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丛林，本来是指禅宗寺院，故也称为禅林。但后世教、律等各宗寺院也仿照禅林制度而称之为“丛林”，故从近代以来，丛林便被当作佛寺的代名词。
根据其规模大小、财产属性和住持的传承方式，分为十方丛林和子孙丛林两类。规模较大、财产属僧团共同所有、住持系公请诸方名宿大德担当的丛林，被称为十方丛林。
丛林，就是大寺院。简明地说，就是僧众聚合在一起的修道之处。自汉末佛教传入我国内地开始，直至隋朝，各地建起了许许多多寺院。据《法苑珠林》记载：“隋代二君四十七年，寺有三千九百八十五所。”
唐宋以来，创建寺院要向朝廷申请，得到许可方准兴建。寺院的名称也由朝廷颁发。《旧唐书·职官志》记载：“天下寺有定数，每寺立三纲，以行业高者充之。”又注称：“每寺上座一人，寺主一人，都维那一人。”
我国禅宗从曹溪慧能后，四传至于怀海，百余年间禅徒只以道相授受，多岩居穴处，或寄住律宗寺院。到了唐贞元、元和年间，禅宗日盛，宗匠常聚徒多人于一处，修禅办道。
江西奉新百丈山怀海以禅众聚处，尊卑不分，因为说法住持未合规制，于是折衷大小乘经律，创意别立禅居，此即丛林之始。丛林的意义，旧说是取喻于草木之不乱生乱长，表示其中有规矩法度称等。
丛林规模开始不大，至唐末五代之间，南方有所发展。如洪諲住浙江径山，道膺住江西称居山，僧众多至千数；义存住福州雪峰，冬夏禅徒更不减1500人。
至宋代时，丛林建置益臻完备，禅众也以集中居住为常，凡名德住持的丛林，都有千人以上。如宋太祖建隆二年，延寿自杭州灵隐移住同地永明寺，学侣多至2000人。
北方丛林，也始盛于宋代。宋仁宗皇祐元年，内侍李允宁施住宅创兴禅席，宋仁宗给予寺额为十方净因禅院。庐山圆通寺怀琏应命为住持，禅道大弘于汴京。
神宗元丰五年，又命京师大相国寺，创立慧林、智海二大禅院，后都成为京师有名的禅林。至徽宗崇宁二年，宗赜集《禅苑清规》时，丛林制度已灿然大备。
宋室南渡以后，禅宗名僧辈出，所居丛林，皆极一时之盛。如克勤所住江西称居山、宗杲所住浙江径山、正觉所住泗州普照寺及明州天童寺，清了所住真州长芦崇福寺等，其住众常至千人以上。
史弥远因而请定江南禅寺为五山十刹，俾拾级而登，于是丛林制度遂遍行于江南，迄后世不衰。
清规是我国禅宗寺院组织的规程和寺众日常行事的章则，也可说是中世以来禅林创行的僧制。
本来我国佛教从东晋道安首创僧尼规范三例以后，即随时有在戒律之外别立禁约之举，如支遁立众僧集仪度，慧远立法社节度，乃至梁武帝造光宅寺于金陵，命法称为寺主，创立僧制，用为后范，皆是其例。
现代禅宗所遵守的清规于禅宗丛林之后产生。因为我国禅宗自达摩东来后300年中，禅僧大部分住在律院或岩穴、树下，没有自己的寺院修行场所。
直至唐朝“马祖创丛林，百丈立清规”，才开始建立禅宗自己的寺院，百丈怀海参照大小乘经律，制定丛林规矩，撰《清规》2卷，广为流传，世称古规、古清规、百丈清规，这是禅宗清规的开始，从此以后天下丛林都根据这一类制度作为寺院生活的仪则。
《百丈清规》是指由禅宗六祖慧能三世的徒弟百丈怀海制定的丛林规范。
禅宗形成初期，禅林尚无制度、仪式，故该清规设有法堂、僧堂、方丈等制度，又规定众僧分别担任东序、寮元、堂主、化主等各种职务，为八、九世纪间中国禅宗关于禅门管理之必要规范。
《百丈清规》分上、下两卷，计有九章。卷上有祝厘章第一、报恩章第二、报本章第三、尊祖章第四、住持章第五。卷下有两序章第六、大众章第七、节腊章第八、法器章第九。
《百丈清规》的最可贵处在于寺院经济方面的规定：僧众应饮食随宜，务于勤俭，全体僧人均须参加劳动，“上下均力”，“一日不作，一日不食”。
可以说，《百丈清规》是中国禅宗的一面旗帜，也是中国禅历久不衰的一个保障。
《百丈清规》流行至北宋，历时既久，沿革自多，未免混乱，故崇宁以后，历有增订。现可考见的，在崇宁二年有真定宗赜搜集诸方行法，重编的《禅苑清规》10卷，也称《崇宁清规》，百丈之作乃被称为“古规”。
