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1939年夏初，当陆军敦促与德、意紧密合作时，海相米内光政及其次官反对签订任何协议。陆军深信，希特勒征服欧洲全境后，便能够帮助日本解决中国问题。而米内大将及其次官则认为，英、德之战必定旷日持久，美国终将卷入其中，而德国无法避免失败的命运——日本与希特勒签订条约，到头来只能孤身对抗美国。
海军次官讲起话来，比海相更为直白，公开预言称：日美交战，不管怎么打，结局都是失败。此人身高只有5英尺3英寸（与传奇海军大将东乡恰好一样），却生得膀大腰圆，因此给人一种魁梧健壮的印象。他正是山本：其父是一名小学校长，在五十六岁那年老来得子，故为其取名“五十六”。为“回敬佩里准将来访”，山本加入海军，后来又就学哈佛，出任大使馆驻外武官，在美国生活多年。由于那段留美经历，山本回国后亦频繁指出，美国之工业潜力值得警惕，而这类言论不为超国家主义者所喜。米内担心山本遭到暗杀，遂于1939年8月派他出海，担任联合舰队司令长官。
在30年代，日本海军构想的对美作战基本方针是：首先让美舰自珍珠港出动，发起最初的攻击：当美舰行进时，日军派出潜艇骚扰，主力舰队则在领海内以静待哗。等到不胜其扰、疲敝难当的美舰来到日本海域时，日舰再选择出击，在硫黄岛、塞班岛以西的某处海域，通过一场大规模海面战斗一举歼敌。
山本接手联合舰队，立刻便把理论战线扩展至马绍尔群岛。第一次世界大战后，马绍尔群岛与加罗林群岛作为托管地一并交予日本，成为日本在太平洋地区最东端的属地。在1940年的春季舰队演习中，舰载机取得辉煌战果。其时，山本正在旗舰“长门”号甲板上踱步，眼见飞机表现优异，便转身对参谋长福留繁少将说道：“空中力量如此训练有素，或许有机会在夏威夷一招制敌。”在突如其来的致命一击下，停泊在珍珠港内的美军舰队将失去作战能力，那样，日军便可趁着美军重整舰队的时间攻占东南亚，将其所有资源攫为己有。 [1]
偷袭计划的灵感主要来自山本心中的英雄——东乡海军大将。1904年，日军不宣而战，东乡指挥鱼雷艇对驻扎在旅顺港的俄国太平洋第二舰队
发动奇袭，而俄军舰队司令斯塔尔克海军上将当时还在参加宴会。经此一役，俄舰队损失战列舰两艘、巡洋舰多艘，自此元气大伤，并在次年的对马海峡海战中几近覆灭。有一个小插曲是：时为海军少尉的山本也曾参与对马海战，并在战斗中失掉左手两根手指。
（突袭制胜的观念深深根植于日本人的性格。日本最受喜爱的文学体裁是“俳句”，它将感性意象与直觉联想凝缩在短短17个音节中，通过一定的格式，以精练的妙语体现日本佛教中的彻悟。同样地，柔道、相扑、剑道等运动，也是在漫长的对垒过程中，抓住一瞬之机，克敌制胜。）
认真考虑空袭珍珠港的不止山本一人。东京方面，海军军令部作战课航空主务部员三代一就中佐也在劝说其上司：欲破强敌美国，必须以最快速度迫使其接受决战。为实现此目标，可以投入有六至八个引擎的大型飞机，对停泊在珍珠港的美军舰队展开轮番轰炸。如此一来，美舰要么逃回本土，要么离港出击，前往马绍尔群岛附近作战——这将正中日军下怀。
上司没有把三代的意见当回事，但军令部的保密工作似乎并不完善。1941年1月27日，美国驻日大使馆一秘爱德华·S.克罗克从他的朋友秘鲁驻日公使里卡多·里韦拉·施赖伯博士处听说：据传言，日本准备倾尽全力“对珍珠港展开一次大规模偷袭”。消息由克罗克报告给格鲁大使，又通过格鲁传回华盛顿，送达海军情报局。情报局在报告中指出，“根据我局所掌握之日本海、陆两军部署和使用情况来看，日军似无可能对珍珠港立即采取行动，在可预见的未来亦不似有此计划”。
其时，山本正在推进此计划。2月1日，山本给第十一航空舰队参谋长大西泷治郎少将写去一封非正式信件，对自己的计划作出简单概述，并要求大西对计划之可行性展开秘密研究。大西找来源田实中佐处理此事。此人与大西既是上下级，也是好朋友，在海军中拥有远远超出中佐级别的影响力——在中国战场上，源田在远距离战斗机群作战方面作出“重大创新”，为自己赢得极高声誉。接下任务后，源田对山本的计划进行研究，并在十天后提出结论：攻击珍珠港，难度与风险并存，但“成功之可能性并不算低”。
大西把源田的报告与自己的推论一并发送给山本，而此时的山本大将正在与作战参谋黑岛龟人大佐讨论偷袭计划。黑岛绝顶聪明，行为举止却多怪癖，有时会穿着和服在旗舰上若有所思地踱步，身后留下一串烟灰。勤务兵称他为“仙人参谋”。一连数日，黑岛把自己关在参谋舱室里，最后在大蒜味、线香味与香烟烟雾中现身，呈上一份名为“黑岛计划”的详细作战方案。
计划成功仰赖于两个并不可靠的前提：其一，在偷袭时，太平洋舰队（原名美国舰队，于2月1日更名）恰好停泊在珍珠港内；其二，一支大规模航母部队能够瞒天过海，横跨半个太平洋。只有赌徒才会铤而走险，而山本正是这样一个赌徒，他在桥牌、扑克、将棋（日本象棋）等方面都有极高造诣。一次，一个美国人问山本怎么那么快就学会打桥牌，山本答道：“我能背下5000个汉字，记住52张牌又有何难？”渡边安次中佐或许是山本最为中意的参谋，山本常对他说，赌博对自己的思考起到巨大作用，此事半凭算计，半凭运气。具体到夏威夷袭击计划，尽管风险甚高，回报却也极为丰厚，令人无法拒绝。“假如会失败，”山本的说法有些宿命论的感觉，“还不如从一开始就不打这仗。”
致大西的信发出两天后，山本把计划简要地告诉隶属海军军令部三部
的小川贯尔大佐，并要求小川尽可能多地搜集有关夏威夷的情报。小川已在岛上安排有一队间谍，由手头拮据的德国胆小鬼奥托·库恩、一名和尚、两名第二代日裔美国人组成，但该小队发回的只是些无关紧要的情报。小川决定派出另一名海军情报专家赴岛，此人名叫吉川猛夫，是一名少尉，隶属负责对美情报工作的第五课，他早就被相中，已就执行任务做好相关准备。吉川身材颀长，相貌俊朗，从外表看不出他已二十九岁，尽管手上有一根断指，容易成为辨识特征，但依然被选中执行该任务。
吉川早年在江田岛的海军兵学校就读，在游泳比赛（该校要求，每名学员毕业前必须从宫岛那座著名的神社游回江田岛，那是一段冰冷的水域，长10海里，水母横行）中荣获冠军，在剑道比赛中获第四名。他在班上特立独行，选择在同学埋头备考时钻研禅学，修身养性。即便如此，他还是顺利毕业，先是在巡洋舰上担任过一个任期的密码军官，随后辗转于水雷学校、炮兵学校与航空学校，却因饮酒过度患上胃病，只得暂时退伍。重新入伍后，吉川以预备役军官身份进入军令部第三部，起初在第八课，后来调至第五课，在堆积如山的情报中披沙拣金，熟记舰船调动情况与各式海军装备。
