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禅宗最初起源于印度，以释迦牟尼在灵山会上拈花传授于迦叶，为禅宗的初始。从此自迦叶尊者开始代代相传，以心印心，师资相承没有间断，传至二十八祖菩提达摩时，来华将禅宗法脉传入我国并发扬光大。
禅的产生与古印度瑜伽术的渊源很深厚。首先，禅的由来在《慧苑音义》上说是：“禅那，此称静虑，说静心思虑也。旧翻为思维修者，略也。”这句话的意思是说禅原是禅那的简称，而它起源于古印度瑜伽，后来被佛教理论吸收并得以发展，成为了修证觉性的方法。
我国佛教的禅定理论与实践来源于印度，而在印度，禅定被视为古老瑜伽修持术的一个组成部分。
瑜伽在印度是各宗教徒共同采用的修行方法，是与正理等相应的状态。
在奥义书时代，瑜伽的方法为依调息等观行法而看到“梵我一如”的境界，与梵结合，此即称为瑜伽。我国禅宗虽然是中国化的一个佛教宗派，但在其源流上，是离不开印度文化的。禅宗以“禅定”名，便可以证明与印度传统的瑜伽修持有着不可分割的联系。
帕坦伽利在其所著《瑜伽经》中，把执持、禅和人定描述为瑜伽冥想术的三个阶段。在执持阶段，冥想者的心总是倾向于从冥想注意的对象事物上游离开去。在禅阶段，冥想者的心专注一点地保持在冥想对象事物上。这种心专一点状态的完美境界就叫入定。由此可见，禅与瑜伽是紧密结合的。
在汉朝时期，安士高、鸠摩罗什、佛陀跋陀罗等佛教翻译家已经开始将如何进行禅定修行的佛教经典引入我国。
安土高为佛教初期传入我国的最有声望的译者，其关于禅学的译籍有禅行法想经及禅定方便次第法经等，其所译禅籍多为小乘禅，包括《人本欲生经》、《安般守意经》、《阴持入经》、《道地经》、《阿毗昙五法四谛》、《十二因缘》、《八正道》、《禅行法想》等。
鸠摩罗什、佛陀跋陀罗所译的禅籍则以若禅秘要法经及坐禅三昧经等为主，多为大乘禅。是指对本体的领悟，或是指对自性的彻见，这是大乘禅观传入我国的开端。根据这些经典教授学习禅定方法的僧人，被称为禅师。他们被公认为为我国禅宗的先驱，但是真正的禅宗建立者是菩提达摩。所以，达摩被称为我国禅宗初祖，尊少林寺为我国禅宗祖庭。
关于达摩的故事，历史上有着很多流传，其中家喻户晓、为人乐道的有一苇渡江、面壁九年、只履西归等，这些迷离动人的故事，都表达了后人对达摩的敬仰和怀念之情。
从禅宗历史的发展过程来看，可分为禅宗在印度的传播和在我国的传播两个不同的时期，如果就禅宗在我国的发展过程而言，又可分为初期阶段的师徒一脉单传和后期的五家纷争两个发展过程。
中国禅宗的初期阶段是以达摩祖师为代表，以四卷《椤伽经》为法旨，以衣钵为信物而代代相传的。
公元67年，佛教正式由官方传入我国。佛教发源于印度，传到我国后与我国的传统文化互相影响、吸收，发展成为中国的民族宗教之一，成为我国封建文化的重要组成部分，对我国古代社会历史，对哲学、文学、艺术等其他文化形态，都产生了深远的多方面的影响。
东晋时期的道安法师是我国佛教史上的一位重要僧人。据《高僧传》等资料说，他俗姓卫，常山扶柳人，12岁出家，曾师事16国时的名僧佛图澄多年。道安法师在佛教领域里的贡献是多方面的。
魏晋南北朝时代佛教逐渐在民间流传开来，另外其它的一些印度佛教派别也来到我国。
到唐朝时代，我国发生了一件佛教的大事，就是现在我国妇孺皆知的《西游记》中的唐僧，即玄奘大师不远万里赴印度留学取经。历经多年，回国后，受到了唐太宗的隆重迎接。不久，唐太宗安排了数千人参加玄奘大师的佛经翻译事业，使印度后期佛教哲学和大、小乘佛教的经典，在我国得到了广泛传播。
五代宋初法眼宗禅师永明延寿有《万善同归集》三卷传世，他认为修行得道可以由不同的方式觉悟，因此不能执著于某一法门，而否定排斥其他法门。
南宋之后，禅净结合已成为禅宗内部的大趋势：曹洞宗长芦清了有《往生集》传世；称门宗契嵩“夜分诵观音名号，满十万声则就寝”；称门文偃的四世法孙仪怀作《劝修净土说》，其中更主张“净土兼修不碍禅”。