后至南宋咸淳十年，又有金华唯勉悉假诸本，参异存同，编成《丛林校定清规总要》2卷，又称《咸淳清规》。
再后至元代至大四年，东林戈咸又参考诸方规则，改定门类编次，并详叙职事位次高下等，成《禅林备用清规》10卷，又称《至大清规》。这些虽是比较通行的版本，但不能使诸方统一而毫无增损。
因此，元顺帝元统三年，更由朝廷命江西百丈山住持德辉重辑定本，并由金陵大龙翔集庆寺住持大泝等校正。德辉乃取《崇宁》、《咸淳》、《至大》三本荟萃参同，重新诠次，又删繁补缺，折衷得失。此本即名《敕修百丈清规》，颁行全国，共同遵守。
近现代丛林，基本设置有五部分，即所说的“五大堂口”，其中包括：
禅堂：禅堂是丛林的核心，专指坐禅的道场。
客堂：客堂为寺院日常工作的管理中心，负责对外联络以及宾客、居士、称游僧的接待，本寺院各堂口的协调，僧众的考勤和纪律，各殿堂的管理，以及寺院的消防、治安等。
库房：库房总管僧众生活和佛事的必需品，如粮食、物品、法器、香烛等，还管理山林、田庄，以及殿堂、房舍的修缮等。
大寮：大寮为寺院的生活区，负责供应僧众的斋饭，主要由斋堂和僧厨组成。
衣钵寮：衣钵寮是方丈和尚的事务机构，直接为方丈办事。
戒腊，就是受过具足戒的僧人，经过从阴历四月十五至七月十五的结夏安居后，受戒的年龄就算增长一岁，被佛教称为“一腊”。
通俗地讲，戒腊即是加入僧籍的年数，相当于在家人的工龄。戒腊最长的僧人称为“上座”，在丛林中备受尊敬，其发言常常较有权威性。
丛林制度，最初只有方丈、法堂、僧堂和寮舍。以住持为一众之主，非高其位则其道不严，故尊为长老，居于方丈。不立佛殿，唯建法堂。
所集禅众无论多少，尽入僧堂，依受戒先后腊次安排。行普请法，无论上下，均令参加生产劳动以自给。又置十务，说之寮舍；每舍任用首领一人，管理多人事务，令各司其局。
在这以前寺院的首脑为三纲：即上座、寺主、维那，都是领导大众维持纲纪的职僧。上座以年德俱高，都由朝廷任命。如姚秦、元魏，常有命令补上座。
唐道宣也曾被命为西明寺上座，其位居寺主、维那之上。寺主知一寺之事。如后周陟岵寺、隋大兴善寺等皆有寺主。维那意为次第，说知僧事之次第，或称为悦众；但后世常以悦众为维那之副，其职有数人，以大、二、三、四等之别。
至于丛林古规的职事，则有首座、殿主、藏主、庄主、典座、维那、监院、侍者等名目。如黄檗希运在池州南泉寺为首座、遵布衲为湖南药山殿主、雪窦重显为南岳福严寺藏主、南泉普愿于庄上为庄主、沩山灵祐在江西百丈山为典座、克宾于河北魏府兴化寺为维那、玄则在法眼会下为监院、兴化存奖为临济义玄侍者等。
后世丛林组织日渐庞大，各寺家风不同，为住持者多因时制宜、自立职事，名目层出不穷。宋宗赜《禅苑清规》的序文说：“庄严佛社，建立法幢，佛事门中，阙一不可。岂立法之贵繁，盖随机而设教。”
《禅苑清规》所载的丛林职事名目有23种。宗赜还撰了一篇《龟镜文》，概括地说明了设立各种职事的必要性。
文中称：“丛林之设要之本为众僧，是以开示众僧故有长老，表仪众僧故有首座，荷负众僧故有监院，调和众僧故有维那，供养众僧故有典座，为众僧作务故有直岁，为众僧出纳故有库头，为众僧主典翰墨故有书状，为众僧守护圣教故有藏主，为众僧迎待故有知客，为众僧召请故有侍者，为众僧看守衣钵故有寮主，为众僧供侍汤药故有堂主，为众僧洗濯故有浴主，为众僧御寒故有炭头，为众僧乞丐故有街坊化主，为众僧执劳故有园头、磨头、庄主，为众僧涤除故有净头，为众僧给侍故有净人。”
以上制度，自宋以来通行甚久，少有更改。至于今日可行的，则根据元代《敕修百丈清规》更有增益，且分成东西两序。
东序序职有都监、监院等21员，列职有化主、库头等26员；西序序职有首座、西堂等12员；列职有殿主、寮元等21员。细分职别可达80种，可说繁杂。
丛林职事人员之多寡，各依其规模建制大小而定。方丈为禅林正寝、住持所居之处，故称寺主为方丈，他为全寺诸堂之头，故又称堂头和尚。
西序的重要职员，则为首座、西堂、后堂、堂主、书记、知藏、藏主、知客、寮元等。