1940年春，第五课课长竹内大佐征求吉川意见，问他是否愿意赴夏威夷开展间谍活动——该任务中，他不会接受任何间谍培训，甚至连一本手册都没有，实质上全凭个人本事。吉川接受该任务，化名森村正，乔装为平民，留起头发，前往日本大学学习国际法与英语，为进入领事馆任职而做准备。通过外交考试后，吉川把一部分工作时间匀至在外务省研究美国的政治和经济。
待山本要求掌握更为详尽的夏威夷情报时，已是1941年春季，此时吉川准备万全，便于3月20日登上横滨码头的“新田丸”号邮轮，怀着与美国海军一较高下的兴奋心情，一星期后抵达檀香山。驻檀香山领事馆总领事喜多长雄热情地接待他，当晚便把吉川带到一座名为“春潮楼”的料亭，该处坐落于山丘之上，珍珠港情况尽收眼底。料亭女老板名叫藤原奈美子
，与吉川乃是爱媛县同乡。她告诉吉川，春潮楼有五名艺伎，在日本受过训练，此次差事绝不会无聊。
吉川凭借着150美元的月薪以及每半年600美元的经费，按照自己的方式灵活展开行动：他首先在夏威夷各主要岛屿大范围地巡视一圈，然后驱车绕瓦胡岛两周，最后穿上一件印有“aloha”
字样的鲜艳衬衫，挽着一名漂亮艺伎，在瓦胡岛上空进行空中旅行，看上去与普通游客全无二致。在第二次视察各岛后，吉川便清楚地意识到，海军舰艇只存在于珍珠港内，于是决定将精力集中在瓦胡岛。吉川调查的方式是驱车环岛行驶六小时，每星期两次。此外，他也每日观察珍珠港港区，通常是在山头俯望，也有几次闯进去过。一次，吉川带上盒饭，混迹工人队伍中，在珍珠港内徘徊一整日都没有受到盘问。为探查储油量，吉川用手敲打油箱，发现满油的油箱常常会漏出油来，这点从围栏外边也很容易看清。另一次，吉川说服一家军官俱乐部的女主人，雇用他为一场宴会打杂，不过他探听到的情报只有美国人如何洗盘子而已。
瓦胡岛上日裔居民众多，却帮不上任何忙。吉川与许多日裔交谈，通常是在领事馆的酒席上，每每探听口风，却发现几乎每名日裔都视自己为忠诚的美国公民。在吉川看来，一方面拜神礼佛，慷慨解囊捐助皇军，另一方面又要做美国公民，实属荒唐。一名日裔老者表示，一旦战争爆发，他一定放火烧掉甘蔗园，接着便滔滔不绝地谈论起他见过的大炮。当他说到钻石头山上的一门大炮“粗得像庙里的大钟”时，吉川便明白此人的话究竟有几分“可信”了。
与美国水手的闲聊同样收获甚少。水手很是健谈，但话里没有多少有用信息。吉川搜集情报的方法堪称朴实无华，他只是坐在春潮楼的榻榻米上，俯瞰着广阔的海港，将舰只停泊情况绘制成图。在此过程中，少不了艺伎相伴，有时是七五三子，有时是鞠千代。
定期驱车巡游时，吉川通常也会偕女伴出行，比如一名艺伎，或是领事馆内的女佣，因为单独行动会受到卫兵的盘问。
一次，吉川乘出租车来到珍珠港附近的希卡姆机场。该机场隶属陆军航空兵团，是一座大型轰炸机基地。车子驶到大门口，吉川声称自己与一名美军军官有约，哨兵便挥手示意放行。吉川让出租车司机绕着基地打转，自己则把机库与飞机的数目，以及两条主跑道的长度默默记在脑海之中。另有一次，吉川顺利潜入位于瓦胡岛中心的战斗机基地惠勒机场，与观众一并坐在草坪上，观看P -40战斗机驾驶员的特技飞行表演——数架飞机俯冲进入敞开的机库。吉川没有做笔记，而是把飞机、飞行员、机库、兵营与士兵的数量默记下来。他从不使用相机，只依靠自己的“肉眼摄像”。
吉川每星期向喜多总领事提交一次报告，喜多派司机将加密的报告送至檀香山市的麦凯电报局。不到一个月，吉川便发现一辆黑色汽车“跟踪”自己，那是一辆FBI的车，装有无线电天线。无视喜多的警告，吉川依然坚持自己的行动方式。很快，两人的关系便僵硬起来，几乎每天都要争吵。
到4月份，珍珠港行动有了一个新代号：“Z”作战计划。该名称是为纪念东乡海军大将在对马海峡海战中升起的Z旗，以及旗帜所代表的那句著名训示：皇国兴废在此一战，各员务须奋发努力。
此时，作战计划即将交到执行部队，也就是第一航空舰队的手中。
4月10日，海军少将草鹿龙之介出任第一航空舰队参谋长。此人体魄强健，精力充沛，相貌忠厚老实。与在企业担任高管的父亲不同，草鹿年轻时便志在四海，1913年毕业自海军兵学校后，他将大部分时间投入海军航空队，甚至曾作为观察员搭乘“齐柏林伯爵”号飞艇横渡太平洋。草鹿曾先后任“凤翔”号和“赤城”号两艘航空母舰舰长，来到东京之前，他的职务是在帕劳担任第二十四航空战队司令官。
前往海军军令部报到后，四十八岁的草鹿少将被带到福留繁少将的办公室。福留在海军大学校时曾与草鹿同窗，此时的职务是军令部第一部部长。“你看一下这个。”福留拿出一捆文件，内容以钢笔书写，草鹿一眼便认出那是大西的字迹。“您的意思是，把它当成一份作战计划，”草鹿说道，“但这也只是份计划，没法投入实战。”
“这只是一个提议，现在什么都没决定。为预备战争爆发，军令部需要你制订一份切实可行的计划，一定要行之有效。”
草鹿乘火车来到广岛，在旗舰“赤城”号上向新长官南云忠一中将汇报工作。南云身材瘦小，是一个鱼雷专家，对航空却是门外汉。草鹿从长官处得知，“Z”作战计划将交由自己负责。然而，草鹿本人也并非飞行员，他将自己定位为“航空经纪人”，具体方案细节必须请飞行好手来拟定。于是，草鹿召见首席参谋大石保、航空参谋源田实，命令两人起草一份完整可行的计划。源田对袭击珍珠港一事自然了如指掌，此时却只字不提。
草鹿越是琢磨，越怀疑计划的可行性：首战不利意味着满盘皆输，这风险实在太高。随着“Z”作战计划的进展，草鹿的担忧也日益强烈，最终在6月底拜访大西少将时指出计划的缺陷。大西也为草鹿的雄辩所折服，承认其中有过于浓重的赌博色彩。
草鹿建议两人同去面见山本。
“对计划有意见的人是你，”大西说道，“还是你自己去吧。”
回到“赤城”号，在得到长官许可后，草鹿乘小艇来到联合舰队的旗舰“长门”号上，对山本说，计划太过冒险，并把自己的所有论点都一股脑儿搬出。
山本心平气和地听完草鹿的批评，说道：“因为我平时爱玩扑克、打麻将，你便说计划冒险。事实并非如此。”说罢，山本便示意送客。草鹿的焦虑并未平息，垂头丧气地往舷门走去，却感到有人拍了拍自己的肩膀，转头一看，竟是山本。“我理解你为什么反对，但袭击珍珠港是我作为联合舰队司令长官作出的决定。所以，我希望你能放下意见，全力贯彻执行该决定。今后他人若有异议，我来做你的后盾。”