至于明朝中叶净土宗兴起时佛教的特色为禅净合一，与儒、释、道三教合一，使得当时的僧人唯以念佛坐禅为务，禅宗逐渐失去创新的生命力，这个时期为禅宗的衰落期，始于晚明至清朝结束为止。
明末临济宗密称圆悟法师，在浙江天童寺传授临济禅法。其弟子汉月法藏作《五宗原》介绍禅宗五家，以圆相为万佛之祖，临济为正宗，但受到圆悟法师反对，于是撰作《辟妄七书》、《辟妄三录》以反驳。法藏弟子潭吉弘忍撰作《五宗救》，为法藏申辨，并认为《辟妄》诸书为伪书，加以批判。
清初，法藏一派在南方得到一些人的支持。清世祖爱好参禅，曾召海会寺憨璞性聪、浙江玉林通琇、木陈道忞、茚溪行森、旅庵本月、山晓本晰等入宫内说法。
而清雍正皇帝，自许为禅宗血脉，编集《雍正御选语录》，并撰写《拣魔辨异录》，以上谕要求各地地方官对法藏、弘忍一系的僧人严加调查取缔。表面上是为了维护佛门正统，实则是对各地僧人进行清查与思想控制，至此禅宗大衰。
清末民初之际，有鉴于佛教的衰微，虚称大师起而中兴禅宗，成为近代禅宗中兴之祖。虚称和尚在近代传承临济，兼弘曹洞，又遥承了早已断流的法眼、沩仰、称门三宗，以一身兼嗣五宗法脉，承前启后，融会了五宗禅修法门，为禅宗的复兴打下了坚实的基础。
禅宗佛教传入我国后，禅学或修禅思想一直得以广泛流传，在东汉至南北朝时曾译出多种禅经，禅学成为相当重要的流派。
相传，菩提达摩到达中土后，长期隐居于少林寺。初祖达摩逝于528年，依照传统的说法，年龄约150岁。达摩临终前，将禅宗传予慧可，慧可成为我国禅宗的第二祖。
慧可从达摩约6年，达摩授以《楞伽经》。后隐居于舒州皖公山，传法于僧璨。僧璨受法后又隐于舒州司空山，萧然静坐，不出文记，秘不传法。
唯有道信侍璨9年，得其衣法。后至吉州传法，尝劝道俗依《文殊说般若经》一行三昧，可见其除依《椤伽经》外，还以《般若经》为依据。道信后住湖北黄梅双峰山30多年，主张“坐禅守一”，并传法于弘忍。他的另一弟子法融在金陵牛头山传牛头禅。
弘忍得法后即至双峰山东冯茂山另建道场，名东山寺，时称其禅学为“东山法门”。其“萧然静坐，不出文记，口说玄理，默授与人”的作风，开我国佛教特有的禅风，对后来禅宗发展影响甚大。著名弟子有神秀、慧能、惠安、智诜等。
弘忍以后，禅宗分为南北两派。北派系属旁出，没有继者也没有继续发展；南派则由慧能领导，继续正统的传递，后来虽然经历过长期的沉寂，并且几乎在它的诞生之地消失，却在日本仍然繁盛。
六祖慧能是一位伟大的宗教天才，而他的生涯标示了远东禅宗历史的一个里程碑。在他以前禅宗可以说是隐退的、静态的，现在却活跃的展示出它的特点，并开始将它的特点发扬光大，特别是在有思想的人士之间产生了巨大影响力。
六祖慧能之后，禅宗分为两支，代表者是他的两个杰出的弟子南岳怀让和青原行思。六祖是禅宗最后的一祖。他没有把衣钵传下去，因为他不希望再因衣钵之争而产生像他所遭逢的事情与派系的划分。
从南岳和青原的时期开始，禅宗进展迅速，并且在各阶层人士间产生了日愈增加的影响，特别是对受教育的人士音响更甚。唐朝，可以说是传给文明与文化达到顶峰的时期，而佛教也在这段时期彻底本土化。
另有神会居洛阳菏泽寺，创荷泽宗，被尊为七祖。门下有磁州智如、益州南印等。怀让住南岳衡山，创南岳系。青原住江西吉安，创青原系。
怀让弟子道一尊称马祖。其门下之怀海影响最大，称洪州禅。怀海弟子有黄檗希运，沩山灵佑。希运门人义玄在河北镇州创临济宗。灵佑与其弟子仰山慧寂创沩仰宗。行思门下石头希迁一系数传至洞山良价，再传至曹山本寂，师徒共创曹洞宗。
希迁另一弟子天皇道悟数传至义存，其门下师备之再传文益创法眼宗，住金陵清凉寺；师备同门文偃住韶州称门山，创称门宗。晚唐至五代，禅宗发展极盛。
两宋之后，儒、道、释三教合流，禅宗风格略变。大量“公案”、“诵古”文字著述问世。宋代，临济宗中又分出方会所创的杨岐宗和慧南所创的黄龙宗。元明之后，禅净合流形势大成，禅宗衰微。