东序为监院、副寺、维那、悦众、侍者、庄主等，是一般丛林所常设的。此外，列职各专一务者，还有饭头、菜头、火头、水头、碗头、钟头、鼓头、门头、园头、浴头、圊头、塔头、树头、柴头、磨头、茶头、炭头、炉头、锅头、桶头、灯头、巡山、夜巡、香灯、司水、照客、听用等。
以上各种职事名称，以等级分，可统称为知事人员、主事人员和头事人员。
规模较小的丛林，即以主事兼知事。规模较大的丛林，则有很完备的组织。方丈之下有库房、客堂、维那寮、衣钵寮四堂口，是为丛林的基本组织，重要寺务由住持会同首座等班首与四堂口首领共议进行。
此外，有首座寮以处上座名宿，有侍者寮以处初学新参，有行者寮以处杂务行者和童行，有众寮以临时接待过往禅衲。又有蒙堂以处知事职僧以上退职人员，有单寮以处副寺以下退职人员，有延寿堂以处老病僧人，有庄田以供禅众从事生产。各堂又各立规约以资遵守。
佛教丛林僧人众多，机构庞大，由此寺院的日常事务也必然繁杂，这些众多的事务基本都是由执事来办理。这些执事，有列职与序职之分。列职相当于职务，侧重按办事能力和工作需要列其职别。序职相似于职称，侧重按出家资历和修持功夫定其位次。
列职和序职又可分为东序和西序，其原来的意图可能是：东为主位，西为宾位，故将直接为住持工作的丛林执事待以主礼，列在东序；将辅助住持工作的执事待以宾礼，列在西序。
序职分为：
西序——座元、首座、西堂、后堂、堂主、书记、藏主、僧值、知藏、知客、参头、司水；
东序——维那、悦众、祖侍、烧香、记录、衣钵、汤药、侍者、清众、知客、行者、香灯；
列职分为：
东序——都监、监院、副寺、库司、监收、庄主、磨头、寮头、殿主、钟头、鼓头、夜巡；
西序——典座、贴案、饭头、菜头、水头、火头、茶头、行堂、门头、园头、圊头、照客。
僧人序职的高低与其戒腊的长短一般是互为关联的。同时，序职的授予是在佛教修持的实践中获得的。修持成就越大，序职越高。
一般说来，只有住在称水堂的僧人没有序职。他们在别的寺院可能有序职，但是，到了一座新的寺院，原有的序职却不予承认。另一方面，在本寺的序职相对是永久性的。比如，一位烧香出外参学20年后回到本寺院，仍给他保留着烧香的序职。
列职一般比序职后获得。在受了戒的僧人中，起初大多充任寺院的下役工作。由于其工作实在是一种苦行的原因，故被称为“行单”。
这些人包括在称水堂、厨房、磨房、菜园做苦力的僧众。行单至少在禅堂修满一期后方可任职。列职的变动很大，有时任期只有半年，并可随缺随补。当任期结束以后，每位执事都得辞职，但他辞去的是列职而非序职。序职仍旧保存，或者随着新列职的授予，序职也相应升迁。
丛林的每位僧人，都有各自的序职和列职。序职为四大班首的，其列职可能是都监、监院或副寺；序职为书记的，其列职多半为四堂口的负责人；序职为烧香的，列职一般为库头、监收等。
僧人的退职，也就是指俗世的辞职。每年的正月初八，丛林的八大执事都一齐到方丈那里向大和尚顶礼，说明本期任职已满，请求更换，特来退职。
大和尚回答：“退职不过是老祖遗规，师父们办事历练老成，依旧发心吧！请回。”
然后，执事们又分别对管他们的维那、知客、监院、典座、衣钵顶礼，说明本期任职已满，请求更换，特来退职。首领们大致都说：“退职不过是常住遗规，恐师父们嫌辛苦，暂且公务数天，慢慢计议，有人再换。现在还是继续发心吧。”
寺院的圆职，类似于俗世的表彰大会。每年的正月十二，方丈和尚举行茶会，请丛林的八大执事及序职在书记以上的执事参加。对他们在本任期内的成绩给予表彰，希望他们在新请职之前继续代职，并要他们转告所管堂口的其他执事也继续代职。
僧人职务的升迁，主要依据僧人的修行、戒腊和工作成绩。在请职前，方丈召集丛林的四大班首、八大执事等出席“议职”会议。
由方丈提出升至书记以上的升序者名单，由监院、知客等提出升至书记以下的升序者名单，由维那提出住禅堂坐禅僧人名单。任何出席者都可以对所有升序名单提出异议，不发言即表示默认。