大石负责制订总体计划，源田负责研究空袭技术——1940年，源田看过一部美国新闻片，自此便一直在考虑如何运用航母进行集中打击；草鹿本人则潜心考虑一项要害问题：如何避人耳目地将机动部队
开至距离珍珠港在航空打击范围以内的海域——此事难于登天。日军舰船速度胜过美舰，但提升航速的代价是武装与续航能力的削弱。除新航母“翔鹤”号和“瑞鹤”号外，机动部队其余舰只都没有足够的燃料容量直抵珍珠港。航行途中又如何进行燃料补给呢？
此外，奇袭重在一个“奇”字，哪条航线能够确保奇袭成功？于是，草鹿找来航海专家——参谋雀部利三郎少佐，命他对过去十年间横渡太平洋舰只的国籍与型号加以研究。雀部给出的报告指出，11月、12月两个月份，由于风大浪高，没有舰只选择走北纬40度以北的航线。阅读雀部报告时，草鹿脑海中首先想到的是12世纪时，源义经通过奇袭攻克一座敌人自以为固若金汤的城池。在那场战役中，源选取的是一条完全出人意料的奇袭路线。
草鹿认为，选择北方航线奇袭珍珠港，能够起到相同的效果；美国舰队猜测日军将从马绍尔群岛的基地发起进攻，因此他们历来都在夏威夷西南海面进行演习。只有一点至关重要的不利因素：如何在波涛汹涌的海面上给舰船补油？草鹿并未困扰太久，很快便决定，通过巩固纪律、加强训练来解决该问题。
前往飞机起飞点的路线，此时必须定下。草鹿从夏威夷传来的情报中获悉，美海军飞艇的巡逻范围是珍珠港外500海里，其他“卡特琳娜”水上飞机则在阿留申群岛的荷兰港以南500海里的海域上空巡逻。因此，草鹿得出结论：只有朝着接近正东的航向行驶，穿过两片巡逻区域之间的盲区，才能使机动部队神不知鬼不觉地抵达珍珠港以北800海里处。袭击行动前一日，舰队将在此处进行最后一次补油，随后趁夜南下，直冲目标而去。天一亮，飞机便起飞。
通常情况下，飞行训练与作战行动由各航母舰长或航空战队司令官负责。然而，此次奇袭却需要一名空中指挥官统一协调行动。舰队高层挑出的人选是“赤城”号飞行长渊田美津雄中佐。渊田时年三十九岁，有着3000小时的飞行经验，同时，他的领导能力要比飞行技术更为可贵。当然，并不是每一名航母舰长都能接受渊田来指挥自己舰上的飞机，这类情况需要草鹿亲自出面解决。
根据源田的计划，主要袭击目标乃是战列舰队列，即沿着福特岛岸边、停泊在珍珠港中间的两列战列舰。首先由鱼雷机对外列各舰展开俯冲轰炸，内列则交由高空（水平）轰炸机与俯冲轰炸机处理。
草鹿认为，要实现对内列各舰的打击，必须配备高精度投弹瞄准器，且炸弹要能够穿透舰身厚重的装甲而不立即引爆。日方知道美军有“诺顿”瞄准器，但始终未能搞到图纸。最终的解决方案是：前一个问题，通过德国仿“诺顿”制造的97型瞄准器解决，虽然该型号瞄准器的效果不够稳定，但投弹手可以通过勤加练习弥补；后一个问题，源田、渊田与技术人员找到一个简单直接的解决办法，把战列舰炮弹改造为炸弹，对外层进行加固，避免其在撞击目标后立即爆炸。
在欧战爆发前，陆军参谋本部从未考虑过如此大规模的战争行动，他们此前的战事始终局限在亚洲大陆。不过，当英国成为敌对国后，陆军也考虑到与美国发生冲突的可能性，并为此做准备，派遣井本熊男少佐调查攻占东南亚的战略可行性。井本为人精明强干，乃是陆军的人才，接到任务后，便取道香港，途径河内、西贡，抵达新加坡。回国后，井本便起草了一份侵略香港、新加坡两地的作战计划。
次年，陆军派出更多军官前往更为遥远的爪哇岛、苏门答腊岛及菲律宾群岛，调查攻占这些地区的可行性。然而，最终得出的计划却含糊不清，甚至没能建立起有效的间谍网络。好在一小部分日本侨民和退役军官志愿提供帮助，当地土著也起到一定作用。菲律宾群岛上，许多民众仍对埃米利奥·阿奎纳多在世纪之交那场壮志未酬的反美斗争怀有苦涩的回忆；而在英属、荷属地区，也有民众支持推翻白人统治。
1940年12月，大约在山本认真考虑珍珠港计划的同一时间，日本的“中国派遣军”的三个师团接到命令，展开热带地区作战训练。此外，陆军还建立起一个特殊部门“台湾军研究部”，令其在半年内搜集有关在东南亚地区热带作战的所有资料。该部门规模不大，由林义秀大佐负责，而其真正的骨干则是那个身负诸多争议的辻政信中佐。此人无时无刻不在展现着怪癖。一次，几名同僚在艺伎馆寻欢作乐，辻竟义愤填膺，一把火将馆子烧毁。从外表讲，此人圆脸、秃顶，贼眉鼠眼，属于典型的参谋军官相貌，但他身上散发出的那种特立独行的气质，使他受到青年参谋军官的狂热崇拜，甚至被尊为日本的“作战计划之神”和“东洋之光”。不过，一部分长官对辻持审慎保留的态度。陆军中人望首屈一指的今村均中将承认辻天赋异禀，却也看出他丧心病狂。另外也有许多同僚，比如今井武夫大佐，认为辻是一个聪明却狂热的“理想主义者”，思考问题只从自己出发，认为正确的只有自己——就像石原莞尔一样。事实上，辻的确信奉石原的主张，同样决心把“满洲”打造为“五族协和”的“王道乐土”；不同的是辻更为激进，他梦想整个亚洲“协同共荣”，将亚洲还给亚洲人。
儿玉誉士夫（就是接受辻之委托，计划用炸药暗杀近卫公爵的那个人）与辻的初次见面是在南京的派遣军司令部。那时儿玉替石原给辻送信，向今井大佐打听辻之所在，今井说道：“哦，你找那个疯子啊。他住在马厩后边一间小脏屋里面。”儿玉见到辻，问他为什么独自一人住在如此破旧的地方。
“司令部都烂透啦，没有一个人不烂。”辻的语气充满憎恶，“他们满脑子就只有勋章。晚上不是去宴会花天酒地，就是跟艺伎寻欢作乐。自从‘中国事变’
以来，整支军队都烂到根儿了。我对那些腐烂情况了如指掌，不但了解，我还大胆讲出来，所以啊，招他们怨恨啦。”事实上，辻所做的不仅仅是“讲出来”那么简单。他曾以“腐败”为由向宪兵队告发一名军官，后来，这名军官便自杀了。
1941年1月1日，个性强烈的辻中佐接到调令，前往台湾。据谣传，此次调任属于东条下达的流放令，因为东条与石原是死对头。在台湾的工作看似毫无意义，辻却并不难过，反而全心全意投入到自己的新课题上面：研究马来亚战役。不到两个月，辻通过各种渠道获悉：如从海上进攻，新加坡岛是一座坚不可摧的堡垒，但它与马来半岛最南端以一条1100码长的堤道相连，若从陆上通过堤道进攻其背部，要塞的防御设施便形同虚设。
