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钱乙的学术观点认为小儿内伤杂病多阴虚，常用养阴法为主治疗，如治疗肺阴虚之阿胶散、肝阴虚之羊肝散，尤其是千古名方地黄丸，体现了他补益肾肝唯重甘凉益阴的学术思想。同时，在治疗各类热病时，他更是大量推荐应用寒凉清热之品，如治疗小儿热盛生风用大青膏、脾热弄舌用泻黄散、心热咬牙用导赤散、肝热搐搦用泻青丸，以及治惊疳用凉惊丸、瘟疫惊风用抱龙丸等，均为儿科“热者寒之”的经典治疗方。
钱氏对天花、麻疹、水痘等几种发疹性传染病的鉴别诊断有了较清楚的认识，其中对麻疹的症状、诊断和治疗，论述尤详。对惊风与痫证也能加以鉴别。阐明了急、慢惊风为阴阳异证，急惊风由于热甚生风，风在心肝；慢惊风由于阳虚正衰，风在脾胃。认为急惊属阳、热、实，治合凉泻；慢惊属阴、寒、虚，治合温补，成为后世治疗惊风所遵循的准则。
钱氏开创了中医儿科寒凉学派的理论和实践体系，对于后世儿科医学的发展产生了深远的影响。如钱氏私淑弟子董汲用升麻散、大黄、青黛、白虎汤、紫草散等寒凉药治疗斑疹，得到钱乙赞许“是予平昔之所究心者，而予乃不言传而得之。”金元医家刘完素以辛苦寒凉药如凉膈散灵活应用治疗小儿热性病，张从正治疗儿科热性病善用攻下法，皆受到钱氏学术思想的启示。明清温病大家如叶桂、吴瑭皆同时为儿科专家，他们创立的温病卫气营血、三焦辨证论治方法被后世小儿温病的临床治疗奉为圭臬。民国奚詠裳应用寒凉方药为主治疗儿科麻疹、天花等传染病，在上海声名鹊起。所以说，后世的河间学派、温病学派等的形成与发展过程，都体现了钱氏儿科寒凉学说的学术影响。
《小儿药证直诀》在中医儿科学术发展史上有着重要地位，钱乙对中医儿科学体系的形成做出了突出贡献，因而被誉为“儿科之圣”。《四库全书·目录提要》说：“小儿经方，千古罕见，自乙始别为专门，而其书亦为幼科之鼻祖，后人得其绪论，往往有回生之功。”实非过誉。