在议职以后，知客将所任命的序职及列职都登入号簿，包括每一常住僧人的法名、籍贯、年龄、剃度师名、剃度地点及时间、受戒寺院及戒腊等。所有这些，以后都要记入《万年簿》中，这也是寺院的一件大事。
丛林各执事不是每期都能升序。一般地讲，只给执事重任一两期、高级执事要重任两期以上才能升序。若执事把工作搞得很糟，或犯了寺规，他便只好以主动离寺为自罚，否则由监院、都监甚至方丈亲自命其离开寺院。
关于升职的具体的做法，在一些小说、电影、电视中也有体现。如《水浒传》第六回，讲到鲁智深由五台山文殊院智真长老推荐到开封大相国寺后，鲁智深对大相国寺方丈智清长老说，要讨个都监、监院做做。
相国寺的首座、知客就对鲁智深说道：“僧门中职事人员，各有头项；且如小僧做个知客，只理会管待往来客官僧众。至如维那、侍者、书记、首座，这都是清职，不容易做得。都监、监院、提点、院主，这个都是掌管常住财物。你才到的清众，怎便得到上等职事。还有那管藏的，唤作藏主；管殿的，唤作殿主；管阁的，唤作阁主；管化缘的，唤作缘主；管浴堂的，唤作浴主。这个都是主事人员，中等职事。还有那管塔的塔头，管饭的饭头，管茶的茶头，管东厕的净头，与这管菜园的菜头。这个都是头事人员，末等职事。假如师兄你管了一年菜园好，便升你做个塔头；又管了一年好，升你做个浴主；又一年好，才做监院。”
后来鲁智深就去看菜园，做个菜头，然后就发生了在菜园里倒拔垂杨柳的故事。
结夏安居是指从阴历四月十五至七月十五，这段时间僧人们禁止外出，而是在寺内坐禅修学，接受信众们的供养。
佛制结夏安居一是出于养生护生的慈悲胸怀。因为夏天路上多虫蚊，如果出门可能会踏伤虫蚁。另外由于夏日天热汗多，出外化缘，披衣汗流，有失威仪，故禁足不出。同时夏热，妇女穿衣不威仪，僧人化缘也不方便，所以要结夏安居。
结夏安居的内容主要是学习佛教的礼仪。学习的内容有以下三个方面：一是聆听方丈、四大班首等的开导，聆听本堂法师或外地高僧讲经；二是学习戒律和日常礼仪，懂得佛门规矩，便于弘法利生；三是学习参禅打坐，诵经持咒，敲打唱诵及念普佛、放焰口等各种佛事。
到了农历七月十五，即结夏安居圆满的解制日，丛林寺院的僧尼们都在各自安居处集合一堂，当着大众，自由检查自己所犯的过失，也可以揭示别人的过失。
僧众之间完全处于平等地位，互相批评，共同忏悔，求得个人和僧团的清净。这种活动称为“自恣”，这天叫作“自恣日”，又称“佛欢喜日”。
自恣后，受戒的年龄即算增长一岁或一腊，并以此来计算戒腊的长短。因此，结夏安居坐禅也称为“坐腊”。
根据我国佛教的特色，以及我国气候冬天寒冷，僧尼不宜外出等原因，我国汉地佛教丛林又按照夏安居制度制定了冬安居制度。
在每年从农历十月十五至次年正月十五期间，丛林中也结制安居，称为结冬。这是仿照结夏制度集合江湖衲僧来专修禅法的，故名为“江湖会”。
清代以来，丛林曾有只结冬而不结夏的反常现象，后经纠正，仍以结冬坐禅、结夏讲经学律等为惯例。近代著名丛林如宁波天童寺等都实行这样“冬参夏讲”的制度。
所以冬安居的主要内容是参禅打坐。这是修习禅定功夫，求得开悟证道的重要门径。这时，各大丛林，特别是全国著名的禅林，有许多各地的称水僧前来专修禅法。
凡曾受具足戒的比丘，衣钵戒牒俱全的游方到寺，都可挂搭，暂住于旦过寮。如挂搭已久，知其行履可以共住的，即送入禅堂，名为安单，从此成为清众，随同结夏。
一般丛林都从农历四月初一起，照规入夏，禁止游方，锁旦过寮。至农历八月初一，开寮重新接众。又丛林安单也分春冬两期，春期自正月十六起至七月十五止，冬期自七月十六起，至次年正月十五止。在正月、七月期头进禅堂者，名为大进堂。
所说“请职”，用现在的话来讲，就是每年一次的“聘任”僧人担任职事的仪式。有的寺院每年正月十五和七月十五分别进行两次请职。
现在大部分寺院都是每年一次“请职”，有的寺院考虑新年期间活动繁忙，不易交接更替，就放在七月十五，即佛教夏季“安夏”后，寺院内活动相对少一些的时候进行请职。
请职那天，有一系列庄重的仪式。早斋时，斋堂门口即挂出方丈手谕的“请职”牌示。僧众斋毕回禅堂，序板响过两阵，维那便带领僧众到客堂。