辻最为得力的助手同样是个性情乖张之徒。此人名叫朝枝繁春，军衔大尉，二十九岁，身长六英尺，勇武敏捷。朝枝幼年时希望成为一名工程师，却由于家境贫寒，随波逐流地进入免收学费的陆军士官学校就读，毕业后便被派往中国战场，并因作战勇猛而被辻相中。两人都有冒险精神，一见如故。后来，朝枝奉命回到陆军省做文职工作，却感到无聊透顶，最终竟作出决定：脱离军队，抛妻弃家。朝枝给妻子与父母写信称，自己“准备去濑户内海自尽”，随后更名易姓，乔装成平民，离开东京，准备前往印度尼西亚，投身反荷兰殖民主义的斗争之中。
南下途中，朝枝向辻寻求帮助。辻满口答应替友人保密行踪，结果不出数小时，朝枝便被卫兵逮住，满腹怨愤地踏上被羁押回国之路。出人意料的是，陆军不愿家丑外扬，并未让朝枝上军事法庭，只是勒令他退伍了事。于是，朝枝又一次背井离乡，来到台湾，为的是找那个出卖自己的友人算账，结果却再次因辻的“人格魅力”而折服，最终竟自愿充当特工，搜集缅甸、马来亚及泰国的相关情报。朝枝废寝忘食地钻研目标各国的地理与语言，其态度堪称狂热。
与吉川在夏威夷开展活动大约同一时间，朝枝扮作一名农业工程师前往泰国，巧妙地施展贿赂手段，拍摄了各关键区域的照片；同时又与大量当地人有过交流，其中不乏一些高层人士。朝枝相信，欲攻缅甸，泰国无疑是最佳跳板，而泰国，则可以兵不血刃地拿下。
英军在缅甸边境设有严密的岗哨，朝枝却依然在数个月后成功潜入，并掌握到辻所需要的情报。返回台湾后，朝枝总结出目标在地形和气候方面的特点，这些特点对传统认知中的热带战争理论是一种颠覆。
日军所占据的海南岛是一座大型岛屿，位于北部湾，与中国大陆南端隔海相望。6月，林、辻二人在该岛举行一场秘密演习，目的在于检验朝枝带回的新情报以及在台湾研究得出的新理念。令兵员与马匹一股脑儿挤进运输舰，运往酷热难当的热带地区，这在传统战术思想中属于自杀行为。辻却深信，通过加强训练、整饬军纪，该问题完全可以克服。辻把数千名全副武装的士兵关入华氏120度的闷热船舱，令三人挤睡一张榻榻米（一种草垫，长约六英尺，宽约三英尺），配发少量饮用水。如此持续一星期后，虚弱不堪的士兵被放出来，在（假想中的）最恶劣条件下，牵着马匹，背着装备，在开阔的海滩成功登陆。最后一次登陆还模拟了实战条件，由一个步兵大队、一个炮兵中队与一个工兵中队完成演习。
如此一来，日军所需要的便只剩下登陆点海岸的地形与潮汐的准确情报。于是，辻又把他间谍网的唯一成员派往马来亚——看起来，朝枝无论出现在哪里都不奇怪。
海军历来担心与美国发生冲突，从而反对南进。然而，6月中旬，永野大将正式提议南下进军印度支那，无论是否需要诉诸武力。事实证明，对付维希政府用不着动武；而行动本身却导致日本在美国的资产遭冻结，日本对西方世界发动战争似已箭在弦上。起初，参谋总长杉山并不赞成立即准备攻占东南亚，最终还是迫于压力，在8月23日改变立场。
同样，海军军令部起初也不赞同“Z”作战计划。1941年夏末，军令部第一部第一课课长富冈定俊大佐作为主要反对者，就计划之风险，与联合舰队的“仙人参谋”黑岛大佐展开激烈争论。富冈指责称，目前的计划对南方战役投入过少，而把重心放在虚无缥缈的“Z”计划上。假使轰炸机飞到珍珠港上空，发现里面空空如也，又当何如？富冈与黑岛同样血气方刚，争至恼人处，险些动起手来。不过待争论结束，两人分别时，便已重归于好，而黑岛开始对自己的论点产生怀疑。
山本却毫不动摇。东京方面越是反对，山本便越是坚定。一次，山本对棋友渡边安次说道：“真到那一步，我也只有辞职了事。”渡边笑了笑。不过，山本大将并不是一时冲动，而是暗下决心，准备在万不得已时以辞职相逼，作为最后手段。
奇袭珍珠港的相关训练在九州岛紧锣密鼓地进行着。该岛在日本四大主要岛屿中位于最南部，以活火山众多、民风好勇斗狠、色情作品流行而闻名。除“Z”计划的制订者，无人知晓行动目标为何处，连航空母舰各舰长也不例外。佐伯航空基地的战斗机飞行员只知道演习是为了一场空袭行动，其规模之大需要动用四艘航母的全部舰载战斗机。俯冲轰炸机则集中在富高航空基地，该处位于佐伯航空基地以南约150英里
的海岸边，飞行员专门针对夜间轰炸与精准投弹展开训练。船只拖曳着充当目标的筏子前行，“犁出”层层浪花。
其余飞行员的训练地点在更往南的鹿儿岛湾，他们既要练习高空轰炸机，也要练习鱼雷轰炸机。两者相较，鱼雷轰炸的训练更受欢迎，因为几乎每一名飞行员都梦寐以求的举动，正是训练内容本身：发出威吓的轰鸣声，飞过老百姓头顶；绕着建筑物进行特技飞行。每架飞机搭乘三名士兵：飞行员、观察员（兼任投弹手）、报务员（兼任机枪手）。飞机需要翻越鹿儿岛市后方一座5000英尺的高山，然后朝着山形屋百货大楼与鹿儿岛火车站俯冲而下，在电线杆与烟囱之间腾挪闪避，飞至码头上空时，再陡然下降至25英尺高的低空。此时，观察员需要拉动套环，代表着已对300码外的防波堤（战列舰队列）发射鱼雷。随后，飞机向右急转，以免撞上樱岛山——该山是一座活火山，位于鹿儿岛湾中的一座小岛上，接着再继续紧贴水面飞行，此时若有渔船不幸恰在附近，渔民便要被吓得魂飞魄散。训练过程对飞行员而言自然很痛快，而且是合法的。然而，鹿儿岛民众却是怨声载道：为了在艺伎面前露一手，那帮愣头青差点把平野饭店屋顶给掀下来，海军难道不能管一管？
鹿儿岛乃是豪杰人物西乡隆盛的故乡。
源田之所以选择这里，是因为这里最能模拟轰炸机袭击珍珠港时将会面临的大多数问题。届时，飞行员必须在大量烟囱与建筑物上空穿行，然后突然减速降下，以便从超低空向敌舰队列发射鱼雷。超低空飞行风险极大，但源田坚持主张这类训练，因为珍珠港海域水太浅，鱼雷若从通常高度投放，只会一头扎入海底。即便是25英尺高度的超低空，仍无法保证鱼雷顺利发射。源田死命催促横须贺海军基地的相关专家，要求研制一款浅水鱼雷。
在鹿儿岛东北数百英里处，风光绮丽、崎岖不平的四国岛三机湾海岸，另一支海军部队正针对“Z”计划的另一方面展开训练。当地居民疑惑地发现，每日清晨，都有十几名精神抖擞的年轻少尉驾驶数艘渔船驶向三机湾，船后拖着约80英尺长的物件，上面覆有帆布，形状像是巨大的雪茄。一到傍晚，渔船又拉着那些神秘物件返航，少尉则聚集在岩宫旅馆吃晚饭。
帆布覆盖的物件原来是双人小型潜艇。驾驶员瞒天过海地驶过湾口，演练对美军战列舰发射鱼雷。然而，就连他们的教官，也不知道三机湾所模拟的环境竟是珍珠港。
