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钱乙善于化裁古方，创制新方。《小儿药证直诀》共载方135首，有单方小剂，也有复方大剂。他师古不泥古，发前人之未发，创立大量儿科新方，并突出五脏虚实补泻方，可谓集北宋以前方剂之精华而又立儿科系列专用方之宗。
钱氏遵古方而不泥古方，善于化裁仲景方为儿科所用，如其所制地黄丸乃由金匮肾气丸去桂附而成。他认为小儿生机旺盛，阴精不足，恐用桂附更伤真阴，故去之，变温补肾气之剂为滋补肾阴、肝阴之主方，融三补三泻于一体，主治肝肾阴虚诸证，后世薛已改方名为六味地黄丸，成为多种地黄丸系列方化裁之源。又如仲景桔梗汤由桔梗一两、甘草二两组成，用于少阴病二三日咽痛与甘草汤后不瘥者；钱氏甘桔汤只是改变两药比例为桔梗二两、甘草一两，治小儿肺热，手掐眉目鼻面。后代儿科临床应用多遵钱氏法。再如异功散，乃是《太平惠民和剂局方》四君子汤加陈皮而成，四君子汤为补脾益气基本方，加上一味理气之陈皮则成为补运兼施之方，更适合于小儿脾常不足、运化力弱的生理特点。
钱氏论治法从五脏补虚泻实出发，又注意柔润清养，运补兼施，攻不伤正，补不碍邪。他创立了儿科五脏补、泻方，如：治肺之阿胶散（补肺散）、泻白散，治脾之益黄散、泻黄散，治心之黄芪散、泻心汤，治肝之地黄丸、泻青丸，以及肾虚证主方地黄丸。成为儿科五脏虚、实证候治疗的基本方。
钱氏组方配伍灵活多变，注重方随证变的用方法度。如治疗疳痢，取香连丸为基础方，酌加肉豆蔻为豆蔻香连丸，加诃子为小香连丸，加没食子、肉豆蔻、诃子肉为没石子丸，加白附子为白附子香连丸，将纯治热痢之方变为散中有收，攻补兼施，寒热并用，能适应疳痢多种不同证型之方。又如治虚热盗汗用黄芪散（牡蛎、黄芪、生地黄）；治实热盗汗用虎杖散（虎杖）；安蛔补胃消疳用使君子丸（使君子、青黛、陈皮、诃子肉、甘草、厚朴）；治诸热用三黄丸（黄芩、大黄、黄连）；治脾胃虚有热用藿香散（藿香叶、麦冬、半夏、甘草）等。皆平稳精炼，善于寒温兼施、补泻相合，切合小儿施用。
钱乙所创立的众多方剂，至今被尊为儿科经典方，不仅广泛应用于儿科，且为内科等各科临床所常用。