维那与知客见礼后问：“知客师敲动祖师犍椎有何胜因？”
知客回答说：“大众师慈悲，请师父们到客堂非为别事，大和尚与师父们请了职。与师父们道喜！”于是，知客将方丈和尚送来的“请职”牌示宣读了一遍。并由知客执牌，带领新请职师们去回复方丈。
大家向方丈顶礼后，方丈说：“把师父们大材小用了。”随后，新请职师回禅堂等待送位。若新请职师中有班首，由方丈送位；若没有班首，则由知客、维那送位。知客送西序，维那送东序。送位毕，同礼一拜。新请职师上方丈谢职。
两边知客高呼：“书记师、藏主师、知藏师、参头师、知檀师、知浴师送位！”
东边僧值高呼：“悦众师、烧香师、记录师、书状师、侍者师送位！”
知客又呼：“引请职师出位，展具顶礼和尚三拜！”敲引磬、接称板、归位、用斋。
晚课，在大殿送位。晚课后，知客师领新请职师巡寮，对前任执事师示敬。巡寮毕，序板三通，寺院大众诸师向新请职师道喜。请职仪式结束。
挂单指行脚僧到寺院投宿。单，指僧堂里的名单；行脚僧把自己的衣挂在名单之下，故称挂单。在夏安居和冬安居以外的时间，僧人们可以带上自己的衣单行李和戒牒等外出称游，到其他寺院挂单。这些僧人，被称为“称游僧”、“行脚僧”或“挂单和尚”。
正如俗世中的人出远门要告知家里人一样，僧人出去称游也必须在正月十六以前，向寺院所属堂口的负责人请假。再由监院、知客、维那等开单注名，呈方丈审阅。
正月十六，请假僧即收拾好衣单行李，分别向方丈、客堂、禅堂、僧值寮及有关师承告假出堂。本堂口的僧众都来帮挑行担，礼送出山门。
称游僧到其他寺院挂单，并不是进去就可安住，这其中有一系列复杂的程序。他要先将衣单放在客堂门口的左边，然后起左脚跨过门槛，坐在靠左墙的横凳上。
在等待客堂来人时，可随时看到自己的衣单。如果衣单是放在课堂的右边，则依例反之。
坐的姿势，是将双脚在前成八字形。知客师一进门，挂单僧便站起来合掌行礼，向堂中佛像顶礼三拜。
在第三拜起身时说：“顶礼知客师！”又在佛像前一拜，然后坐回横凳上。
知客师询问他的名字，剃度师、戒和尚的名字，出家、受戒的寺院，最近的行止及许多应该了解的问题，以消除他是否是一个善良、真实比丘的任何疑问。若他回答不得体或支吾其词，知客师就要求看他的戒牒，进一步辨别真伪。
知客师询问毕，再问这位称水僧以后的打算。如果他只住一两夜，便说“打扰常住”；如果他希望住一段时间，便说“亲近常住”。最后送单，知客师便领他到称水堂。
到了称水堂，称水僧先将衣单放在堂外，再进伽蓝殿对伽蓝菩萨问讯或顶礼，作为向称水堂的寮元示敬。见过寮元后，称水僧即被领到寮房。这里沿墙架设着铺位。称水僧按其年龄被安排到一个空着的铺位上。年轻僧人住东边，年老僧人住西边。
住称水堂是没有时间限制的，愿意住多久就可住多久。但必须符合规约：每天早晚随众上殿、过堂，并由寮元率领坐禅。其余时间，只要得到寮元的允许，白天也可以外出。如果称水堂住满了僧人，客堂外即挂上“止单”的牌示。
挂单僧在称水堂住了一段时间或相当长的时间，如果愿意长住这座寺院的，根据本人的口头申请，寺院多方审查，认为可以共住的，即送入禅堂，就是“安单”。此后，他就是寺院的清众，随同大家一起结夏安居。
事实上，僧人的这种挂单，必须符合一定的条件，首先必须得回答出知客师提出的问题。来果法师当年在挂单上就遇到了很大的麻烦。
来果法师自幼便深爱佛教，后来打算出家，由于难找到合适的老师，他就自己剃度，然后到宝华山挂单受戒。可是到了宝华山后，当知客师问他有无戒费、有无号条等事情时，他都回答“没有”，当问他是新戒还是老戒时，他也不知新戒老戒为何物。
知客见他头上有几块疤，又见他的话不对题，便怀疑他是来抢劫的，就让他去磨坊住，并嘱咐其他人：“你们大家留心谨防，这肯定不是好人。”
众人都用白眼看他，笨重污秽的事情就命令他去做。由于旅途的劳累以及受到了虐待，来果身患重病，他睡在磨坊里，咳血七昼夜，奄奄一息。