9月2日，各舰队司令长官及主要参谋人员，连同联合舰队、军令部、海军省要员（共约40人）齐聚东京郊区目黑的海军大学校，准备进行最后一次兵棋推演。陆军亦有数名观察员在场，直到此时，他们才获知目标乃是珍珠港。推演需要解决两个宏观问题：第一，为成功袭击珍珠港制订出详尽的最终方案；第二，从海军角度出发，就攻占马来亚、缅甸、荷属东印度群岛、菲律宾群岛、所罗门群岛，乃至最终包括夏威夷群岛在内的中部太平洋诸岛制订出详细的时间表。
此次会议先决定推演人选：军令部与海军省派出人员担任裁判，余者分为三队——山本本人指挥N队（日军），第二舰队司令长官近藤信竹中将指挥E队（英军），第三舰队司令长官高桥伊望中将指挥A队（美军）。9月5日，也就是天皇吟诵祖父诗歌的前一天，兵棋推演正式举行。在巨大的沙盘之上，山本指挥机动部队朝夏威夷进发。然而，航母尚未抵达飞机起飞点，高桥从珍珠港派出的“美军”侦察机便发现敌情。奇袭未能奏效，山本麾下飞机损失三分之一，两艘航母亦被击沉。尽管“损失”惨重，海军依然没有废弃山本的计划。其原因一是不希望山本果真辞职；二是希特勒对苏联步步紧逼，使得日本在“满洲”越发没有后顾之忧。
不到一周，海军作战参谋便拟定出一份计划，将11月6日定为X日（日方的行动日）。计划书以油印形式印好，约40页厚，放在马尼拉纸制成的黑色文件夹中。一名军官把约100份副本交给二等兵曹野田光春
，令其送至停泊在吴市外的旗舰上面。野田在“长门”号上负责文书工作，出于好奇便打开文件夹偷看一眼，发现计划书开头便写道：“帝国准备向美利坚合众国、大不列颠（及尼德兰王国）宣战。”野田看得入迷，把奇袭珍珠港的详细计划从头到尾读过一遍，其中还有许多图表与密文。
野田与一名助手将全部文件夹分包成四捆，前往东京火车站，乘上东京开往吴市的火车。当晚，两人睡在三等卧铺车厢，各拿两捆文件来垫头垫脚。
根据计划书，行动只需要四艘航母。对此，联合舰队与机动部队的每一个参谋都表示抗议，提出至少需要六艘。草鹿不仅正式提出追加两艘航母，甚至亲自飞往东京据理力争。在军令部辩论一整天后，草鹿未能取得成果，便擅自给山本发去一封电报，抱怨联合舰队未能作为后盾提供支持。
草鹿无法说服军令部，而更为痛苦的是，失去作战机会的两艘航母也要由他来指定。最终，草鹿选出最小的两艘——“苍龙”号与“飞龙”号，而两者所属部队的司令官乃是山口多闻少将。此人与草鹿乃是故交，毕业于普林斯顿大学，脾气与胆量同样大过常人。草鹿派源田去传达这则坏消息，却发现源田不情不愿，于是便将山口召到“赤城”号来。
起初，脾气暴躁的山口似乎对决定并无异议，只是选择借酒浇愁。谁料五六杯酒下肚，山口突然暴吼起来，大步冲入南云中将的私人办公舱室，草鹿根本阻拦不及。在日本海军中，这个级别的将领做出此种举动，倒也不算罕见之事。南云安抚称，“苍龙”“飞龙”两舰确实不能出战，不过舰上那些训练有素的乘员，可以调到“翔鹤”和“瑞鹤”上面去。然而，当山口发现自己并不算在那些乘员之内，还是未能上阵时，大喝道：“‘飞龙’‘苍龙’必须参加战斗！”接着便朝瘦小的南云猛扑过去。山口身材魁梧，一把便把对方脑袋夹住。
草鹿从门外赶来，扯住山口的胳膊，问道：“怎么回事？”
南云面孔涨得通红，依然沉声道：“别担心，我南云也是柔道好手，区区醉汉，我还不放在眼里。”说着便要奋力挣脱，谁知山口双臂用力，勒得南云脸部越发紫红。最后，草鹿上前锁住山口脑袋，强行将他拖至隔壁房间，说道：“你自个儿在这儿闹去吧。”
独处一室后，山口怒气渐消，浑圆的脸孔上浮现出笑容，甚至在房内蹦跳起来，嘴里哼着流行歌曲《东京音头》。
扭打本身并没有产生什么结果。不过，数日之后，东京方面接到山本亲自打来的电话，随后便允许“苍龙”“飞龙”两舰一并出击。
数星期后，草鹿把各航母舰长及首席飞行长召至“赤城”号，告诉他们目标乃是珍珠港，并下令将练习靶由移动改为固定。富高航空基地里，飞行员不再轰炸拖动的木筏，而是将一块直径15英尺的巨岩漆成白色，作为目标。在鹿儿岛湾海滩上，阿部平次郎大尉用石灰画出一艘战列舰的轮廓，命令麾下10架高空轰炸机朝其投掷练习弹。队伍中只有阿部本人知道，那是“加利福尼亚”号的轮廓。
经过数星期的刻苦训练，轰炸效率取得长足提升，命中率高达80%。优异的成绩自然伴随着代价：当地母鸡被飞机持续的轰鸣声惊扰，无法下蛋。
9月24日晚，喜多总领事从檀香山麦凯电报局收到一封加密电报。电报来自小川大佐，其内容是对吉川的指示，要求以后对珍珠港的情报调查集中针对如下五个区域：
……A区：福特岛与军工厂之间的水域。
B区：福特岛以南、以西之临近水域。
C区：东部狭湾。
D区：中部狭湾。
E区：西部狭湾及诸水路。
喜多把电报转交给吉川，吉川在上述地区转过几次，四日后便将泊港舰只列出清单，通过电报发回。清单内有战列舰一艘，重型巡洋舰、轻型巡洋舰、驱逐舰、潜艇若干，只是没有航母。
海军另一名间谍在墨西哥城活动，其时面临着暴露身份的危险。此人名叫和智恒藏，军衔中佐，表面身份是一年前赴任的驻墨西哥公使馆海军武官辅佐官，真实身份则是日本规模最大的海外间谍网——“L机关”头目，其主要任务是拦截大西洋上美军舰队的电讯。和智破译美军密码没有花费太多时间，美军舰只在大西洋的一切调动情况，东京方面都了如指掌。
和智通过某位墨西哥将军采购水银，充当副业。至此时，采购量已达约2000瓶，每瓶重量为90磅。由于水银也在禁运清单上，和智只得把瓶装水银装入大桶，上半部盖满废铜作为掩护。事故发生在9月下旬：在往一艘日本船只上搬运大桶时，一只瓶子不慎破裂，水银泄漏出来。按常理来说，遇到此类事件，一名情报人员的间谍生涯就得告终。不过，和智为应对紧急情况，始终随身携带着一大捆1000美元面额的钞票，由此成功帮助自己渡过难关。墨西哥一位势力颇大的银行家是和智的联络人，答应帮他摆平此事，并拿出一份需要买通的官员名单——仅是墨西哥总统的姓名旁边，就写着10万美元。
和智并不吝于贿赂，因为那时正是间谍活动的紧要关头。在和智长期收买的情报人员名单上，有一个代号“萨顿”的人物。此人是一名遭到革职的美军少校，对军队心怀怨愤，以每月2000美元的价码提供情报。和智曾把“萨顿”提供的巴拿马运河上海军航运的详细数据与自己截获的情报两相印证，发现此人是一个精准的信息源，于是打算一俟战争爆发，便把“萨顿”送往华盛顿：一方面，此人在华盛顿还有许多身居高位的朋友；另一方面，此人出入陆海军俱乐部也更为方便。
