，“就富民箱囷，招徕饥民共食之。饥民随者数万人”
。起义农民多次击败官军。明政府地方当局派人招抚时，刘汝国断然拒绝，并在回信里义正词严地宣布：“豪家不法，吾取其财以济贫，此替天行道，而违之是逆天也。”
同年春，在湖广等地也发生过饥民抢米的风潮。如大冶县“谷价腾踊，闾阎萧条。一夫攘臂大呼，轰然蚁聚，动百十人。持斧破廒，所至一空”
。
万历二十七年，白莲教徒赵古元（原名赵一平）在徐州一带组织起义。他的徒众到处宣传，“世道之将变，尊古元为真人”。赵古元等制订了详细的起义计划，“约以二月二日各处兵马八路齐起，先扬淮，次取徐州新河口，阻绝粮运；次取金陵、燕都，大事可定”。明地方官僚惊呼：“黄巾、赤眉之祸，再见于目前。变生呼吸，可为寒心。”
万历三十四年，南京又有无为教徒刘天绪等人密谋起义。刘天绪“自称为辟地定夺乾坤李王”，“又自号为龙华帝主”。
天启二年，山东白莲教徒在徐鸿儒领导下举行起义。这次起义具有广泛的群众性，当地农民“多携持妇子、牵牛架车、裹粮橐饭，争趋赴之，竟以为上西天云”
。起义军很快就攻克了郓城、邹县、滕县、峄县等县城，计划“南通徐、淮、陈、颍、蕲、黄，中截粮运，北达神京，为帝为王，改元建号”
。同时还有北直隶景县民于弘志等起义响应。天启四年九月，南直隶颍州、砀山以及河南永城一带，有杨桓、杨从儒的密谋起义。他们“啸聚徒众，私相部署，伪称懿德元年”
。
这些中小规模的农民起义，都在萌芽阶段或初起之时即被明王朝血腥镇压了下去。然而，反革命的屠刀并不能解决尖锐的社会阶级对抗。统治者的倒行逆施，势必激起人民群众更大规模的反抗。
总之，从万历后期到天启年间，整个中国的天空已经彤云密布，不时发出隐隐的闷雷声。那些中小规模的地区性农民起义，就像一阵阵刺目的闪电，不仅揭露了笼罩大地的黑暗，更有力地预示着一场大规模的暴风雨就要来临了。