同戒者教他溜单，他不知溜单是犯严重清规，第二天吃完早饭，他将衲袄用藤一捆，背到肩上，正好碾磨头看见了他，就问：“你做啥去？”他直接就说：“溜单。”他出来了以后，碾磨头追来，带一茨条，打了他一顿，然后提着耳朵将他拖回，这时他才知道溜单一事，不能让别人知道。
由此可见，挂单是有严格规定的，白天外出都要得到寮元的允许，更不能偷偷的溜掉。
此为一寺职事及常住人员名单的公布，于每年农历十月十五举行。
事先客堂与维那将閤寺人员戒腊久近开具清单，送与住持，写成单票。十四日，客堂挂“贴单”牌，至十五日，住持入堂说法，为首座贴单，其余由维那贴，以职事大小，戒腊先后为序，再各按名位顺次送单。
凡单上有名的，都是一寺常住的成员。
“打七”指在七日之中，除必要的饮食睡眠之外，专心参究或专心持名，是佛教禅宗和净土宗的主要修行方式，所以又有“打禅七”和“打净七”之分。
禅宗的打七称为“打禅七”，是冬安居中的重要行事，也是冬天进行的参禅活动。打七是以七日为一个周期，在七日之中，专心参究，称为一七，如此直到第七个七日，称为“七七”。这样打七从阴历十月十五日起，到腊月八日止，共包括七七四十九天。每打一七的开始和结束，称为起七和解七，各有规定之仪式。
打禅七主要是坐禅，坐禅是以燃香来计算时间的，故又叫“坐香”。平日坐香，早斋前后、午斋后、晚间各一次，共4次；打七期间，必须延长时间，叫作“加香”，共为6次。每坐完一支香的时间，再行香一会儿。
行香又叫“跑香”，即是僧众在坐香之间的跑步活动。行香的方法是，僧众围绕着禅堂中心的佛龛作小跑，四大班首、八大执事跑外圈。跑时决不能错圈、碰撞、踩草鞋，否则是要挨香板的。
在打七期间，为了保证参禅，克期取证，禅堂僧众不但不出坡干活，连早晚课诵也不参加。其他事情更不能打岔，直至“七七”期满。
净土宗打七叫做“打净七”，又叫“打佛七”，一般是在冬安居中举行打七仪式。“净七”通常也是打七七四十九天。净土宗以专心称念“南无阿弥陀佛”名号，祈求往生西方极乐世界为目的。所以，他们的修行仪式是在七日之中，以念佛、拜诵为主，伴以引磬、木鱼之声。
即普遍邀约大众劳作的制度，也称出坡。此制在唐代即已行于各地，如开成四年九月二十八日，据日僧圆仁入唐巡礼至山东赤山院记载目睹的情形说：当院始收蔓菁萝卜，院中上座等尽出拣叶；如库头无柴时，院中僧等不论多少，尽出担柴去。
不过此种制度原来由于倡导农禅，凡耕作摘茶等作务都以普请为之。后世普请只限于轻微劳动，如四月佛诞摘花、六月晒藏、晒荐、平时园中摘菜、溪边搬柴以及节前寺舍扫除等，皆偶一为之而已。
直至今天，始见恢复原来的精神，已有丛林以劳动为佛事之一的新制。
俗世所称的算账，在寺院称为计岁。计岁原行于岁末，由住持审查各种簿册。
当代寺院的财经管理更加细致和科学化，经管财会账务的僧人，除按时做好年终财务报告外，每月还要举行一次汇报。由住持召集四大班首、八大执事及有关人员，在方丈客堂面前对上月的财务报表当众公布，予以通过。
寺院惩罚违规的僧人，也叫作肃众。对违反清规的僧人寺院会依据所犯过失轻重而进行惩罚，轻者被罚油、罚香、跪香、杖责等，重者则被驱逐出寺院，永远不得再入佛门。
肃众时，客堂先鸣序板三阵，召集全寺僧众，请来住持，由知客宣布僧人所犯过失，听候住持发落，并以“白四羯摩”的形式，征求全寺僧众对处罚的意见。
对错打钟板犍椎、错挂衣单钵盂、毁损法器物件的僧人，多采取轻罚。被处以跪香者，必须按规定地点跪在点燃的香前，直至一支香或几支香燃尽后方许起身。跪香时，要求腰板挺直，双手合掌，不可东张西望，否则将被监视的僧人杖责。
重罚主要是用于处分那些犯有偷盗、斗殴、酗酒及破杀戒、色戒的僧人，寺院将其“留寺察看”或赶出山门，被称为“摈罚”。
根据僧人所犯过失的大小，所受处罚被分为三种类型：
一、默摈。即被处分的僧人，限其人身自由，令做苦重之活，从此不得与任何人说话，实际上等于将其摒于寺院生活之外。
二、摈出，又叫“迁单”。即强迫犯有过失的僧人离开寺院，待其真诚忏悔、取得僧众谅解后再回本堂。