10月22日，亦即天皇命令东条组阁的五天之后，辻亲自出马执行一项间谍任务。朝枝大尉发来一份有关马来亚海滩与潮汐的情报，辻却打算亲眼看看，便说服侦察机中队长池田大尉驾机带他飞往马来半岛。拂晓时分，两人搭乘一架未涂标志、全无武装、续航时间为五小时的双引擎飞机，从攻击部队的新总部所在地西贡起飞。由于存在迫降英属领地的风险，辻提前换上陆军航空队军装。
飞机飞过暹罗湾，两小时后，马来亚东部海岸线便在两人眼前清晰地延展开来。左侧是英属马来亚最北端城镇哥打巴鲁，右侧是两个泰国沿海城镇——北大年与星若拉
。星若拉机场简陋得可怜，池田驾机径直从上空飞过，辻看到主要道路两侧都建有橡胶种植园，心想：拿下机场，只需一个精锐大队即可，然后把它作为我军的作战基地。兴奋之余，辻举起相机，拍下一张照片。
飞机继续飞往马来亚西海岸。由于下雨导致能见度降低，辻指示池田把飞机降至6500英尺的高度。突然，透过蒙蒙雨雾，他们看见一个大型空军基地的轮廓。辻大叫道：这是英军基地亚罗士打。池田急忙拉起机头，转向南下，他们发现两个同样惊人的英军机场，接着掉头向北，又发现两处机场，规模与亚罗士打不相上下。辻深感震撼：敌军空袭若来自如此现代化的设施，小小的星若拉基地根本不堪一击。看来，首批部队登陆后，必须“不惜一切代价”，在数小时内打下亚罗士打与哥打巴鲁。
在燃料余量只够再支持10分钟航程时，飞机降落于西贡。“收获颇丰，不枉此行。”辻对池田说道，“现在我确信，胜利将属于我军。”
航空队军服还未脱下，辻便向司令官及参谋人员汇报发现的情况，并据此拟定出新的作战计划：第五师团（于星若拉、北大年）与第十八师团（于哥打巴鲁）同时登陆。霹雳河上那座桥梁极具战略意义，第五师团将负责拿下它，并进一步攻占亚罗士打英空军基地。第十八师团则先占领哥打巴鲁及其机场，而后沿东海岸向南推进。
辻很清楚，新计划截然不同于东京方面的既定方案，看重面子的陆军参谋本部绝不会轻易接受。于是，辻亲自飞往东京，准备面呈计划。纵使辻再怎么舌灿莲花，此事仍是难于登天，好在老友服部卓四郎大佐新近得到提拔，出任参谋本部作战课长，愿为辻提供一臂之力。服部听辻描述飞行侦察的经过，受其勇气触动，同时也确信该计划能够奏效，于是克服重重阻力，最终说服参谋总长杉山采纳辻的提议。
此时，定期往返的外交信使刚刚抵达夏威夷，带来一包100美元面额的钞票与情报部门的指示，要求喜多把款交给德国间谍奥托·库恩。此人是希姆莱旧识，却无法讨后者欢心，脱离纳粹党后来到夏威夷，经营家具生意，但赔得血本无归，此时靠着做间谍和妻子经营美容院的收入过活。库恩总是在日本情报人员面前夸耀自己人脉通天，却始终未能拿出什么实际成果。
喜多总领事在一张纸上写下“卡拉马”（Kalama）字样，将纸一撕两半，一半寄给库恩，接着叫来吉川，拿出另一半纸，要求吉川将它送给“一个美籍德国人，待我们完全撤离夏威夷，此人会继续侦察工作”。
吉川从未与德国人打过交道，也不想做跑腿工作，因此表现得很不情愿。喜多却态度坚决，走到保险箱前，拿出那个以报纸捆装的包裹，里面装有14000美元与一封信件。“把你那半张纸给对方看，如果他有另一半，就把钱给他。”此外，吉川还需要带回库恩读过信件之后的答复。
10月28日黄昏前，吉川身着绿色短裤、夏威夷衬衫，大踏步走出领事馆前门，坐上一辆出租车。车子爬上钻石头山，沿东海岸行驶数分钟，吉川指示司机在距离库恩家约半英里处停下，付好车费，待出租车离开后，便信步向前走去，最终找到目的地。那房子独门独院，很是宽敞。吉川敲了敲厨房偏门，见无人应声，便推门走进去，喊道：“打扰啦……有人吗？”十分钟后，不知从哪儿闪出一个人影，是一个四十出头的男子。
“奥托·库恩？”
男子点点头。不过，吉川仍然担心对方是FBI特工假扮，便假装不经意地让那半张纸滑落到桌子边缘。男子面色苍白，颤抖着也抽出半张纸。吉川默默地把两片纸拼在一起，“卡拉马”字样完整无缺。库恩同样不发一语，带着吉川走出后门，来到一处夏威夷风格的露天凉亭。吉川把包裹交给库恩，并告诉他里面有一封信。库恩仔细摸索一番，终于找到那封无署名信件，内容是指示库恩测试使用一台短波发射机：频率11980，呼号EXEX，分别于太平洋标准时间11月3日1时整和11月5日5时30分与JHP电台取得联系。
待吉川要求答复时，库恩才第一次开口，声音颤抖而尖细，几不可闻：“我会在两到三天内，给总领事答复。”接着便拿出一张纸，在上面写道，自己无法进行这种测试，最后将纸放入信封封好，交给吉川。
沉沉暮色之中，吉川回到马路边，生怕不知从哪儿会跳出一名FBI探员把自己扑倒在地。直到他搭上出租车，车辆朝领事馆开去，心头大石才算落地。
在邮轮“大洋丸”号上，另外两名情报人员也正前往瓦胡岛。其中一人是潜艇专家前岛寿英中佐，乔装为随船医师；另一人是助理事务长，名叫铃木孝雄。只有“大洋丸”号的船长与事务长才知道，此人真名叫作铃木英
，乃是一名航空专家，也是海军中最为年轻的少佐。铃木之父是一名陆军大将，伯父则是著名海军大将铃木贯太郎，也就是在“二二六”事件中死里逃生的那个侍从长。铃木的任务是确定以下几点：目标之准确位置、应当使用何种炸弹、紧急状态可在何处迫降，以及最重要的——美军是否仍然在毛伊岛的拉海纳港设有海军基地。假如确有基地，那么前往珍珠港的部队便要抽出大量飞机，以作应对。此外，铃木还需要在前往檀香山的途中，注意观察洋流和气候等情况。“大洋丸”号此次航行所选择的正是南云机动部队计划采取的那条航线。
尽管海面上波涛汹涌，但是船上的美国乘客并未感到身体不适，只是有些内心不安。鉴于国际局势日益紧张，卡尔·西普勒夫妇带着两个孩子离开了日本。然而，航程渐远，船舶却并不报告当前所在位置，西普勒一家难免心里打鼓。从风力强弱、气候冷暖，以及太阳在海平面上的高度来推断，他们感觉此次航线比往常偏北，且偏离甚远，四下也看不到其他任何船只的踪迹。难道“大洋丸”号准备驶往其他港口？西普勒设法给身处檀香山的朋友发电报，却发不出去。“大洋丸”号处于无线电静默状态。
11月1日黎明前，邮轮终于来到瓦胡岛附近。西普勒登上甲板，打算看一眼钻石头山，首先映入眼帘的却是跟随在邮轮尾部的一艘小型白色汽艇。战斗机盘旋在上空，又陡然俯冲下来，高度很低，以至于邮轮乘客与飞行员可以互相挥手致意。
铃木站在舰桥上，用双筒望远镜仔细观察珍珠港的出入口，发现其宽度仅容一艘大型舰船通过。6时刚过，满载海军陆战队官兵的汽艇驶来。官兵登上邮轮，各自在舰桥与机舱附近立正站岗。铃木猜测，美军的目的，必是防止有人凿沉邮轮，堵塞珍珠港出入口。