三、灭摈，又叫“击鼓迁单”。这是对犯大过失的僧人的处罚，即从寺院中灭除此僧之名。一般作法为：烧毁其衣钵戒牒，贴摈条于山门，鸣大鼓三通，以杖将其从寺院偏门轰逐出去，以维护佛门的尊严与圣洁。
僧人不仅要遵守佛门清规，同时也要遵守国家法律。《百丈清规》规定：“刑名重罪，例属有司。”即僧人犯了国法，同样按法律制裁，这就远远超过了肃众的范围。
寺院处理各种僧事时，如决定大型的法会、传戒、营造，重大的财务支出、人事变动，对僧人的处分等时，皆以羯摩法来解决。
羯摩法相当于僧团会议，它往往由寺院住持召集主要班首执事，乃至扩大至清净比丘参加。通常所说的“僧事僧断”，也就是靠羯摩法，以僧团大众的意愿来解决寺庙中的各种事务。
羯摩法分为三种：
一、白一羯摩，即是对于不必征求同意的事项，只要向大家宣告一遍就成，又叫“单白羯摩”。白，告白之意。
二、白二羯摩，即是对于有些较重要的事项，先宣告一遍，再宣告一遍，征求大家的同意。
三、白四羯摩，即是对于最重要的事项，先宣告一遍，再作三番宣告；每告白一遍，即征求一次意见。如果一白三羯摩了，众皆默然，便表示对此事项无异议，于是宣布羯摩如法，议案成立。
佛教的羯摩法，只要有一人持异议，便是僧不和合，羯摩不成。这时，只有采取“灭诤羯摩”，行黑白筹表决，以多数取胜。
在羯摩法中也有规定：凡是如法如律的羯摩，便不许可以无理取闹而横加破坏。若有一人破坏，僧团便可对他一人作羯摩。如有4人以上的小集团破坏，便获破羯摩僧罪。
羯摩法是一种特有的议事法或会议法，在佛教中起着极为重要的作用。
丛林行事通知的方法。通常有知单、贴榜、书状和牌示等。
如住持宴请首座或远来尊宿等茶汤，皆开列名单，由侍者报知，说之知单。方丈、库司招待大众茶汤的请柬则用榜，首座请柬用状。
方丈请首座，榜贴于僧堂前东边牌上，库司请首座，榜贴于西边牌上。首座请下头首茶，状贴于僧堂前下间板上。丛林从来最重茶礼，有谢茶不谢食之说。又丛林行政性的通知，用挂牌方式传达，名为牌示。
挂牌的地点随各种行事而不同。如结夏、诵戒、请职、贴单、普佛等牌示，皆挂斋堂前；上堂、秉拂、祈请、祷雨，挂大殿前；起七、解七，挂禅堂前；升座、免礼等，挂内韦驮殿前。
百丈禅师制定的《丛林要则》20条，为丛林清规制度作了简要、通俗的说明：丛林以无事为兴盛，修行以念佛为稳当。精进以持戒为第一，疾病以减食为汤药。烦恼以忍辱为菩提，是非以不辩为解脱。留众以老成为真情，执事以尽力为有功。语言以减少为直接，长幼以慈和为进德。
学问以勤习为入门，因果以明白为无过。老死以无常为警策，佛事以精严为切要。待客以诚实为供养，山门以耆旧为庄严。凡事以预立为不劳，处众以谦恭为有礼。遇险以平乱为定力，济物以慈悲为根本。
有禅堂专指坐禅的道场，也可叫作或称堂，是禅宗丛林的主要堂宇。堂中设一圆龛，正中安奉圣僧像。圣僧之像不定，或以乔陈如、宾头卢为圣僧，或以文殊师利及大迦叶为圣僧。禅堂内设长连床，施椸架以挂道具。
各地丛林寺院都根据自身的特点，订有《禅堂规约》以作为僧众行、住、坐卧及坐禅拜佛的仪规标准。四川宝光寺的“禅堂规约”是这样规定的：
一、凡上堂小参，各搭衣持具。齐集法堂，次第而立，不得参差，违者罚。
二、钟板错乱，必当巡寮；引、鱼错乱，跪香；散香落地，参堂；一切犍椎参差者罚。
三、无事窜位，言谈语笑，粗皮旷野者罚。
四、坐香不到及失误，巡香散香者罚。
五、不顾本参，乱逞机锋及出坡不随众者罚。
六、堂中出入，次第而行，威仪齐整，有失次序者罚。
七、大小事务，不白执事，堂中出入，不遵规谏者罚。
八、经行纵横，语言戏舞及草覆作声者罚。
九、闯静惊静，静中嬉笑，东张西望，翻眼弄皮者罚。
十、巡香被警策，以公报私，故打者罚。
十一、二策昏沉如故者，立参；三策如故者，跪参；倘故纵昏沉者罚。
十二、私行向外，不着袍子，窜寮吃烟，闲谈杂话者罚。
十三、盗取堂内银钱，衣物等件，重则烧单，轻则笞罚。
十四、失物等项，捡者当白职事，原交失者认取，私自隐匿者重罚。
十五、小恙给假三日，重病出堂调养，慎无妨众，违者罚。