铃木接近这批港务局官兵——其中包括几名海军军官，他们上船来负责把邮轮开到檀香山——假装若无其事地问起海水深浅、布雷情况，美军官兵并不隐瞒。在船上的酒吧喝酒时，铃木又打听到，出入口布有一道钢网，能够自动开合；附近一艘英军舰船桅杆上，有一精巧装置不断旋转，那叫作雷达。
不过，他没有机会执行其他任务。喜多派遣一名职员带来警告称，“大洋丸”号停泊在港期间，两名情报人员最好还是待在船上。铃木无奈，只得绞尽脑汁列出97道问题，请喜多逐一答复。他被告知，邮轮返航之前，会送回答复。
负责答复的是吉川。“一星期中，哪一日港内停泊舰只最多？”这很简单：星期日。“是否有大型水上飞机执行巡逻任务？”这同样不难：有“卡特琳娜”水上侦察机，每天早晚都出海。“出港舰只驶往何处？目的为何？”吉川不清楚，但从航速与出港时刻推断，舰只想必是在约500海里外进行演习。“珍珠港出入口是否有反潜网？若有，请具体描述。”吉川听说过反潜网，但不确定是否真的存在，便决定亲自走一趟。他换上平常那身运动装——绿裤子、夏威夷衬衫，拿起一根竹钓竿，走上公路，途经希卡姆机场，穿过一片空地，朝珍珠港出入口而去。此时，吉川心中的想法是：一旦被抓住，就假装自己是菲律宾人。他走进海军建筑附近的小树林，险些被正在晾晒衣服的美军水兵发现，急忙躲进灌木丛中，一直待到日落才敢出来。躲藏之时，曾有一个念头从吉川脑海中闪过：假如被美军发现，那就自杀。但很快，他又转变想法：有人抓我，我就大喊“投降”。
天色变暗，吉川匍匐至港口出入口，听到有人在讲话，连忙停止动作，静待四周再无半点声响，才轻轻潜入水中，缓缓蹬动双腿，游出50码进入航道。他的双脚在水下一番摸索，什么也没有触碰到，于是，吉川一头扎进水中去寻找反潜网，不料由于过度紧张，只下潜几码深便憋不住气。如此反复下潜五次，终究没有任何发现，吉川只好游回岸边。在吉川的间谍生涯中，这短短几分钟是最为惊心动魄的时刻。然而在报告书上，他却没有什么新发现可写。
在“大洋丸”号上，铃木花费数小时观察珍珠港出入口及毗邻的希卡姆机场，并拍摄照片。此后数日，领事馆雇员不时抱着报纸来到“大洋丸”号，从海军陆战队官兵身边走过，而铃木想要的答复就在报纸之中。
到邮轮起航那天，亦即11月5日，铃木不仅得到从周围山丘上拍摄的珍珠港照片、新近的航拍照片，甚至连希卡姆机场的钢筋混凝土机库房顶有多厚、战列舰装甲有多厚，都掌握得一清二楚。综合各项情报，铃木把总结出来的内容写在一张纸上，并仔细藏好。下午3时，邮轮即将离港，最后一名信使带着一个密封外交公文袋赶上船来，里面装有吉川的最新发现与最精确的地图。铃木的任务宣告完成。
在九州岛附近海面，南云的旗舰“赤城”号收到一个大型板条箱，水兵将它抬进草鹿的办公舱室，里面是一个七英尺见方的瓦胡岛模型。在接下来的数日里，计划制订者源田、领头执行者渊田把模型上的每一处地形特征记得滚瓜烂熟。
联合舰队基地设在樱岛，这是一座美丽的小岛，距离广岛南端约两小时航程。此时，联合舰队离开樱岛，转移至丰后水道，在此假扮停泊中的美军太平洋舰队。南云指挥数艘航母开至“美舰”外200海里处，出动俯冲轰炸机，战斗机群在旁护航，高空轰炸机和鱼雷轰炸机随后行动。飞机编队时没有装载对讲设备，人员要沟通时只能把信号写在黑板上，再从座航中把黑板举高。
最后的技术难题，也就是鱼雷问题，已由横须贺基地的鱼雷专家爱甲文雄大佐解决，办法是把飞行稳定器上的木制尾翼安装在鱼雷上。在鹿儿岛湾经过数十次测试后发现，百分之八十的鱼雷都能够用于珍珠港浅水海域。此时的紧要问题是赶在出击之前制造出足够的尾翼。
11月3日，山本率麾下主要参谋人员飞往东京，面见永野，海军最终统一内部意见，对“Z”作战计划自此不再存有异议。讨论结束时，永野长叹道：“珍珠港一事，我也不能保证自己一定正确，毕竟是上年纪啦。我相信你们的判断。”
两日后，山本发布“机密联合舰队命令作第一号”。这是一份长达151页的厚重文件，对敌对行动第一阶段海军之战略目标作出概述：不仅包括奇袭珍珠港，而且几乎是在同时对马来亚、菲律宾群岛、关岛、威克岛、香港，以及南太平洋发动袭击。
山本把全体飞行队长召集至旗舰上，公布目标乃是珍珠港。
“此战，”山本说道，“绝不可掉以轻心。美国绝非寻常敌手，其实力永远都会超过你的预期。”
11月6日，日本陆军组建“南方军”，由陆军大将寺内寿一伯爵担任总司令官，负责尽快攻占美、英、荷三国在“南方地区”的全部属地。在开战初期对马来亚、菲律宾同时发起进攻之后，山下奉文中将将会率第二十五军
拿下马来亚与新加坡。本间雅晴中将则率第十四军征服菲律宾，此人是一位业余剧作家，同时也是陆军之中亲英美少数派的代表人物。南方军总参谋长一职，由屡次代表陆军出席联络会议并参与激烈讨论的冢田中将出任。冢田离开东京时，参谋本部许多军官都有一种不祥的预感：此人一走，那些狂热的少壮派该由谁去压制呢？
山本发布“机密联合舰队命令作第二号”，此时距离“第一号”发布还不足24小时。该命令将敌对行动时间初步定在12月8日。选择8日有两个原因：其一，当夜乃是满月，有利于舰载机起飞；其二，日本时间8日正好是夏威夷时间的星期天（7日）。吉川的报告指出，美军太平洋舰队通常于星期五返回珍珠港，下周一再度起航。
11月10日，南云中将发布自己的第一号命令，正式执行山本的计划。其中有这样一项解释：只要日美外交谈判成功，哪怕是在最后一刻，也要取消珍珠港奇袭，机动部队将退回北纬42度、东经170度的集合点，等待进一步指示。
6艘航母将一切非必要设备统统拆除，同时禁止官兵携带私人行李，省出空间装载油罐和油桶。全部舰只保密措施提升至最高级。通常情况下，一支舰队离开本土时，舰上装载的都是热带服装，以及适合南方气候的特殊食品。而此次，水兵需要的却是防寒服、防冻油、特制防水遮炮布等各式御寒装备。草鹿希望，准备这些反常物资时不会引起怀疑。
11月16日，珍珠港攻击航母机动部队在濑户内海海口集结。舰队实力十分强大：航母6艘；配备有14英寸口径炮的高速战列舰2艘——“比睿”号、“雾岛”号；重型巡洋舰2艘——“利根”号、“筑摩”号；轻型巡洋舰1艘、驱逐舰8艘、给油舰3艘、补给舰1艘。其中2艘航母“赤城”（意为“红色城堡”）号、“加贺”（意为“增加之喜悦”