十六、制期未满期，不许出堂。出堂及私应经忏者罚，私逃单者出院挂牌。
十七、除客、病外，私造饮食，司职不尽职者罚。
十八、有事他出，归期违限者罚。
十九、破根本大戒者，不许共住。
二十、私自化缘入已，错昧因果者，不许共住。
二十一、谈论国事，心游世俗者，不许共住。
二十二、私收徒众及合僧者，不许共住。
二十三、恶口骂詈，交拳厮打者，不许共住。
二十四、有犯清规，不遵议罚者，不许共住。
以上条约，各宜遵守。如有违犯者，决不循情。切宜珍重，凛之慎之。
此为丛林号令所寄，鸣扣各有常度。凡禅堂坐参、佛殿诵念、食堂斋粥、升堂集众、普请巡寮、入浴送亡等一切行事，都依钟鼓等号令进行。
如集众上殿则僧堂鸣钟，长老升堂则法堂击鼓，报众同赴。普请则开梆、催板，新住持入院则钟鼓齐鸣。凡止静、开静、念诵、斋粥等行事，从朝到暮，钟鼓交参，遂形成丛林一定的礼法。
衣钵是指僧人的袈裟和吃饭用的食器。初祖达摩至五祖弘忍皆以衣钵作为传法的信物，谁得到师父的衣钵，便成为他的衣钵继承人，也就是得到了真法。故传法也叫传衣、传衣钵。尽管六祖慧能以后不再传衣钵，但后世僧人接受佛法仍叫衣钵相传。
按佛门规定，只有接了法的僧人才能担当住持。方丈和尚在位期间，可将佛法传给他经过严格选拔、优秀合格、值得信赖的僧人。
当年，五祖弘忍禅师为了选拔衣钵传人，就让徒弟们作诗，以测试他们悟道的深浅。五祖传法以后，为遵承禅宗五祖弘忍传法至六祖慧能之遗制，佛法的授受皆秘密进行。最多有一位引礼师、证法师及圣僧参加。传法程序为：
在方丈和尚指定的时间和地点，设置佛像、香案，接法者跪于方丈和尚座前，由方丈和尚说法并宣读“法券”。法券为横幅，宽约0.5米，长约2米，墨书于白纸，或丹书于白绫，也有用金粉书于红绸者，常以卷轴形式装于圆形铁筒中。
法券上的文字，前端写着“正法眼藏”4个大字，以下写着：“我佛世尊，在灵山会上拈花示众。百万龙天悉皆默然，唯迦叶一旁破颜微笑。佛即以正法眼藏，涅槃妙心，实相无相，微妙法门付嘱迦叶。于西天四七，东土二三，灯灯相继，祖祖相承，无非以心印心，实无法可传，也无法可得。且道即今，传个什么，得个什么，无非依样葫芦，落得拖泥带水。有禅人者，早悟‘三空’，宿通‘二谛’，堪为法门栋梁，继承祖位。故将大法付嘱于汝，汝当善自护持，绍隆佛种，利化十方，始不负诸佛之所护念也。”
法券文字颇长，下列历代祖师名号，后有偈语，并传法者名号及传法时间。法券上还印有本寺院和传法者的多枚印鉴。
有的法券文字简略，没有以上叙述的内容，仅在“正法眼藏”以下写道：“从上授受，备载《传灯》，兹不重述，略书近代，以表源流。”下列近代祖师名号，偈语也只七言四句。
方丈和尚宣读完毕，即下座将法券付与接法者。随着又将佛像、佛经、衣钵、麈子、如意、佛珠、锡杖等传给接法者。然后，接法者上座说法，大法授受就此圆满。
现今丛林，以其住持传承的方式不同，又可分为子孙的与十方的两类。本来从宋代起，丛林即有甲乙徒弟院、十方住持院、敕差住持院三种。
甲乙徒弟院，是由自己所度的弟子轮流住持甲乙而传者，略称为甲乙院。十方住持院系公请诸方名宿住持，略称为十方院。敕差住持院，是由朝廷给牒任命住持者，略称为给碟院。甲乙院住持是一种师资相承的世袭制，故又称为剃度丛林或子孙丛林。
十方住持院由官吏监督的选举，故称为十方丛林。后世即大体沿用其制度，无大变动。另外，十方丛林中依住持继承制度的不同，还有选贤丛林与传法丛林之分。
有如镇江金山寺名刹的住持，即是依法系相传的，称为传法丛林；宁波天童寺自清末寄禅重兴后，改为十方选贤制度，称为选贤丛林。
1924年厦门南普陀寺改子孙丛林为十方选贤丛林，即依天童寺选贤方法，订立“十方常住规约”20条。并制定选举法、住持任期及进院退院等手续。这种选贤制度是丛林住持史上的一个进步。
关于丛林制度详见于《百丈清规》和它的注书《百丈清规证义记》等。至于丛林中行事和古德风规，则有道融《丛林盛事》、慧彬《丛林公论》、慧洪《林间录》、净善《禅林宝训》、无愠《山庵杂录》等可资参考。