）号分别由巡洋舰与战列舰改装而成，排水量30000余吨；“飞龙”（意为“飞天之龙”）号、“苍龙”（意为“绿色之龙”）号二舰排水量仅18000吨，但设计更为现代化；“翔鹤”（意为“翱翔之鹤”）号、“瑞鹤”（意为“吉祥之鹤”）号乃是最新式航母，体形也最为巨大，长826英尺，与美军第一航母“企业”号几乎同样大小。6艘航母上，总共载有360架飞机：战斗机81架、俯冲轰炸机135架、高空（水平）轰炸机104架、鱼雷轰炸机40架。鱼雷轰炸机中，只装有30枚新式尾翼鱼雷。按照计划，原本还应再准备100枚，但由于一星期内无法准备完毕，也就只能放弃。
次日傍晚，山本来到“赤城”号，预祝南云及主要人员一路顺风。渊田注意到，山本在警告说美国乃是有史以来头号强敌时，面色十分阴郁，而后来在军官餐厅的送行宴上，又表现得成竹在胸，说道：“我料此次行动必获全胜。”说罢，便遥向天皇祝酒。
甫一入夜，“赤城”号便在两艘巡洋舰的左右护卫下，缓缓驶出佐伯湾。舰上灯火全部熄灭，晶体也暂时从通信设备中取出，以确保无线电静默；留在濑户内海的舰只则准备好发出大量无线电通信，以迷惑敌军监听人员。
在“长门”号的后甲板上，山本背着双手，来回踱步，时不时停下来，凝望着“赤城”号远去的黑影。尽管对“Z”作战计划信心十足，山本依然害怕与美国开战。不久前，山本在一封写给海军兵学校同学的信中提道：“愚弟眼下之立场，说来也诚为怪异。心中决意，竟与个人意见南辕北辙，无可奈何，又只得一往无前。此亦造化弄人哉？自年度伊始以来，低级失误频出……”
机动部队其余舰只，按照不规则的间隔时间逐一起航，按各自的航线，驶往东京以北约1000海里处的集结点。倘若全体舰只一齐朝瓦胡岛驶去，那很难避人耳目。集结点设在千岛群岛中的择捉岛，此处湾阔水深，夏季巨浪滔天，冬季却异常平静。岛上只有一个村落，村里建有三幢住宅、一个混凝土小码头、一个邮局、一个无线电台，实属理想中的秘密集结点。为安全起见，海军提前派出海防舰“国后”号，将岛上所有外发的书信及电报扣押下来，巡逻艇则在单冠湾围堵渔民。
“加贺”号是最后出发的航母，此时还在濑户内海装载最后一批改装鱼雷。一俟起航，舰长便把全体乘员召至甲板，宣布此次航行将以单冠湾为中转站，最终目标是珍珠港。此时的珍珠港内，吉川正注视着一艘大型战列舰、八艘驱逐舰入港，而港内已停泊有五艘巡洋舰，以及一艘“企业”号级别的航母。
“大洋丸”号在横滨靠岸。铃木手头那份至关重要的情报依然密封在外交公文袋里，此时必须先把它交给一名外务省代表。铃木搭乘火车来到东京后，永野大将命他带上从夏威夷取得的最新情报，立即启程赶往单冠湾。谁知那公文袋竟在运送过程中遗失，外务省官员对此一无所知，也无法找到。无奈之下，铃木只好带上那张总结情报要点的纸，以及一份凭借记忆绘出的珍珠港草图，乘上战列舰“比睿”号，一路北上。
尽管任务紧急，铃木还是花费了四天时间才赶上机动部队，并得知，遗失的公文袋在东京失而复得，已有一架飞机带着袋子于两日前出发，只是此时尚未抵达。铃木只好按照自己那份仅一页的笔记，向源田、草鹿汇报情况，叙述希卡姆机场和惠勒机场详情，并称瓦胡岛上共有350架陆军飞机 [2] 。日本领事馆人员从未见到过舰只出现在拉海纳港，而他自己在回国途中与几名第二代日裔饮酒时，也再次确认此事属实。
在“赤城”号上，各舰长、副舰长也了解到具体的航线。一名舰长问道，假如在符拉迪沃斯托克遇到苏联商船，该作出何种反应。长官给出的答复是“击沉。凡是悬挂旗帜的，一概击沉”。
11月25日傍晚，各航母舰载机飞行员500余人挤在“赤城”号机组人员宿舍，此处的床铺与桌子已被清掉。南云对袭击行动加以概述，这500多人当中，许多人是第一次听说“珍珠港”一词。南云的演说带动起热烈的气氛，当他讲完最后一句“祝作战顺利”时，室内响起一片震耳欲聋的欢呼声。
欢呼过后，源田与渊田指着珍珠港模型，就袭击细节作出解说。每名飞行员都拿到两组照片，一组是美军军舰，另一组是瓦胡岛附近能够用以迫降的岛屿。假如发生迫降，潜艇会在标记位置提供接应。
夜色如墨，风大浪高，许多飞行员无法返回自己的舰只。当夜，亦即机动部队驶离集结点前夜，“赤城”号举办了一场盛大酒会，然而司令长官却没有心情参加。南云作战悍勇，却也时常不由自主地担忧。一星期来，南云不断对草鹿重复：“到底能不能顺利，心里真是没底。”草鹿每次都答道：“别担心。”
午夜过后许久，辗转反侧的南云翻身下床，命令副官去把铃木少佐叫醒。铃木来时，身着日式睡衣的南云向他道歉：大半夜扰人清梦，实在不好意思，只是有一事如鲠在喉，“你是不是绝对肯定，没有人在拉海纳见到过太平洋舰队？”
“是，长官。”
“是否存在太平洋舰队在拉海纳集结的可能性？”
“绝无此种可能。”
南云似乎松了口气，点头表示感谢。铃木退出舱室，心中感到一阵激动：司令长官的恐惧，能够因自己的一席话而平复。
11月26日清晨，天朗气清，气压高得反常。海面风平浪静，似乎是一种好兆头；然而，舰队起锚时，“赤城”号的一个大型螺旋桨被铁丝缠住，一名水兵掉进单冠湾冰冷的海水之中。
半个小时后，舰队终于出发，但那名坠海水兵却始终没能找到。每艘舰船都洋溢着兴奋感与使命感，在晨雾之中列队驶过朦胧的择捉岛。重型巡洋舰与战列舰朝岛上的山腰实弹试射，积雪被炮弹激起，宛如盛放的白花，连同轰鸣的炮声，使得舰上官兵激动难当。
在华盛顿，赫尔正在打印那份拒绝妥协的照会，准备交给来栖与野村大使。
[1] 细细推测山本奇袭珍珠港之灵感来源，颇耐人寻味。1921年，伦敦《每日电讯报》的海军记者赫克托·C.拜沃特在美国出版了一部名为《太平洋海上霸权》的作品。四年后，该作品的部分内容被扩写为一部小说，名叫《太平洋大战》。书中描写日军对美军停泊在珍珠港的舰队展开偷袭，同时袭击关岛、菲律宾群岛，甚至还有在吕宋岛的林加延湾和拉蒙湾登陆的情节。日本海军军令部此前便将《太平洋海上霸权》译为日文，分发给海军高级将领，见小说《太平洋大战》出版，也将它列入海军大学校课程。
《太平洋大战》出版时，山本正在华盛顿任海军驻外武官。1925年9月，《纽约时报书评》以《假如太平洋爆发战争》为题，在首版对该书作出介绍。很难想象素来醉心海军事务的山本会没有注意到这部小说。
[2] 铃木给出的信息绝大多数都相当准确，唯有该数字与事实有所出入：夏威夷诸岛上（陆军）飞机共有231架。
机动部队出发后数小时，装有重要情报的那架飞机抵达。铃木没有随舰出发，而是留在单冠湾，便命令飞行员追赶上去，把公文袋空投给“赤城”号。然而，飞机遭遇当地暴风雪，只得选择中途折返。